三个品种马PPARGC1A基因PCR-SSCP多态性分析

【目的】研究三个品种马PPARGC1A基因的多态性,为马分子育种奠定一定基础。【方法】以焉耆马、伊犁马、纯血马共161匹马为对象,用PCR-SSCP、DNA测序等技术研究分析马PPARGC1A基因的多态性。【结果】焉耆马和伊犁马PPARGC1A基因均有多态性,在75682碱基处发生G→A的突变,导致等位基因A变为等位基因B,产生从、BB、AB 3种基因型,基因频率计算结果显示,焉耆马,伊犁马处于Hardy-Weinberg非平衡状态。【结论】PPARGC1A基因在焉耆马与伊犁马中均存在多态性。     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

巴什拜羊群体双肌基因基因型检测

[目的]通过对巴什拜羊SNPCLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础.[方法]绵羊的双肌臀(Callipyge,CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30;,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名SNPCLPG)突变所产生的.为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应一单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,以巴什拜羊作为研究样本,进行了SNPCLPG位点的PCR检测.[结果]获得了预期的扩增片段,并检测到了基因多态性,但未检测到CLPG基因型特征的SNPCLPG突变(A→G).[结论]被检测的巴什拜羊群体中该区域没有发现A→G的单核苷酸多态性标记突变.     

马IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区PCR-SSCP多态性分析

[目的]为探明马IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区的多态性。[方法]以蒙古马4个地方类型、三河马和英纯血马共270匹马为研究对象,从马的基因组DNA中扩增IGF-Ⅰ基因3′侧翼区序列,并对其进行PCR-SSCP分析。[结果]通过PCR-SSCP分析检测到AA、BB和AB 3种基因型,基因型频率计算结果显示,所选研究对象除锡尼河马(XN)和巴尔虎马(BH)之外,基因型分布均符合"哈代-温格伯定律"。[结论]IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区存在多态性位点,可能影响马的生长发育机制。该研究对提高马的生产性能,促进马产业的发展具有重要的理论和现实意义。     

三个不同品种马CSN1S2基因多态性检测及群体遗传结构分析

[目的]研究新吉尔吉斯马、俄罗斯速步马和伊犁马αs2-酪蛋白(CSN1S2)基因P1和P2基因座的多态性,为乳用马新类型的培育工作提供前期基础.[方法]采用DNA测序和PCR-SSCP技术,研究50匹伊犁马、56匹新吉尔吉斯马和32匹俄罗斯速步马CSN1S2基因P1和P2基因座的遗传结构.[结果]CSN1S2-P1基因座在三个马品种中均有多态性,在第1 082碱基处发生了碱基突变T＞C,该突变为同义突变,产生两种基因型:从和AB.CSN1S2-P2基因座不存在多态性.经卡方检验分析,基因型和等位基因分布在三个品种马群体之间差异显著(P＜0.05).[结论]CSN1S2-P1基因座的基因型频率和等位基因频率分布在三个马品种中差异显著,可能是品种间产奶性能的差异造成的,这表明CSN1S2基因可能对马泌乳性能具有重要影响作用.     

火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析

[目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.[方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.[结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).[结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的.     

ARMS-PCR对棉花SNP分型的研究

[目的]在已知SNP的情况下,找到适合棉花SNP的简便验证方法.[方法]利用四引物扩增突变体系(tetra-primer amplification refractory mutationsystem PCR,Tetra-primer ARMS-PCR)对槔花SNP分型进行验证.[结果]根据深圳华大基因已组装的棉花转录本做为参考,分别将新海21号和新陆中36号的转录组测序样品比对到参考基因,通过SOAPsnp技术检测样品的单核苷酸多态性.棉花海陆杂交亲本的38个单核苷酸多态性位点设计出的66组SNP引物进行验证.通过优化PCR反应体系,反应条件,调整内外引物浓度和PCR体系的优化,从66组引物中扩增出11组引物,得到了良好的分型效果.[结论]四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应是一种简单快捷而有效的SNP基因分形方法.     

高邮鸭群体MSTN、MyoD1和MyoG基因外显子中SNP位点的分析

MSTN、MyoD1和MyoG基因与禽类骨骼肌的生长发育密切相关。本试验以高邮鸭为素材,对MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子单核苷酸多态性(SNP)位点进行了鉴定,并对这些位点对蛋白质的影响及群体遗传信息进行了分析。结果显示,MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子分别有9个、4个和7个SNP位点,其中具有中度多态的位点分别为8个、1个和5个,有义突变各1个,这些有义突变均改变了相应蛋白质的理化性质以及二级结构。     

绵羊miR-1基因前体序列的多态性分析

为了检测不同产肉性能的绵羊群体中miR-1基因前体序列的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),并与绵羊骨骼肌发育进行相关性分析,采用不对称聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对萨福克羊和湖羊2种产肉性能不同绵羊的miR-1基因前体序列进行SNP检测,并预测该SNP位点对miR-1前体序列二级结构稳定性所造成的影响。结果表明,在绵羊miR-1基因前体成熟序列的下游115 bp处检测到1个A→G突变,并且该SNP位点与绵羊的产肉性能有一定的相关性;由国外引进的优良肉羊品种萨福克羊,GG基因型为其优势基因型,G等位基因频率为0. 76;通过miR-1基因前体序列二级结构预测发现,该SNP位点能够使其发生变化,使ΔG降低1. 5 kJ/mol。综上所述,绵羊miR-1基因前体序列的SNP位点可能对miR-1前体的加工成熟产生重要影响,最终影响绵羊的产肉性能。     

贵州黑山羊FSHR基因与繁殖性状相关性研究

本研究通过探讨FSHR基因SNP与贵州黑山羊繁殖性状关联性。试验采用PCR-SSCP技术检测FSHR基因单核苷酸多态性。结果发现,贵州黑山羊FSHR基因外显子1检测到1个SNP位点C1412A。基因型与繁殖性状关联分析显示,贵州黑山羊FSHR基因AA基因型个体产羔数显著高于与AC和CC基因型个体(P0.05)。研究结果提示:FSHR基因可能是影响山羊产羔数的主效基因。