伪狂犬病病毒Ea株UL31基因克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达

以伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA为模板,通过PCR扩增含UL31基因的1 000bp片段,扩增产物克隆于pMD18-T中,双脱氧末端终止法序列测定.通过OM1GA2.0软件包分析发现,Ea株UL31基因编码271个氨基酸,蛋白质分子量为30.38 kD,与Ka株UL31基因核苷酸与氨基酸序列同源性均在98%以上.将α-疱疹病毒亚科9个不同成员UL31同源基因编码的氨基酸序列进行多重比对分析,发现4个保守的功能性结构域.将该片段插入原核表达载体pGEX-KG中GST下游,构建的原核表达质粒pGEX-UL31在大肠杆菌BL32(DE3)中获得了高效表达,SDS-PAGE结果显示,表达的融合蛋白质分子量为56 kD.     

伪狂犬病病毒PK基因的克隆与PK、gG双缺失转移载体的构建

地高辛标记伪狂犬病病毒（PRV）Ea株短区段蛋白激酶（PK）基因3′端0．4kb片段，Southern杂交确定短区段PK基因定位在基因组DNA BamH Ⅰ 4．0kb片段中。将该片段克隆获得重组质粒pSB304，对pSB304亚克隆，构建了仅含完整PK基因约1．3kb片段的重组质粒pSB305，并进行了序列测定。结果表明，PK基因存在2种可能的同框编码方式，分别编码388或334个氨基酸残基，并具有真核细胞蛋白激酶催化结构域序列。同国外PRV NIA-3、Ka株相比，氨基酸同源性分别为98．8％和97．3％，有意义的是Ea株、Ka株均较NIA-3株在同一位置缺失2个氨基酸（Asp，Gly）。进一步对pSB305和含gG全基因以及部分gD基因的质粒pUSK进行酶切拼接，将PK基因大部分编码区、gG基因5′端部分编码区进行缺失，构建成两端同源侧翼分别为3．1kb和1．6kb的PK、gG双缺失转移载体pLR001。上述结果为深入研究PK基因功能及研制更安全的TK^-／PK^-／gG^-三缺失基因工程疫苗奠定了基础。     

伪狂犬病病毒鄂A株 TK－／LacZ＋突变株的构建

本研究以地高辛标记的含TK基因的BamHI／KpnI片段为探针，通过Southern杂交确定伪狂犬病病毒鄂A株基因组中一大小约5.9kb的KpnI片段中含有TK基因，回收该片段并克隆于pUC18的KpnI位点。然后进一步克隆其中含TK基因的PstI／KpnI片段，并将LacZ表达盒插入到该片段中的BamHI位点，构建转移质粒pUEKPZ。将该质粒与伪狂犬病病毒鄂A株基因组共转染PK-15细胞，待完全病变后在X-gal存在下筛选蓝斑，蓝斑纯化3次后，经PCR扩增、Southern杂交证实获得的病毒为伪狂犬病病毒鄂A株TK     

伪狂犬病病毒鄂A株TK—／LacZ＋突变株的构建

本研究以地高辛标记的含TK基因的BamHI/KpnI片段为探针，通过Southern杂交确定伪狂犬病病毒鄂A株基因组中一大小约5．9kb的KpnI片段中含有TK基因，回收该片段并克隆于PUC18铁KpnI位点，然后进一步克隆其中含TK基因的PstI/KpnI片段，并将LacZ表达盒插入到该片段中的BamHi位点，构建转移质粒pUEKPZ，该将质粒与伪狂犬病病毒鄂A株基因组共转染PK－15细胞，待完全病变后在X－gal存在下筛选蓝斑，蓝斑纯化3次后，经PCR扩增，Southern杂交证实获得的病毒为伪狂犬病病毒鄂A株TK－／LacZ 突变株。     

表达乙脑病毒PrM基因重组伪狂犬病病毒的构建

本研究以乙型脑炎病毒SA14—14—2疫苗株基因组RNA为模板，采用RT—PCR一步法扩增了PrM基因的全长cDNA（558 bp），用BamHI和EcoRI双酶切PrM基因的扩增产物，回收目的基因后将其克隆至经同样酶切的伪狂犬病病毒通用转移载体pPgG-uni中，获得了转移载体pPgG-PrM，并对其外源片段进行了测序。序列分析结果表明：与已报道的乙型脑炎病毒SA14强毒株和SA14-14-2疫苗株的核苷酸序列比较，PrM基因的同源性为100％。以伪狂犬病病毒Ea株TK^-／gG^-／LacZ^＋突变株为载体构建了一株表达乙型脑炎病毒PrM基因的重组伪狂犬病病毒TK^-／gG^-／PrM^＋，为进一步开展猪乙型脑炎与伪狂犬病二价基因工程疫苗的研究奠定了基础。     

伪狂犬病病毒Bartha-K61株UL49基因的克隆和序列分析

根据已经发表的伪狂犬病病毒(PRV)国内Ea株UL49基因序列,设计并合成了1对引物,通过PCR方法扩增到了PRV Bartha-K61株UL49基因的编码区,并克隆到pMD18-T载体中.重组质粒pMD-UL49经XhoI酶切和PCR鉴定后,进行了序列测定和分析.结果表明,重组质粒pMD-UL49含有PRV Bartha-K61株UL49基因的编码区.同源性分析显示,PRV Bartha-K61株UL49基因序列与国外Kaplan株、国内Ea株相应基因的核苷酸同源性分别为98.9 %和94.1 %,推导的氨基酸序列同源性分别为96.7 %和87.2 %.     

鸭肠炎病毒UL41、UL42基因的克隆与分析

依据GenBank登录的鸭肠炎病毒(DEV)核苷酸序列设计引物,利用长片段PCR技术扩增了DEV基因组UL36与UL43基因之间的未知序列,扩增所得片段长度约为15 kb.经EcoRV单酶切,将其中的3.9 kb片段克隆到pUC18中.序列分析表明该3.9 kb EcoR V片段含有2个完整的转录方向相反的与单纯疱疹病毒(HSV)UL41和UL42基因同源的ORF,命名为DEV UL41和ULA2基因.通过氨基酸序列比对发现:DEV UL41基因含有5个高度保守位点,而UL42含有2个,进化树分析表明DEV与疱疹病毒科a疱疹病毒亚科的马立克病毒、火鸡疱疹病毒的进化关系非常相近,为DEV的分类提供了参考依据.     

伪狂犬病病毒Ea株gM和gN基因的克隆与结构分析

gM和Ng是最近经经典免疫沉淀法确定的伪狂犬病病毒（PRV）第三对异源糖蛋白二聚体。根据PRV国外Ka株的核苷酸序列，设计两对分别包含gM和Ng完整编码的特异性引物，以PRV国内地方分离株（Ea株）的细胞感染物为模板，PCR扩增出大小约1．2kb和0．3kb的特异性片段。将扩增物克隆到杆状病毒转座载体pEastBacl中，酶切鉴定证实后进行序列测定。结果表明：Ea株gM、Ng基因分别编码394和98个氨基酸，与Ka株的同源性分别为98．4％和97．6％。DNATool和DNASIS软件对gM、Ng进行二级结构预测，发现gM存在8个潜在跨膜区和一个N－糖基化位点，是典型的能反复多次跨膜的Ⅲ型糖蛋白；gN具有N－端信号肽序列、C－端跨膜区和潜在0－糖基化位点，属Ⅰ型糖蛋白。上述结果为下一步深入研究gM、Ng的相互作用位点及二聚体的功能奠定了功能。     

伪狂犬病病毒Ea株糖蛋白基因gL的克隆和序列分析

根据已发表的基因序列设计了1对PCR引物，以伪狂犬病病毒Ea株(pseudorabies virus Ea，PRv Ea)基因组DNA为模板．扩增出一大小为511bp的片段。通过酶切和测序证实，该基因为伪狂犬病病毒Ea株的又一糖蛋白基因，即gL基因。Blast软件分析表明，该基因与Kaplan株核苷酸序列的同源性为94％，氨基酸序列的同源性为95％。将测序结果输入GenBank，获得登录号AF448456。     

Evaluation of field isolates of pseudorabies (Aujeszky's disease) virus as determined by restriction endonuclease analysis and hybridization

Sixty-seven isolates of pseudorabies virus (PRV) from 13 states were cleaved with 4 restriction endonucleases (RE), and after electrophoresis in agarose, their banding patterns were photographed and evaluated. The deoxyribonucleic acid (DNA) cleavage fragments were designated into regions specified by molecular weight ranges based on lambda phage DNA as a size marker. The 67 PRV isolates were evaluated according to the total number of cleavage fragments, by the number of fragments within designated molecular weight regions, and finally, by the migration of fragments within regions. Four of the 67 PRV isolates (all 4 from California) did not have a 4.1 to 4.6 megadalton HinfI band, but hybridization of the HinfI digests with a 32P probe made with the 4.4 megadalton band hybridized with 2 lighter fragments, 2.5 and 1.9 megadaltons, respectively. The BamHI digests of DNA from some PRV isolates with submolar fragments were hybridized with 32P probes made with fragments from the submolar region and the BamHI E fragment. Both probes hybridized to the submolar region of PRV with BamHI submolar fragments, but only to the trimolar (E, F, and G) band of PRV without submolar fragments in the 4.1 to 7.5 BamHI megadalton region. Epidemiologic evidence was obtained which indicated that a Missouri strain of PRV was transferred to an Illinois swine herd by importation of feeder pigs from Missouri. The results indicate that there are numerous genomically different PRV currently in circulation in the United States and that the combination of RE analysis and DNA hybridization offers useful epidemiologic information to evaluate the various strains.     

伪狂犬病病毒Fa株gD基因的克隆及序列分析

本研究从含有伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus，PRV)Ea株gD基因BamHI 6.6Kb片段的重组质粒pUCB7中分别亚克隆gD基因的上、下游片段，并对上游片段进一步改造，去掉gD基因上游的非编码序列，构建了含完整gD基因编码区的重组质粒pBRgDI，并利用基因内部的限制性内切酶位点，用内切酶KpnI和SalI酶切分析，证实了gD基因的可靠性和完整性。同时构建了测序质粒pSKgDSB和pSKgDS，并用双脱氧终止法进行测序。将测序结果与国外的Rice毒株进行比较，发现Ea株gD基因核苷酸序列有多处点突变和一处插入突变，在编码氨基酸残基水平上也有差异。     

伪狂犬病病毒gD、gE基因的克隆及转移载体的构建

利用PCR扩增了伪狂犬病病毒Min-A株gD、gE基因,扩增产物克隆于pGEM-T Easy载体.将gD、gE基因连接于质粒pUC18获得pUgDgE,缺失质粒pUgDgE的BamHI和BstEII位点间391bp的片段.在此缺失位置插入来自质粒pcD-NA3.1-的一段含hCMV启动子、多克隆位点和Neo报告基因的片段,构建了通用转移载体pgD-M-gE.该转移载体缺失了伪狂犬病病毒gI基因和gE基因ORF5'端363bp的碱基,有11个酶切位点可供外源基因的插入,上下游侧翼分别为1.25bp和1.42bp.这为开发以伪狂犬病病毒为载体的多价基因工程疫苗提供了有力工具.     

PRV闽A株Bam HI片段克隆及其第7片段的鉴定

用鸟枪法将ＰＲＶ闽Ａ株的ＢａｍＨＩ酶切片断克隆到ｐＢＲ３２２质粒中，再经抗性筛选、酶切鉴定和菌落原位杂交，证实已克隆了ＰＲＶ闽Ａ株１４个ＢａｍＨＩ酶切片段中的１２个，从而构建了其基因文库，通过Ｓｏｕｔｈｅｒｎ转印杂交和酶切图谱分析鉴定了重组质粒ｐＰＲ１２８，其插入片段含量包含了ＰＲＶ闽Ａ株糖蛋白ｇｐ５０基因在内的ＢａｍＨＩ－７片段，核酸长约６．８ｋｂ。     

我国鸡传染性支气管炎病毒地方性流行毒株S1基因的RT-PCR扩增及其克隆与鉴定

采用ＲＴ－ＰＣＲ方法,以ＩＢＶＳ１全基因特异性引物分别从我国华东（ＨＤ）、华北（ＨＢ）、华中（ＨＺ）、华南（ＨＮ）、西北（ＸＢ）及东北（ＤＢ）等地的ＩＢＶ流行株基因组中扩增出预期的１．７ｋｂ左右的ＤＮＡ片段。ＰＣＲ产物的ＨａｅＩＩ酶切分析及其与英国ＩＢＶＳ１全基因核酸探针的分子杂交证实所获６个ＩＢＶ流行株的ＰＣＲ产物为ＩＢＶＳ１基因。将此６个毒株的Ｓ１基因ＰＣＲ产物分别进行５’和３’端的ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄＩＩ酶切识别位点的分子修饰之后插入到克隆质粒ｐＵＣ１８的ＢａｍＨＩ／ＨｉｎｄＩＩ位点,在大肠杆菌中实现了目的基因的分子克隆。Ｓ１基因的ＲＦＬＰ分析表明我国ＩＢＶ已有分子水平的变异。     

猪轮状病毒GD1株VP7基因的克隆及序列分析

参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD1株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP7基因全长1 062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与国内外已知的13个毒株VP7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,相似性分别为77.4%～100%和78.6%～99.7%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD1毒株与轮状病毒A2,JP3-6毒株亲缘关系较近,为一个进化群。     

猪伪狂犬病病毒福建株gB、gD基因的克隆和序列分析

参照已发表的扩增伪狂犬病毒（pseudorabies virus, PRV）gB和gD表位基因的PCR扩增引物合成2对引物,以福建分离株（LY株）提取的DNA为模板,得到目的片段gB、gD基因的长度分别为578和653 bp,并进行了克隆和测序,然后与国内外其他分离株进行了核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分析,并构建了遗传进化关系图。结果表明,LY株与GenBank中收录的国内外有代表性的标准参考分离株相比,gB、gD基因核苷酸序列的同源性分别为74.9%～98.8%、97.2%～98.1%;氨基酸序列的同源性分别为62.9%～96.4%、94.5%～96.8%。进化分析结果表明,LY株与目前国内流行的毒株在同一个进化分支内,和Ea株（湖北）、LA株（山东）亲缘关系最近,与国外分离株有一定差异。     

伪狂犬病病毒HS株tk基因的PCR扩增与克隆

参照伪狂犬病病毒（Ｐｓｅｕｄｏｒａｂｉｅｓｖｉｒｕｓ,ＰＲＶ）ＮＩＡ－３株ｔｋ基因序列,设计并合成１对长２２ｍｅｒ的引物,引物间距１．５ｋｂ,其内包含完整的ＰＲＶｔｋ基因。以ＢＨＫ２１细胞繁殖的ＰＲＶ湖北地方强毒株（ＨＳ－９３０４）基因组为模板进行ＰＣＲ扩增。琼脂糖凝胶电泳检测显示扩增主带清晰,长约１．５ｋｂ,符合设计要求。扩增片段克隆至由ｐＵＣ１８质粒改制而成的Ｔ载体中,限制性内切酶ＢａｍＨＩ、ＳｍａⅠ、ＸｈｏⅠ、ＨｉｎｄⅢ酶切分析证实,扩增片段的酶切位点与ｔｋ基因一致,说明扩增和克隆片段包含ＰＲＶｔｋ基因。