双重RT-PCR快速检测H7N9流感病毒方法的建立

为建立简便快速检测H7N9亚型流感病毒的方法,根椐GenBank中H7亚型流感病毒的HA基因序列和N9亚型流感病毒的NA基因序列,设计2对特异性引物,在建立H7亚型和N9亚型单项RT-PCR的基础上,优化双重RT-PCR反应条件,建立同时检测H7亚型和N9亚型的双重RT-PCR。对H7N9亚型流感病毒核酸模板进行双重RT-PCR扩增,结果可同时扩增HA基因263bp、NA基因520 bp的特异性片段,而对其他常见亚型的流感病毒的RT-PCR扩增结果均为阴性。敏感性试验结果表明,该双重RT-PCR方法的检测下限为3 pg的H7N9病毒模板。利用该双重RT-PCR方法对30份临床样品进行H7N9病毒进行检测,与病毒分离方法进行对比,结果显示,两者的符合率为100%。结果表明建立的双重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、敏感、准确的特点,可用于H7N9流感病毒的同时检测和鉴别诊断,为H7N9亚型流感的有效防控提供技术支撑。     

H5N6亚型流感病毒双重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为研制H5N6亚型流感病毒核酸快速检测试剂盒,选择H5N6亚型流感毒株序列相对最保守的HA基因和NA基因作为H5N6检测的靶序列,设计两套特异性的引物和探针,建立基于TaqMan探针的双重荧光RT-PCR快速检测H5N6亚型禽流感病毒的方法。实验结果表明,所建立的H5N6亚型流感病毒real time RT-PCR检测方法 HA基因检测的灵敏度为10~(-5),NA基因检测的灵敏度为10~(-4),重复性良好,特异性佳。结论:本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H5N6亚型流感病毒。     

H5N8亚型流感病毒双重实时荧光RT-PCR检测方法的建立与评价

流感病毒变异迅速,为研究和建立一种针对H5 N8亚型流感病毒核酸准确灵敏的检测方法,分别选择H5 N8亚型流感毒株序列相对保守的HA基因和NA基因作为H5 N8亚型流感病毒检测的靶序列,设计两套特异性的引物和探针,选择两种不同的荧光标记,建立基于TaqMan探针的双重荧光RT-PCR快速检测H5 N8亚型禽流感病毒检测方法。实验结果表明,所建立的H5 N8亚型流感病毒real time RT-PCR检测方法 HA基因检测的灵敏度为10-5,NA基因检测的灵敏度为10-5,重复性好,特异性佳。结果表明:本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H5 N8亚型流感病毒,耗时短,可很快作出判定结果,适用于H5 N8流感病毒的分子生物学检测和监测。对于控制流感流行,减少经济损失,最大限度保护社会人群健康具有很大意义。     

H3N8亚型马流感病毒RT-LAMP检测方法的建立

为了建立检测H3N8亚型马流感病毒的RT-LAMP方法,根据H3N8亚型马流感病毒HA基因序列,设计了2对LAMP引物,经过优化反应条件,建立了RT-LAMP检测H3N8亚型马流感病毒方法。结果表明,RT-LAMP方法能够在63℃恒温条件下、75min内实现目的基因片段的大量特异性扩增,通过荧光显色就可直接用肉眼判断结果。对H7N7亚型马流感病毒、马动脉炎病毒、马鼻肺炎病毒的核酸无交叉反应,具有较好的特异性;方法的灵敏度比常规RT-PCR的高10倍;该方法操作简便快速、省时省力,而且灵敏度高、特异性强,对H3N8亚型马流感病毒的检测具有实际的应用价值。     

甲型H1N1流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立快速检测甲型H1N1流感病毒[Influenza A(H1N1)pdm09]的TaqMan荧光定量PCR方法,本研究根据甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因保守序列,设计并合成了特异性引物和TaqMan MGB探针,采用实时荧光定量PCR技术检测甲型H1N1流感病毒。使用含有选定检测序列的重组质粒pMD-HA标准品绘制标准曲线,其相关系数为0.999,敏感性可达50 TCID50。本研究中,甲型H1N1流感病毒TaqMan荧光定量RT-PCR方法与经典H1N1、类禽H1N1、类人H1N1、H1N2、H3N2、H5N1和H9N2流感病毒无交叉反应。结果表明,该方法可以在人类和动物间有效地检测甲型H1N1流感病毒。     

H3N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

为建立检测禽流感病毒(AIV)且同时区分H3N2亚型AIV的方法,本研究根据H3、N2亚型AIV HA、NA基因及AIV最保守M基因的保守区域,设计并筛选出3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了AIV H3N2亚型和M基因三重RT-PCR的检测方法。对该法进行特异性及敏感性检测,并通过该三重RT-PCR方法对96份临床样品进行检测。结果显示,H3N2亚型AIV可扩增出3条特异性条带,其中518bp为AIV M基因、418bp为N2亚型AIV NA基因、271bp为H3亚型AIV HA基因;H3亚型和N2亚型AIV均可扩增出2条特异性条带,大小分别为518bp、271bp和518bp、418bp;其他亚型AIV可扩增出一条特异性条带,大小为518bp;常见禽病病原体均未扩增出任何条带。敏感性试验表明该法对H3N2亚型AIV的检测下限为100pg,96份临床样品检测结果与病毒分离鉴定结果一致。本研究所建立的AIV H3N2亚型和M基因三重RT-PCR为一种简便、快速、有效的检测方法。     

H7和N9亚型及A型流感病毒多重荧光定量RT-RCR检测方法的建立

为同时检测H7亚型、N9亚型和A型流感病毒,本研究根据流感病毒H7 HA、N9 NA以及M基因序列分别合成3对引物和3种荧光素标记的探针,建立了多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法.特异性试验结果显示,仅H7亚型和N9亚型病毒分别在FAM和JOE通道监测到荧光信号,而所有A型参考流感病毒株均可获得Cy5荧光信号,此外其他相关的禽源病毒检测结果均为阴性.同时,以H7N9亚型病毒RNA为模板建立了标准曲线,检测H7 HA、N9 NA以及M基因的R2值均为0.999,最低检出量均为35.4 EID50/mL.批内和批间试验的变异系数均小于1.48％.利用该方法对1 072份临床样品(咽喉和泄殖腔拭子)检测,H7N9亚型和A型流感病毒分别检出7份和23份.该方法可以有助于H7N9亚型和A型流感病毒的快速检测及鉴定.     

马流感病毒多重RT-PCR检测方法的建立

根据马流感病毒的M基因和HA基因的保守序列,设计了两对引物,MF和MR为通用引物,可以检测出H3N8和H7N7亚型EIV,目的片段227bp,HF和HR为H3N8亚型特异性引物,目的片段595bp。利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了快速检测鉴别H3N8亚型EIV的多重RT-PCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术可以用于EIV的快速诊断和亚型鉴定。     

H7N9亚型AIV双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据H7N9亚型禽流感病毒(AIV)HA基因和NA基因的保守序列,分别设计特异性引物和不同荧光基团标记的TaqMan探针。通过优化反应条件,建立了H7N9亚型AIV的双重实时荧光定量RTPCR检测方法。结果显示,该法检测H7N9亚型AIV的下限为102copies/μL,批内重复和批间重复变异系数均小于3%。本研究建立的H7N9亚型AIV双重实时荧光定量RT-PCR方法,具有快速、特异和敏感的优点,可为H7N9亚型AIV的有效防控提供技术支撑。     

EvaGreen实时荧光定量PCR检测H3N8亚型马流感病毒方法的建立

为了特异性地检测H3N8亚型马流感病毒,试验根据H3N8亚型马流感病毒(EIV)HA基因特异保守序列设计1对引物,建立了检测H3N8亚型EIV的Eva Green实时荧光定量PCR方法,并对该方法进行评价。结果表明:该方法能特异性地扩增H3N8亚型EIV,而对H7N7亚型EIV、马传染性贫血病毒、马动脉炎病毒、马疱疹病毒均无特异性反应;最低检测限度能达到10拷贝/μL;并且该方法具有良好的重复性。说明Eva Green这种新型荧光染料可以敏感有效地检测EIV,可用于马流感的诊断。     

H5N1虎源流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及临床应用

根据本室分离获得的虎源H5N1流感病毒的HA基因序列测定结果,结合GenBank中报道的H5亚型禽流感病毒HA基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列区作为扩增区域,利用Primer5·0引物设计软件和BLAST软件程序设计出特异性扩增引物。采用成本较低、不需要特异探针引物、优化周期短,能区分病毒变异株的SYBRGreenI随机掺入法建立定量PCR反应体系,并对反应条件进行优化。试验结果表明应用该方法对虎源H5流感病毒的检测具有高度的特异性,检测的灵敏度为101~102拷贝数。对20份病死老虎临床病料和24份人工感染的小鼠脏器病料用荧光定量RT-PCR方法、常规RT-PCR方法和病毒分离方法进行检测,荧光定量RT-PCR方法检测结果略高于常规RT-PCR方法,但与病毒分离方法结果相一致。这说明荧光定量RT-PCR方法可以对临床上H5N1虎源流感病毒检测提供参考。     

H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术的建立与应用

为建立H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术,参考Gen Bank登录的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA、M基因序列,利用Primer Premier5.0软件设计3对可扩增HA、NA、M基因的特异性引物以及反转录引物。3对引物扩增的c DNA片段大小分别为1 742、1 410、1 027 bp。结果:通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术,与目的片段大小相符的片段,经测序均正确,且与其他常见禽病病原不存在交叉反应。该方法对HA基因的最低检出量为10-2μg/μL c DNA,对NA基因的最低检出量为10-2μg/μL c DNA,对M基因的最低检出量为10-3μg/μL c DNA。通过对30份H9N2阳性病毒液进行三重PCR,均可同时扩出HA、NA、M基因。结果表明,本试验建立了H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术,为提高H9N2亚型禽流感病毒HA、NA、M基因序列分析的效率奠定基础。     

1株H3N8亚型马流感病毒的分离鉴定及全基因进化分析

2013年8月某养马厂出现疑似马流感疫情,经分离鉴定为H3N8亚型马流感病毒。为了了解该H3N8马流感分离株(A/equine/Xuzhou/01/2013(H3N8))的基因进化情况,本试验比较了该病毒株,我国已报道的H3N8马流感毒株以及目前全球所使用的疫苗株的病毒基因型,也比较了与抗原性相关的氨基酸的变化情况,为科学防控马流感提供参考依据。采集病死马的内脏样本,进行了A型禽流感病毒通用荧光RT-PCR检测,将荧光RT-PCR检测阳性样品处理后接种鸡胚尿囊腔,检测分离毒尿囊液血凝性及HA效价。参照已发表的扩增H3N8马流感病毒全基因引物,经RT-PCR扩增出该H3N8亚型马流感病毒(A/equine/Xuzhou/01/2013(H3N8))的8个基因片段,对其测序构建基因进化树,并进行分子特征分析。经过比较分析,该病毒株的HA基因在遗传进化上属于佛罗里达Ⅱ型马流感病毒,其余7个片段都属于马流感病毒中的美洲型。在5个公认的抗原位点中,A/equine/Xuzhou/01/2013与我国2007年的分离株(A/donkey/Xinjiang/2007),目前的疫苗株(Miami/63,Kentucky/81,Suffolk/89,Newmarket/2/93和Avesta/93)相比均发生了一些位点的变异。我国H3N8亚型马流感病毒存在抗原变异,需要进一步对其致病性、免疫原性等特性进行研究,同时还需加强马流感病毒分子流行病学监测。     

H3N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种简便、快速检测H3N2亚型禽流感病毒的方法,试验根据Gen Bank中H3、N2亚型禽流感病毒HA和NA基因保守序列,设计并筛选出2对特异性引物,通过优化反应条件建立H3N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法。结果表明:该方法既能同时特异性扩增出H3N2亚型禽流感病毒,也可扩增出H3、N2亚型禽流感病毒,而对其他亚型和常见禽病病原体均不扩增;该方法对H3N2亚型禽流感病毒的检测下限为10 pg;用该方法对96份临床样品进行检测,结果与病毒分离鉴定结果一致。说明试验所建立的H3N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高的特点。     

应用TaqMan荧光定量PCR检测H3N8亚型马流感病毒

为建立马流感病毒(ETV)的检测方法,本试验针对H3N8亚型ETV血凝素(HA)基因高度保守序列设计并合成了2对引物和1条TaqMan荧光探针,建立了TaqMan荧光定量PCR方法.经用TaqMan荧光定量PCR、RT-PCR和病毒分离方法分别检测新疆等省135份疑似EIV马鼻拭子样品,其结果表明:3种方法的马流感检出率分别为54.07%、37.78%、0.89%;TaqMan荧光定量PCR可检出马流感病毒基因组RNA的灵敏度可达10拷贝/反应.而且与其他马呼吸道病毒均无交叉反应,具有良好的特异性、敏感性和重复性.该方法为H3N8亚型马流感的早期诊断及分子流行病学调查等提供了一种新的快速、准确的定量检测技术.     

H4亚型和N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种简单、快速鉴别H4亚型和N2亚型禽流感病毒(AIV)的方法,针对H4亚型AIV HA基因和N2亚型AIV NA基因的保守区域,分别设计筛选出1对特异性引物,通过优化反应条件,建立了H4亚型和N2亚型AIV二重RT-PCR检测方法。该法可特异性扩增H4亚型和N2亚型AIV,对其他亚型AIV和常见禽病病原体无交叉反应;对H4亚型和N2亚型AIV的检测下限均为10~4拷贝/μL;对152份临床样品的检测结果与病毒分离鉴定结果一致。本研究建立的二重RT-PCR方法为H4亚型和N2亚型AIV的诊断提供了快速、特异、敏感和有效的检测方法。     

H10亚型和N8亚型禽流感病毒三重RT-PCR检测方法的建立

根据基因库中H10亚型禽流感病毒(AIV)HA基因、N8亚型AIV NA基因和所有亚型AIV M基因序列,分别设计筛选出3对特异性引物,优化引物之间的浓度,建立了H10亚型和N8亚型AIV三重RT-PCR检测方法。该法对含有H10和N8亚型AIV的模板可特异性扩增出267 bp(H10亚型AIV)、464 bp(N8亚型AIV)和693 bp(AIV)目的条带,对H10亚型AIV扩增出267、693 bp目的条带,对N8亚型AIV扩增出464、693 bp目的条带,对其他亚型AIV仅扩增出693 bp目的条带,对常见禽病病原体均未扩增出任何条带。该法对H10亚型和N8亚型AIV检测下限为10~3拷贝/μL。120份临床样品检测结果与病毒分离鉴定一致。研究建立的H10亚型和N8亚型AIV三重RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高,为同时快速鉴别检测H10亚型和N8亚型AIV提供一种简便、快速和有效的方法。     

H5N8亚型禽流感病毒HA和NA基因双重荧光RT-PCR检测方法的建立

H5N8亚型禽流感是传播性极强的人兽共患病,为了简便快速的检测H5N8亚型禽流感病毒,针对H5N8亚型禽流感病毒HA基因和NA基因序列分别设计合成特异性引物和探针,通过优化反应条件,建立了同一反应程序下同时扩增HA基因和NA基因的双重荧光RT-PCR检测方法。结果显示,该检测方法特异性强,不与其他亚型禽流感病毒和禽常见病原发生交叉反应,敏感性可达10copies/μL;组内组间重复性好,平均变异系数均小于0.4%;用该方法对108份临床样品检测,结果与病毒分离鉴定方法检出率一致。综上所述,建立的H5N8亚型禽流感病毒双重荧光RT-PCR检测方法具有快速、特异、敏感、重复性好等优点,为H5N8亚型禽流感的快速诊断和疫情防控提供了一定的技术支持。     

多重RT-PCR检测猪流感病毒及血清亚型

根据GenBank登录的猪流感病毒各血清亚型NP基因,H1、H3亚型HA基因,N1、N2亚型NA基因核苷酸序列,经DNAstar软件类比选择保守区设计引物,sPCR筛选出引物对,用于扩增猪流感病毒NP基因、血凝素H1/H3亚型、神经氨酸酶N1/N2亚型基因片段。根据NP、H1N1、H3N2亚型引物扩增片段大小和反应条件的差异,将各引物配比组合,形成引物组合,建立多重RT-PCR体系。经对不同亚型模板的扩增、检验,建立的2个多重RT-PCR体系可用于猪流感病毒及H1/H3血凝素亚型、N1/N2神经氨酸酶亚型的快速鉴别、诊断。特异性试验检测多重RT-PCR不能扩增其他猪病毒核酸,核酸的最低检测量达0.2ng。采集临床具有呼吸道症状的猪肺、鼻腔棉试子等85份,与鸡胚分离及血凝/血凝抑制试验比较,阴性样品检测符合率达100%。     

禽流感病毒 H3N2亚型三重 RT-PCR 检测方法的建立

为建立检测禽流感病毒（AIV ）且同时区分 H3N2亚型AIV 的方法,本研究根据 H3、N2亚型AIV HA、NA基因及AIV最保守M 基因的保守区域,设计并筛选出3对特异性引物,通过优化反应条件,建立了AIV H3N2亚型和M 基因三重RT‐PCR的检测方法。对该法进行特异性及敏感性检测,并通过该三重RT‐PCR方法对96份临床样品进行检测。结果显示,H3N2亚型AIV可扩增出3条特异性条带,其中518 bp为AIV M 基因、418 bp为N2亚型AIV NA基因、271 bp为H3亚型AIV HA基因;H3亚型和N2亚型AIV均可扩增出2条特异性条带,大小分别为518 bp、271 bp和518 bp、418 bp;其他亚型AIV可扩增出一条特异性条带,大小为518 bp;常见禽病病原体均未扩增出任何条带。敏感性试验表明该法对 H3N2亚型AIV的检测下限为100 pg ;96份临床样品检测结果与病毒分离鉴定结果一致。本研究所建立的AIV H3N2亚型和M 基因三重RT‐PCR为一种简便、快速、有效的检测方法。