美加等国启动牛基因组测序工程

新华网消息 :由美国、加拿大、澳大利亚和新西兰等国政府机构和私营公司参与、总预算为5300万美元的国际“牛基因组测序工程”日前正式启动。测定牛的基因组将造福人类健康 ,促进农业科技的突破。这项工程所产生的研究成果 ,将为提高食品安全、控制和治疗动物疾病等提供巨大机遇。牛的基因组据估计由大约30亿个碱基对组成 ,与人和其他哺乳动物基因组规模相当。专家们认为 ,绘制牛的基因组图谱 ,不仅在改进乳品和肉制品质量等领域有潜在用途 ,也有助于加深对人类基因组的理解。美加等国启动牛基因组测序工程     

华南地区牛结节性皮肤病病毒全基因组测序及分析

为了对2020年我国华南地区牛结节性皮肤病(lumpy skin disease, LSD)疫情进行溯源调查,本研究采用商品化检测试剂盒和透射电镜对2份华南地区疑似感染的牛皮肤结节组织样本进行鉴定,利用高通量测序技术进行病毒全基因组测序,并对其进行序列比对、遗传进化和病毒重组分析。qPCR检测结果显示2份样本均为牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus, LSDV)阳性,电镜观察到典型LSDV病毒粒子形态,将其命名为China/GD02/2020株和China/GX01/2020株,获得全基因组序列上传GenBank获得登录号分别为OM803091和OM803092。对病毒全基因组序列比对及遗传进化分析显示GD02和GX01株的核苷酸相似性达到99.99%,并与2020年中国台湾、中国香港和越南的LSDV分离株处于进化树的同一小分支,且均归属为重组病毒。病毒重组分析表明2株病毒的主要亲本为南非疫苗株(Neethling vaccine LW 1959),次要亲本为摩洛哥从牛分离的田间株(LSD/KSGP 0240/Morocco/2017)和南非野毒株(Ne...     

利用全基因组测序技术鉴定宁夏彭阳县利木赞牛的群体遗传结构

[目的]通过全基因组测序技术分析宁夏彭阳县11头利木赞牛的群体遗传结构及遗传多样性,以揭示其遗传背景和血统纯度。[方法]利用全基因组重测序、主成分分析、系统发育树构建及祖先成分分析等生物信息学方法。[结果]在宁夏彭阳县11头利木赞牛基因组中,10头利木赞牛含有东亚普通牛、欧洲普通牛与中国瘤牛血统,其中欧洲普通牛占比最大,平均约占60%,东亚普通牛血统平均约占28%,中国瘤牛血统平均约占12%,表明10头利木赞牛与宁夏地方黄牛群体秦川牛与固原牛存在不同程度的杂交;还有1头为纯种利木赞牛。[结论]利用全基因组测序技术和生物信息学方法对宁夏彭阳县11头利木赞牛进行鉴定,其中1头为纯种利木赞牛,其余10头均为杂种利木赞牛。     

牛基因组测序工作历时6年完成

近日，在美国农业研究局和贝勒医学院的领导下，来自25个国家的30多位科学家以海福特牛为样品牛，历经6年，完成了基因组测序工作。这一成果将有助于生产质量更好的牛肉和牛奶。     

全基因组测序在畜禽中应用的研究进展

在基因组研究方面,目前全基因组测序已由第一代测序技术发展到第三代测序技术,全基因组测序与传统方法相比具有更加全面、精准、高效等优势。随着测序技术的发展和费用的降低,全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）技术逐渐成为基因组研究应用最广泛的技术。全基因组测序已经在畜禽起源进化、重要经济性状基因挖掘、分子育种等方面取得了诸多成果。通过全基因组重测序,能够发现拷贝数变异（copy number variation,CNV）及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）变异,丰富现有的CNV和SNP数据库,为抗病、生长、食欲、代谢调节、表型、环境适应机制及重要经济性状基因的分析提供重要数据。作者针对全基因组测序技术在主要畜禽上的研究进展,综述了全基因组测序在畜禽的品种遗传多样性、群体演变机制、功能基因挖掘等研究中的应用,并探讨了全基因组测序存在的问题,旨在为畜禽种质资源保护和分子育种实践提供参考。     

绵羊基因组测序及应用研究进展

随着测序技术的不断发展,测序价格的平民化使得基因组测序及应用普及到各个物种。绵羊作为人类重要的经济动物,其基因组研究近年来取得了重要进展,在绵羊起源、进化和适应性及功能基因鉴定等方面的研究取得了重要成果。该文重点综述绵羊的全基因组de nono测序进展及全基因组重测序在解析绵羊品种遗传多样性、揭示进化适应机制、功能基因定位等方面的研究应用,以期为绵羊的生物学研究提供方法参考,也为绵羊品种资源的保护和利用及分子育种提供参考。     

世界首个驴基因组测序项目启动

正"驴基因研究项目具有重要的科学意义和经济意义。"近日,在北京召开的世界首例驴基因组项目启动大会上,国际知名基因研究专家、中科院杨焕明院士如是说。驴基因测序项目的启动意味着我国将在全球首个掌握驴基因资源,这是科学界继牛、鸡、猪、马基因组测序之后,对畜禽生命科学又一里程碑式的贡献。此次世界首个驴基因组项目启动会由东阿阿胶股份有限公司联合山东省农科院、华大基因三方共同启动。     

猪的全基因组测序研究进展

猪具有独特的生物学特征,在畜牧业生产和医学研究中占有重要地位。全基因组测序即de novo测序和全基因组重测序为解释猪的生物学特性和促进猪的分子育种发挥了重要作用。本文重点阐述全基因组测序在猪基因组学研究中的应用,分析全基因组测序技术及其在猪的全基因组测序工作中的优势和不足,并对未来猪的分子遗传育种研究工作进行展望。     

羊草全基因组测序计划全面启动

近日,由中国农业科学院草原研究所牵头,联合中国农业科学院深圳农业基因组研究所等单位共同合作的羊草全基因组测序计划已全面启动。该计划完成后,将对我国极为丰富的羊草资源的新品种选育、人工草地建植、天然草原生产力提高以及产业开发等工作带来重要推动作用。     

蜜蜂基因组测序草案已经完成

2004年1月7日蜜蜂基因组序列草案已经存入美国国家卫生研究院公共数据库(www.ncbi.nih.gov/Genbank),并将把数据分配给欧洲分子生物实验室的核苷酸顺序库(www.ebi.ac.uk/embl/index.html)及日本的脱氧核糖核酸数据库(www.ddjb.nig.ac.jp).蜜蜂基因组约含有3亿个脱氧核糖核酸(DNA)碱基对,只有人类基因组的10%.     

全基因组测序在山羊上的研究进展

全基因组测序技术可对生物基因序列进行定位与功能分析,解析家畜表型变异的遗传基础,在缩短家畜分子育种周期和提高畜牧产业经济效益方面表现出巨大潜力.本文综述了山羊全基因组测序及其在重要性状的研究进展,旨在为山羊分子育种工作提供参考.     

基因组测序提升牛只健康 澳大利亚科学家完成234头牛只测序

2014年7月14日,英国《自然-遗传学》杂志在线发表的一篇论文中,澳大利亚遗传学家们汇报了234头牛只的完整DNA序列。这些“调查对象”所具有的品种内部遗传多样性,可以帮助畜牧业更好、更直接地选择健康的牛只。     

中国李品种‘秋姬’基因组Survey测序分析

中国李是重要的落叶果树之一,具有较高的经济价值与生态价值,但其全基因组信息尚未被解析,限制着相关研究的深入开展。本研究通过二代基因组Survey测序分析,对中国李品种‘秋姬’全基因组信息进行初步解析,质控后共获得22.9 Gb 高质量数据,经17-mer分析,预估其基因组大小为305.6 Mb,基因组杂合度为0.92%,属于高杂合中型基因组;采用SOAPdenovo软件进行组装,所得Contig N50为440 bp,Scaffold总长约为267 Mb,后续拟用第三代测序技术进行精细组装。     

牛基因组拷贝数变异分析

拷贝数变异(CNV)是家畜遗传变异的一种重要的来源。为了鉴定牛基因组拷贝数变异,试验进行了全基因组筛查,以确定这些基因功能的数量、位置等。采用一个包含约385000探针的寡核苷酸阵列比较了普通公牛和瘤牛间的基因组杂交。试验共检测到51个CNV,约占整个牛基因组的0.5%。每种动物的平均CNV大小为213～335kb。单个动物中仅能检测到50%的CNV,其余CNV则需要鉴定多个个体才能获得,再进一步分析确定每个CNV区域的基因内容。结果表明一个基因中包含82%CNV,且大部分CNV与牛基因组表型变异有一定相关性。虽然个别CNV的影响仍有待进一步研究,但本试验结果表明CNV在牛基因组表型变异中起着重要的作用。     

全基因组重测序探究晋南牛优势性状的分子基础

【目的】探究晋南牛优势性状所基于的遗传基础，为后续晋南牛种质资源利用以及分子育种提供参考。【方法】采集12头健康的纯种晋南牛耳缘组织，提取基因组DNA进行全基因组重测序，将测序数据以及NCBI数据库12头红安格斯牛基因组数据比对到牛参考基因组(ARS-UCD1.2),检测群体SNPs位点，采用ANNOVAR软件对变异位点进行注释；对晋南牛与红安格斯牛变异基因进行韦恩分析，筛选晋南牛特异性变异基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析，采用Cytoscape软件将显著富集的变异基因进行功能互作分析。【结果】晋南牛基因组DNA测序共获取clean reads 2 621 153 222条，Q30平均值达93.5%,碱基分布均匀且无明显偏向性，平均测序深度11.19×,覆盖率(≥4×)平均值为92.64%;检测到SNPs位点117 773 201个，注释外显子区域获得nonsynonymous、stopgain/stoploss SNPs共405 506个，覆盖于16 690个基因，筛选出晋南牛特异性变异基因5 289个。GO功能和KEGG通路分析表明，基因广泛富集于线粒体、核糖体、细胞器膜相...     

宏基因组测序应用于SPF动物的研究进展

SPF动物是无特定病原体动物,在疾病模型、疫苗生产、药理学等多个领域中具有重要作用,借助SPF动物能够更好的解决这些领域所面临的科学问题。微生物在维持机体健康中的重要作用使得其成为研究的热点领域,宏基因组测序作为一种高通量测序技术是促进微生物研究领域发展的有效手段,而SPF动物是研究微生物与机体相互作用的典型模型,为探讨机体与微生物的关系奠定基础。论文就宏基因组测序应用于SPF动物,对肠道微生物多样性、病原体检测、药物作用机制及微生物与健康的关系进行综述,为SPF动物在微生物领域的应用提供参考。     

玻璃化冷冻牛GV卵母细胞全基因组甲基化模式初探

旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞,采用单细胞全基因组甲基化测序（ScWGBS）技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测,旨在揭示两者DNA甲基化模式的差异。结果表明,玻璃化冷冻不会对牛GV卵母细胞的全基因甲基化水平造成显著影响。基于基因本体（GO）和信号通路（KEGG）对140个差异甲基化区域（DMRs）进行分析,发现DMRs主要参与细胞发育、细胞骨架组织等功能,主要富集在PI3K-Akt信号通路、GnRH信号通路等,并筛选出与卵母细胞成熟（TSC2）、细胞骨架（NUDC）、细胞活力（MAFK）等相关的基因。上述结果,可为提高GV卵母细胞玻璃化冷冻效率奠定信息基础和研究方向。