广东地区口蹄疫病毒VP1和3A基因的序列分析

【目的】了解广东地区口蹄疫病毒(FMDV)的遗传变异情况,为我国FMDV流行病学的研究及防控提供基础数据。【方法】对2015—2016年间收集的广东地区猪的病料进行FMDV VP1和3A基因的扩增测序和序列分析。【结果】11株O型FMDV均属耿马谱系毒株,7株A型FMDV均属Asia型毒株。11株O型FMDV的VP1基因与流行毒株相比,GD-MM-3株与O/BY/CHA/2010株序列相似性最高,为95.3%;GD-1株、GD-MM-1株和GD-MM-3株与O/MYA/1/98株序列相似性最高,为90.8%。7株A型FMDV的VP1基因与流行毒株相比,A/GDMM/CHA/2013株与GD-3株序列相似性最高,为99.8%;A/HuBWH/CHA/2009株与GD-3株序列相似性最高,为91.4%。11株O型FMDV的3A蛋白不存在氨基酸的缺失,7株A型FMDV的3A蛋白存在较多氨基酸的缺失。【结论】广东部分地区FMDV基因型复杂,预防控制困难。     

陕北白绒山羊DGAT1基因外显子14多态性及其与部分生长和胴体性状的关系

【目的】探讨陕北白绒山羊DGAT1基因的SNPs及其与部分生长、胴体性状的相关性,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定234只陕北白绒山羊的部分生长、胴体指标,利用PCR-SSCP技术分析其DGAT1基因外显子14的多态性及与生长和胴体性状的关系。【结果】该座位存在一个突变位点(G→A),此SNPs导致甘氨酸(G)突变为谷氨酸(E);该群体的该位点有1对等位基因A和B以及3种基因型AA、AB和BB,A基因为优势等位基因,AA型为优势基因型,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;AA型与BB型之间、AB型与BB型之间均在断奶重、周岁重、胸围和管围4个性状上差异极显著(P<0.01),但AA型与AB型之间在此4个性状上差异不显著(P>0.05);3种基因型间在其他性状上差异均不显著(P>0.05);在初生重、周岁重和胸围上均表现为BB型>AA型>AB型,在断奶重、体高和管围上均表现为BB型>AB型>AA型。【结论】该基因的此突变位点与绒山羊育种指标具有一定的相关性,通过提高BB型的频率可望改善绒山羊的生长发育及胴体性状;DGAT1基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因,也可作为绒山羊肉用性能的分子标记。     

KRTAP1-4基因多态性对陇东绒山羊羊绒性状的影响

【目的】研究角蛋白关联蛋白1-4基因（KRTAP1-4）多态性对陇东绒山羊羊绒性状的影响。【方法】以382只1岁龄陇东绒山羊为研究对象,测定其产绒量、绒层高度和绒纤维的平均直径。采集试羊皮肤、肾脏、脾脏、肝脏、肺脏、心脏组织及血样,采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测KRTAP1-4基因在6个组织中的表达谱;采用聚合酶链反应 单链构象多态性（PCR-SSCP）检测KRTAP1-4基因的多态性,分析3个羊绒表型性状间的Pearson相关性及KRTAP1-4基因型与羊绒性状间的相关性。【结果】RT-PCR发现,KRTAP1-4基因只在陇东绒山羊的皮肤中表达。在陇东绒山羊KRTAP1-4基因上检测到A、B、C、D 4个等位基因和AA、AB、AC、AD、BB 5种基因型。测序结果表明,山羊KRTAP1-4基因上有1个插入/缺失位点（c.223_252insTGCCAACCGATCTCCATCCAGACCAGCTGC）、2个同义突变的单核苷酸多态性（c.333T> C和c.573C> T）,以及1个Chi序列（c.14－c.21,5′-CCACCAGC-3′）和2个Chi-like序列（c.46－c.53,5′-ACTGGTGG-3′;c.392－c.399,5′-GCACCAGC-3′）。Pearson相关性系数显示,产绒量与平均纤维直径（r=0.324,P<0.001）及绒层高度（r=0.465,P<0.001）呈中等正相关,平均纤维直径与绒层高度呈弱的正相关（r=0.201,P<0.001）。相关性分析结果表明,AA、AB和AC型山羊个体的产绒量和绒层高度极显著低于BB型个体（P<0.01）。【结论】KRTAP1-4基因可以作为产绒量和绒层高度的分子标记用于陇东绒山羊的育种实践中。     

4个绒山羊群体i<>KAP13-1基因的遗传多态性分析

【目的】对中国河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和陇东绒山羊4个绒山羊群体KAP13-1基因的遗传特征进行分析,为揭示绒山羊遗传特征和生产利用提供基础数据。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊及陇东绒山羊(共721只)KAP13-1基因的多态性。同时基于DA遗传距离用UP-GMA法进行聚类分析,以明确各群体间的遗传关系。【结果】基因组DNA扩增后得到491bp的扩增产物,经SSCP分析,从4个绒山羊群体KAP13-1基因中共发现6种基因型,4个等位基因中存在5个变异位点,这些多态位点主要为点突变,且均处于编码区,其中转换位点3个(占60%),颠换位点2个(占40%)。在170和197位分别发生了T→G、C→G的错义突变,导致氨基酸分别由Leu、Thr变为Arg、Ser。该基因在河西绒山羊与陇东绒山羊中均存在4个等位基因,而内蒙古绒山羊未检测到C和D等位基因,辽宁绒山羊未检测到D等位基因。聚类结果显示,河西绒山羊与陇东绒山羊之间的遗传距离较小,在系统发生树中聚为一支,辽宁绒山羊与内蒙古绒山羊聚为一支。【结论】KAP13-1基因在4个绒山羊群体中呈中度多态,群体间存在差异。生态学作用对4个绒山羊品种的进化过程有一定的影响。     

‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子多态性及其与流产性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点多态信息含量为0.838 5,杂合度为0.317 9,有效等位基因数为6.899 8;等位基因平均遗传距离为0.048 8;经NJ树分析发现,各等位基因为同源序列;经流产数据统计发现,基因型CF中无流产个体,且在其198位插入1个碱基C.说明‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子具有丰富的遗传多态性;牛和羊的MHC-DQB2外显子3最初是由2个等位基因突变分化而来,而同物种的绵羊与山羊在该位点有很高的同源性;基因型CF可能与流产性状有关.     

草鱼MKLN1基因可变剪接和微卫星序列的多态性

MKLN1基因编码的muskelin蛋白主要通过其羧基端的kelch重复结构域与其它蛋白形成复合物行使功能。通过分析草鱼鳃组织的基因转录谱,发现其中的MKLN1基因存在（CT）₁₅的微卫星序列,通过检测3个不同的草鱼种群,又发现(CT)₉、(CT)₁₀、(CT)₁₁和(CT)₁₃ 4种多态性序列。通过克隆该段MKLN1基因组序列并与斑马鱼和红鳍东方鲀的MKLN1基因组序列比较,发现克隆得到的草鱼基因序列是由一个内含子和两个外显子组成,共编码144个氨基酸。通过进一步调查不同组织该基因的转录本,发现存在内含子剪接和内含子未被剪接的两个转录本。由于内含子序列未被剪接的转录本在内含子中存在“TGA”终止密码子,导致MKLN1基因翻译提前终止,翻译产物为失去部分kelch结构域的muskelin蛋白。相对于内含子正常剪接的转录本,没有被剪接内含子的转录本在各种组织中的表达量要明显低得多。简而言之,本研究发现了草鱼MKLN1转录本中的微卫星序列是来自未被剪切的内含子,而未被剪切的内含子导致该转录本编码部分kelch结构域缺失的muskelin蛋白。     

陕北白绒山羊HSL基因外显子1的SNPs及其与部分生产性状的相关分析

【目的】探讨陕北白绒山羊激素敏感脂酶(Hormone sensitive lipase,HSL)基因外显子1的SNP遗传多态性及其与产绒、胴体和生长性状的相关关系,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定168只陕北白绒山羊部分生长、胴体指标。利用PCR-SSCP技术分析HSL基因外显子1的SNP遗传多态性。【结果】陕北白绒山羊HSL基因外显子1有AB和AA 2种基因型,在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态;AB与AA基因型个体的绒长差异极显著(P<0.01),体高和背膘厚差异显著(P<0.05),其他性状均无显著差异;AB基因型个体初生重、断奶重、绒长、周岁重、体高、体长、管围、背膘厚大于AA基因型,但AA基因型个体毛长、产绒量、胸围、眼肌面积大于AB基因型。【结论】陕北白绒山羊HSL基因外显子1具有多态性,该基因可能是陕北白绒山羊产绒及胴体性状的主效基因,或者与控制这些性状的主效基因相连锁。     

甜荞花同源异型基因FeMADS1的克隆和序列结构分析

采用同源克隆方法,并结合RACE技术,从甜荞花芽分离得到1个A类MADS-box基因FeMADS1的cDNA全长,GenBank登录号为KM386627,其cDNA全长1 107bp,包括1个编码234个氨基酸、长为705bp的开放阅读框。序列同源比对和分子系统发生分析表明,其蛋白与拟南芥AGL8(FUL)的相似性最高,属A类MADS-box基因亚家族中的euFUL进化系,含MADS、I、K和C末端4个明显的结构域,并且K结构域包含K1、K2和K3共3个保守的富含疏水氨基酸残基的亚结构域,C末端结构域含FUL型基因2个特有的模体:FUL motif和paleoAP1motfi。     

甜玉米类胡萝卜素合成关键基因PSY1、LCYE和CrtRB1的功能分析

【目的】鉴定玉米类胡萝卜素合成关键基因PSY1、LCYE和CrtRB1的功能标记在47份甜玉米骨干自交系中的多态性和对类胡萝卜素各组分含量的影响,为了解玉米类胡萝卜素合成关键基因的功能及维生素A源强化育种提供参考和依据.【方法】以47份甜玉米骨干自交系为材料,用高效液相色谱法检测籽粒乳熟期类胡萝卜素各组分的含量,合成基因PSY1、LCYE和CrtRB1的6个功能标记并在47份甜玉米自交系中检测其基因型,结合基因型和类胡萝卜素各组分的含量,检测3个关键基因的单倍型效应,并分析联合单倍型效应.【结果和结论】除CrtRB1基因的标记Indel4未检出多态性,其余标记均检测出多态性.PSY1的Indel1和Indel4组成的单倍型可解释玉米黄质和总类胡萝卜素含量表型变异的14.81%和13.00%,LCYE的5'Indel和3'Indel位点分别可解释β-胡萝卜素、维生素A源和总类胡萝卜素含量表型变异的15.77%、20.75%和15.92%,CrtRB1的标记3'TE未检测出显著性.基因PSY1、LCYE和CrtRB1组成的联合单倍型分别可解释β-胡萝卜素、维生素A源和总类胡萝卜素含量表型变异的37.20%、40.71%和41.11%.基因间联合单倍型效应高于单基因单倍型效应.PSY1和LCYE有利等位基因对甜玉米中类胡萝卜素的合成有重要影响,其功能标记可用于分子标记辅助选择,为甜玉米的维生素A源强化育种奠定了基础.     

牦牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因的克隆及序列分析

为了解牦牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因的特点,根据GenBank已公布的牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因序列设计4对引物,每个基因分两段扩增,测序并拼接,首次克隆牦牛应激型 HSPA1A和 HSPA2基因。序列分析表明,扩增到的牦牛应激型 HSPA1A基因全长2 134 bp,开放阅读框全长1 926 bp,编码641个氨基酸,分子质量为70.26 ku; HSPA2基因全长1 911 bp,开放阅读框全长1 911 bp,编码636个氨基酸,分子质量为69.85 ku。将 HSPA1A和 HSPA2基因开放阅读框编码的氨基酸序列进行ScanProsite分析,均得到3个HSP70蛋白家族标记。核苷酸序列同源性分析表明, HSPA1A和 HSPA2基因具有较高的保守性,牦牛与牛的 HSPA1A和 HSPA2基因核苷酸序列同源性最高,分别为99.8%和99.1%。遗传进化关系分析表明,牦牛与牛的应激型 HSPA1A和 HSPA2基因亲缘关系最近。     

陕北白绒山羊Lhx2基因cDNA序列的克隆与原核表达

根据GenBank中已发表的Lhx2基因序列设计引物,采用RT-PCR方法,从陕北白绒山羊皮肤组织克隆Lhx2基因编码区cDNA,对其进行生物信息学分析,并构建原核表达载体pET-Lhx2,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达。最终获得陕北白绒山羊Lhx2基因,长1 221bp;酶切和测序结果显示,原核表达载体pET-Lhx2构建成功;SDS-PAGE和Western blot分析表明,重组原核表达载体在大肠杆菌中成功表达出目的融合蛋白。     

河西绒山羊次级毛囊超微结构的周期性变化

【目的】研究成年绒山羊次级毛囊组织超微结构的周期性变化过程,为研究绒山羊绒毛生长的分子调控机理奠定形态学基础。【方法】活体采集的皮肤样品,经3%的戊二醛前固定和锇酸的后固定,通过上行酒精梯度脱水后进行包埋。制作河西绒山羊一年周期内每个月的皮肤超薄切片,经铀和铅双染色后在透射电镜下进行超微结构的观察、拍照和分析。【结果】河西绒山羊次级毛囊组织的超微结构随着毛生长周期呈周期性变化,可分为5个不同的时期,即1-2月为休止期、3-4月为生长前期、5-8月为生长期、9-10月为退行前期、11-12月为退行期。【结论】阐述了河西绒山羊次级毛囊在一个完整的生长循环过程中所处的5个不同的时期,为绒山羊绒毛相关领域的研究奠定超微结构方面的基础。     

山羊Pit-1基因遗传多态性及与生长性能的相关性分析

以河西绒山羊、陇东绒山羊、辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用PCR-SSCP和测序技术对Pit-1基因第6外显子进行多态性研究,并分析该基因多态性与山羊体质量和体尺性状的关系.结果表明:Pit-1基因第6外显子存在2个SNPs位点并形成AA、AB、BB、AC和BC 5种基因型,BB为优势基因型.除内蒙古绒山羊外,其他3个山羊群体的基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态.最小二乘法分析表明,AB基因型个体的体质量、胸围显著高于BC基因型(P<0.05),其他基因型间差异不显著(P>0.05).Pit-1基因是山羊生产育种应用中的一个有效遗传标记.     

Molecular Characterization and Expression Pattern of Rheb Gene in Inner Mongolia Cashmere Goat （Capra hircus）

As one member of the Ras super family, Rheb is an upstream regulator of mTOR signaling pathway, which regulates the process of cell-growth, proliferation and differentiation. In order to study the relationship between Rheb and mTOR in Inner Mongolian Cashmere goat (Capra hircus) cells, Ras homolog enriched in brain (Rheb) gene cDNA was amplified by RT-PCR. It is 555 bp in length and includes the complete ORF encoding 184 amino acids (GenBank accession no. HM569224). The full cDNA nucleotide sequence has a 99% identity with that of sheep, 98% with cattle and 93% with human while their amino acids sequence shares identity with 98, 97 and 97% of them, correspondingly. The bio informatics analysis showed that Rheb has a Ras family domain, two casein kinase II phosphorylation sites, two ATP/GTP-binding sites motif A (P-loop), a prenyl group binding site (CAAX box). Tissue-specific expression analysis performed by semi-quantitative RT-PCR. The Rheb gene was expressed in all the tested tissues and the highest level of mRNA accumulation was detected in brain, suggesting that Rheb played an important role in goat cells.     

博格达绒山羊KAP13.1基因的多态性研究

[目的]寻找影响毛绒性状的候选基因,探讨该基因是否能作为影响毛绒性状的候选基因之一.为后期新疆山羊地方品种的分子育种提供一定的理论依据.[方法]试验以随机采集的279个博格达绒山羊个体的血样为材料,利用PCR-RFLP、DNA测序等技术研究分析博格达绒山羊KAP13.1基因的多态性.[结果]博格达绒山羊KAP13.1基因具有多态性,KAP13.1基因存在三种基因型:TT、GT和GG,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P＞0.05),KAP13.1基因编码区片段在基因组c.186位置发生错义突变T＞G,导致氨基酸p.48Leu＞Arg的变化.[结论]KAP13.1基因可能是影响绒山羊产绒性状的候选基因之一.     

1BL/1RS易位系小麦品质性状相关基因等位变异分析

为了探讨1BL/1RS易位系在小麦品质育种中的潜在利用价值,利用小麦品质相关基因分子标记,明确了258份1BL/1RS易位系小麦品种(系)中5个相关基因型的分布规律。在258份1BL/1RS易位系小麦品种(系)中,Ppo-A1b和Ppo-D1a 2个基因型分布频率分别为58.2%和64.0%,Ppo-A1b/Ppo-D1a基因型所占比例为36.8%。这表明1BL/1RS易位系在低PPO活性小麦育种中具有应用价值。Psy-A1低黄色素等位变异基因型Psy-A1b仅占全部1BL/1RS易位系品种(系)的30.2%。在低黄色素小麦育种亲本组配中,应注意1BL/1RS易位系品种(系)的选择。硬质麦Pinb-D1b基因型所占比例为60.9%。在258份1BL/1RS易位系小麦品种(系)中,其中27份的基因型为Ppo-A1b/Ppo-D1a/Psy-A1b/Pind-D1b,这些品种(系)在小麦品质育种中有重要应用价值。穗发芽密切相关基因Vp1的等位基因Vp-1Ba、Vp-1Bb、Vp-1Bc所占比例分别为33.3%、3.1%、63.6%。     

绒山羊瘤胃甲烷菌mcrA基因的RFLP分析(英文)

[Objective] The aim of this study is to understand the population composition of methanogens in rumen fluid of grazing Inner Mongolian cashmere goat. [Method] Total DNAs of various bacteria in rumen fluid were isolated for PCR amplification using the specifically designed primers based on conservative mcrA sequence of methanogens; then mcrA specific clone library was accordingly established. The restriction fragment length polymorphism(RFLP) of the library was further analyzed by digestion of restriction enzyme Taq I. [Result] One hundred and five randomly selected specific colonies were classified into six RFLP types, among which the dominant type accounts for 38%, and other types account for 27%, 18%, 5.5% and 4.5%, respectively. [Conclusion] There are at least six different methanogens in rumen fluid of grazing Inner Mongolian cashmere goat.     

内蒙古白绒山羊蛋白激酶B/AKT基因的克隆及表达模式分析

 【目的】克隆内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA并分析其基本表达模式。【方法】RT-PCR克隆AKT基因 cDNA。通过在线软件BLAST进行核酸序列分析,用SMART与Psite进行氨基酸序列分析。半定量RT-PCR检测AKT基因在绒山羊组织中的表达特异性。Western blotting检测绒山羊胎儿成纤维细胞中AKT表达。【结果】克隆到的内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA片段长 1 443 bp,包含了编码480个氨基酸残基的全长ORF,氨基酸序列与绵羊（NM_001161857.1）同源性为97%。SMART分析表明,ORF编码的蛋白包含了可与3-磷酸肌醇结合的PH结构域及具有丝氨酸/苏氨酸激酶催化活性的S_TKc结构域。Psite分析表明,含有1个cAMP-/cGMP-依赖性蛋白激酶磷酸化位点、6个蛋白激酶C磷酸化位点、10个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个蛋白激酶ATP结合区信号和1个丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性区域。PSORT程序预测其定位于细胞质中。AKT基因mRNA丰度在睾丸、脑和肾中较高,在脾、肝、肺及乳腺组织中相对低。绒山羊胎儿成纤维细胞中抑制mTOR活性,AKT表达量降低。【结论】内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA全长ORF的核苷酸序列与绵羊的AKT基因具有很高的同源性,AKT基因在脾、睾丸、脑、肝、肺、乳腺及肾组织中均有表达,其AKT的表达受mTOR信号通路的调控。     

内蒙古白绒山羊LDH-A基因cDNA的克隆与特性分析

 【目的】克隆内蒙古白绒山羊乳酸脱氢酶A（LDH-A）基因并分析其基本表达模式。【方法】采用RT-PCR和3′ RACE技术克隆基因,将得到的基因cDNA序列及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。利用RT-PCR方法进行组织表达检测。【结果】获得了内蒙古白绒山羊LDH-A基因全长cDNA序列。该基因cDNA全长1 649 bp,包含一个996 bp的ORF和642 bp 的3′ UTR。SMART分析表明ORF编码的蛋白质具有Ldh_1_N domain和Ldh_1_C domain,Psite分析表明有L-乳酸脱氢酶活性位点,PSORT程序分析将其定位于细胞质中。LDH-A基因在脾、肾、睾丸和肌肉组织中均有表达。【结论】内蒙古白绒山羊LDH-A基因编码的蛋白具有典型的乳酸脱氢酶结构,cDNA核苷酸序列与牛的LDH-A基因（NM_174099.2）具有较高的同源性。在脾、肾、睾丸和肌肉组织中均有表达。