猪细小病毒VP2基因的克隆与序列测定

本研究以PCR方法成功扩增并克隆到BM－1株PPV结构蛋白的VP2基因的上、下游片段。通过VP2基因的序列测定，发现我国BM－1 PPV VP2基因序列与国外发表的序列（NADL－2、Kresse)的有一定差异。     

猪细小病毒HN-3株VP2基因克隆与抗原性分析

参考GenBank公布的NADL-2株序列,设计出1对引物。利用该引物扩增了猪细小病毒HN-3株VP2主要抗原基因,将其克隆到pGEM-T Easy载体上;测序获得1 438 bp核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列。共编码475氨基酸,与NADL-2株相应的序列进行比较分析,两者核苷酸同源性为99.4%,氨基酸同源性为99.3%。应用DNAStar软件对氨基酸的抗原表位进行了预测,共有11个抗原表位,分别在氨基酸N端的11~24,81~108,121~135,139~148,150~172,221~239,241~259,316~342,344~352,390~405和426~439区段,此序列具有较好的免疫原性。     

2株鹅细小病毒的主要结构蛋白VP2基因的克隆和序列分析

将鹅细小病毒PJ分离株和XJ分离株接种于13日龄非免疫鸭胚,收集接毒后24～72h死亡的鸭胚尿囊液。根据Genbank已发表的鹅细小病毒B株基因组核苷酸序列设计1对引物,对2株鹅细小病毒毒株主要结构蛋白VP2基因进行PCR扩增,将扩增产物与pMD18-T载体连接并测序。结果表明:PJ株和XJ株VP2的核苷酸序列全长分别为2 044bp和2 050bp,PJ株与B株、XJ株、台湾株的同源性均为93.5%～96.7%,与YG株、哈尔滨株、广东株的同源性为88.7%左右,与匈牙利株的同源性仅为80.7%,而与番鸭细小病毒的同源性为74.8%～80.7%。XJ株与匈牙利株的同源性为83.5%,与番鸭细小病毒的同源性为76.8%～80.0%,与其他毒株的同源性为91.6%～98.3%。     

犬细小病毒分离株VP2基因的克隆与序列分析

以犬细小病毒 (Canine parvovirus,CPV)扬州分离株病毒的 DNA为模板 ,根据基因库 CPV-d序列设计合成了VP2基因的 1对特异引物 ,进行聚合酶链式反应 ,扩增出约 1 .7kb的片段 ,按常规方法克隆进 p UC1 8载体 ,经 Eco R 和Sal 双酶切筛选到阳性质粒 ,进一步对该片段进行序列分析。结果表明 :所扩增基因片段长度为 1 740 bp,与美国参考株 CPV-d (type 2 )、CPV-1 5 (type 2 a)、CPV-3 9(type 2 b)相比较 ,核苷酸同源性分别高达 99.5 %、99.7%、99.7%。     

猪细小病毒NS1基因和VP2基因的克隆与序列分析

根据GeneBank 上发表的猪细小病毒(PPV)的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株(PPV-TA)NS1基因和VP2基因.结果表明,PPV-TA NS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPV NS1基因核苷酸同源性在98.3 %～99.9 %之间.PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异.PPV-TA NS1蛋白的潜在磷酸化位点是Thr435和Ser473,与PPV参考毒株相同.NS1基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV china亲缘关系最近.PPV-TA VP2基因长1740 bp,编码579个氨基酸,与PPV参考毒株VP2基因核苷酸同源性在98.3 %～99.8 %之间.PPV-TA VP2蛋白的378D、383H、436S氨基酸残基决定了PPV的组织嗜性,与PPV-NADL-2和PPV-china相同,这表明这3个毒株的组织嗜性是一致的.但与其他PPV参考毒株有差异,这表明不同毒株在动物体内的组织分布是有差别的.PPV-TA VP2蛋白有9个线性抗原位点,与PPV NADL-2和PPV china的线性抗原位点是一致的,这表明具有相同的抗原特性.VP2基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV NADL-2亲缘关系较近.     

鹅细小病毒四平分离株VP3基因的克隆与序列分析

根据已发表的鹅细小病毒(GPV)核苷酸序列,设计并合成了1对引物,对吉林农业大学预防兽医学研究室分离鉴定的GPV四平株(SP)主要保护性抗原蛋白VP3基因进行扩增。所得到的PCR产物片段大小约1.6 kb,与预期片段大小相符。将该片段纯化后与T载体连接,转化到感受态大肠杆菌JM-109中进行克隆。对所提质粒进行快速鉴定、PCR鉴定以及限制性内切酶NheⅠ和BamHⅠ双酶切鉴定,筛选阳性重组质粒,对重组质粒测序并进行核苷酸序列分析。结果表明:GPV四平株VP3基因长1 605 nt,包含了完整编码GPV VP3蛋白阅读框,且与国内GPV分离株B,GD,HG5/82相应核苷酸序列和氨基酸序列的同源性较高,分别为96.2%,96.3%,96.4%和97.4%,98.7%,98.9%。据此认为,GPV四平株VP3基因可以作为构建具有普遍应用价值的基因工程疫苗的候选基因。     

猪细小病毒Vaccine株VP2基因克隆与抗原性分析

[目的]为研制和筛选猪细小病毒核酸疫苗提供依据。[方法]对猪细小病毒Vaccine株VP2进行克隆、测序以及抗原性分析。[结果]参考GenBank公布的NADL-2株序列,设计出1对引物,并利用该引物扩增了猪细小病毒vaccine株VP2主要抗原基因,将其克隆到pGEM-T Easy载体上,测序获得656 bp核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列,共编码218氨基酸,与NADL-2株相应的序列进行比较分析,比NADL-2毒株缺失781 bp,两者核苷酸同源性为98.9%,氨基酸同源性为97.2%;应用DNAStar软件对氨基酸的抗原表位进行了预测,共有7个抗原表位,分别在氨基酸N端的第10~183、4~39、94~103、121~126、137~144、156~165和209~214区段,此序列具有较好的免疫原性。[结论]该研究为发展特异性和敏感性诊断系统和研制疫苗提供了有力的技术依据,为研究蛋白质特性分析提供了理论依据。     

猪细小病毒HNZM01株NS1基因的克隆及序列分析

为加强猪细小病毒病的监控,对分离的猪细小病毒(PPV)HNZM-01株NS1基因的序列进行了分析。设计一对特异性引物,以抽提的PPV HNZM-01株的DNA为模板,通过PCR反应扩增出大小约2.27kb的目的片段,并将其插入克隆载体pGEM-T Easy上,构建了重组质粒并测序。结果表明,NS1基因全长1 989bp,与预期目的片段大小一致。序列分析结果表明,PPV HNZM-01株的NS1基因与其他PPV毒株同源性在98.2%～99.8%,说明NS1基因具有高度保守性。同时应用ANTHEPROT软件分析了HNZM-01株NS1基因编码蛋白质的氨基酸组成和二级结构的含量、分布。结果表明,由于HNZM-01株中碱基的突变,造成其氨基酸序列与NADL-2株有所不同,形成的二级结构略有差异,但二级结构元件分布大致与NADL-2株相同。     

水貂肠炎细小病毒结构蛋白VP2基因的克隆和序列分析

对水貂肠炎细小病毒SMPV-11株结构蛋白VP2基因进行扩增,获得了基因序列全长为1755bp的SMPV-11株VP2基因,其编码584个氨基酸;应用DNAStar分析软件对该序列进行同源性分析发现,SMPV-11株VP2基因与其他6株水貂肠炎细小病毒株核苷酸和氨基酸均有较高的同源性,分别为99.2%～99.4%和98.6%～99.1%,与猫泛白细胞减少症病毒标准株CU-4株同源性为99.3%和99.1%,系统发生树分析表明它们属于同一个分支。本研究为水貂肠炎细小病毒分子流行病学调查和新型疫苗的研究奠定基础。     

猪细小病毒NJ-1株VP2基因克隆与抗原性分析

参考Gen Bank公布的NADL-2株序列,设计出1对引物,并利用该引物扩增了猪细小病毒NJ-1株VP2主要抗原基因,将其克隆到pGEM-T Easy载体上,测序获得882 bp核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列,共编码294aa,与NADL-2株相应的序列进行比较分析,两者核苷酸同源性为99.2%,氨基酸同源性为99%;应用DNAStar软件对氨基酸的抗原表位进行了预测,共有9个抗原表位,分别在氨基酸N端的第34-40,62-70,88-92,137-157,167-181,189-200,206-219,258-272和280-294区段,此序列具有较好的免疫原性.     

PPV SC-1株VP2基因的定点突变及真核表达载体的构建

以PPV VP2为基础,利用重叠延伸PCR技术分别将VP2蛋白中第402位(A)和214位(B)的半胱氨酸突变为精氨酸,并将突变体克隆入pMD19-T Simple载体中;经酶切、PCR和测序鉴定后,利用KpnⅠ和BamHⅠ酶切位点,定向克隆入真核表达载体pPI-2.EGFP中,构建突变体与报告基因EGFP融合表达的pPI-2.EGFP.VP2(A)和pPI-2.EGFP.VP2(B)真核表达载体;利用脂质体法将重组质粒分别转染COS-7细胞。结果:成功构建了突变体的真核表达载体;在转染后的荧光观察中发现,pPI-2.EGFP.VP2(A)和pPI-2.EGFP.VP2(B)质粒转染细胞后,两者表达后的荧光信号不同,A样品的荧光呈颗粒状分布于细胞中,而B样品的荧光信号均匀分布于细胞中。提示,突变是引起表达差异的主要原因。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒VP1基因克隆与序列分析

为了了解鸭肝炎病毒的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采自广东省各地12个DHV临床分离株的VP1基因进行了扩增、克隆、测序和序列分析.结果表明,12个DHV分离株的VP1基因序列长度均为714 bp,编码238个氨基酸,12个分离株与GenBank公布的参考株核苷酸同源性为91.7％～95.8％,氨基酸同源性为94.5％～98.3％,而12个分离株之间的核苷酸序列同源性达到99.2％～100％,氨基酸同源性为97.9％～100％.系统分析证明,12个DHV分离株均为DHV-Ⅰ型,不同分离株VP1基因无碱基插入和缺失,但存在点突变,各DHV分离株间亲缘关系较近,但存在一定的遗传差异.     

猪细小病毒自然弱毒N株VP2基因的克隆及原核表达

为了进一步研究猪细小病毒自然弱毒株(PPV-N株)的自然弱毒分子生物学机理,对PPV-N株VP2基因进行克隆、测序和原核表达研究.结果表明,成功构建PPV-N株VP2基因的克隆重组质粒pMD18-T-VP2及表达重组质粒pET32a-VP2,经SDSPAGE及Western blotting鉴定,PPV-N株VP2基因在BL21(DE3)plysS菌中成功进行融合表达,表达出约85.4 KDa的VP2融合蛋白,且表达的VP2融合蛋白能与PPV阳性血清发生特异性反应.PPV-N株VP2基因的成功克隆及原核表达为今后研究PPV-N株的自然弱毒的分子生物学机理和研制PPV诊断抗原奠定了基础.     

犬细小病毒VP2基因的克隆表达与免疫印迹分析

根据基因库已发表犬细小病毒序列设计合成了VP2基因的1对特异引物,以细小病毒感染的犬粪样品中提取的总DNA为模板,进行PCR扩增。把扩增产物克隆至pMD18-T载体进行测序、鉴定。将克隆的VP2基因片段克隆至原核表达载体pGEX-4T-2,再将构建成功的原核表达质粒载体pGEX-4T-2-VP2转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,进行鉴定、测序、表达。结果表明,克隆的VP2基因片段全长1 755 bp,与13个VP2基因序列的同源性为98.4%～99.8%。系统进化树分析表明,所克隆的VP2 CSN830611序列同日本株(AB054222)、意大利株(AF306445)的进化途径一致。Western-blotting分析显示,表达产物为90 kD的融合蛋白,可被犬细小病毒阳性血清所识别,具有良好的反应原性。     

犬细小病毒VP2基因序列分析

 2006~2007年间，从中国农业大学动物医院采集的犬细小病毒粪便样本中随机抽取20份，采用PCR技术，扩增了这20份样本的犬细小病毒VP2全基因序列。经核苷酸及推导的氨基酸序列分析发现，20个样本中，有19个样本属于CPV-2a，1个为CPV-2b，且所有病毒样本的297位均发生Ser→Ala的置换；基因型为CPV-2a病毒样本的555位均发生回归性置换(Ile→Val)。与经典的CPV-2a/b毒株比较，部分样本还出现了新位点氨基酸置换现象。其中，样本CPV/BJ005/07与CPV/BJ008/07 VP2的139位氨基酸残基由Val置换为Ile；80%（16/20）的样本在324位有Tyr→Ile的置换；样本CPV/BJ004/07和CPV/BJ050/07分别在226（Ser→Asn）与382(Arg→Lys)位发生置换。运用DNAStar软件对上述置换的氨基酸残基进行综合分析发现，除Ile-139突变意义不大外，Ile-324、Asn-226和Lys-382均处在VP2蛋白潜在的抗原表位区域，有着重要的生物学意义。