水产专家称基因技术育种时日尚远

日前,中山大学和深圳华大基因在广州宣布石斑鱼全基因组序列图谱绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个石斑鱼类基因组序列图谱。     

石斑鱼:基因组序列绘制完成

近日,中山大学和华大基因在中山大学联合召开新闻发布会,项目负责人林浩然院士宣布"石斑鱼基因组序列图谱"绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目、石斑鱼类基因组序列图谱。     

我国完成首个鱼类全基因组序列测定

黄海水产研究所和深圳华大基因研究院于2009年12月联合启动了半滑舌鳎全基因组测序和基因图谱绘制研究项目。近日,这两个科研机构联合宣布,半滑舌鳎全基因组序列测定完成,这是我国完成的首个鱼类基因组测序项目,也是世界上首个鲽形目鱼类基因组序列图谱。     

科技信息

<正>我国完成首个鱼类基因组测序项目7月31日,中国水产科学研究院黄海水产研究所和深圳华大基因研究院联合在京举行"半滑舌鳎全基因组测序和基因组序列图谱绘制"新闻发布会。在科技部、农业部和国家自然科学基金委员会等部门的项目支持下,黄海水产研究所和深圳华大基因研究院联合完成了半滑舌鳎全基因组测序和组装,绘制了半滑舌鳎全基因组序列图谱。这是我国完成的第一个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,使半滑舌鳎成为世界上第一个测定了全基因组序列的鲽形目鱼类。     

5种石斑鱼全基因组微卫星筛选与特征分析

为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)和鞍带石斑鱼(E. lanceolatus)全基因组中微卫星的分布特征,本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选,分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示,在5种石斑鱼全基因组中,均筛选出超过28万个微卫星位点,相对丰度介于271~296个/Mb之间,平均长度在22 bp左右,微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%~0.67%,其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致,二碱基重复最多,其次为单碱基,且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN和AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大,但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致,即随着拷贝数增加,微卫星数目随之递减,拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中,各个重复类型中均有拷贝数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别拷贝502、803和48次,云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别拷贝205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致,鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复拷贝位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考,并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。     

我国科学家成功绘利出鲤鱼全基因组序列图谱

5月6日,“鲤鱼基因组计划”学术报告会暨新闻发布会在北京举行。会上宣布,由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所和中国科学院北京基因组研究所共同实施的“鲤鱼基因组计划”成功完成了鲤鱼全基因组测序,并绘制了鲤鱼基因组框架图谱、     

养殖鱼类功能基因组进步显著

正完成了鲤鱼全基因组序列精细图谱绘制,组装基因组约16.9亿碱基,注释了52 610个功能基因,是国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱;采集全球代表性鲤鱼品系和野生种群样本开展全基因组重测序研究,绘制了全球鲤鱼单碱基分辨率的全基因组遗传变     

一株河鲈源致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株的全基因组测序及比较基因组分析

致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌,其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于Illumina PE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序,对测序数据进行组装和组分分析,进行基因预测与功能注释,预测次级代谢产物合成基因簇,并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示,CHL02基因组大小为36.17 Mb,GC含量为53.09%;预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个tRNA;共注释7724个基因,其中,1985个基因获得KOG注释,GO聚类分析中,2687个基因参与代谢过程,预测到22个次级代谢产物合成基因簇,1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示,CHL02菌株与参考菌株昆虫源粗糙虫草菌(C. confragosa) RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C. confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基本特征,与参考菌株进行比较基因组分析,为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定理论基础。     

中国科学家成功绘制大黄鱼全基因图谱

肉质细嫩、味道鲜美的大黄鱼深受消费者喜爱。然而,近年来大黄鱼养殖产业的蓬勃发展却带来种质退化、性早熟严重等问题。浙江海洋学院、复旦大学、上海交通大学等院所科学家对大黄鱼全基因组测序、组装和序列图谱的成功绘制,这些困扰着大黄鱼产业发展的问题有望从根本上得到解决。     

黄海水产研究所等单位完成鞍带石斑鱼基因图谱绘制

<正>日前,在山东省农业良种工程等项目支持下,中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林研究员团队、中山大学林浩然院士团队和美国密歇根州立大学李伟明教授团队等联合完成了鞍带石斑鱼(龙胆石斑)的全基因组测序和基因组图谱绘制,并解析了其先天性免疫和快速生长的基因组学机制。研究成果在国际重要学术刊物《分子生态资源》(Molecular Ecology Resources)上在线发表。石斑鱼是我国重要的海水养殖经济鱼类。鞍带石斑鱼俗名龙胆石     

草鱼全基因组微卫星特征分析与亲子鉴定

为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台,实验利用已发布的草鱼全基因组序列,开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记.结果显示,在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677363个,总长度12 835 407 bp,占全基因组长度的1.4254％,平均跨度为1...     

黑龙江民猪首部全基因组序列图谱绘制完成

<正>据最新报道,在省农科院和中国农业大学的科研团队共同努力下,黑龙江省独有的地方猪品种,民猪的首部全基因组序列图谱绘制最近完成,这是我国民猪全基因组测序和序列图谱绘制工作的一个重大突破。据国家生猪产业技术体系岗位科学家、农业部地方猪资源研究与开发利用团队带     

贝莱斯芽孢杆菌LG37全基因组测序分析及无机氮代谢相关候选基因的筛选

前期研究发现贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis) LG37可高效同化无机氮,但其机理尚不清楚。为解读其高效同化无机氮的机理,结合三代PacBio RS II和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对贝莱斯芽孢杆菌LG37进行全基因组测序,在此基础上利用NR、KEGG、eggNOG、GO和CARD数据库进行序列注释、分析,并通过本地Blast+对无机氮代谢相关基因进行挖掘。测序结果表明：1)贝莱斯芽孢杆菌LG37的基因组为3 929 697 bp的环状染色体,GC含量为46.5%,包含3 854个蛋白质编码基因、86个tRNA基因和27个rRNA基因。2)共筛选出无机氮代谢相关候选基因94个,主要涉及编码感应蛋白、转录调控因子、转运蛋白、氧化还原酶和同化酶等,并对这些基因的GO功能进行了注释分析。综上,LG37全基因组测序及无机氮代谢相关基因的分析为芽孢杆菌降低养殖水体中无机氮的研究提供了基因水平数据,为芽孢杆菌微生态制剂降低水体中无机氮的应用研究提供了理论依据。     

绒杜父鱼全基因组survey分析及微卫星分布特征

绒杜父鱼(Hemitripterus villosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类, 近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息, 开发基因组范围内遗传标记, 以期为资源管理和保护工作提供参考, 本研究对绒杜父鱼开展全基因组 survey 分析, k-mer 分析表明绒杜父鱼基因组大小约为 713.18 Mb, 杂合率为 0.26%, 重复序列的比例为 38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50 和 Scaffold N50 分别为 7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内, 总共检测到 583498 个微卫星位点, 相对丰度为 1010 个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%), 单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是 AC/GT 和 AGG/CCT 类型, 微卫星重复拷贝数主要集中在 5~17 次。研究结果表明, 绒杜父鱼基因组为简单基因组, 可以用“Illumina+PacBio+Hi?C”的测序策略组装出高质量全基因组序列, 而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。     

我国首次披露海带等全基因组测序成果

2013年11月，我国科学家在青岛首次披露了海带、栉孔扇贝和南美白对虾全基因组测序的部分成果。在此间举行的国际基因组学大会上，中国海洋大学博士池姗介绍了海带全基因组测序的部分成果：经过对海带基因组研究，预测海带基因组包含3．5725万个基因，海带的基因比其他真核藻类基因大很多。     

斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学

嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。     

斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学

嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌 XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。     

深圳华大基因研究院等单位联合破译首个比目鱼基因组

<正>记者2014年2月从深圳华大基因研究院获悉,来自中国水产科学研究院黄海水产研究所、深圳华大基因研究院、哥本哈根大学、德国维尔茨堡大学、法国农业科学研究院和新加坡国立大学等单位的科研人员成功破译了迄今为止首个比目鱼——半滑舌鳎(俗称"龙脷")全基因组序列图谱。有趣的是,研究人员发现,通过温度诱导,半滑舌鳎     

科技

我国首次披露海带等全基因组测序成果 近日,在青岛举行的国际基因组学大会上．我国科学家首次披露了海带、栉孔扇贝和南美白对虾全基因组测序的部分成果。经过对海带基因组研究,预测海带基凼组包含3．5725万个基因,海带的基因比其他真核藻类基因大很多。     

一株虹鳟源嗜冷黄杆菌CH06的基因组进化及毒力相关基因分析

为了深入揭示我国鱼类病原菌嗜冷黄杆菌的基因组进化及其致病机制,本实验对嗜冷黄杆菌毒力菌株CH06进行全基因组测序,比较基因组分析并挖掘其毒力相关基因.基因组测序结果显示,CH06的基因组大小为2836981 bp,GC含量为32.56％,注释出2437个编码基因.通过平均核苷酸一致性(ANI)分析结果显示,CH06与1...