金鱼线粒体DNACytb基因序列分析及与鲫鱼亲缘关系探讨

通过对金鱼（Carassius auratus var．）的5个代表品种草金（grass goldfish）、红龙睛（red dragoneye goldfish）、鹤顶红（red-head wen goldfish）、水泡（blisters-eye goldfish）、黑寿（white-head oval goldfish）线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行测定,结果发现金鱼Cyt b基因全序列1 141 bp,其中T、C、A、G 4种碱基含量分别为29.1%,27.8%,28.4%,14.5%,A+T的含量（57.8%）高于C+G的含量（42.2%）。草金、红龙睛、鹤顶红、水泡、黑寿Cyt b基因全序列一样。结果表明,细胞色素b基因在金鱼种内是相当保守的,草金、红龙睛、鹤顶红、水泡、黑寿起源于同一祖先。将鲫鱼和金鱼线粒体Cyt b基因序列比较分析,同源性达97.9%,应该还在同一种的水平上。     

盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析

通过测定盘丽鱼属鱼类绿盘丽鱼(S.aequifasciataaequifasciata)、褐盘丽鱼(S.aequifasciataaxelrodi)和盘丽鱼(S.discus)线粒体DNA细胞色素b(mtDNAcytb)基因全序列,结合对GenBank中蓝盘丽鱼(S.aequifasciataharaldi)该序列的比较分析,共检测到23个变异位点,占全序列的2.02%,其中22个为转换,1个为颠换,碱基替换多发生在密码子的第三位点。盘丽鱼与其它3种盘丽鱼属鱼类的遗传距离在0.005～0.01之间,而绿盘丽鱼、褐盘丽鱼和蓝盘丽鱼彼此间的遗传距离在0.012～0.014之间,由此推测盘丽鱼似还没有分化到种的水平;本文还在绿盘丽鱼、褐盘丽鱼、蓝盘丽鱼和盘丽鱼4种盘丽鱼属鱼类的cytb基因比较分析的基础上构建了系统进化树。     

荔波樟江野生斑鳜线粒体Cyt b基因序列多态性分析

为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状，科学保护和开发野生斑鳜种质资源，以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记，对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示，共获得75条长度为1141 bp的Cyt b基因同源序列，其碱基A、T、G和C的平均含量分别为24.4%、27.2%、15.5%和32.9%,A+T的含量(51.6%)略高于G+C(48.4%)的含量。共检测到17个变异位点，其中8个为简约信息位点，9个为单一信息位点。共定义15个单倍型，单倍型之间的平均遗传距离为0.003,邻接法构建的分子系统发育树显示，所有的单倍型均聚成一支；单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.613±0.064和0.00172±0.00021,平均核苷酸差异数为1.968。中性检验Tajima′s D值为-1.37917,差异不显著(P>0.10)。荔波漳江流域的野生斑鳜群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性，遗传多样性低，无种群扩张史，且与长江中上流的支流陆水河和洞庭湖水系的斑鳜群体有较高的亲缘性。研究结果可为当地斑鳜种质资源的保护和...     

南海短尾大眼鲷线粒体Cyt b 基因序列及种群判别分析

对采集于中国南海北部近岸和南沙西南部陆架海域7个采样点共246尾短尾大眼鲷(Priacanthus macracanthus)样品进行了线粒体细胞色素b基因(cytochrome b,cyt b)序列的扩增与分析,获得了长度为684 bp的同源序列。碱基A、T、C、G含量分别为22.7%、28.4%、33.4%、15.5%,共检测到多态位点92个,定义了90个单倍型。其遗传多样性表现出高单倍型多样性(0.8130~0.9012)和低核苷酸多样性(0.0040~0.0053)的特点。两两群体间的Fst分析显示,大部分群体间的Fst值均小于0.05,且差异不显著(P0.05),样本总体分化指数仅为0.012,群体间分化程度很低。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间的遗传变异仅占总遗传变异的1.25%,98.75%的遗传变异源于群体内,群体之间有较高的遗传同质性。基于邻接法构建的系统发育树和基于中间连接法构建的单倍型网络图均显示,南海短尾大眼鲷不存在与地理群体对应的支系,遗传分化不显著。中性检测和不对称分布分析发现,南海短尾大眼鲷群体在更新世晚期发生过种群扩张。结果表明南海短尾大眼鲷群体间的遗传交流较频繁,可以认为是一个大的种群。     

基于线粒体Cyt b基因序列的棘头梅童鱼种群遗传结构

选取线粒体细胞色素b (cytochrome b,Cyt b)基因序列作为分子标记,分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构.2019年9-11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾,共检测到174个单倍型.通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现,棘头梅童鱼可分为北方...     

基于Cyt b基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况，采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记，对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示，鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点，定义24种单倍型，平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高，分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低，分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数F_st值为0.019 97;两两群体间F_st值统计表明，长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示，单倍型划分为2个谱系，但没有形成明显的地理聚群。歧点...     

基于线粒体 Cyt b 基因序列的洞庭湖河蚬遗传多样性分析

研究洞庭湖不同地理群体河蚬的遗传多样性和遗传结构,为其资源合理开发和有效保护提供参考。在6个样点共采集河蚬126只,以线粒体细胞色素b基因部分序列为分子标记,分析扩增与测序后基因序列的单倍型及多样性、核苷酸多样性,计算群体间遗传分化指数等。获得长531bp的序列片段,共检出5种单倍型,变异位点10个;平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.559和0.006。6个河蚬群体间的遗传距离为0.006~0.007;遗传分化指数和AMOVA分析显示,河蚬群体间遗传分化低,遗传变异主要来自群体个体内。最大似然法构建的系统进化树中,单倍型DTH1和DTH5聚为一支,DTH2、DTH3、DTH4聚为另一支。中性检验结果显示洞庭湖河蚬群体相对稳定,没有经历过瓶颈效应和突然的群体萎缩等历史事件。洞庭湖6个河蚬群体间不存在显著的遗传差异,可将其作为一个整体进行管理和保护。     

基于线粒体Cyt b基因序列的绿鳍马面鲀6个野生群体的遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。     

齐口裂腹鱼基于Cyt b基因序列多态性研究

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法获得了齐口裂腹鱼玛柯河和大渡河2个种群25个个体线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因的全序列(1140 bp),分析了种群遗传多样性和遗传结构.25个序列经比对后,发现12个(1.05%)多态性位点,共定义了8个单倍型,其中有一个单倍型(hp2)为2个种群所共享.遗传多样性分析结果表明,齐口裂腹鱼玛柯河种群的单倍型多样度(h =0.5606±0.1540)和核苷酸多样度(π =0.0007±0.0005)均明显偏低,这可能与近年来自然环境的恶化及人为活动的影响有关.系统发育分析和AMOVA分析结果综合表明,齐口裂腹鱼玛柯河种群与大渡河种群的基因交流受到一定程度的限制,自然种群出现明显的分化现象.     

湖州河川沙塘鳢群体线粒体DNA cyt b基因序列的遗传多样性分析

河川沙塘鳢具有肉鲜味美，细嫩可口的特点，营养价值与经济价值颇高，是一种极具发展潜力的水产养殖品种，对野生和人工繁育河川沙塘鳢的遗传结构进行检测分析，可为选育和种质保护提供参考资料。本文对湖州河川沙塘鳢(钟管野生群体及八里店养殖群体)的线粒体细胞色素b(cyt b)基因全长进行扩增和测序，并应用生物信息学软件与Gen Bank中太湖、鄱阳湖和巢湖3个群体的数据进行比较。河川沙塘鳢cyt b基因全长1141 bp,4种碱基在所得序列中平均含量为A(26.8%)、G(13.8%)、T(28.0%)、C(31.4%)，序列分析显示，cyt b基因序列中变异位点378个，占分析位点的44.26%，含有241个简约信息位点，平均转颠换比值(TS/TV)为0.76。在5个群体138个个体中共检测到75个单倍型，平均单倍型多样性为0.869～1.000，核苷酸多样性为0.01431～0.03848。各群体间遗传距离差异较大(0.01493～0.05868)，其中八里店与钟管群体的遗传距离最小(0.01493)，而鄱阳湖与巢湖群体的遗传距离最大(0.05868)，与构建的聚类图分析结果一致。群体中性检验...     

缩骨鲫MSTN基因的克隆与组织表达分析

采用同源克隆、生物信息学方法及荧光定量PCR(Real-time PCR)对缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因进行克隆,分析和组织表达状况研究。结果显示:缩骨鲫基因组MSTN基因全长4 737 bp,含有两个内含子和三个外显子;编码区长度为1 128 bp,编码375个氨基酸,包括信号肽(1aa~23aa),TGF-β前肽保守区域(34aa~256aa),TGF-β功能区(281aa~375aa),保守的RXXR蛋白酶酶切位点以及C-端活性区域9个保守的半胱氨酸残基,这与其他物种MSTN相似。此外,缩骨鲫与鲫鱼(Carassius auratus)的MSTN氨基酸序列同源性最高,达到96.1%。以β-actin为内参基因,荧光定量PCR分析表明,MSTN在肌肉中表达量最高;脑、眼、心脏中次之;在肝胰脏、卵巢、肠和肾脏中微量表达。     

滁州鲫(Carassius auratus)线粒体全基因组序列分析及系统进化

为探讨天然三倍体滁州鲫的系统进化地位,采用直接测序法获得滁州鲫线粒体基因组。其序列全长为16581 bp,碱基组成为31.6% A、26.2% T、16.1% G和26.1% C,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致。除tRNA-Ser (AGY)外,其他21个tRNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;COⅡ、ND3、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其他9个基因均具有完整的终止密码子TAA或TAG。序列分析表明,滁州鲫与其他鲫属鱼类(方正银鲫A系和D系、鲫、淇河鲫、萍乡肉红鲫、黑鲫、日本白鲫和日本银鲫)在线粒体基因组上均具有较高的序列同源性(>94%)。以鲤(Cyprinus carpio haematopterus)为外类群,基于线粒体13个蛋白质基因的核苷酸与氨基酸序列构建上述鲫属鱼类的系统进化树,结果显示,滁州鲫与方正银鲫亲缘关系最近,与黑鲫最远。综合以上研究结果,认为滁州鲫应为银鲫亚种的一个地方种群。     

洞庭青鲫等5个鲫品系线粒体ATPase基因序列的比较分析

运用PCR扩增、克隆、测序等技术对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、彭泽鲫(C.auratus var.Pengze)、普通鲫(C.auratus)、红鲫(C.auratus var.red)、日本白鲫(C.auratus cuvieri)等5个鲫品系线粒体DNA ATP...     

洞庭青鲫的染色体核型分析及品种鉴定

对洞庭青鲫(Carassius auratusvar.Dongtingking)肾细胞染色体的核型进行了分析,并对此鱼种进行了品种鉴定。核型分析表明,洞庭青鲫的肾细胞染色体组是由100条染色体组成,染色体组型按着丝粒位置可分为四组,分别是中部着丝粒染色体、亚中部着丝粒染色体、亚端部着丝粒染色体、端部着丝粒染色体。其中中部着丝粒染色体15对,亚中部着丝粒染色体10对,亚端部着丝粒染色体13对,端部着丝粒染色体12对,每对染色体均由二条同源染色体组成。洞庭青鲫肌肉细胞的DNA相对含量(55.75±1.59)(17尾)与二倍体红鲫(Carassiusauratusvar.Red)肌肉细胞DNA相对含量(55.68±1.64)(15尾)基本相等。结果说明,洞庭青鲫是一种二倍体鲫鱼,其染色体数目为2n=100,核型公式为2n=30m+20sm+26st+24t,NF=150。     

彭泽鲫Pcc-hira基因克隆、序列分析及时序表达（英文）

对雌核发育彭泽鲫(Carassius auratus var.Pengze,Pengze crucian carp,Pcc)中的Pcc-hira进行了克隆,序列分析,并对雌鱼9种组织和11个发育阶段中的表达进行了研究。结果显示,Pcc-hira CDS全长3028 bp,编码1009个氨基酸残基,具有7个典型WD40结构域,Pcc-HIRA与鲫HIRA具有99%的同源性,跟其他鲫属鱼具有较高的亲缘关系。Pcc-hira分别在孵化后36和44 d达到最高值和最低值,且在雌鱼脑中的含量极显著高于其他8种组织。     

彭泽鲫雌核发育的细胞学研究

通过对彭泽鲫(♀)×彭泽鲫(♂)的受精细胞学观察,彭泽鲫卵子受精后,具有与两性生殖鱼类相同的精子入卵过程和排出极体,但精子入卵后精核始终不解凝,也不与雌性原核融合。对精母细胞成熟分裂中期染色体观察表明,彭泽鲫精母细胞在进行成熟分裂时未发生同源染色体配对,全部为单价体形式,其精子形成过程中第一次成熟分裂异常;对精子与体细胞DNA含量进行比较,体细胞DNA含量与精子DNA含量比为2.218:1,精子DNA含量发生了减半。以上实验结果说明彭泽鲫为雌核发育鱼类。同时,作者对卵核染色体倍性保持稳定的方式及精卵不同的形成机制进行了初步的分析。     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及系统发育进化序列分析

鱼类血清转铁蛋白是鱼类血清中一种非血红素结合铁的β—球蛋白。从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合及转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA,最后在计算机上排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2444bp。比较了14种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,其同源性在30％～80％之间,结果显示鲤科鱼类(鲫、银鲫、鲤及斑马鱼等)具有很近的亲缘关系;同时进行了系统发育进化分析,证实了鱼类血清转铁蛋白进化的保守性和氨基酸序列的高度同源性。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术,对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段,序列碱基组成平均是T为29．1％,C为32．3％,A为23．2％,G为14．0％,A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G,平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中,亮氨酸（Leu）所占的比例最高,为16．03％。     

淇河鲫IL-8原核表达系统的构建及多克隆抗体的制备与鉴定

为揭示淇河鲫(Carassius auratus var.Qihe)白细胞介素-8(interleukin-8,IL-8)的功能,本研究构建了原核表达系统,并制备了兔抗鲫IL-8多克隆抗体。首先采用RT-PCR法扩增淇河鲫IL-8基因编码序列中不含信号肽的基因片段,克隆到pET-32a(+)载体后转化入Rosetta菌株构建原核表达系统。经IPTG诱导表达出相对分子质量约27.8 kD的目标融合蛋白。将纯化的融合蛋白免疫家兔制备多克隆抗体,效价达1︰10~5。经免疫亲和层析纯化的抗体能特异性识别重组和天然的淇河鲫IL-8蛋白。比较不同组织的免疫组化和荧光定量PCR结果,IL-8蛋白量和mRNA的表达量在不同组织间变化趋势一致,在肌肉、脾和头肾均检测到较高的表达量,肠道的表达量较低。本研究为进一步探讨淇河鲫IL-8的生物学功能奠定了基础。