基于ISSR指纹的甘薯食用品种的遗传多样性分析

运用ISSR分子指纹技术检测甘薯基因组DNA的多态性,是鉴定甘薯遗传多样性和亲缘关系有效的方法之一。本研究选用6个ISSR标记对17份甘薯品种进行了DNA指纹扩增,共扩增出55条谱带,其中多态性谱带50条,多态性水平为90.91%;UBC825引物扩增出带型最多,有16种;根据Nei’s遗传距离计算获得的聚类树状图表明,在GS为0.625时,参试的17份甘薯品种分为4个组群;遗传相似性分析表明,顶芽菜用品种间遗传相似系数最高0.877,叶柄食用品种和烤薯型品种之内的遗传相似系数分别为0.778和0.740。结果表明甘薯主要食用间具有较好的遗传多样性,但同类型品种间却又有较高的遗传相似性,这类品种需要引进或创制新资源。     

河南省不同产地3种菊头蝠RAPD分析

用随机引物对河南省角菊头蝠（Rhinolophus cornutus）、不同产地的中菊头蝠（Rhinolophus affinis）和马铁菊头蝠（Rhinolophus ferrumequinum）进行DNA多态性研究,以探讨它们之间的亲缘关系。从20个随机引物中优化出15个引物对基因组DNA进行扩增,10个标本共扩增出184条DNA谱带,平均每个引物扩增出12条谱带,其中多态性谱带173条,多态率为94%。聚类结果表明：对同种蝙蝠,同一地理区域的个体之间分化较小,不同地理区域的个体之间分化较大;中菊头蝠与角菊头蝠之间的亲缘关系较近,而与马铁菊头蝠之间的亲缘关系较远。     

37份龙眼种质资源亲缘关系的ISSR分析

本研究利用ISSR技术对37份龙眼种质资源进行遗传多样性检测。研究结果表明,从100条ISSR引物中筛选出7条重复性好,条带清晰的引物对37份龙眼品种基因组DNA进行扩增,共扩增出54条带,其中43条具有多态性,比率为79．6％。不同龙眼品种间遗传相似系数变幅为0．69～0．97,平均达0．83,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。UPGMA聚类结果表明,ISSR标记能将37份龙眼品种完全区分开,并能将来源于中国、越南和泰国的37份龙眼品种分别聚类到中国、越南和泰国三大品种群,说明龙眼品种资源的亲缘关系与地理因素有关,三个国家的龙眼品种之间存在较大的遗传差异。本研究结果将为为龙眼品种资源的研究利用提供参考。     

南方鲜食葡萄品种遗传多样性的ISSR分析北大核心CSCD

本试验利用ISSR标记研究南方45个葡萄主要栽培品种的遗传多样性和亲缘关系。从100条引物中筛选出26条带型清晰,多态性较高的引物,共扩增出310条带,多态性条带283条,平均多态性位点百分率为91%。利用UPGMA法构建聚类树状图,45个葡萄品种的遗传相似系数变化范围在0.603-0.908之间,在相似系数为0.703处将45个供试品种分为两个类群,欧亚种群和欧美杂种群。美峰与美秋的品种类型未知,二者与宇选4号的遗传相似系数分别为0.902和0.898,推测其属于欧美杂种的巨峰系列。金皇后归于欧亚种,其亲本来源有待进一步研究。     

甜菜品种（系）的ISSR标记数字指纹图谱构建及聚类分析

摘要：本文针对来源于荷兰的4个引进甜菜品种和国内的6个甜菜品系（其中2个为一年生野生甜菜）进行了ISSR指纹图谱构建和聚类分析研究。筛选出稳定性高且多态性好的6个引物用于试验。利用筛选的6条引物ISSR-PCR 共扩增出51个条带, 其中多态性条带百分率为86.3%. 利用该6条引物ISSR-PCR建立的指纹图谱能将试验中的全部甜菜品种都鉴定区分开。只利用2条引物L1和UBC846 扩增的8个多态性条带构建了10个甜菜品种（系）的数字指纹识别码,该数字指纹图谱能完全区分10个甜菜品种（系）,结果显示ISSR 指纹图谱能非常有效的鉴定不同的甜菜品种。利用生物软件NTSYS-pc针对10个试验甜菜品种（系）的ISSR 扩增条带进行遗传相似性聚类分析,结果显示10个甜菜品种（系）的相似系数为0.43与0.83之间,平均为0.62。利用非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,结果显示10个甜菜品种（系）聚类为2个组和3个亚组。UPGMA 聚类分析能清楚的显示10个甜菜群体间的遗传关系并且聚类结果与10个甜菜群体的特性一致, 说明ISSR标记能用于甜菜不同群体间遗传距离的评估。     

利用SSR和RAPD标记分析中国部分地区晚疫病菌群体遗传多样性

利用SSR和RAPD对来自福建、黑龙江、河北和内蒙古4个地理群体的80个马铃薯晚疫病菌（phytophthora infestans）株进行了遗传多样性分析。13对SSR引物共扩增出76条谱带,多态性条带比率78.9%,相似系数变化范围0.00～0.42之间;筛选出的14条RAPD引物共扩增出189条谱带,多态性条带比率95.2%,相似系数变化范围0.04～0.66之间。遗传多样性分析表明,在4个群体中,福建群体的多样性更为丰富。遗传相似性分析显示,黑龙江和内蒙古两个群体间的遗传相似性最高,而福建和河北两个群体间的遗传相似性最低。聚类分析显示,来自南方福建的菌株与来自北方黑龙江、河北和内蒙古的菌株亲缘关系较远,且福建群体分布于更多的聚类组,显示出更高的遗传变异度。     

磨芋属（Amorphophallus）RAPD标记遗传多样性研究初报

本研究利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对磨芋（魔芋）属内野生种和栽培种共20份材料进行基因组DNA多态性分析，用34个随机引物扩增，有23个扩增出的产物电泳图谱较清晰，共获得266个位点（DNA片段），其中259个具有多态性。供试材料所用23个的的扩增产物都存在种间多态性。7个引物扩增出的产物中有11条DNA片段在花磨芋种内样品（系统）间也存在多态性。以RAPD标记资料计算获得的传相似系数（Jaccard相似系数，Sj）进行UPGMA聚类分析，结果表明：花磨芋种内系统间差异最小，Sj系数在0.97-1.00间；两份甜磨芋材料间没有差异，Sj为1.00。在已知的种间，两个栽培种花磨芋和甜魔芋间亲缘关系最近，Sj在0.83-0.85间，与另一个栽培种白魔芋间亲缘关系都较远，Sj在0.62-0.66间，栽培种与野生种间亲缘关系都较远，Sj在0.48-0.64间。在野生种中，结节磨芋与栽培种系统间关系最远，Sj在0.48-0.54间，未定名4个野生种Sj在0.64-0.89间，系统A.sp05与A.sp06关系最近，Sj为0.89，其次是A.sp01与A.sp^*,Sj为0.73。根据亲缘关系树状图，当遗传相似系数Sj在0.55-0.60之间时，20份材料刚好划分为栽培种与野生种两个类群。     

姜品种遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对20个姜(Zingiberofficinale)品种进行了遗传多样性的研究。从200多个引物中筛选出25个有效引物,共扩增出171条DNA带,其大小分布在100￣3500bp之间,其中111条为多态性,约占总数的64.91%,平均每个引物的扩增带为6.8条。利用25个有效引物扩增的DNA带数计算出品种间的J系数,并进行UPGMA聚类分析,在此基础上,建立了中国姜品种亲缘关系系统树。在相似性系数0.67处,20个品种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类。Ⅰ类可分为A、B和C组;Ⅳ类可分为D和E组。其中,A组可再分为A1和A2亚组;B组可再分B1和B2亚组。各亚组内相似性系数较大,表明它们之间的亲缘关系较近,但也存在着一定的差异。     

利用目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记分析梨遗传多样性

目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCo T)是一种新型的遗传分子标记技术。本研究采用单因素水平设计方法,优化并建立梨的适宜SCo T分子标记体系,通过SCo T标记技术,分析了安徽省砀山县的43份梨(Pyrus spp.)的遗传多样性和亲缘关系。结果表明,优化后梨SCo T-PCR反应体系:10×Easy Taq Buffer(含2 mmol/L Mg2+)2.5μL,模板DNA终浓度30 mg/L,上下游引物终浓度1.0μmol/L,d NTPs终浓度0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积为25μL。随机选取2个DNA模板进行引物筛选,最终从67条引物中筛选出16条扩增条带清晰且有差异性的引物,共扩增出145条带,其中多态性条带有126条,多态性比率为86.1%,每条引物平均扩增出9.1条带。SCo T标记的43个梨材料遗传相似性系数为0.517~0.931,平均值为0.685。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.610的水平上,43份梨材料分为A和B两组;在遗传相似系数为0.746的水平上,A组又分为6个亚组(Ⅰ~Ⅵ)。所研究的43份梨材料具有丰富的遗传多样性,且能够被SCo T分子标记有效地检验,为进一步研究利用安徽省砀山县梨种质资源提供了依据。     

利用ISSR标记分析福云（半）同胞系茶树品种（系）的遗传多样性和亲缘关系

福鼎大白茶和云南大叶茶是茶树育种中的骨干亲本,利用这两个亲本选育了许多优良的品种（系）。本研究利用ISSR标记技术分析了40个福云（半）同胞系茶树品种（系）的遗传变异水平和亲缘关系。14个ISSR引物在供试品种（系）间共扩增出251条谱带,多态性条带的比率为96.4％。引物的PIC值平均为0.94,Rp值平均为29.35,表明引物扩增位点的高多态性和对品种的强辨别能力。40份供试品种（系）的基因多样性指数（H）为0.35,Shannon信息指数（I）为0.52。按母本来源和育种机构对供试品种（系）进行分组分析,结果表明不同品种（系）组间的遗传多样性水平比较接近,遗传变异主要存在于组内品种（系）的个体之间,不同组间基因交流明显。供试品种（系）间的相似系数介于0.52-0.75,根据相似系数矩阵按UPGMA法对40个供试品种（系）进行聚类分析,构建了不同品种（系）间的亲缘关系树状图。福鼎大白茶在树状图中形成单独的分支,在树状图的根基处,其它品种（系）根据遗传距离聚类成不同的类群。来源于同一育种单位的部分茶树品种（系）聚类在同一类群中,但未发现按母本来源区分的独立类群。总之,通过ISSR标记分析,可在基因组水平上进一步了解福云（半）同胞系茶树品种（系）间的遗传变异水平,并进一步明确其亲缘关系,为今后福云（半）同胞系在茶树育种上的有效利用提供依据。     

SRAP分子标记分析体系的建立及白簕资源亲缘关系分析

本实验对影响SRAP-PCR体系中的Mg2＋、dNTPs和引物浓度等因子进行了体系优化,建立了一套适合白簕SRAP检测的25μL反应体系：1.5mmol/LMg2＋,1.5mmol/LdNTPs,1μmol/L引物,10ng模板DNA,1.5UTaqDNA聚合酶;进一步以白梗簕菜为模板,利用优化的体系进行多态性标记引物组合分析,共筛选出17对引物;利用这些引物对7个白簕品种进行SRAP遗传多样性分析,共扩增出461条谱带。其中多态性谱带155条,多态性谱带比率为33.6%,白簕品种间的相似系数为0.7077~0.9474。经UPGMA聚类分析结果显示,所检测的7个白簕品种分为两大类,其中亲缘关系较近的青梗簕菜和细叶密刺簕菜聚成了一组;而其余的4个种,包括白梗簕菜、细叶小刺簕菜、紫柄簕菜、大叶大刺簕菜和红梗簕菜,聚成另一组。     

8份广西产绞股蓝种质的RAPD引物筛选及其遗传多样性分析

本研究的目的在于筛选合适的RAPD随机引物,应用RAPD技术对药用植物绞股蓝进行遗传多样性分析,并构建DNA指纹图谱。研究结果表明,我们利用生物信息学方法挑选出的20条引物中有19条引物的扩增条带清晰且多态性好;在清晰稳定出现的354条带中,294条具有多态性;其中有3条引物的扩增条带可清楚区分绞股蓝与混淆品种乌蔹莓,可建立其DNA指纹图谱。按UPGMA法进行聚类分析,计算其遗传相似系数,结果显示,8份绞股蓝供试材料聚为两类,聚类结果与其地理区域远近和生长环境一致。本研究中筛选出的19条引物适用于绞股蓝遗传多样性分析,且获得的DNA指纹图谱可用于鉴别绞股蓝。     

中国姜品种遗传多样性的研究与应用

利用RAPD技术对20个姜(Zingiber officinale)品种进行了遗传多样性的研究。从200多个引物中筛选出25个有效引物，共扩增出171条DNA带，其大小分布在100~3 500 bp之间，其中111条为多态性，约占总数的64.91%，平均每个引物的扩增带为6.8条。利用25个有效引物扩增的DNA带数计算出品种间的J系数，并进行UPGMA聚类分析，在此基础上，建立了中国姜品种亲缘关系系统树。在相似性系数0.67处，20个品种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类。Ⅰ类可分为A、B和C组；Ⅳ类可分为D和E组。其中，A组可再分为A1和A2亚组；B组可再分B1和B2亚组。各亚组内相似性系数较大，表明它们之间的亲缘关系较近，但也存在着一定的差异。     

不同致病型水稻细条病菌的遗传多样性分析

采用引物BOX和ERIC对来自4省的35个细条病菌菌株进行Rep-PCR扩增,BOX引物扩增出14条指纹带,10种谱型,以致病型为单位计算遗传多样性值为0.63～1.00;ERIC引物扩增出19条指纹带,17种谱型,遗传多样性值为0.86～1;引物ERIC比BOX在遗传多样性方面有更好的分辨率;树状聚类图反映的遗传分簇差异,与菌株的致病型及其地理的来源之间没有相关性。     

嗜热菌和假单孢菌及其融合子质粒DNA的RAPD分析

本研究选用15个RAPD随机引物,对白琼海温泉分离的嗜热菌（HSR001）和海口琼山红城湖分离的假单孢菌（HSP002）,以及二者的融合子RH004、RH006、RH009、RH012等共6个样株无性系作了RAPD多态性分析。其中3个引物未扩增出质粒DNA的条带,其余12个引物扩增出了有效的谱带。并对各无性系的指纹图谱中的DNA条带进行了统计,利用Clustal-w对其进行分析建立系统树和相似系数比较。结果表明：6个样株均具有丰富的RAPD多态性,6个菌株可分为2个类群,两亲本为一类,4个融合子为另一个类群。     

尼里——拉菲奶水牛的RAPD分析

以尼里—拉菲奶水牛基因池为模板,从22条10 bp的随机引物中筛选出17条具有清晰多态条带的引物,从中选取5条,对尼里—拉菲奶水牛基因组DNA进行RAPD扩增,结果得到53条带,其中12条表现多态,多态频率23.85%;根据N e i氏公式计算品种内的遗传相似指数F的平均值为0.9500,遗传距离指数D的平均值为0.0500。     

Molecular phylogeny of banana cultivars from Thailand based on HAT-RAPD markers

Musa acuminata Colla (AA genomes) and Musa balbisiana Colla (BB genomes) are the wild progenitors of the cultivated banana, they are highly variable in Thailand. The genetic system is relatively unknown and complicated due to interspecific hybridization, heterozygosity and polyploidy, which are common in most clones. These factors make identification of closely related banana cultivars difficult, especially when sterile. The high annealing temperature-random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique was used to estimate the genetic relationship between 22 selected banana cultivars, utilizing 14 random primers. Phylogenetic relationship was determined by unweighted pair group method with arithmetical averages cluster analysis. The dendrogram constructed from the similarity data showed that all the 22 cultivars analysed were closely related with a narrow genetic base. There were sufficient RAPD polymorphisms that were collectively useful in distinguishing the cultivars. The dendrogram grouped all the AA, BB, AAA, AAB and ABB genomes into a major cluster. Several subgroups are recognized within the major clade. As expected, Ensete glauca Roxb. (Musaceae) and Strelitzia reginae Banks (Strelitziaceae) were clearly differentiated from the analysed edible bananas. Our study showed that RAPD markers are sufficiently abundant to classify and readily dissect genetic differences between the closely related Musa germplasm and provide a basis for the selection of parents for improvement of this germplasm.     

利用SRAP标记分析30份油茶种质资源的遗传多样性

本研究利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记技术,选用分辨力强、多态性较高的7对引物组合对30份油茶种质资源的进行了遗传多样性分析。结果表明,7对引物共扩增出60条带,多态性条带为54条,多态性频率为90%。30份油茶种质资源间的遗传相似性变化范围为0.655-0.985,其中凤凰油茶2号和凤凰油茶3号遗传相似性最高,为0.985,红皮糙果茶和新兴红花油茶遗传相似性最低,为0.655。构建的聚类图表明,当遗传相似性为0.72时可将30份资源分为5大类,部分地理来源相同、遗传背景相似的资源能较好的聚类在一起,呈现出地理分布的特征,但其他资源均未按其地理区域分布特征或遗传背景相似特征进行聚类,说明油茶资源亲缘关系的复杂性。     

利用SRAP分子标记评价小麦三雌蕊近等基因系的遗传背景

普通小麦三雌蕊突变体(TP)具有明显的穗粒数优势,为评估该突变体在育种中的利用价值,进行了近等基因系培育。以三雌蕊突变体(TP)为供体,单雌蕊中国春、川麦28、绵阳29、内麦9号为轮回亲本,经7代回交和4代自交,初步培育出三雌蕊近等基因系CSTP、CM28TP、MY29TP和NM9TP。利用128对SRAP引物对培育的近等基因系及轮回亲本进行遗传分析,结果表明:(1)128对引物共扩增出978条谱带。其中有120对引物的扩增产物具有多态性,占所用引物的93.8%。这120对引物共扩增出638个差异谱带,占总谱带数的65.2%;(2)利用128对SRAP引物计算9个材料之间的遗传相似系数。其中中国春与CSTP的相似系数为0.9346,绵阳29与MY29TP的遗传相似系数为0.9070,川麦28与CM28TP的遗传相似系数为0.9397,内麦9号与NM9TP的遗传相似系数为0.8732;(3)通过聚类分析筛选出2对遗传相似性大于0.93的近等基因系,即CM28TP与川麦28、CSTP与中国春。