基于STR分型检测技术的新疆九个家鸡资源遗传多样性分析

利用18个微卫星标记对新疆南疆地区吐鲁番斗鸡、喀什斗鸡、安集延鸡、塔什库尔干家鸡、和田黑鸡、阿合奇家鸡、拜城油鸡、和田麻鸡、和静家鸡9个家鸡群体进行检测分析。结果表明:18个位点均为高度多态性位点(多态信息含量PIC在0.745~0.929之间);9个家鸡群体显示出较高的多态性水平(观测杂合度Ho=0.775~0.932,期望杂合度He=0.777~0.934),其中安集延鸡的多态性水平最高,和田麻鸡的多态性最低;Nei氏遗传距离系统聚类分析显示,吐鲁番斗鸡与喀什斗鸡属于同一分支,阿合奇家鸡与拜城油鸡的遗传距离最近,安集延鸡由于其历史原因与南疆本地品种不在同一分支,属于一个新的品种。     

江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。     

微卫星标记预测太行鸡与其他高产商品蛋鸡亲本间的杂种优势

为了给太行鸡的杂交改良提供参考依据,试验首先选取10个多态性微卫星标记座位,对太行鸡、海兰灰父系、海兰灰母系、罗曼粉父系、罗曼粉母系、京粉1号父系、京粉1号母系7个群体进行遗传多样性分析,计算群体遗传杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)、不同品种的有效等位基因数(E),然后计算群体间的Nei式遗传距离,进行系统聚类分析。结果表明:所选择的微卫星标记座位多态性丰富,10个微卫星标记座位的PIC值在0.584 2～0.657 5之间,有效等位基因数在5.27～5.75个之间,杂合度在0.414 0～0.657 9之间,说明所选的微卫星标记座位可靠;群体间Nei式遗传距离以及系统聚类分析结果得出太行鸡与罗曼粉父系遗传距离最大(0.340 7),其次是海兰灰母系,海兰灰父系与京粉1号父系遗传距离最近(0.056 6),据此推测太行鸡母系与罗曼粉父系、太行鸡父系与海兰灰母系间杂种优势较高。     

利用微卫星标记分析5种地方家禽品种遗传多样性

为了分析沂蒙地区饲养的家禽品种资源分类进化、种群遗传结构,试验对14个微卫星位点进行分析,检测琅琊鸡、济宁百日鸡、清远麻鸡、莱芜黑鸡及沂蒙草鸡的遗传多样性。结果表明:沂蒙草鸡的平均观察杂合度和多态信息含量(PIC)最高,分别为0.546,0.504,平均等位基因数为5.23;而琅琊鸡的平均观察杂合度和PIC最低,分别为0.434,0.311,平均等位基因数为3.45。各微卫星位点等位基因数在不同品系中差异不显著,品种间遗传距离范围为0.122～0.589,差异程度较大。沂蒙草鸡和琅琊鸡遗传距离最近,为0.122;清远麻鸡与其他品种鸡的遗传距离均较远,为0.442～0.589。相关分析结果表明,沂蒙草鸡与其他4个品种鸡呈现中度差异。     

利用微卫星标记分析三个绵羊品种及杂交后代遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F15个绵羊群体的遗传多样性,结果表明:7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.7077~0.8396;5个群体平均位点杂合度达0.7454~0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

浦东鸡遗传多样性和进化的微卫星分子标记分析

利用15个微卫星DNA分子标记对浦东鸡及其它6个鸡品种的群体遗传多样性和进化关系进行了检测分析。结果表明,在15个微卫星位点上群体平均观测杂合度为0.5957,期望杂合度为0.6025,多态信息含量为0.5757;7个品种鸡群的遗传距离差异程度较大(0.1872～0.6003)。其中,浦东鸡同其它6个群体间存在显著的遗传差异。试验结果在一定程度上反映了浦东鸡独特的遗传组成和品种形成过程,而且所选择的15个微卫星DNA分子标记能够有效地分析鸡群的遗传基础。     

丝羽乌骨鸡与其它鸡种遗传关系的研究

乌骨鸡是著名的药用品种 ,本文通过测定乌骨鸡和其它三种家鸡的线粒体DNAD -环区部分序列来研究其遗传结构与其它鸡种的异同。在所测的 2 0个DNA序列中共检测到 2 4个变异位点 ,变异率为 4.45 % ,说明乌骨鸡与其它鸡种的差异较小。研究还显示 ,乌骨鸡与白银耳鸡关系最近、与萧山鸡关系次之 ,与仙居鸡距离较远     

西北肉用绵羊新品群陶滩寒组合的微卫星标记研究

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F1 5个绵羊群体的遗传多样性,结果表明,7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量（PIC）达0.7077～0.8395;5个群体平均位点杂合度达0.7454～0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

新昌宫廷黄鸡遗传多样性及遗传结构分析

为研究新昌宫廷黄鸡的遗传多样性及遗传结构,本实验利用STR分型技术对新昌宫廷黄鸡在26个微卫星位点上的遗传多样性进行检测,并分析其与仙居鸡、萧山鸡、龙游麻鸡、丝羽乌骨鸡和白耳黄鸡的遗传距离。结果显示:新昌宫廷黄鸡平均有效等位基因数为4.03个,多态信息含量变幅为0.41～0.85,平均为0.67,观察杂合度平均为0.60,期望杂合度平均为0.72,Shannon信息指数平均为1.50,表明宫廷黄鸡26个遗传位点具有高度多态性,即该群体具有较高的遗传多样性;基于遗传距离NJ系统进化树将6个不同群体聚为两大簇,其中白耳黄鸡单独成一簇,其他5个品种聚为一簇,与宫廷黄鸡遗传距离从小到大依次为丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、萧山鸡、仙居鸡、白耳黄鸡,基于FCA分析结果与遗传距离NJ系统进化树结果一致。     

重庆地方鸡微卫星遗传多样性研究

为了研究重庆地方鸡品种的遗传多样性,试验采用将微卫星标记与荧光标记引物测序相结合的技术进行基因分型,计算各群体在每个位点上的等位基因频率,以及各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:在12个微卫星位点中共检测到88个等位基因,Ne在3.158 5～8.480 6之间,位点平均杂合度在0.416 7～0.875 0之间,品种平均杂合度在0.587 3～0.722 5之间,平均杂合度最高的是南川鸡,最低的是城口山地鸡;3个鸡品种在12个微卫星位点上的基因频率存在明显差异,H为0.659 9,PIC为0.741 2;聚类分析显示,南川鸡和大宁河鸡聚为一类,城口山地鸡独自聚为一类。     

利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

利用微卫星标记分析不同保种场的保种效果

分别采用23对微卫星引物分析了我国两个地方品种北京油鸡和北京鸭在不同保种场的保种效果。检测了北京油鸡和北京鸭共计240个个体的基因型,通过计算等位基因数量、遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、F统计量和Nei氏遗传距离分析了北京油鸡和北京鸭群体内与群体间的变异,比较了两个品种不同保种场的保种效果。在所检测的4个群体中,各群体均有较高的多态性,其杂合度均超过了0.5,除微卫星座位APL82(北京鸭Ⅱ)为纯合位点外,各位点等位基因数量为2~16个。结果表明,4个保种场均较好地保存了这些品种的遗传多样性,但同一品种保种场间保种群体已经发生了分化。     

微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性

为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性。结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4(MCW0103)~27(LEI0094)不等,平均为12.65。所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4%,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei′s遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)~0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等。UPGMA系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起。北京油鸡独自聚为一类。UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合。     

8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中的遗传多样性研究

利用8个微卫星位点对甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系进行遗传检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量。结果表明,位点BM3501的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最高（Ne=7.30,H=0.866,PIC=0.848）;位点BM3413的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最低（Ne=2.33,H=0.573,PIC=0.478）;8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中多态性丰富,除位点BM3413表现为中度多态外,其余位点均表现为高度多态。因此,甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,选择余地较大;8个微卫星位点可用于甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传多样性评估,并可用于对其羊毛性状和肉用性状的进一步研究。     

略阳乌鸡黑羽和白羽群体微卫星遗传多态性分析

为了对略阳乌鸡黑羽和白羽两个群体遗传多态性进行评估,研究从FAO推荐使用的30对微卫星标记中筛选出8个有效标记进行遗传分析。结果显示:8个微卫星位点在略阳乌鸡中共检测到41个等位基因,黑羽乌鸡和白羽乌鸡两个群体的等位基因数基本一致,但不同群体存在各自的优势等位基因和特有等位基因。略阳黑羽乌鸡8个位点的平均观察杂合度、平均期望杂合度、Nei′s期望杂合度和平均多态信息含量分别为1.0、0.789 5、0.750 0和0.663 1;白羽乌鸡8个位点的平均观察杂合度、平均期望杂合度、Nei′s期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.839 3、0.728 2、0.702 2和0.651 4。研究结果表明,略阳黑羽乌鸡和白羽乌鸡群体内均保存着较为丰富的遗传多样性,种群内不存在近交问题,该品种在选育和生产中没有导入外血,品种纯正,保留了较为原始的基因库。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

华南家鸡MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258的遗传多样性与进化研究

旨在应用MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258研究华南家鸡的遗传多样性与进化历史。以华南地区和邻省家鸡及商品鸡为试验材料,对微卫星位点LEI0258进行基因分型和测序,分析其遗传多样性和构建中介网络图。结果表明,580份样品共检测到LEI0258的62个等位基因,长度范围为182~501bp,其中37个为首次发现。华南家鸡LEI0258保持着较高的遗传多样性水平,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.813、0.960和0.957。中山沙栏鸡、文昌鸡和五华三黄鸡的遗传多样性水平明显高于广西三黄鸡。LEI0258的28个等位基因与27种已知MHC血清型相对应。基于LEI0258侧翼区变异信息的中介网络图将62个等位基因分为8条进化枝,其中3条进化枝同样存在于红原鸡中,提示华南家鸡主要起源于红原鸡。部分等位基因存在于特定鸡品种中,可作为品种鉴定的参考依据。结果提示,微卫星位点LEI0258适用于地方鸡群体遗传多样性、血清型鉴定、品种鉴定和进化研究。     

基于微卫星标记的安徽省四个地方鸡种群体遗传多样性及其遗传结构分析

研究对安徽省四个地方鸡种遗传资源淮南麻黄鸡、霍邱鸡(固始鸡)、黄山黑鸡、金寨黑鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。利用基因组扫描技术检测21个微卫星标记在四个群体中的基因型,统计分析各群体的遗传多样性指标。结果显示:21个微卫星标记在四个群体中表现出中高度多态性;观察杂合度最高的是金寨黑鸡,最低的是霍邱鸡,分别为0.621和0.587;Nei′s标准遗传距离最近的是淮南麻黄鸡和霍邱鸡,为0.0212,最远的是淮南麻黄鸡与黄山黑鸡,为0.2187;聚类分析显示淮南麻黄鸡和霍邱鸡聚为一类,黄山黑鸡和金寨黑鸡聚为一类;遗传结构分析表明淮南麻黄鸡和霍邱鸡群体极为相似,黄山黑鸡和金寨黑鸡有较大差异。安徽四个地方鸡种均表现出较高的遗传多样性,黄山黑鸡与金寨黑鸡遗传结构有较大差异,淮南麻黄鸡与霍邱鸡非常相似,在以后的选育开发中应充分利用这些遗传特性。     

利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对七个家兔品种进行了遗传检测.利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了七个家兔品种(9个家兔群体)样本在10个微卫星基因座上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量(PIC)、各群体遗传杂合度、群体间的遗传距离、并根据遗传距离对这几个群体进行了聚类分析.结果表明:所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0.569905.平均杂合度范围在0.5885～0.6826.表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用.根据遗传距离所做的聚类分析图表明吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合.     

蒙古马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析

采用垂直平板不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对221匹蒙古马（包括乌珠穆沁马、乌审马、锡尼河马和巴尔虎马）的8种血液蛋白进行多态性检测。计算了各位点的基因型频率、等位基因频率、遗传杂合度，并通过聚类分析探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明：除α1-B糖蛋白（A1B）位点呈现为单态外，其余7个蛋白（酶）位点均在不同程度上表现出多态。8个蛋白（酶）位点的平均杂合度分别为：乌珠穆沁马0．3296，乌审马0．3056，锡尼河马0．3783和巴尔虎马0．3666。对Nei氏标准遗传距离进行聚类分析，发现巴尔虎马和锡尼河马之间的遗传距离最近，它们与乌珠穆沁马和乌审马的遗传距离相对较远。