美加等国启动牛基因组测序工程

新华网消息 :由美国、加拿大、澳大利亚和新西兰等国政府机构和私营公司参与、总预算为5300万美元的国际“牛基因组测序工程”日前正式启动。测定牛的基因组将造福人类健康 ,促进农业科技的突破。这项工程所产生的研究成果 ,将为提高食品安全、控制和治疗动物疾病等提供巨大机遇。牛的基因组据估计由大约30亿个碱基对组成 ,与人和其他哺乳动物基因组规模相当。专家们认为 ,绘制牛的基因组图谱 ,不仅在改进乳品和肉制品质量等领域有潜在用途 ,也有助于加深对人类基因组的理解。美加等国启动牛基因组测序工程     

牛基因组研究进展

本文分牛基因组遗传图谱、物理图谱、全基因组序列图与转录组研究四个部分介绍了牛基因组学研究进展.最新的牛遗传连锁图谱由4 585个标记组成,平均图距精确到1.2 cM,是研究牛数量性状位点、定位克隆生产性状相关基因进行分子辅助育种的蓝图.基于限制性酶切指纹图与末端测序技术对294 651个BAC克隆分析拼接成的物理图谱,覆盖约15.8倍基因组,为牛全基因组测序和组装提供了框架.融合了全基因组鸟枪法和逐步克隆法绘制的牛基因组草图,包含了26 052 388个可用测序读长,覆盖约7.0倍基因组,拼接成2.87 Gb的基因组序列.牛各个组织器官的cDNA文库构建和EST测序以及基因芯片方面的基因转录和表达的研究,将阐释更多的泌乳、繁殖、产肉和疾病抵御力等重要性状相关功能基因,从而将更多的基因应用到牛的分子辅助育种上.     

科技

<正>羊草全基因组测序计划全面启动近日,由中国农业科学院草原研究所牵头,联合深圳农业基因组研究所等单位共同合作的羊草全基因组测序计划已全面启动。该计划将填补草原植物基因组研究的空白,为世界牧草基因组、生态基因组及复杂基因组等研究提供全新的起点和平台。据该项测序计划的主要推动者之一、草原研究所侯向阳所长介绍,羊草的基因组来源、系统发育关系与地位、物种起源至今缺乏有力证据;与草原退化相关的羊草     

我国鸟类基因组研究启动

我国科学家继启动水稻基因组、家猪基因组的研究项目之后,昨天宣布将启动鸟类基因组研究计划.     

世界首个驴基因组测序项目启动

正"驴基因研究项目具有重要的科学意义和经济意义。"近日,在北京召开的世界首例驴基因组项目启动大会上,国际知名基因研究专家、中科院杨焕明院士如是说。驴基因测序项目的启动意味着我国将在全球首个掌握驴基因资源,这是科学界继牛、鸡、猪、马基因组测序之后,对畜禽生命科学又一里程碑式的贡献。此次世界首个驴基因组项目启动会由东阿阿胶股份有限公司联合山东省农科院、华大基因三方共同启动。     

牛基因组拷贝数变异分析

拷贝数变异(CNV)是家畜遗传变异的一种重要的来源。为了鉴定牛基因组拷贝数变异,试验进行了全基因组筛查,以确定这些基因功能的数量、位置等。采用一个包含约385000探针的寡核苷酸阵列比较了普通公牛和瘤牛间的基因组杂交。试验共检测到51个CNV,约占整个牛基因组的0.5%。每种动物的平均CNV大小为213～335kb。单个动物中仅能检测到50%的CNV,其余CNV则需要鉴定多个个体才能获得,再进一步分析确定每个CNV区域的基因内容。结果表明一个基因中包含82%CNV,且大部分CNV与牛基因组表型变异有一定相关性。虽然个别CNV的影响仍有待进一步研究,但本试验结果表明CNV在牛基因组表型变异中起着重要的作用。     

应用牛EST数据和人类基因组序列定位100个牛基因特异性标记

评价了应用牛 EST数据和人基因组序列来完善牛的全基因组或特异染色体连锁图谱的方法。根据牛的 EST序列设计引物来扩增牛的相应基因 ,而根据人基因组序列来设计引物扩增侧翼内含子 ,以此来增加片段长度而利于测序。以此方式得到序列标签 (STS) ,然后在 MARC(美国家禽研究中心 )的 4公畜的参考家系中检测 SNP(单核苷酸多态 ) ,根据 SNP多态来定位相应的基因。通过此方法及 SNP质谱基因分型系统 ,我们在牛的遗传图谱上定位了 10 0个EST,其中 70个是从牛 EST-人基因组比较图中随机挑选的。另外 30个位于牛 19号染色体上 ,将牛 19号染色体同源序列 (BTA19)作图到相应的人类 17号染色体 (HSA17) ,表明基因间距离和次序均有明显差异。共有 80 %的成功扩增子发现 SNP,表明这是一个有效的、基于 EST的遗传标记方法。我们证明了基于 SNP和 EST构建连锁图谱的可行性 ,及利用 EST、比较作图信息、人类序列数据来挖掘牛基因组中的 SNP的合理性。     

犬基因组研究概况

美国科学家在2005年12月8日出版的《自然》杂志上公布了一头1岁拳师犬的完全基因组图谱,该图谱将有助于理解一些特定基因的演化,并将促进对人类和犬类共患疾病的研究。这次由政府资助、美国国家人类基因组研究所领导的“犬基因组计划”是于2003年6月正式启动的。研究小组用了一     

牛基因组学新进展

牛遗传学最新研究主要是对具有经济价值的质量性状和数量性状的表型不同来研究生物学性状的变异。以DNA为基础工具来指导常规选择育种,以期望得到更大的遗传效应以及扩大利益幅度。自从二十多年前提出这个理论以来,一直还没有得到实现。然而,即将在2005年公布的高质量的基因组草图序列,标志着这些工作的转折点。以下我们将讨论的是牛遗传学研究机构怎样充分利用基因组序列资源以及怎么样将基因组序列信息很好的实行标记辅助选择,而且还能满足消费者所日益关注的动物健康和食品安全性问题。     

蜜蜂基因组：一个社会的秘密

蜜蜂最近成为了第三种加入基因组测序俱乐部的昆虫。这让科学家得以一窥蜜蜂社会令人惊叹的秘密,并有助于揭开蜜蜂的身世之谜。自从人类基因组工程进入收尾阶段,随着测序技术的进步,越来越多的生物加入了基因组测序俱乐部。从病毒到杨树再到小鼠和黑猩猩,越来越多的基因组序列为科学家提供了珍贵的信息,这也让关于基因组测序的新闻变得不那么引人注目了。如果说人类基因组计划启动之初曾经被比作生物学的登月计划,那么今天一种生物基因组测序的完成可能不过是一次普通的太空旅行。但是,上个月科学家公布的一种生物的基因组序列似乎有着不同…     

秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度（Hd±SD）为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度（π±SD）为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。     

结核分枝杆菌与牛分枝杆菌全基因组比较分析

本研究旨在揭示结核分枝杆菌与牛分枝杆菌全基因组的遗传差异,为结核分枝杆菌与牛分枝杆菌的鉴别诊断提供新的分子标志。利用结核分枝杆菌H37Rv和牛分枝杆菌AF2122/97的全基因组测序结果,通过在线比对,完成了两者的全基因组比对分析。结果显示AF2122/97相对H37Rv存在14处大片段缺失,大小范围为0.8～12.7kb,其中RD18、RD19及RD20等3处缺失为首次报道。此外,AF2122/97还存在6处基因内部小片段的缺失,大小范围为12～714bp,其中Mb1319及Mb3293c基因内部缺失为首次报道。H37Rv相对AF2122/97存在6处大片段缺失,大小范围为1.3～5.4kb。此外,H37Rv还存在5处基因内部小片段的缺失,大小范围为10～48bp,这些基因的内部缺失都为首次报道。通过结核分枝杆菌H37Rv和牛分枝杆菌AF2122/97的全基因组序列比对,揭示了这2种菌株间的遗传差异,阐述影响表型特征、寄主偏好性及毒力差异的关键性遗传基础。这些新的认识将有助于开发新的药物、诊断试剂和疫苗。     

家兔分子遗传研究进展

1　家兔核基因组研究进展随着分子生物学技术的快速发展 ,家畜基因组分析已逐渐成为广大动物遗传育种学家研究的前沿 ,其目的是将各物种的全部遗传物质尽可能详细地描述 ,并制成遗传连锁图谱 ,标明各基因位点和标记位点在染色体上的相对位置、排列顺序 ,为确定这些遗传位点间如何相互作用提供遗传基础。相对来说 ,对猪、牛、绵羊、鸡等畜禽的基因组研究较多。到 1 998年 6月 30日 ,英国罗斯林研究所基因组数据库中牛的基因位点数为 2 338个 ,微卫星标记为 1 2 85个 ;绵羊的基因位点数为 1 2 1 6个 ,微卫星标记为 584个 ;猪的基因位点数为 1 …     

郏县红牛全基因组测序分析及关键基因SNP分子标记在育种的应用研究

为了更好地扩展对郏县红牛基因组变异的研究,开发更多有效的分子标记,达到促进郏县红牛的进一步选育改良的目标。本研究对30头郏县红牛进行了全基因组重测序,分析了郏县红牛的基因组变异情况,并结合查阅文献筛选影响重要经济性状的遗传变异,检测这些变异在郏县红牛群体中的分布情况。并同时通过实验在3头郏县红牛中加以验证,为郏县红牛的保种与淘汰提供一定的理论依据。     

甘孜藏牛mtDNA 基因组遗传多样性分析

［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。     

温岭高峰牛线粒体DNA全基因组遗传多样性分析

[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。     

牛基因组测序工作历时6年完成

近日，在美国农业研究局和贝勒医学院的领导下，来自25个国家的30多位科学家以海福特牛为样品牛，历经6年，完成了基因组测序工作。这一成果将有助于生产质量更好的牛肉和牛奶。     

华南地区牛结节性皮肤病病毒全基因组测序及分析

为了对2020年我国华南地区牛结节性皮肤病(lumpy skin disease, LSD)疫情进行溯源调查，本研究采用商品化检测试剂盒和透射电镜对2份华南地区疑似感染的牛皮肤结节组织样本进行鉴定，利用高通量测序技术进行病毒全基因组测序，并对其进行序列比对、遗传进化和病毒重组分析。qPCR检测结果显示2份样本均为牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus, LSDV)阳性，电镜观察到典型LSDV病毒粒子形态，将其命名为China/GD02/2020株和China/GX01/2020株，获得全基因组序列上传GenBank获得登录号分别为OM803091和OM803092。对病毒全基因组序列比对及遗传进化分析显示GD02和GX01株的核苷酸相似性达到99.99%,并与2020年中国台湾、中国香港和越南的LSDV分离株处于进化树的同一小分支，且均归属为重组病毒。病毒重组分析表明2株病毒的主要亲本为南非疫苗株(Neethling vaccine LW 1959),次要亲本为摩洛哥从牛分离的田间株(LSD/KSGP 0240/Morocco/2017)和南非野毒株(Ne...     

科学家公布234头牛的完整DNA序列

正在线发表于《自然-遗传学》上的一项研究公布了234头牛的完整DNA序列。作为一项旨在改善牛类健康的大型工程的一部分,该项研究成果也将帮助乳制品和牛肉产业的发展。Ben Hayes等人对232头公牛和2头奶牛进行了基因组测序,这些牛包括荷兰种、德国种和泽西种。所选的动物均为来自这3个种类的"关键祖先",意味着接下来的研究可以涵盖每个品种中存在的绝大部分遗传变异。研究人员利用DNA测序结果确定了那些与骨骼畸形、产奶、卷毛和胚胎死亡有关的基因--其中胚胎死亡是牛繁殖力下降的主要原因。这项     

畜禽基因组选择方法研究进展

畜禽的选种选育在生产中至关重要,育种值估计是选种选育的核心。基因组选择（genomic selection,GS）是利用全基因组范围内的高密度标记估计个体基因组育种值的一种新型分子育种方法,目前已在牛、猪、鸡等畜禽育种中得到应用并取得了良好的效果。该方法可实现畜禽育种早期选择,降低测定费用,缩短世代间隔,提高育种值估计准确性,加快遗传进展。基因组选择主要是通过参考群体中每个个体的表型性状信息和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）基因型估计出每个SNP的效应值,然后测定候选群体中每个个体的SNP基因型,计算候选个体的基因组育种值,根据基因组育种值的高低对候选群体进行合理的选择。随着基因分型技术快速发展和检测成本不断降低,以及基因组选择方法不断优化,基因组选择已成为畜禽选种选育的重要手段。作者对一些常用的基因组选择方法进行了综述,比较了不同方法之间的差异,分析了基因组选择存在的问题与挑战,并展望了其在畜禽育种中的应用前景。