二色补血草硫氧还蛋白过氧化物酶基因LbTPx的克隆及其表达

从二色补血草(Limonium bicolor)cDNA文库中分离出一个新的硫氧还蛋白过氧化物酶基因(LbTPx)全长cDNA序列.基因全长1016 bp,其中:5'非翻译区146 bp,3'非翻译区69 bp,开放读码框(ORF)801 bp,共编 码266个氨基酸;编码蛋白的分子质量为47.99× 10-24...     

肚倍蚜LAC-1基因cDNA的克隆及序列分析

利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)快速扩增cDNA末端(RACE)技术扩增得到肚倍蚜体内的1型漆酶基因(LAC-1).基因全长为2 327 bp包含1 773 bp的完整开放阅读框(ORF),5'和3'末端非翻译区域(UTR)分别为449 bp和105 bp.根据序列推导出该基因Eh 591个氨基酸残基构成,理论...     

猪圆环病毒2型ORF5编码非结构蛋白的表达

【目的】探讨猪圆环病毒2型(PCV-2)中ORF5所编码非结构蛋白(NS)的功能。【方法】根据Gen-Bank已发表PCV-2基因组序列设计特异引物,分别以HZ0201株(AY188355)、美国98-15237株病毒DNA为模板,采用PCR法扩增PCV-2ORF5基因,并构建了pGEX-4T-1-ORF5原核表达载体和pEGFP-C2-ORF5真核表达载体,对ORF5重组蛋白进行SDS-PAGE电泳、Western blot分析,用真核表达载体pEGFP-C2-ORF5转染PCV-2易感细胞PK-15。【结果】PCV-2ORF5基因长162bp,编码54个氨基酸;其所编码蛋白在E.coli中以包涵体形式存在,分子质量大小约为32ku。【结论】PCV-2ORF5编码重组蛋白在真核PK-15细胞中成功表达。     

1个白草花叶病毒分离物的全基因组序列分析(英文)

从我国北方地区呈现花叶症状的白草上分离得到1个白草花叶病毒分离物(AY642590,PenMV-B),测定了其RNA的核苷酸全序列。结果发现,该病毒分离物的RNA基因组全长共9 611个核苷酸,5′-末端和3′-末端的非翻译区序列分别为172和241个核苷酸,中间为9 198个核苷酸的开放读框,编码3 065个氨基酸,分子量约为349 575 Da;其多聚蛋白P3/6K1处的E/H蛋白切割位点序列与Potyvirus属其他病毒均不相同,为该病毒所仅有。预期的Potyvirus属病毒的一些重要的、功能性保守基序特征都存在于该病毒的基因组序列中。Potyvirus属病毒多聚蛋白氨基酸序列的系统进化树分析表明,PenMV-B和MDMV,SrMV,SCMV有较近的亲缘关系。根据ICTV最新的马铃薯Y病毒属分类标准,进一步确定该病毒具有Potyvirus属SCMV亚组新成员的分类地位。对SCMV亚组病毒和分离物基因组各区域的多重序列比较结果表明,PenMV在进化过程中有可能发生了基因的重组和变异。     

烟草丛顶病毒云南不同分离物全基因组序列测定与分析

【目的】探明烟草丛顶病毒(Tobacco bushy top virus,TBTV)云南不同分离物之间的遗传差异并完成系统进化分析。【方法】采用RT-PCR方法扩增获得云南不同地区10个TBTV分离物的全基因组序列。【结果】10个TBTV云南分离物的全基因组序列均为4 152 bp,基因组结构由4个开放阅读框(ORFs)构成,ORF2通过与ORF1发生-1位的移码(frameshift)表达融合蛋白,推测ORF1末端的GGAUUUU特征序列是确定ORF1与ORF2是否发生移码翻译的依据。各TBTV云南分离物全基因组序列的核苷酸序列同源性为84.9%~99.1%,其中来自德宏的分离物(TBTV-YDHo)变异最大。TBTV不同分离物间存在重组现象,且分离物之间亲缘关系与重组的发生有关,重组主要发生在变异较大的ORF1~ORF2区段。TBTV分离物的各区段中,ORF1和ORF1~ORF2变异最大,而ORF4和3'UTR较为保守。系统进化分析结果表明:TBTV作为幽影病毒属(Umbravirus)的成员之一,其与同属中的罂粟花叶病毒(Opium poppy mosaic virus,OPMV)亲缘关系最近,核苷酸序列同源性为61.1%~61.6%;与CMo V和CMo MV亲缘关系较远,同源性为54%~55.1%。除幽影病毒属外,TBTV与番茄丛矮病毒科(Tombusviridae)其他属的病毒核苷酸序列同源性为25.1%~49.8%;Tombusviridae中Umbravirus与香石竹环斑病毒属(Dianthovirus)的RNA2亲缘关系最远,与其他病毒属成员的亲缘关系都相对较近。【结论】TBTV云南各分离物之间存在一定的分子变异,有的存在重组现象;TBTV与OPMV亲缘关系最近。     

桑树2个钙调蛋白亚型基因cDNA克隆和序列分析

    为了揭示钙调蛋白在桑树抗逆性方面的作用,利用SMART技术(switching mechanism at 5'end of RNA transeript) 建丰驰桑幼苗cDNA文库,从中获得2个钙调蛋白cDNA序列,2条序列的读码框均为450 bp,均包括完整的3'端非翻译区;序列比对分析发现,2条序列ORF(open reading frame)同源性为86%,但氨基酸同源性却为98%,说明是2个钙调蛋白基因.命名为MCaM-1,MCaM-2.其中MCaM-1与拟南芥CaM7、胡萝卜CaM4的氨基酸同源性达100%.这表明钙调蛋白序列在植物中相当保守.     

一个新的枳NAC基因cDNA全长的克隆及其亚细胞定位分析

以拟南芥的NAC1 cDNA序列作为模板,对柑橘EST数据库进行同源检索筛选,利用生物信息学方法克隆了柑橘NAC1基因的cDNA序列。以枳(Poncirus trifoliata)花的cDNA为模板,根据以上cDNA序列设计特异性引物,利用5'RACE和3'RACE技术,分别获得了NAC1基因的5'和3'末端,序列拼接后获得枳的NAC1 cDNA全长,命名为Pt-NAC1。Pt-NAC1全长为1351 bp,含有1个1047 bp完整的开放读码框(ORF),5'末端起始密码子ATG起始于25 bp,3'末端非翻译区为280 bp。该cDNA推导编码348个氨基酸,与苹果、拟南芥、杨树中相应序列的同源性分别为64.8%、57.0%、61.3%。生物信息学分析结果表明:Pt-NAC1 cDNA序列中有miRNA164的识别位点,还有高度保守的NAC结构域。构建Pt-NAC1亚细胞定位载体35S-GW-GFP-FJ619349,用基因枪转化洋葱表皮细胞,亚细胞定位结果表明:Pt-NAC1均定位于细胞膜中。     

口蹄疫病毒基因组3'末端序列扩增及分析

【目的】扩增口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)O/Akesu/58 CE39A株基因组3'末端序列,并对其核苷酸序列进行分析,为FMDV反向遗传学研究奠定基础。【方法】采用普通PCR法和3'RACE法扩增FMDV基因组3'末端序列,利用分子生物学软件对该序列进行分析。【结果】扩增了口蹄疫病毒基因组3'末端序列,3'UTR长98 nt,Poly(A)长度不同(19、23、24、25、27、29、43)。3'UTR序列二级结构含有2个茎环结构,分别位于8 101～8 140和8 146～8 190 nt。O/Akesu/58 CE39A株3'UTR序列与参考毒株O/MAY/3/2014(GenBank登录号:KY322672)和O/IND26(54)/2014(GenBank登录号:KJ825807)的核苷酸序列同源性最高,均为89.8%。【结论】普通PCR法和3'RACE法均可扩增出3'末端序列。同一毒株的亚克隆,其Poly(A)长度与基因扩增时所用方法有关。不同毒株的Poly(A)长度不同,可能是毒株本身属性,也有可能是由扩增方法不同造成。Poly(A)要么扩增成功后其长度不同,要么扩增失败。失败的原因可能是3'末端结构复杂,难于扩增。     

猪圆环病毒Ⅱ型ZZ株ORF1基因的扩增测序与序列分析

合成一对猪Ⅱ型圆环病毒(PCV-2)ORF1基因特异性引物,对分离到的郑州分离株(ZZ株)猪圆环病毒PCV-2型的ORF1基因进行了扩增,经测序后,将所测序列与已公布的35株PCV-2ORF1序列进行同源性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示,所测毒株间的ORF1基因核苷酸同源性为97.3%～100%;进化树分析表明各分离毒株ORF1基因在进化上比较保守。同时对PCV-2OFR1部分功能进行分析,发现该基因蛋白具有良好的抗原性。     

三株猪2型圆环病毒甘肃分离株的全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪2型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对引物,采用PCR方法对来自甘肃不同猪场的3份病料中的PCV2进行基因的扩增、克隆和测序,得到全基因组长度为1 768 bp的PCV2Ww株(登录号DQ322701)以及全基因组长度为1 767 bp的PCV2 LZ株和TS株(登录号DQ363860和DQ355153).应用DNAstar软件序列分析可得,3个分离株全基因组与国内外参考毒株核苷酸序列同源性在94.8%~99.4%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.4%~99.4%;PCV2分离株与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69.0%~70.0%;ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为99.0%~99.4%和92.7%~98.7%.进化树分析表明,PCV2分离毒株在进化上存在地域上的相关性.     

核桃早实性相关SCAR标记(1-1500)基因末端序列的克隆

[目的]克隆SCAR标记的核桃早实性相关基因片段[1](AFLP早实分子标记转化成的SCAR标记)的末端序列,为验证其功能和早实核桃分子育种奠定基础.[方法]采用RACE技术对SCARE标记的核桃早实性相关基因片段设计特异性PCR引物,并扩增其末端序列.[结果]分别获得了长度为453 bp和463 bp的片段,通过与NCBI核酸数据库中已经发表的序列进行比对分析,发现该基因3'末端含有358个核苷酸非编码序列.其核酸序列与葡萄假定蛋白相应部位同源性为55.26;,与葡萄重叠群相应部位同源性为38.38;,与线虫枯粒Y38F2AR基因全序列相应部位相似性为40.86;,和野猪免疫球蛋白超家族成员相应部位的相似性为39.75;,具有poly(A)尾.5'末端含有248个核苷酸非编码序列,其核酸序列与葡萄重叠群基因组鸟枪全序列相应部位同源性为39.07;,与拟南芥基因组DNA 3号染色体相应部位的同源性为42.22;,与嗜热四膜虫假定蛋白基因序列相应部位相似性为44.53;,和斑马鱼DNA序列DKEY-120E17克隆2号连锁群全序列相应部位相似性为42.30;.[结论]试验采用的3'和5'末端快速扩增技术(3'RACE和5'RACE技术)能很好地扩增核桃早实性相关基因的末端序列.     

戊型肝炎病毒ORF3蛋白的原核表达和纯化

戊型肝炎病毒(HEV)是一种无包膜、单股正链RNA病毒,其基因组长约7.2kb,包含3个开放阅读框(ORF)。ORF3位于ORF1和ORF2之间,编码含有123个氨基酸的磷酸化蛋白。本文通过PCR扩增HEV ORF3基因,将扩增产物双酶切后,插入具有相同多克隆位点的pET28a(+)、pGEX-4T-1和pET-43.1a(+)载体中,构建pET28a-ORF3、pGEX-4T-1-ORF3和pET43a-ORF3原核表达载体。将重组质粒转入E.coli DH5α,菌液PCR筛选阳性结果。序列测定正确后,将其转化E.coli BL21(DE3),加入IPTG诱导表达。SDS-PAGE分析目的蛋白表达后,进一步利用亲和层析法纯化目的蛋白。结果表明,成功构建了原核表达载体pET28a-ORF3、pGEX-4T-1-ORF3和pET43a-ORF3,所构建的载体均可在宿主菌E.coli BL21(DE3)中表达ORF3蛋白。通过Ni-TNA和GSH-Sepharose层析纯化分别分析3种融合蛋白,发现pET43a-ORF3最适合获得纯化蛋白的ORF3蛋白,这为进一步研究该蛋白的生物学功能奠定了基础。     

猪圆环病毒2型Cap蛋白核定位信号区抗原表位的鉴定

【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的重要病原,其基因组ORF2编码的Cap蛋白为病毒的主要结构蛋白,起保护性抗原作用,对其进行抗原表位鉴定十分必要。【方法】本研究采用杆状病毒表达的重组Cap蛋白作为免疫原制备5株单克隆抗体,通过原核表达系统对ORF2基因进行了截短表达,先行对Cap蛋白抗原表位进行宽幅定位,然后利用合成多肽对Cap抗原表位做精确扫描定位。【结果】5株单抗中有4株针对同一抗原表位,坐落在Cap蛋白N末端核定位信号区,经多肽扫描证实,核心序列为26RPWLVHPRHRY36;另1株单抗(1D2)仅与重组Cap蛋白产生免疫活性反应,对4个分段截短表达的Cap蛋白无免疫活性反应,鉴于该单抗具有中和病毒活性,针对的可能是构象表位。【结论】本研究首次鉴定出位于Cap蛋白核定位信号区的一个抗原表位,为以后Cap蛋白功能及核定位机理的研究奠定基础。     

青鳉组织蛋白酶E基因全长cDNA克隆与功能预测

利用反转录聚合酶链式反应和cDNA末端快速扩增技术克隆青鳉(Oryzias latipes)肠道组织蛋白酶E(cathepsin E,CtpE)基因全长cDNA序列,并分析青鳉组织蛋白酶(OlCtpE)的功能。结果显示:OlCtpE基因cDNA(GenBank登录号:KP864679)全长1 301 bp,其中5'端非翻译区24 bp,3'端非翻译区56 bp,开放阅读框1 221 bp,编码406个氨基酸;OlCtpE蛋白N端含有一个由17个氨基酸组成的信号肽,属于分泌蛋白;同源比对显示,OlCtpE蛋白由2个以活性位点"DTGT"为催化中心的同源结构域组成,对称分布的2个保守的催化中心形成"催化二联体";三级结构分析显示,负责底物固定的"活性中心翼环"延伸到活性部位上,活性部位的发夹式裂隙可以为底物与酶的契合提供空间。     

IV型戊型肝炎病毒ORF3蛋白在人肝细胞中相互作用蛋白的筛选与鉴定

戊型肝炎病毒编码3个开放性阅读框:ORF1,ORF2和ORF3,其中ORF3蛋白的功能目前尚不明确。为了进一步了解其功能,研究构建了ORF3哺乳动物表达载体pcDNA3.1Flag-ORF3,利用免疫共沉淀和LC/MS的方法筛选并鉴定肝细胞中可以和ORF3蛋白相互作用的蛋白。结果显示,成功构建了Ⅳ型戊型肝炎ORF3的重组表达载体,并利用免疫印迹检测其可以在哺乳动物细胞中正常表达ORF3蛋白,在肝癌细胞株HepG2中筛选并鉴定到了7个可能和ORF3相互用的蛋白,并推测其中RPS18的可能性较大,进而推测HEV可能通过ORF3与核糖体直接相互作用,从而影响其所感染的细胞中蛋白的正常翻译过程。本研究为进一步认识戊型肝炎病毒ORF3的功能提供了线索,进而有利于揭示戊型肝炎病毒的致病机理。     

一株新城疫病毒分离株全基因组序列的克隆与分析

根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了10对引物,运用RT-PCR方法获取了三黄鸡新城疫病毒(SHJ00株)全基因组序列,并对其进行了比较分析。结果表明:此株三黄鸡新城疫病毒(SHJ00)的全基因组序列由15 192个碱基组成,在NP基因和P基因之间的非翻译区多了6个核苷酸ACACTC;与NDV一致,SHJ00基因由6个ORF组成,即3′-NP-P-M-F-HN-L-5′;测序后拼接的F基因长1 672 bp,包含完整的开放阅读框(1 662 bp),编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特性;根据NDV基因分型标准,三黄鸡新城疫病毒SHJ00株归属基因Ⅶ型新城疫病毒;F基因与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为80.9%~97.7%,其中与F48E9同源性为84.3%,与Lasota的同源性为82.0%;测序后拼接的HN基因长为1 716 bp,编码571个氨基酸,与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为80.0%~98.1%,其中与F48E9同源性为84.5%,与Lasota的同源性为81.4%。     

鸭病毒性肝炎病毒NA株全基因序列测定及分析

应用RT-PCR方法分段扩增DHV-NA株cDNA,并进行基因组全序列测定及同源性等分析。结果显示DHV-NA株基因组全长7 692 bp(不包括PolyA),5'和3'非编码区长度分别为626 bp和316 bp,有1个单一开放阅读框架(ORF,627~7 376 nt),编码2 249个氨基酸;与I型DHV(DHV-Ⅰ)参考株比较,其核苷酸和氨基酸同源性分别为94.3%~96.9%和97.8%~98.8%;与新型DHV(N-DHV)90D株比较,其核苷酸和氨基酸同源性分别为72.6%和82.3%。表明NA株与DHV-Ⅰ参考株遗传进化关系较密切,而与N-DHV遗传关系较远。     

国内新型鸭肝炎病毒基因组3'末端的序列特点

为揭示国内新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组3'末端的序列特点,用3'RACE和RT-PCR克隆DHV分离株C-GY株的基因组3'末端序列,并以GenBank中已知全序列的22株DHV作为参照,进行比较分析.结果表明,C_GY株基因组3'末端包含1 359 nt的3D、终止密码子TAA、366 nt的3'UTR和15 nt的poly(A).与其他DHV相同之处:C-GY的3D蛋白含453个氨基酸,亦包含小RNA病毒RNA聚合酶的5个特征基序.C-GY的3'UTR长度与台湾新型DHV相同,仅比韩国新型缺少1个C,但比DHV血清1型(DHV-1)长52 nt.分析3D和3'UTR核苷酸序列,可见C-GY与16株DHV-1之间同源性为75%～77%和66%～68%、与2株台湾新型DHV之间为80%和91%、与4株韩国新型之间为96%～97%和96%～97%,表明C-GY与韩国新型DHV具有相近的遗传关系,C-GY株与本实验中参考DHV属于小RNA病毒科的同一个未命名的新属,而且C-GY属于DHV的基因C型,也说明新型DHV与DHV-1的基因组3'末端存在较高的序列变异性.     

传染性法氏囊病病毒河南分离株（HN04）A片段cDNA的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术,以传染性法氏囊病毒河南分离株(HN04)基因组RNA为模板,扩增并克隆IBDV HN04株基因组A片段cDNA。测序结果表明:克隆的A片段全长3260个核苷酸,包括2个部分重叠的开放阅读框(ORFl和ORF2)及两端的非编码区。ORFl和ORF2分别编码含有1012个氨基酸的结构蛋白(VP2-4-3)及含有145个氨基酸的VP5。IBDV HN04株基因组A片段核苷酸序列与来自GenBank IBDV血清Ⅰ型毒株核苷酸序列的同源性高达94.9%～99.4%,血清Ⅱ型毒株核苷酸序列同源性为83.8%。对IBDV HN04株的A片段核苷酸及其推导氨基酸进行序列分析,结果显示HN04株与国内外IBDV数株弱毒株的同源性在99.0%以上。     

水貂肠炎病毒B株全基因克隆与序列分析

将水貂肠炎病毒基因组分4个重叠片段进行PCR扩增,并将产物克隆到pMD18-T载体中,测定基因组近全长序列。其中编码水貂肠炎病毒非结构蛋白基因(NS1基因)全长为2 007 bp,编码668个氨基酸;编码结构蛋白基因(VP2基因)全长为1 755 bp,编码584个氨基酸。序列分析结果表明:水貂肠炎病毒B株与犬细小病毒、猫泛白细胞减少症病毒NS1序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.8%～99.2%和98.8%～99.2%,与其他细小病毒毒株VP2序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.5%～99.8%和97.8%～99.5%,与MEVantigenic type 2株在亲缘上有着最密切关系。