伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼皮肤微生物多样性的研究

为研究南极鱼皮肤微生物群落的多样性,揭示不同种类南极鱼皮肤微生物的差异,提取伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii(TB)和革首南极鱼Notothenia coriiceps(NC)皮肤微生物基因组总DNA,采用16S rDNA分子标记和高通量测序技术检测样品微生物群落多样性。结果表明:对两种南极鱼的6个样本分别进行测序,共获得有效序列数378 517条,获得操作分类单元(OTUs)740个;两种南极鱼皮肤的优势菌门包括厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus、拟杆菌门Bacteroidetes、软壁菌门Tenericutes、放线菌门Actinobacteria等,以厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门的丰度较高;两种南极鱼皮肤的优势菌属为厌氧芽孢杆菌属Anoxybacillus、火山岩菌属Vulcaniibacterium、芽孢杆菌属Bacillus、嗜冷杆菌属Psychrobacter、青枯菌属Ralstonia、短波单胞菌属Brevundimonas、假单胞菌属Pseudomonas和嗜甲基菌属Methylophilus;同种南极鱼不同个体间皮肤微生物菌群差异较小,且伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼间皮肤微生物菌群无显著性差异(P>0.05)。研究表明,采用高通量测序可以精准地对两种南极鱼皮肤微生物主要菌群进行分析比较,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门是伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼皮肤微生物的优势菌门,两种南极鱼间的皮肤微生物菌群无显著性差异。     

伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼皮肤微生物多样性的研究

为研究南极鱼皮肤微生物群落的多样性,揭示不同种类南极鱼皮肤微生物的差异,提取伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii(TB)和革首南极鱼Notothenia coriiceps(NC)皮肤微生物基因组总DNA,采用16S rDNA分子标记和高通量测序技术检测样品微生物群落多样性。结果表明:对两种南极鱼的6个样本分别进行测序,共获得有效序列数378 517条,获得操作分类单元(OTUs)740个;两种南极鱼皮肤的优势菌门包括厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus、拟杆菌门Bacteroidetes、软壁菌门Tenericutes、放线菌门Actinobacteria等,以厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门的丰度较高;两种南极鱼皮肤的优势菌属为厌氧芽孢杆菌属Anoxybacillus、火山岩菌属Vulcaniibacterium、芽孢杆菌属Bacillus、嗜冷杆菌属Psychrobacter、青枯菌属Ralstonia、短波单胞菌属Brevundimonas、假单胞菌属Pseudomonas和嗜甲基菌属Methylophilus;同种南极鱼不同个体间皮肤微生物菌群差异较小,且伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼间皮肤微生物菌群无显著性差异(P0.05)。研究表明,采用高通量测序可以精准地对两种南极鱼皮肤微生物主要菌群进行分析比较,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门是伯氏肩孔南极鱼和革首南极鱼皮肤微生物的优势菌门,两种南极鱼间的皮肤微生物菌群无显著性差异。     

曲霉基因组DNA提取方法研究

利用SDS法、CTAB法和氯化苄法提取曲霉基因组DNA.结果表明: 这几种方法都不能有效提取曲霉基因组DNA,在总结前人方法的基础上摸索出一种提取曲霉基因组DNA的有效方法.用此方法所得的曲霉DNA质量和数量均理想,每克曲霉菌丝体能提取60μgDNA,样品的O.D260/280在1.7～2.0之间,分子量均在23 kb以上,一级结构完整.对提取的DNA作RAPD扩增取得了令人满意的结果.     

鱼组织线粒体基因组提取方法的改进

基因组的提取是分子生物学研究的基础技术。提取的纯度及结构的完整性是进行基因工程各项研究所必需的条件。报道了一种改进的鱼组织线粒体基因组的提取方法,该方法操作简便,提取的线粒体基因组结构完整,并尽可能避免了核DNA、蛋白质、有机溶剂等的污染,而得率和纯度都可满足鱼组织线粒体基因组的研究要求。     

6种链霉菌基因组DNA提取方法比较

采用优化SDS、SDS、优化CTAB、CTAB、液氮研磨、微波法分别提取委内瑞拉链霉菌基因组DNA,比较6种方法的差异,选出最佳提取方法分别提取S.fradiae,S.venezuelae,S.ambofa-ciens,S.glaucescens,S.coelicolor基因组DNA,并利用16S rDNA的通用引物扩增相应的目的基因。结果表明:6种方法制备的基因组DNA以优化SDS法和微波法为上选,后者的纯度高但量很少。优化SDS法是6种提取方法中最可靠的DNA提取方法,DNA量大,纯度高,可靠,可作为PCR反应的模板进行16S rDNA基因有效扩增。     

独角雪冰鱼和伯氏肩孔南极鱼骨骼中的元素分析

为探究缺失血红蛋白的南极独角雪冰鱼Chionodraco hamatus(CH)和具有血红蛋白的伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii(TB)骨骼中元素含量的差异,采用电感耦合等离子体质谱法对两种南极鱼的脊椎骨与头盖骨中Na、Mg、Al、K、Ca、56Fe、Zn等常量元素,以及V、Cr、Mn、As、Se、206Pb等微量元素含量进行了测定与分析。结果表明:两种南极鱼脊椎骨中Al、K、56Fe、Mn、Se含量有显著性差异(P0.05),头盖骨中Mg、K、Ca、56Fe、V、Mn等元素含量有显著性差异(P0.05),推测此差异可能与南极冰鱼缺失功能性血红细胞有关;将两种南极鱼脊椎骨骨骼中的元素含量与7种非南极海水鱼和3种淡水鱼相比,发现两种南极鱼骨骼中K、Na、Mg、56Fe、Zn、Ca等常量元素含量较少,且Mn、V、Cr、206Pb等微量元素含量明显低于非南极鱼,这可能与南极海域存在较低污染相关。本研究中首次测定了两种南极鱼骨骼中的元素含量,为后续拟通过体内组织元素分析探索南极鱼类的生理差异提供了科学依据。     

独角雪冰鱼和伯氏肩孔南极鱼骨骼中的元素分析

为探究缺失血红蛋白的南极独角雪冰鱼Chionodraco hamatus(CH)和具有血红蛋白的伯氏肩孔南极鱼Trematomus bernacchii(TB)骨骼中元素含量的差异,采用电感耦合等离子体质谱法对两种南极鱼的脊椎骨与头盖骨中Na、Mg、Al、K、Ca、56Fe、Zn等常量元素,以及V、Cr、Mn、As、Se、206Pb等微量元素含量进行了测定与分析。结果表明:两种南极鱼脊椎骨中Al、K、56Fe、Mn、Se含量有显著性差异(P<0.05),头盖骨中Mg、K、Ca、56Fe、V、Mn等元素含量有显著性差异(P<0.05),推测此差异可能与南极冰鱼缺失功能性血红细胞有关;将两种南极鱼脊椎骨骨骼中的元素含量与7种非南极海水鱼和3种淡水鱼相比,发现两种南极鱼骨骼中K、Na、Mg、56Fe、Zn、Ca等常量元素含量较少,且Mn、V、Cr、206Pb等微量元素含量明显低于非南极鱼,这可能与南极海域存在较低污染相关。本研究中首次测定了两种南极鱼骨骼中的元素含量,为后续拟通过体内组织元素分析探索南极鱼类的生理差异提供了科学依据。     

2种提取猪肝基因组DNA方法的比较

[目的]对2种猪肝基因组DNA提取方法,进行比较研究。[方法]分别采用试剂盒法和常规的氯仿／异戊醇抽提法,提取新鲜猪肝基因组DNA,并对其进行综合分析。[结果]试剂盒方法得到的DNA浓度较低,其OD260nm／OD280nm比值达到2.05,虽然蛋白质除的较干净,但是含RNA较高;而氯仿／异戊醇抽提法得到的DNA浓度高,其OD260nm／OD280nm比值1.88,纯度较高,且成本低。[结论]氯仿／异戊醇法对猪肝基因组DNA提取效果优于试剂盒法。     

用于PCR扩增的细菌DNA提取方法比较

以14个属的革兰阴性菌和阳性菌为研究对象,采用16S rRNA基因PCR扩增对4种细菌DNA提取法进行了比较.结果表明,对细菌DNA的提取效果排序,依次为冻融法、煮沸法、碱解法、ROSE法.冻融法效果最好,具有成本低、省时省力、无污染等优点,但仍存在少数革兰阳性菌DNA提取失败的现象.因此,在菌株较多的情况下可先采用冻融法提取细菌DNA,对少数提取失败的菌株,弃冻融法得到的上清液,再以SDS法、CTAB法或DNA试剂盒的提取进行补充.采用该操作流程既能节省成本和时间,又减少了提取过程中有机废弃物的产生.     

一种适于PCR扩增的快速提取猪基因组DNA的碱裂解法

以大白猪背最长肌、脾脏、耳组织为材料,用碱裂解法和酚-氯仿法分别提取猪基因组DNA,用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增检测DNA的产量和质量,结果发现2种方法提取的DNA产量没有明显差异。通过猪MC4R、TEF-1基因特异引物进行PCR扩增均能得到目的条带。碱裂解法提取的DNA原液稀释5倍、10倍后作为模板均获得了较为稳定的扩增产物。该结果表明,简单、快速、无毒的碱裂解法适用于动物定性PCR检测时DNA的提取。     

东北山葡萄酵母菌基因组DNA提取方法的比较研究

利用液氮研磨法、蜗牛酶法和玻璃珠法提取东北山葡萄分离的酵母菌株S60基因组DNA,采用琼脂糖凝胶电泳、微量核酸蛋白测定仪和PCR方法检测基因组DNA的纯度和浓度。结果显示,蜗牛酶法提取的酵母菌基因组DNA纯度最好、浓度最高;液氮研磨法提取的基因组DNA浓度虽然较高,但含有较多的蛋白等杂质;玻璃珠法提取的酵母菌基因组DNA纯度和浓度均最低。     

食品动物源大肠杆菌耐药性分析及16S rRNA甲基化酶基因的检测

【目的】对四川地区临床分离的437株健康动物源及82株患病动物源大肠杆菌(E.coli)的耐药性及其机制进行研究,为临床合理用药提供理论依据。【方法】用3种氨基糖苷类药物和11种非氨基糖苷类药物对分离的大肠杆菌进行药物敏感性试验(K-B纸片法)。选取至少耐1种氨基糖苷类药的大肠杆菌作为供试菌,通过PCR检测其16SrRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD、rmtE和npmA;对阳性菌株进行质粒接合试验;并用K-B纸片法分析临床菌和接合子对抗生素的敏感性。【结果】437株健康动物源和82株患病动物源大肠杆菌对14种抗菌药物表现出不同程度的耐药性。健康动物源大肠杆菌对氨苄西林、氯霉素、磺胺甲恶唑的耐药率较高,分别为69.79%,50.8%和68.72%,对庆大霉素、卡那霉素、阿米卡星比较敏感,敏感率分别为75.97%,67.73%和97.02%;其中有134株分离菌至少对1种氨基糖苷类药物表现出耐药性。患病动物源大肠杆菌除对美罗培兰耐药率较低(为3.66%)外,对其余药物的耐药率在32.93%~100%,且都对至少1种氨基糖苷类药物表现出耐药性。多重耐药分析表明,健康动物源大肠杆菌主要分布于0~4耐,而患病动物源大肠杆菌至少耐7种抗菌药物,主要分布于10~14耐。在134株耐氨基糖苷类抗生素大肠杆菌中,检测到5株含rmtB基因,检测率为3.73%,未检测到armA、rmtA、rmtC、rmtD、rmtE和npmA基因。在82株患病动物源大肠杆菌中,检测到1株含armA基因,10株含rmtB基因,检出率分别为1.22%和12.2%,未检测到rmtA、rmtC、rmtD、rmtE及npmA基因;接合试验的耐药质粒传递率为100%,受体菌接合频率在(9.2×10-9)~(4.8×10-6)。【结论】四川地区健康动物源大肠杆菌对抗生素呈中低水平耐药,多重耐药以4耐及以下为主,占63.84%,主要由rmtB基因引起;而患病动物源大肠杆菌对抗生素则呈高水平耐药,89.02%为10~14耐,主要由rmtB和armA基因引起。     

中国粗榧杀虫活性初步研究

【目的】明确中国粗榧的杀虫活性并初步探索其活性成分分离条件,为进一步深入研究中国粗榧的杀虫作用奠定基础。【方法】采用室内生物活性测定方法,评价中国粗榧丙酮提取物对小菜蛾、粘虫、玉米象、淡色库蚊、家蝇、烟蚜和酢浆草茹叶螨等7种重要害虫的杀虫活性;并以粘虫3龄幼虫为试虫,采用活性追踪初步探索中国粗榧中杀虫活性成分的分离条件。【结果】中国粗榧丙酮提取物对供试的7种重要害虫均具有一定的生物活性,其中对小菜蛾和粘虫幼虫的杀虫活性较好,处理48h后,其对小菜蛾3龄幼虫的胃毒致死中浓度(LC50)为74.94mg/mL,拒食中浓度(AFC50)为45.39mg/mL,对粘虫3龄幼虫的胃毒LC50为562.28mg/mL,AFC50为71.96mg/mL;处理24h后,对粘虫3龄幼虫的触杀致死中量(LD50)为0.22mg/头;初步分离结果表明,中国粗榧杀虫活性成分主要集中在石油醚萃取物中的Y5和Y6组分中,点滴量为0.05μg/头时,其触杀死亡率均为100%。【结论】中国粗榧丙酮提取物具有较好的杀虫活性,其作用方式表现为拒食、胃毒及触杀,活性成分主要是非极性亲脂物质。     

杀鲑气单胞菌杀藻作用的初步研究

为了研究几丁质酶对硅藻杀灭作用,以杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)和其几丁质酶敲除菌为研究对象对牟氏角毛藻(Chaetoceros muelleri)进行共培养并探究其作用差异。结果表明:杀鲑气单胞菌野生株和缺失株分别与牟氏角毛藻共培养48 h后,野生株对牟氏角毛藻的杀藻率达到9.18%,而缺失株无明显杀藻活性;通过扫描电镜进一步发现野生株细菌能够裂解牟氏角毛藻的细胞壁,而缺失株不能。结果证实杀鲑气单胞菌因具有几丁质酶而对藻类具有杀灭作用。     

猪红斑丹毒丝菌GZ株的分离鉴定及序列分析

2013年11月从广州某猪场发生急性败血症死亡的母猪心脏、肺脏、脾脏分离到1株病原菌,经形态学观察、培养特性、生化特性及16SrRNA、spaA基因测序,确定为猪红斑丹毒丝菌,命名为GZ株。结果表明,该菌株对阿莫西林、利福平、庆大霉素、头孢类抗生素高度敏感,对其他药物广泛耐药,对BALB/c小鼠的致死剂量为1.5×108 cfu/mL。测序结果与NCBI收录的猪红斑丹毒丝菌进行Blast比对分析,16SrRNA基因与不同地区分离自人、蛋鸡、猪、白海雕、野猪、野兔、鼠等动物的同源性为95.9%~99.8%。spaA基因与NCBI收录的分离菌株核苷酸同源性为98.9%~99.9%,氨基酸同源性为99.5%,3处发生突变,其中,第36位缬氨酸突变为亮氨酸,第203位异亮氨酸突变为蛋氨酸,第257位亮氨酸突变为异亮氨酸;与1998年和2006年日本1a型Fujisawa株的核苷酸同源性最高,为99.8%,因此确定分离的GZ株为1a血清型。     

不同方法提取吴茱萸叶片基因组DNA和RNA的比较

分别研究对比了3种不同方法提取吴茱萸叶片基因组DNA和RNA的质量,以确定适合吴茱萸叶片基因组DNA和RNA的提取方法。采用紫外分光光度法和普通电泳检测法比较了常规CTAB法、SDS法和改良CTAB法提取吴茱萸叶片基因组DNA的效果;采用紫外分光光度法和非变性电泳检测法比较了酚-SDS法、Trizol法和改良异硫氰酸胍法提取吴茱萸叶片RNA的效果。结果表明,分别采用不同方法提取的吴茱萸叶片基因组DNA和RNA的质量差异较大。常规CTAB法和SDS法无法提取出高质量的吴茱萸叶片基因组DNA,而改良CTAB法提取效果较好;酚-SDS法和Trizol法不适合高质量吴茱萸叶片RNA的提取,而改良异硫氰酸胍法的提取效果良好。     

五步蛇源隐孢子虫分离株的分子鉴定

【目的】采用分子生物学方法鉴定1个五步蛇(Deinagkistrodon acutus)源隐孢子虫分离株,了解中国蛇隐孢子虫感染的种类分布。【方法】利用巢式PCR方法,扩增隐孢子虫18S rRNA基因特异性片段,对PCR产物进行限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和同源性分析,构建其种系发育进化树。【结果】成功扩增出18S rRNA基因目的片段,PCR产物经SspⅠ酶消化后获得的酶切结果和先前报道的蛇隐孢子虫(Cryptosporidium serpentis)一致。获得的840 bp 18S rRNA基因序列与C.serpentis同源性达到99.8%。种系发育进化树分析表明,该分离株与C.serpentis位于同一分支,节点支持值达100%。【结论】本研究获得的五步蛇源隐孢子虫分离株为C.serpentis,说明C.serpentis有更宽的感染宿主范围。     

两种方法提取柔嫩艾美耳球虫孢子化卵囊基因组DNA的对比试验

为寻找一种合适的提取球虫基因组DNA的方法,试验采用氯化苄法(BC)和常规提取DNA的方法提取了鸡柔嫩艾美耳球虫孢子化卵囊基因组DNA。氯化苄的化学性质类似于苯酚,在65℃条件下与蛋白质和几丁质等发生反应,能够有效地破坏球虫卵囊壁,可用于大规模提取基因组DNA;常规方法提取DNA的程序是用蛋白酶K消化处理,用酚/氯仿抽提,再用氯仿抽提,部分步骤需要重复。2种方法对比试验结果表明,二者均可用于鸡球虫基因组DNA的提取,所获得的DNA数量和质量都很高,可用于各种分子生物学实验。但BC法具有简便、快速、经济实用的特点,更适用于球虫卵囊大量样品的DNA快速提取。     

基于16S rRNA高通量测序的野生和养殖多鳞白甲鱼肠道微生物群落组成研究

为研究多鳞白甲鱼肠道微生物菌群组成及其多样性,采用16S rRNA高通量测序对野生多鳞白甲鱼以及养殖成年健康多鳞白甲鱼肠道内容物进行微生物测序及信息分析.结果表明:不同环境多鳞白甲鱼肠道内容物样品间OTU个数具有一定差别.多鳞白甲鱼肠道菌群主要包括:变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacte...