利用小RNA测序技术鉴定吉林省甘薯病毒

在吉林省7个主要甘薯种植区共采集85份甘薯叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行检测,经RT-PCR和测序验证,鉴定出样品中存在10种病毒,包括6种RNA病毒和4种DNA病毒。分别是马铃薯Y病毒科马铃薯Y病毒属的甘薯羽状斑驳病毒Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV)、甘薯潜隐病毒Sweet potato latent virus (SPLV)、甘薯G病毒Sweet potato virus G (SPVG)、甘薯C病毒Sweet potato virus C (SPVC)、甘薯2号病毒Sweet potato virus 2 (SPV2);长线形病毒科毛形病毒属的甘薯褪绿矮化病毒Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV);双生病毒科菜豆金色花叶病毒属的甘薯曲叶病毒Sweet potato leaf curl virus(SPLCV);玉米线条病毒属的甘薯无症状1号病毒Sweet potato symptomless virus 1 (SPSMV1);花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属的甘薯杆状DNA病毒B Sweet potato badnavirus B (SPBV-B)和甘薯隐症病毒Sweet potato pakakuy virus (SPPV)。     

我国发现由甘薯褪绿矮化病毒和甘薯羽状斑驳病毒协生共侵染引起的甘薯病毒病害

甘薯病毒病害(Sweet potato virus disease,SPVD)是由毛形病毒属(Crinivirus)的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)和马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)协生共侵染甘薯引起的病毒病害[1].     

3种甘薯病毒多重RT-PCR检测方法的建立及应用

正病毒病是引起甘薯品质降低和减产的重要原因之一,现已报道30多种能侵染甘薯的病毒~([1,2])。山东省是甘薯种植大省,病毒种类近10种~([3,4])。甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFM V)、甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)是为害甘薯的主要病毒,在全国甘薯种植区广泛分布~([5,6])。甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)为Potyvirus的一个暂定种,多与同属的其他病毒混合侵染~([7])。多重PCR技术由Chamberian等~([8])1988年首次提出,可实现多基因的同时扩增,具有节省时间、提高效率的优点,已初     

多重RT-PCR同时检测6种马铃薯病毒及1种类病毒

病毒病是限制我国马铃薯生产的重要因子之一。本研究通过引物设计和体系优化建立了一套多重RT-PCR检测方法，可以在一个反应体系中同时检测6种马铃薯病毒和1种马铃薯类病毒以及1个马铃薯内参基因，包括马铃薯Y病毒(potato virus Y, PVY)、马铃薯M病毒(potato virus M, PVM)、马铃薯S病毒(potato virus S, PVS)、马铃薯X病毒(potato virus X, PVX)、马铃薯A病毒(potato virus A, PVA)、马铃薯卷叶病毒(potato leaf curl virus, PLRV)、马铃薯纺锤块茎类病毒(potato spindle tuber viroid, PSTVd)和细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,CoxⅠ)基因的特异片段，产物大小依次为181、226、275、565、630、681、359、500 bp,符合理论预期。采用建立的方法以相应病毒和类病毒的质粒作模板进行检测，其检测灵敏度在1.6×10^-3～1.8×10^-1 ...     

矿物油和维生素B1对马铃薯病毒病的防效研究

多数马铃薯病毒可以借助蚜虫传播, 并通过块茎世代积累, 导致马铃薯种性退化, 严重影响块茎的产量和品质?为了筛选新型?环保的马铃薯病毒病防治药剂, 本研究通过3个季节的田间试验, 对矿物油?维生素B1和杀虫剂吡虫啉在防治马铃薯病毒病中的效果进行了评价?结果表明, 通过马铃薯出苗后间隔10 d连续3次喷施, 矿物油能够控制马铃薯卷叶病(potato leaf-roll virus, PLRV)的发生, 对马铃薯M病毒(potato virus M, PVM)和马铃薯S病毒(potato virus S, PVS)的平均防效也分别达到66.72%和70.40%, 但对马铃薯Y病毒(potato virus Y, PVY)和马铃薯A病毒(potato virus A, PVA)在不同的年份和季节的防效不稳定, 平均防效为27.34%和65.02%?维生素B1对PLRV?PVM和PVS的防效也比较明显, 分别达83.36%?83.33%和73.32%, 而对PVY同样防效不稳定, 对PVA防效不明显?杀虫剂吡虫啉对PLRV?PVS和PVM的防效也不稳定, 且对PVY和PVA的防效均不显著?本研究中马铃薯X病毒(potato virus X, PVX)发生频率极低, 未进行病毒病的防效比较?综上所述, 矿物油和维生素B1对马铃薯主要病毒病的综合防效较吡虫啉好, 同时它们的增产效果更明显, 产投比高于化学药剂, 值得推广?     

湖北甘薯病毒病的检测与鉴定

2013—2015年采集了湖北黄冈、鄂州、武汉、荆州以及宜昌等5个地区的甘薯病毒病样品,通过双生病毒通用引物PCR扩增、ds RNA技术和序列分析等方法,鉴定了这5个地区甘薯病毒病的病原。结果显示,甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)和甘薯卷叶病毒(Sweet potato leaf curl Georgia virus,SPLCGV)等4种病毒被检出。其中,SPFMV SPLCGV这两种病毒在湖北皆为首次报道。     

衣壳蛋白潜在乙酰化位点在马铃薯Y病毒侵染过程中的作用

<正>0 引言马铃薯Y病毒(potato virus Y,PVY)是马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的重要成员,可侵染170多种植物,其中茄科、藜科和豆科植物受害最为严重。1931年SMITH首次在马铃薯中发现PVY^[1]。通过乙酰化组学在衣壳蛋白(coat protein, CP)中发现多个潜在乙酰化位点,但它们在PVY侵染中的作用不清楚。本研究通过突变解析了CP中潜在乙酰化位点在PVY侵染珊西烟的致病力变化,     

马铃薯Y病毒HC-Pro第182位赖氨酸残基参与引起烟草叶脉坏死

马铃薯Y病毒(potato virus Y,PVY)是侵染烟草的最重要病毒之一.不同PVY株系侵染烟草可引起不同症状,有些PVY株系可引起烟草叶脉坏死,严重影响烟草的产量和品质.PVY A12分离物属于NTN-NW株系,但侵染珊西烟(Nicoti-ana tabacum cv.Xanthi)不能引起叶脉坏死.分析发现,...     

制备免疫吸附电镜检测甘薯羽状斑驳病毒样品

 甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)可经蚜虫、摩擦、嫁接方式传播,是Y病毒组的一个成员。受此病毒感染的甘薯叶片上形成羽状褪绿斑,脉间褪绿斑点以及紫色环斑,有的品种出现紫色条纹。在甘薯块根上,有的呈严重纵向褐色龟裂,有的呈横向螺纹状木质化,有的块根内部形成木栓化,是危害甘薯最严重的病毒病害,可使甘薯严重退化及减产。无论是甘薯的抗病毒育种、病毒病害的防治,还是脱毒、无病毒甘薯种薯生产都离不开病毒的检测。灵敏的免疫吸附电镜(ISEM)检测方法被应用于各种病毒的检测中。     

利用siRNA高通量测序技术检测烟草病毒

<正>烟草是我国的主要经济作物之一,病毒病是烟草生产上的重要病害。常见的烟草病毒主要有马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、烟草脉带花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus,TVMBV)等[1]。此外,近年来在烟草上还发生一些新的病毒病害,如南美红辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)[2]、番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,ZTSV)[3]和番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)[4]。这些病毒     

甘薯病毒G CH株系和CH2株系中国分离物基因组全序列克隆及结构特征分析

为明确甘薯病毒G(sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN软件对基因组全序列及不同编码区序列进行分子变异分析,并基于多聚蛋白基因序列利用MEGA 7软件进行系统进化分析。结果表明,分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组分别包含10 813个和10 834个核苷酸,均包含1个开放阅读框,由10 467个核苷酸组成,编码含有3 488个氨基酸残基的多聚蛋白。分离物SPVG-CH-Ch1与SPVG-CH2-Ch1之间的基因组全序列核苷酸一致性为78.6%,二者与GenBank中登录的其它SPVG分离物基因组全序列核苷酸一致性分别为78.6%～99.1%和77.9%～98.6%,其中SPVG-CH-Ch1与IS103分离物(KM014815)的核苷酸一致性最高,为99.1%,与WT325分离物(KF790759)的核苷酸一致性最低,为78.6%;SPVG-CH2-Ch1与WT325分离物的核苷酸一致性最高,为98.6%,与66Al分离(KX279878)的核苷酸一致性最低,为77.9%。系统进化树显示,SPVG-CH-Ch1与CH株系的7个分离物形成1个分支,SPVG-CH2-Ch1与CH2株系的WT325分离物形成1个分支。表明SPVG的CH株系和CH2株系之间的变异较大,株系内较保守。     

甘薯病毒C中国分离物全基因组序列测定及比较分析

利用RT-PCR结合RACE方法,从采自河南南阳的甘薯样品上获得甘薯病毒C中国分离物(SPVC-Ch1)的全长基因组序列。序列分析结果表明,SPVC-Ch1基因组由1 0846个核苷酸组成,3'末端包含poly(A)尾序。基因组含有1个由10 446个核苷酸构成的开放阅读框,编码一个由3 481个氨基酸残基构成的393 k Da多聚蛋白。将SPVC-Ch1与Gen Bank中登录的其他SPVC分离物序列进行比较分析发现,SPVC不同分离物间全基因组核苷酸序列相似性为92.7%~98.9%,多聚蛋白的氨基酸序列相似性为95.1%~99.2%,SPVC-Ch1与Bungo分离物的相似性最高,与C1分离物的相似性最低。系统进化树分析结果表明,SPVC-Ch1与日本的Bungo、以色列的IL、韩国的CW135和UN202等分离物形成一个分支,亲缘关系较近。这是SPVC中国分离物全基因组序列的首次报道,研究结果丰富了SPVC全基因组序列信息,有助于全面了解SPVC种群的遗传进化关系。     

油桃茎痘相关病毒中国分离物基因组的分子特征分析

为明确我国油桃茎痘相关病毒(nectarine stem-pitting-associated virus,NSPaV)基因组的分子特征,利用RT-PCR和RACE技术对NSPaV中国分离物NSPaV-T04基因组进行克隆,采用最大似然法对得到的NSPaV基因组序列和GenBank中的5条NSPaV基因组序列构建系统发育树,应用RDP软件对NSPaV基因组序列进行重组分析。结果表明:中国分离物NSPaV-T04基因组序列全长为4 991 nt,包括4个开放阅读框(open reading frame,ORF),其中ORF1与ORF2共同编码1个RdRp P1-P2融合蛋白,ORF3编码1个CP,ORF5与ORF3共同编码CP通读蛋白。系统发育树和序列比较分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04(MN095353)与美国分离物NSPaV/12P42(KT273410)的亲缘关系最近,核苷酸序列同源性最高,为96.4%;NSPaV-T04的RdRp P1变异较大,与GenBank中5条NSPaV基因组核苷酸序列的同源性为90.5%~96.1%,CP较为保守,核苷酸序列的同源性为96.6%~98.7%。重组分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04为鉴定的一个重组体(韩国分离物SK)的亲本序列,表明中国分离物NSPaV-T04可能是一个实际的重组体。     

侵染白附子的芋花叶病毒分子变异研究

为明确侵染白附子的芋花叶病毒(dasheen mosaic virus, DsMV)的分子变异情况,对51个DsMV白附子分离物(DsMV-BF)的外壳蛋白(Coat Protein,CP)基因和3个分离物的近全长基因组序列进行了克隆和测定,DsMV-BF的CP基因大小有855个和942个核苷酸两种类型,51个白附子分离物之间CP基因的核苷酸和氨基酸一致率分别为88.3%～100%和91.9%～100%,BF8、BF30和BF38分离物之间多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列一致率分别为82.9%～95.9%和90.7%～95.9%,与GenBank中其他分离物之间多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列一致率分别为76.9%～99.4%和85.6%～99.0%;P1基因的分子变异较大,P1基因大小有987个和990个核苷酸两种类型;CP基因核苷酸序列系统进化树分析结果表明,侵染白附子的DsMV分离物可分为两个亚组;重组分析结果表明BF8和BF30分离物各检测到1个重组事件,BF38检测到2个重组事件。     

甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析

甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。     

槟榔坏死环斑病毒轻症型分离物(ANRSV-DAT)的基因组序列克隆及分析

 槟榔坏死环斑病(ANRSD)是近年来海南槟榔主产区发生广泛、危害严重的病毒病害,发病植株叶片表现严重坏死环斑、树势衰退,疑似与马铃薯Y病毒科(Potyviridae)槟榔坏死环斑病毒(areca palm necrotic ringspot virus, ANRSV)相关。本研究从海南定安槟榔种植区发现感病植株叶部表现轻微稀疏褪绿斑的病毒分离物(ANRSV-DAT),对其基因组序列全长克隆和分析。ANRSV-DAT与先前报道的强毒分离物ANRSV-XC1基因组核苷酸(nt)序列及其编码融合蛋白氨基酸(aa)序列的同源性分别为90.68%和97.91%;两者的融合蛋白之间存在63个aa变异,不同程度地分布在10个顺反子中(HCPro1、HCPro2、P3、7K、CI、9K、NIa-VPg、NIa-Pro、NIb和CP)。与ANRSV-XC1显著不同的是,ANRSV-DAT的5'非翻译区的5'末端缺失95-nt序列。该缺失序列是否导致ANRSV-DAT毒性弱化有待进一步研究。本研究报道的ANRSV轻症型分离株,以期为筛选弱毒株及后续交叉保护防治ANRSV提供重要宝贵材料。     

吉林番茄黄化曲叶病毒分离物的检测及其DNA-A全基因组序列分析

从吉林省松原市田间表现黄化曲叶症状的番茄上分离到病毒分离物JLSY,基因组全序列测定结果表明,基因组全长2781 bp,共编码6个ORF。序列比对表明,JLSY基因组与番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）安徽分离物（FN650807）相似性最高,为99.5%,而与其他双生病毒的序列相似性低于89%。经系统进化分析,该病毒分离物属于TYLCV以色列株系（TYLCV-IL）。这是首次在我国吉林省检测到番茄黄化曲叶病毒。     

蚕豆萎蔫病毒2号安徽分离物全基因组序列测定与分析

利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,BBWV2-AH RNA1全长为5 944 bp(GenBank登录号:KY606992),含有1个ORF;BBWV2-AH RNA2全长3 587bp(GenBank登录号:KY606993),含有1个ORF。全序列核苷酸和氨基酸相似性分析显示,BBWV2-AH RNA1与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为78.4%~96%和87.1%~99%;BBWV2-AH RNA2与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为76.8%~95.5%和88.2%~98.3%。全基因组核苷酸序列系统发育分析显示,BBWV2-AH RNA1与中国的BBWV2-Hunan RNA1的亲缘关系最近,而BBWV2-AH RNA2与韩国的多个分离物聚集在一起,再与中国的分离物BBWV2-B935形成一个分支。