圆白鲳消化道菌群PCR-DGGE基因指纹图谱构建

采取免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳(DGGE)技术对集约化海水网箱养殖圆白鲳Ephippus orbis(体重17.7±3.0 g)包括胃壁、胃内容物、肠壁及肠内容物在内的消化道菌群结构进行了初步分析.DGGE指纹图谱显示圆白鲳胃内容物、胃壁及肠壁有7条明显条带,肠内容物有6条明显条带,提示圆白鲳消化道可能存在着较丰富细菌群落;针对指纹图谱的聚类分析表明胃内容物及肠内容物细菌组成相似度最高达90.0%,而胃壁与肠壁的相似度相对较差达80%.半定量分析表明圆白鲳消化道菌群相对丰度的变异系数均大于47.4%,暗示圆白鲳消化道趋向于以一种或极少数种细菌占统治地位.     

中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究

【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。     

不同刺槐种源根瘤菌16S rDNA的PCR-RFLP分析

为了研究不同刺槐种源根瘤菌的遗传多样性,采用4种限制性内切酶对分离自保定和高邑的38株不同刺槐种源根瘤菌进行16S rDNA PCR-RFLP多态性分析,共产生26种16S rDNA遗传图谱类型。UPGMA聚类分析结果显示,所有供试菌株分为4大类,第3类又分为3个亚类。16S rDNA全序列分析表明,代表菌株GY-2与S.morelense LMG20571序列相似性达到99.6%,在系统发育分类地位上属于Sinorhizobium。刺槐根瘤菌遗传多样性丰富,遗传差异受地理环境影响较大,与寄主种源相关性不明显。     

野大豆等宿主根瘤菌表型及16S rDNA PCR-RFLP研究

采用数值分类和16S rDNAPCR-RFLP对分离自北京部分地区野大豆(Glycine soja sieb)、大豆(Glycine max)、菜豆(Phaselous vulgaris)和长萼鸡眼草(Kummerowiae stipulacea)等宿主的60株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明,在70.5%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅰ为未知菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌,群Ⅲ为慢生菌群。依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图,在69%的相似性水平上所有的供试菌株可以分为9个系统发育分支。分支Ⅰ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ没有参比菌,数值分类中群Ⅰ的供试菌株基本上都处于这些分支。分支Ⅱ为Sinorhizobium-Mesorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Agrobacterium分支,分支Ⅳ为Bradyrhizobium分支。     

小叶锦鸡儿根瘤菌的分离及其16S rDNA PCR-RFLP分析

对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统发育地位位于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobiumspp.),并在96%相似性水平上分为5个不同的类群,分别由相应的rDNA图谱组合代表。丰富度及频度分析表明,组合15是辽宁省的优势群,组合18丰富度居第二位,但频度最高,也是辽宁省的主要类群。     

虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成及其PCR-DGGE图谱分析

利用细菌16S rDNA PCR-DGGE指纹图谱技术,对虾夷马粪海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析,结果表明:海胆小肠与大肠样品分别得到14条与13条条带,其中,共有条带为10条,优势条带分别为7条与5条,特异性条带分别为4条与3条;经后续条带比较分析和DGGE图谱割胶测序后发现,小肠与大肠样品中微生物主要来源于外界海水环境,其菌群构成存在差异与虾夷马粪海胆消化巨藻存在不同有关。     

三叶草、猪屎豆和含羞草植物根瘤菌16S rDNA PCR-RFLP分析和数值分类研究

采用 16SrDNAPCR -RFLP分析和表型数值分类 ,对分离自三叶草 (Trifolium)、猪屎豆 (Crotalaria)和含羞草(Mimosa) 3属植物的根瘤菌进行了分类研究。 16SrDNAPCR -RFLP分析表明 ,在 80 %的相似性水平上 ,6 7株待测菌株和 18株参比菌株归属到慢生根瘤菌属 (Bradyrhizobium)、中慢生根瘤菌属 (Mesorhizobium)、土壤杆菌属 (Agrobac terium)和根瘤菌属 (Rhizobium)与中华根瘤菌属 (Sinorhizobium) 4个系统发育分支。进一步对其中 5 6株待测菌株和14株参比菌株进行表型性状数值分类研究 ,在 84 %的相似性水平上 ,得到 6个独立的类群 :群Ⅰ、Ⅳ和Ⅵ为新群 ,没有与参比菌株聚在一起 ;群Ⅱ包含慢生大豆根瘤菌 (Bradyrhizobiumjaponicum) ;群Ⅲ含根瘤菌属 (Rhizobium) 2个已知的代表菌株 ;群Ⅴ含土壤杆菌属 (Agrobacterium) 2个已知种的代表菌株。以上结果表明 ,分离自这 3属植物的根瘤菌菌株具有表型和遗传型多样性 ,同时新发现分离自三叶草的根瘤菌的慢生和中慢生菌株 ;分离自含羞草的根瘤菌的慢生菌株和分离自猪屎豆的根瘤菌的快生菌株 ,此项研究也进一步证实这两种研究方法在菌株归群上的一致性     

冬夏两季畜禽废水的活性污泥中细菌遗传多态性研究

对冬夏两季膜生物器处理畜禽废水的效果进行研究,分析两季废水中细菌遗传多态性与废水处理效果的关系.直接提取废水中活性污泥总DNA,构建16S rDNA基因文库.选取两季各8个成功的阳性克隆子,分别采用Hinf Ⅰ、Hae Ⅲ、Alu Ⅰ、Msp Ⅰ 4种限制性内切酶消化重组质粒,电泳分别表现出不同谱型.结果表明,4种限制性酶中,Hinf Ⅰ的酶切图谱反应的遗传信息量最丰富.细菌遗传多态性Shannon-Wiener指数冬季为0.953,夏季为2.079,即夏季多态性高于冬季;根据出水水质监测,夏季处理效果优于冬季,与多态性指数呈正相关.     

攀西地区葛藤根瘤菌的RFLP遗传多样性

利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。     

座壳孢及其相近属PCR-RFLP分析(英文)

利用核糖体28S rRNA基因的RFLP对18个昆虫病原真菌(座壳孢、轮枝菌和白僵菌属)菌株进行了分析。用4种限制性内切酶对PCR产物进行了消化并采用UPGMA法对扩增产物的限制性图谱构建了亲缘图。结果表明,属间、种间的多态性高于同种不同菌株间的多态性,并可以清楚地将座壳孢属不同种区分开来,而且轮枝菌不同菌株间存在着遗传差异。轮枝菌与白僵菌间的亲缘关系比其与座壳孢近。     

新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究

 【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。     

腐烂柑橘中两株细菌的分离与鉴定

以腐烂的柑橘为材料,分离纯化得到两株致病的细菌。根据菌株的形态特征并结合16SrDNA序列比对分析,确定两株细菌分别属于芽孢杆菌属(Bacillus)和短芽孢杆菌属(Brevibacillus)。与此同时对两株细菌的生长曲线、抗生素抗性进行测定,以期为柑橘由细菌导致的病害的防治提供理论基础。     

威海近海底泥中兼性厌氧菌的分离及鉴定

对威海近海底泥中兼性厌氧菌进行了分离和鉴定,分离得到7株不同种类的细菌:HY1、HY2、HY3、HY4、HY5、HY6、HY7。经Blast软件比对分析以及构建系统发育树,结果表明,HY7与Mi-crobacterium kitamiense的相似性达到99.79%,属于同一个种;而HY1、HY2、HY3、HY4、HY5、HY6与数据库中已明确鉴定种的最大同源性都小于95%,应该是潜在的新属新种,有待进一步鉴定。     

新疆甘草内生细菌的分离及其系统发育分析

采用组织分离法和研磨分离法从甘草的根、茎、叶中共分离到129株内生细菌,经鉴定属于13个属,分别为芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、棒杆菌属、柠檬酸细菌属、肠杆菌属、库克菌属、微杆菌属、类芽孢杆菌、叶杆菌属、假单胞菌属、沙雷氏菌属、葡萄球菌属和寡养单胞菌属.同时运用纯培养法和基于16S rRNA 基因序列的系统发育分析对新疆胀果甘草中可培养内生细菌进行了研究.