空心菜SRAP-PCR分析体系的建立与优化

以空心菜为试验材料,利用单因素试验对影响SRAP-PCR反应体系的DNA模板、10×PCR Buffer(含Mg2+)、dNTPs、引物以及TaqDNA聚合酶5个因素进行优化,从而建立适合于空心菜SRAP-PCR分析的反应体系。结果表明:空心菜SRAP-PCR最佳的反应体系(25μL)为:DNA模板80ng、10×PCR Buffer(含Mg2+)2.5mmol·L-1、dNTPs 0.2mmol·L-1、引物0.4μmol·L-1、TaqDNA聚合酶1U。运用所优化的SRAP-PCR分析体系,对"本地空心菜"和"三叉空心菜"2个品种进行SRAP-PCR扩增,扩增结果所获得的电泳谱带清晰明亮,材料间表现出明显的多态性,并且在25对SRAP引物组合中可以筛选出7对多态性高的组合,能明显区分2个空心菜品种。由此可见,本试验所建立的SRAP-PCR体系适用于空心菜的品种鉴定和遗传多样性分析。     

桑树SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以广西地方桑树种质资源＂平武1号＂为材料,以引物组合Me8/Em3对其SRAP反应体系的模板DNA、引物、dNTPs和Taq DNA聚合酶等条件进行优化。结果表明,最优反应体系为：在25.0μL反应体系中含模板DNA 45.0 ng,引物1.0μmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,Taq酶1.0 U。用42个引物组合对6份桑树二倍体品系（农桑8号、璜桑37号、湖桑197号、湖桑32号、湖桑199号、育711、桐乡青、国桑20号）及其同源四倍体进行扩增,其中引物组合Me6/Em2的扩增条带清晰,品种间有不同程度的多态性。该研究建立的反应体系应用于桑树遗传多样性研究,重复性好,稳定性强,结果可靠,可用于下一步研究。     

丝瓜ISSR-PCR反应体系的建立

以丝瓜为试材,研究了ISSR-PCR反应体系的主要成分及退火温度、循环次数对丝瓜ISSR扩增结果的影响。结果表明:在20μl的反应体系中,Mg2+的用量为2 mmol/L,dNTPs浓度为0.2 mmol/L,引物的浓度为0.6μmol/L,TaqDNA聚合酶的用量为1 U,模板DNA的用量为30 ng,在适当的退火温度下,35个循环能得到清晰、多态性高的ISSR带谱。     

春兰SRAP-PCR反应体系的建立与优化

[目的]构建适合春兰SRAP-PCR反应的最佳体系。[方法]对影响PCR反应的5个变量(dNTPs浓度、Mg~(2+)浓度、引物浓度、Taq酶量、模板DNA用量)采用L16(45)正交试验设计,建立春兰SRAP-PCR最适反应体系。[结果]最佳优化体系为0.25 mmol/L d NTPs、2.50 mmol/L Mg~(~(2+))、0.80μmol/L引物、1.00 U Taq酶、200.00 ng模板DNA,共20μL。扩增程序:94℃预变性4 min,反应前5个循环在94℃变性1 min、35℃复性1 min、72℃延伸1 min的条件下运行,随后的30个循环复性温度提高至50℃,最后72℃延伸10 min。[结论]该体系有利于SRAP分子标记在春兰材料上的应用,为春兰分子遗传育种奠定了基础。     

丝瓜ISSR-PCR反应体系的优化

以丝瓜为研究材料,通过单因素试验结合正交设计研究ISSR-PCR反应的影响因素,建立反应体系.结果表明;在20 μL的反应体系中,含2.0 μL 10×buffer,1.5 U TaqDNA聚合酶,0.25 mmol·L-1dNTPs,0.35 μmol·L-1引物,30 ng模板DNA,为丝瓜ISSR-PCR分析的最...     

苦楝SRAP-PCR反应体系的建立及优化

【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、d NTPs、Mg2+、引物和Taq DNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.【方法】采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平,确定浓度范围后进行L16(45)正交试验设计,并对结果进行打分,确定优化体系.【结果和结论】SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高,有一个较宽的浓度适宜范围;d NTPs在0.1~0.2 mmol·L-1范围内,能扩增出条带基本相同的清晰谱带;Mg2+为2.0mmol·L-1左右时扩增条带较清晰且数量多;引物介于0.48~0.64μmol·L-1均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带;Taq DNA聚合酶在0.50~2.00 U范围内可以得到清晰的带型.根据正交试验设计16个处理的得分,确定优化的反应体系为:模板DNA 30 ng、d NTPs 0.125 mmol·L-1、Mg2+2.25 mmol·L-1、引物0.48μmol·L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U,反应总体积25μL.     

火焰兰属SRAP-PCR 体系的建立优化及验证

为建立火焰兰SRAP-PCR体系,采用U20(55)均匀试验设计,以10份火焰兰种质基因组DNA为模板,用3对SRAP引物对DNA模板、Mg2+、引物、Taq DNA聚合酶和dNTPs等5个因素的浓度进行优化组合和验证.结果表明,提取的火焰兰基因组DNA纯度高、完整性好;利用引物对Me6/Em6进行PCR扩增,对20个处理初步筛选出扩增条带较清晰,多态性丰富的处理,再用2个DNA模板进行复筛,获得最佳反应体系(20μL):模板DNA 60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、引物1.0 μmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、dNTPs 0.20 mmol/L.最后用2对引物、8份火焰兰种质来验证优化SRAP-PCR体系,其所获条带清晰,多态性丰富.     

西瓜SRAP-PCR程序和体系优化

建立适宜西瓜DNA的SRAP-PCR扩增体系,为西瓜基因图谱的构建和分子标记打下基础。以西瓜中华拳王品种为试验材料,探索了西瓜SRAP-PCR反应程序,并对西瓜SRAP-PCR反应体系的各影响因子进行梯度实验,筛选和建立可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳SRAP-PCR反应程序和体系。最佳SRAP-PCR反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸1min,共5个循环;94℃变性1 min,50℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环;72℃延伸5 min;4℃保存。最佳SRAP-PCR反应体系(15μl)为:DNA 100 ng,dNTPs 0.3 mmol/L,Mg2+2.0 mmol/L,primer 7.5 pmol/L,Taq polymerase 0.75 U。该程序和体系能很好地满足西瓜基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于西瓜遗传研究是可行的。     

大白菜SRAP-PCR反应体系的优化

对大白菜DNA的SRAP-PCR扩增体系进行优化,为大白菜抗软腐病基因图谱的构建和分子标记奠定基础。以大白菜基因组DNA为模板,对PCR反应体系的各影响因子进行梯度试验,筛选可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳体系。该体系(25μL)为:Mg2+3.0 mmol·L-1、dNTPs 0.3 mmol·L-1、Taq酶1.5 U、引物0.2μmol·L-1、模板DNA 60 ng。该体系能很好地满足大白菜基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于大白菜遗传研究是可行的。     

马铃薯SRAP-PCR反应体系的优化

[目的]建立马铃薯大西洋SRAP—PCR反应体系,为今后的研究奠定基础。[方法]以马铃著大西洋基因组DNA为模板,从Mg^2＋浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA浓度5个方面对大西洋SRAP-PCR反应体系进行优化。[结果]适合大西洋的SRAP-PCR反应体系为：模板DNA1．0μl（50ng／μl）,Vaq酶1．7μl（1U／μl）,引物对1．5μl（1μmol／L）×2,MgCl2 2．4μl（25mmol／L）,dNTPs0．6μl（10mmol／L）,10×Buffer3．0μl,ddH2O18．3μl,总体积30μl。[结论]建立的SRAP-PCR反应体系是稳定可靠的。     

湖北海棠SRAP-PCR反应体系的优化

对PCR反应中相互影响的三因素采用三水平全组合设计,建立了湖北海棠SRAP-PCR的最佳反应体系:Mg2+2.5 mmol·L-1,Taq酶1.5U,dNTP 0.3 mmol·L-1,引物0.3 μmol·L-1,Buffer1×,DNA模板30ng,反应总体积25 μL.应用该体系对33个湖北海棠样本进行扩增,得到了清晰、多态性丰富的扩增条带,证明该体系稳定可靠,可以在湖北海棠的相关研究中应用.     

Optimization of SRAP-PCR Reaction System in Flax

Part of wild flax species and cultivated species were used as materials for optimizing SRAP-PCR reaction system, and concentration gradient test was made for all factors in order to select and establish the optimal program and system fitting for amplifying high diversity, good reproducible and clear bands. This program and system could well meet the requirement of flax SRAP and prove that SRAP marker was feasible for researching genetic polymorphism of flax.     

带叶兜兰SRAP反应体系的建立与优化(英文)

[目的]确定带叶兜兰的SRAP反应体系。[方法]以带叶兜兰嫩叶提取的DNA为材料,对带叶兜兰SRAP反应体系中的主要成分dNTPs、Mg2+、Taq酶、模板DNA及引物进行了单因子优化。[结果]最终确定了适合带叶兜兰基因扩增的SRAP反应体系:在25μl反应体系中加入10×PCR Buffer 2.5μl、dNTPs0.15 mmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、引物0.4 mmol/L、Taq酶0.3 U。[结论]该体系扩增条带清晰,重复性好,可应用于带叶兜兰的多方面的分析。     

新疆哈密瓜SRAP反应体系建立和优化

[目的]研究新疆哈密瓜SRAP反应的最佳体系,为进一步研究新疆哈密瓜分子标记辅助育种提供基础.[方法]采用均匀实验设计法对新疆哈密瓜SRAP - PCR反应体系的5个主要因子进行优化.[结果]优化后的SRAP - PCR反应体系扩增多态性高、带型清晰、稳定性好,是新疆哈密瓜SRAP扩增的最佳条件.利用该优化体系,对12个新疆哈密瓜地方品种基因组DNA进行SRAP扩增,大部分材料扩增出来的带清晰可辨、条带丰富、背景无干扰,满足分子标记应用的要求.[结论]20 μL的反应体系中各成分用量或浓度为:模板DNA 36 ng、Taq DNA聚合酶2.5U、dNTPs2.2 5 mmol/L、引物0.6μmol/L、Mg2+ 1.75 mmol/L和2μL10×PCR buffer.     

均匀设计优化野生狗牙根的SRAP-PCR反应体系

采用均匀设计方法,对影响野生狗牙根SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板浓度等进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于野生狗牙根的SRAP-PCR反应体系.该优化的25μl反应体系包含MgCl2 3.5 mmol/L,dNTPs 0.20 nmol/L,引物0.44 μmol/L,Taq DNA聚合酶1.50 U,模板28 ng/L.在此基础上又对退火温度进行了摸索,结果发现扩增结果对退火温度变化不敏感.最后运用优化体系对来自不同地区的10份野生狗牙根的16个单株的DNA进行扩增验证,结果获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富.说明该优化的SRAP-PCR体系可用于野生狗牙根不同种间亲缘关系、系统进化和遗传多样性等领域的研究.     

剑豆SRAP-PCR反应体系的建立及优化

【目的】建立和优化剑豆Canavalia ensiformis的SRAP-PCR体系,为分析剑豆遗传多样性和建立遗传图谱打下基础.【方法】首先用单因素试验法对SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因素(Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)各设8个浓度梯度进行试验,找到5个因素的适宜浓度范围,再采用均匀设计法进行5因素4水平和5因素3水平的2轮优化.【结果和结论】建立了剑豆SRAP-PCR最佳反应体系(25μL):Mg2+1.75 mmol/L,d NTPs 200μmol/L,引物0.36μmol/L,Taq DNA聚合酶0.06 U/μL,模板DNA 40 ng.所建立的体系稳定可靠,适用于剑豆后续的SRAP分析.     

麻疯树SRAP-PCR反应体系的优化

采用L9(45)正交设计对影响麻疯树SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用SPSS13.0进行分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+dNTPs引物Taq酶DNA模板。对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度)进行单因素试验,确立麻疯树SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.5 mmol/L、引物0.4μmol/L、dNTPs150μmol/L、DNA模板60 ng、Taq酶0.5 U。将该体系用于麻疯树的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

枸杞SRAP反应体系建立和优化

以宁杞1号为试验材料,探讨Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度、模板DNA用量对枸杞SRAP-PCR反应的影响.建立20μL反应体系,模版DNA 50 ng,Buffer 1×,Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.3 mmol.L-1,引物0.3μmol.L-1,Taq DNA聚合酶用量为1 U,并利用该反应体系,两对不同引物组合Me1/Em1和Me3/Em5对12份枸杞样品DNA进行SRAP-PCR扩增,1.8%琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,不同品种(系)间DNA谱带多态性丰富,说明该体系稳定可靠.     

无患子SRAP-PCR反应体系的优化

建立适合无患子Sapindus mukurossi的相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系,为研究无患子种质资源的遗传多样性、亲缘关系及遗传改良等奠定基础。以南平产的无患子叶片为材料,采用单因素法对体系中的DNA模板、镁离子、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs),引物和TaqDNA聚合酶等5因素进行优化。确立了适合无患子SRAP的最佳反应体系(20μL):1×PCR缓冲液,50 ng模板DNA,2.0 mmol·L-1镁离子,0.2 mmol·L-1dNTPs,0.5×16.67 nkat(0.5 U)TaqDNA聚合酶,0.4μmol·L-1引物。利用该体系对12份无患子种源材料进行PCR扩增,获得了清晰、稳定的DNA谱带,说明优化后的体系适宜无患子地理种源的遗传多样性分析。