基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究

为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。     

基于植物转座子的分子标记研究进展

植物转座子是广泛分布于植物基因组中的一类可移动元件,可分为DNA转座子和反转录转座子。植物转座子拷贝数丰富、插入位点多态性和高度异质性,非常适合用来开发分子标记。在了解国内外研究现状的基础上,分析基于植物转座子的S-SAP、IRAP、REMAP和RBIP等分子标记差异,归纳了这些标记在遗传多样性分析、变异鉴定以及遗传连锁图谱构建等方面应用。     

宽皮柑橘资源评价·利用与研究进展

着重概述了几种主要宽皮柑橘的特点,以及在种质资源保存、鲜食、加工和旅游观光等方面的用途。介绍了现代生物技术手段,如分子标记技术(RFLP、RAPD、AFLP、RAMP、REMAP等)、基因工程技术及细胞工程技术在宽皮柑橘中的研究进展。     

应用ISSR和REMAP分析吉生羊草体细胞无性系变异

以吉生羊草成熟种子为试验材料,应用ISSR和REMAP进行体细胞无性系变异分析。结果表明:愈伤组织诱导培养基有利于羊草愈伤组织的形成,愈伤组织分化率达80%以上,移栽成活率为85%以上。以ISSR和REMAP实验数据为基础,分别计算18株再生植株及亲本对照之间的遗传相似性系数,表明不同植株彼此间基于ISSR的遗传相似性系数范围为0.931~1.000,平均为0.974。基于REMAP分析,所有分析样本彼此间的遗传相似性系数范围为0.976~1.000,平均为0.996。     

萝卜IRAP技术体系建立与品种指纹图谱构建

为建立萝卜逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,基于萝卜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守序列设计引物,对IRAP-PCR反应主要因素进行分析。建立的萝卜IRAP标记技术体系(20μl)为:20 ng基因组DNA模板,1×PCR buffer,0.25 mmol/L d NTPs,2.0 mmol/L Mg2+,0.4μmol/L引物,1 U Taq DNA聚合酶。将所建立的IRAP标记技术体系应用于14个萝卜品种指纹图谱分析,结果显示,筛选出的2个特异引物Rs Ty1F5和Rs Ty1F10在14份萝卜材料中共扩增得到了16个多态性条带,可以将14份萝卜材料完全区分开,每份种质都有独特的指纹图谱,表明IRAP技术可以有效地应用于萝卜种质鉴定和指纹图谱的构建。     

基于IRAP标记的沙子空心李遗传多样性评价及指纹图谱构建

通过走访调查,选取92株具有优良性状的沙子空心李种质,根据李反转录转座子的RT序列开发IRAP标记引物,设计L₁₆(4³)的正交试验优化10μL IRAP-PCR主要影响因素的含量;利用18条IRAP引物对92份沙子空心李进行遗传多样性分析,构建供试种质的指纹图谱。结果显示：最优的10μL IRAP-PCR反应体系为10^-5 mol/L IRAP引物l.3μL,PCR Mix 5.0μL、模板DNA(30 ng/μL) l.0μL,PCR循环40次。18条IRAP引物共扩增出189个位点,多态性位点180个,等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon指数均值分别为1.930、1.426、0.261及0.405。采用邻接法将92份沙子空心李聚类为4个类群。确定IRAP引物Ty3-2及Ty3-6为核心引物,可高效构建92份供试种质的指纹图谱。     

我国猴头栽培菌株的反转录转座子间扩增多态性

IRAP作为一种新的DNA分子标记技术,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择性条带序列的特点。利用基于反转录转座子的分子标记技术,即反转录转座子间扩增多态性(IRAP)技术分析我国34份栽培猴头菌菌株种间遗传差异,为猴头菌道地性研究、种质资源鉴定、亲缘关系研究、品种选育和引种栽培提供了分子生物学依据。结果表明,34个猴头菌菌株间均有遗传上的差异,但遗传相关性极高,同时表明我国猴头菌栽培菌株间的遗传背景较单一。     

中国水仙REMAP反应体系的建立和优化

对影响中国水仙"金盏"品种的REMAP-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合中国水仙的REMAP反应体系20μL,包括如下成分:模板DNA 40 ng、dNTPs 0.2 mmol.L-1、引物0.45μmol.L-1、Taq酶1U和10×Buffer(含Mg2+)2μL。扩增程序为反应程序:94℃预变性4 min;94℃变性40 s,55℃退火40 s;72℃延伸90 s,共35个循环;最后72℃延伸10 min,4℃保存。该反应体系标记点位清晰、稳定、重复性好,适宜中国水仙的REMAP分析,为应用REMAP技术鉴定中国水仙种质资源、分子标记辅助选择育种及其遗传多样性研究奠定了基础。     

茄子IRAP分子标记体系的建立与优化

为确保茄子 IRAP 反应结果的稳定性和重复性.进而为茄子遗传多样性分析和品种鉴定提供可靠的新方法,按照已报道的马铃薯和烟草的反转录转座子 LTRs 保守区域设计 IRAP 引物,以茄子品系HL-01 为试材,对影响茄子 IRAP 反应的重要因素进行了初步研究,建立并优化了茄子 IRAP 分子标记技术体系.优化的茄子 IRAP 分子标记体系为20 (1反应液中,10×反应 bufrer (100mmol/L Tris-HCl,100mmol/L KCl,80mmol/L (NH4)2SO4,pH9.0,NP-40)2μl,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTPs,Taq 酶1.0U,0.4μ mol/L 引物,DNA 模板 50ng.PCR 反应程序为94℃预变性 4min,然后按 94℃变性 30s,45℃退火 30s,72℃延伸 2min,进行32个循环,最后72℃延伸 10min.     

中国水仙自然变异体的IRAP分析

以漳州水仙花主产区主栽品种"金盏"和"玉玲珑"为参照,利用IRAP标记技术对花变异体"金三角"及叶色变异体"金边水仙"进行变异分析.4对IRAP引物共获得177个位点,有123个多态性位点,4份中国水仙种质资源间的相似系数介于0.946-0.657之间.研究结果表明,变异体"金三角"和"金边水仙"与主栽品种"金盏"和"玉玲珑"的区别明显,转座插入和逆转座子间重组可能是引起中国水仙变异的重要机制之一.     

用基于反转录转座子的分子标记IRAP分析茄子品种的遗传多样性

IRAP（Inter Retrotransposon Amplified Polymorphism）是一种基于反转录转座子的分子标记技术。本文应用几种Copia类型的反转录转座子进行引物设计,封35份茄子栽培品种进行了基于IRAP的遗传多样性分析。根据Tnt1,Tto1,Tnd-1和Bare-1设计的6个引物共扩增出195条带,多态性带179条,多态性比率平均为91．8％,每个引物检测到多态性带25．33条,平均为29.8条。Nei’s遗传相似系数在0．3540-0．7752之间,平均相似系数为0．5901。多维尺度分析从分子水平将供试品种分为4个类群。     

分子标记技术在杨树遗传变异及系统分类中的应用

该文介绍了在杨树分子基因组研究中常用的 3种分子标记RFLP ,RAPD和AFLP ,并综述了这 3种分子标记技术在杨树遗传变异、系统分类及进化和杂种鉴定中的研究进展     

RAPD和AFLP在分析尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用比较

比较了RAPD和AFLP标记技术在尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用。共筛选20个RAPD引物和7个AFLP引物组合,检测到AFLP标记的有效等位基因数和平均多态信息量稍低于RAPD标记,但AFLP标记的多态性检测效率显著高于RAPD标记。两种分子标记所得遗传相似系数接近。结果表明:AFLP和RAPD适宜于基因组DNA检测,但AFLP优于RAPD。     

基于PCR的新型分子标记——SRAP研究进展

阐述了SRAP标记的基本原理和特点,就其在多种作物种质资源的鉴定评价、遗传图谱构建、重要性状标记和基因分离克隆等方面的应用进行论述,并对其应用前景做了展望。     

尼罗罗非鱼AFLP技术体系的优化

对AFLP技术从限制性内切酶水解、扩增条件、检测方法3个方面作了一些改进,建立了一套稳定的且简便易行的实验条件,同时用这种改进的AFLP技术体系对尼罗罗非鱼基因组DNA的多态性进行了初步研究,得到了良好的DNA的多态性检测效果,不仅分辨力较高,而且带型稳定。     

相关序列扩增多态(SRAP)在农作物遗传育种中的应用

相关序列扩增多态(SRAP)是近几年发展起来的新型分子标记技术,具有简便、稳定、高共显性、易于得到选择条带序列等优点。阐述了SRAP的原理和流程,论述了SRAP在作物遗传图谱的构建、遗传多样性、基因定位等方面的研究进展及应用前景。     

几种常用分子标记及其在昆虫学研究中的应用

综述了几种在昆虫学研究中常用的分子标记,包括随机扩增多态性(RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星(SSR)、小卫星(M inisatellites)、DNA测序及单核苷酸多态性(SNP)。对各类分子标记的原理进行了简要的介绍,并对其在应用上的优缺点进行了分析。分别列举了近年来各类分子标记在昆虫学研究中的实例,对其在昆虫学中的应用作了进一步的阐明。     

DNA分子标记技术在环境污染物检测中的应用

DNA分子标记是DNA分子碱基序列变异的直接反映,利用分子标记物对污染物造成的生物体DNA损伤的检测和定量分析研究是可行的方法。文章主要综述了DNA加合物技术、随机扩增DNA多态性技术(RAPD)、扩增片段长度多态性技术(AFLP)、单细胞凝胶电泳技术(SCGE)及反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)的原理及其在环境污染物检测中的应用。该方法具有快速、简便、特异性强的特点,在环境污染物早期诊断和评价方面具有重要意义,已广泛应用于遗传毒理学研究。     

帽儿山地区不同色斑型异色瓢虫的SRAP分析

利用SRAP技术,从72对引物中筛选出10对引物对帽儿山地区的10种不同色斑型(2种斑型组)异色瓢虫进行扩增,对扩增结果进行基因组多态性分析,结果显示,10对引物共扩增出条带175条,其中多态性条带为133条,多态位点比率为76.04%.利用POPGENE 32软件进行不同斑型组遗传多样性指数的分析,通过非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,结果表明,帽儿山地区异色瓢虫的遗传多样性较为丰富,部分异色瓢虫的亲缘关系与其底色之间或者色斑形状之间存在一定的关联性,与形态分类结果一致.