藏绵羊DRB3基因第2外显子多态性分析

为了研究藏绵羊(Ovis aries)DRB3基因的多态性,确定其等位基因数、等位基因间的核苷酸多态位点、变异类型,以及分析各等位基因间的遗传关系和进化意义,研究采用PCR-SSCP方法检测了500只藏绵羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因.结果表明藏绵羊DRB3基因第2外显子表现了37个等位基因,37个单倍型序列分析发现82个核苷酸多态位点;37个单倍型序列与GenBank下载序列对比分析,结果表明35个DRB3的等位基因是本研究旨次发现;37个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势.研究认为藏绵羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;藏绵羊DRB3基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的.     

山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

绵羊肌细胞生成素基因外显子1的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了肌细胞生成素(myogenin，MYOG)基因外显子1在小尾寒羊、湖羊、多赛特羊和萨福克羊4个绵羊品种中的多态性。结果表明在引物1中不存在多态性，在引物2中存在3种基因型(AA型、AB型和BB型)。对引物2扩增片段，4个绵羊品种都检测到AA基因型和．413基因型，BB基因型只在小尾寒羊、湖羊和萨福克羊中检测到，而在多赛特羊中没有发现；在4个绵羊品种中，AA基因型频率最高，A等位基因频率均明显高于B等位基因频率。对引物2的多态片段测序分析表明：位于MYOG基因cDNA第183处(GenBartk登录号U14331)发生了单碱基突变(C→T)，并导致了氨基酸由丙氨酸改变为缬氨酸。     

草原红牛及其杂种后代A-FABP第4外显子遗传多态性分析

本研究选取没有亲缘关系、月龄相同、并在同一条件下饲养的草原红牛个体78头,草原红牛与利木赞第一代杂交后裔128头进行颈静脉采血提取基因组DNA,并利用PCR-SSCP技术对其肉质性状相关的A-FABP基因第4外显子进行遗传检测分析。研究结果表明,草原红牛A-FABP基因第4外显子区域表现AA、BB和AB共3种基因型,其基因型频率分别为0.59、0.04和0.37;基因频率分别为0.61、0.39;多态信息含量(PIC)为0.37,杂合度(He)为0.48,属于中度变异。草原红牛与利木赞牛杂交后代群体也检测到2个等位基因、3种基因型,基因型频率分别为0.23、0.58和0.19;等位基因频率为0.52、0.48;PIC为0.38,He为0.50。据本研究结果可知草原红牛及杂交后代群体遗传变异较大、具有一定选择潜力,能够较好利用分子遗传标记手段指导育种。     

牛BoLA-DRB3基因第2外显子多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是牛主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)基因家族中的Ⅱ类基因,它是该基因家族中最主要的功能基因,所编码的MHC抗原与免疫应答和抗病性密切相关。其第2外显子编码抗原的主要功能区。实验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛和晋南牛3个群体的BoLA-DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析,检测到A、B和C3个等位基因,出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明,鲁西牛和晋南牛在HaeⅢ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。结合测序,结果显示在BoLA-DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70%的核苷酸发生突变,相对应有14.61%的氨基酸发生了替代。     

绵羊HMGA1基因的生物信息学分析

高迁移率族蛋白A1基因(high mobility group protein A1,HMGA1)是一类对DNA转录起调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内.为探究HMGA1基因在绵羊体内的功能,对该基因及其编码产物进行了生物信息学分析.结果显示,绵羊HMGA1基因编码152个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子式为C443...     

绵羊KCNH1基因的生物信息学分析

以绵羊钾电压门控通道H亚家族成员1(potassium voltage-gated channel subfamily H member 1,KCNH1)基因为研究对象,利用生物信息学数据库及其相关软件,对其进行生物信息学分析,以初步了解其结构和生物学功能.结果表明,绵羊KCNH1基因所含最大长度序列为2961 bp,...     

藏绵羊DQA座位基因的适应性进化研究

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)是脊椎动物重要的功能基因家族之一,其所编码的MHC分子具有维持机体世代适应环境变化的能力和功能,是研究动物适应性进化研究的最佳遗传标记.本研究选择青藏高原的主要畜种资源——藏绵羊(Ovis aries)为研究对象,利用聚合酶链式反应-单链构象多态(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)技术对甘肃(欧拉,乔科和甘加型)和青海(青海欧拉型和青海高原型)的5个藏绵羊生态群体的DQA座位基因遗传特征进行研究,以期揭示其与藏绵羊高原适应性进化的机制;结果在藏绵羊DQA座位的2个基因中发现了33个等位基因和125个核苷酸变异位点,表明5个生态群体藏绵羊的DQA座位基因均具有丰富的多态性;分析证明平衡选择是维持藏绵羊DQA座位基因多态性的主要机制之一,甘肃和青海5个藏绵羊生态群体DQA座位基因区域之间的变化(among groups)小于同一区域不同群体间的变化(among population with groups),进一步说明藏绵羊DQA座位基因发生了正选择作用和适应性进化.研究结果将为藏绵羊的遗传改良和种质创新提供基础数据.     

小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的绵羊品种小尾寒羊和季节性发情的绵羊品种多赛特羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A，MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析。结果表明, 小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的绵羊序列(GenBank登录号U14109)完全相同。小尾寒羊与多赛特羊MTNR1A基因外显子2的差异由5个变化的核苷酸(分别为C329T、G355T、C566T、C580A和A675G)组成，核苷酸同源性为99.4%。小尾寒羊与山羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠和鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.2%～98.5%，氨基酸序列同源性为78.5%～98.5%。     

藏猪氟烷基因PCR-RFLP和序列多态性分析

本文应用PCR方法,体外扩增了94头藏猪的氟烷基因18149～18760位之间612bp的片段（包含完整的外显子17和cDNA C1843→T1843突变位点）,采用HhaⅠ内切酶对扩增产物进行了酶切多态性分析,发现94头藏猪个体都呈现氟烷阳性。并对4个藏猪个体的氟烷基因的612bp片段进行序列测定,测定结果与GenBank中Brening公布的序列和帅素容测定的6个中国地方猪种氟烷基因序列的相同区段进行比较分析,结果表明,本文所测藏猪序列共发现2个变异位点,都发生在内含子区段,皆为转换型突变;在内含子16内有1个位点存在转换型杂合子。在4个藏猪个体中未发现cDNA C1843→T1843突变位点。     

山羊促黄体素受体基因（LHR）外显子11的PCR-SSCP分析

设计6对引物,用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和序列分析方法检测促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11在性早熟、高繁殖力山羊(Capra hircus)品种(济宁青山羊)和性晚熟、低繁殖力品种(波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响.结果发现,仅引物P3和P6的扩增片段具有多态性.引物P3在波尔山羊中检测到AA、AB和BB基因型,在济宁青山羊和安哥拉山羊中均检测到AA和AB基因型,在内蒙古绒山羊中只检测到AA基因型;测序发现BB基因型与AA基因型相比存在1个突变(G1522A),导致505位氨基酸南缬氨酸变为甲硫氨酸(V505M);济宁青山羊从和AB基因型频率分别为0.919和0.081,在P3位点上处于哈迪-温伯格平衡状态(,P=0.877);济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间LHR基因型分布差异分别达到极显著(P<0.001)、显著(P<0.05)和不显著(P>0.05)水平;济宁青山羊AA和AB基因型之间产羔数差异不显著(P>0.05).引物P6在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD与CC基因型相比发生了A2039G突变,导致677位氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸(Q677R);济宁青山羊CC和CD基因型频率分别为0.161和0.839,在P6位点上处于哈迪-温伯格不平衡状态(,P=0.000);济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间LHR基因型分布差异分别达到极显著(P<0.001)、极显著(P<0.001)和显著(P<0.05)水平;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著(P>0.05).研究结果初步表明LHR基闪外显子11对济宁青山羊的性早熟和高繁殖力没有显著影响.     

牛类胰岛素生长因子结合蛋白3基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了牛类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP3)基因在南阳牛、鲁西牛和中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态性。结果表明:IGFBP3的第3外显子不存在遗传多态性;第2外显子在3个牛品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为3个牛群体的优势等位基因,分布较高。3个品种中,中国西门塔尔牛AA基因型频率最高,达到0.6615,而鲁西牛和南阳牛则相对较低,分别为0.4043和0.3095。对第2外显子的多态片段测序分析表明:位于IGFBP3基因第8069bp处发生单碱基突变T→C,并导致了苯丙氨酸变为亮氨酸。     

基于DNA池重测序技术研究细毛羊LAMB1基因的SNPs分析

层粘连蛋白β1 (laminin-beta-1,LAMB1)作为层粘连蛋白家族成员之一,在生物过程中发挥极为重要的作用.为了分析细毛羊(Ovis aries)毛性状相关候选基因LAMB1的遗传效应,本研究通过DNA池重测序技术筛选了LAMB1基因外显子区的5个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),对其使用聚合酶链反应-单链构象多态性(single strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products,PCR-SSCP)技术分型,在此基础上,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场418只细毛羊毛性状的遗传效应,利用HaploView 4.2软件进行连锁不平衡(linkagedisequilibrium,LD)分析.结果显示,该细毛羊群体遗传变异处于中等水平,LAMB1的5个SNPs发生错义突变.SNP2中AA和GA基因型个体鉴定时体重、剪毛后体重极显著高于GG基因型个体(P＜0.O1);SNP4中CC、TT和TC基因型个体间的自然长度差异极显著(P＜0.01),CC基因型个体的剪毛后体重极显著高于TT和TC基因型的个体(P＜0.01);而其他SNPs各基因型个体间的部分毛性状有显著差异(P＜0.05).SNP1和SNP3、SNP2和SNP3处于连锁不平衡状态,LAMB1基因可作为具有潜在应用价值的细毛羊毛性状分子标记之一.本研究揭示了L4MB1基因的分子遗传特征及其与细毛羊群体的遗传关系,为高效选育细毛羊经济性状及对其种质资源的保护与利用提供了分子学基础.     

Analysis of SNP Markers for Blue-shelled Gene in Chicken by PCR-SSCP

决定绿壳蛋鸡壳色的Oocyan(O)基因座位位于一号染色体。绿色蛋壳的色素主要有原卟啉、胆绿素以及胆绿素的锌络合物，将上述色素代谢途径中的酶对应的基因在家鸡基因组序列中进行比对，没有发现与O基因座位相符的位点。基于ALEV1周围微卫星标记较少，在家鸡一号染色体基因组序列上选取距离ALEV1上游3.5 cM的位点设计引物进行PCR-SSCP分析，寻找与绿壳基因座位紧密连锁的SNP标记位点，并且分析标记位点基因型与O位点不同基因型之间的相关性。结果表明,一个标记与绿壳基因位点紧密连锁，该标记上发生2个点突变，分别是家鸡Chr1:61754089T->A与Chr1:61754175A->T上的颠换。在纯合绿壳蛋鸡群体中，81%的个体在2个位点均发生突变，标为AA型，杂合绿壳群体中AB型为89%，粉壳蛋鸡群体中93%的个体与红色原鸡序列一致，标为BB型。在绿壳蛋鸡育种中，建议以AA型作为分子标记提高绿壳蛋鸡育种工作的效率。