利用SSR标记对中国水稻品种进行遗传多样性评价和品种分类的研究

利用54个水稻SSR标记对来自我国六大稻区22个省(市)在20世纪30~90年代育出,并在水稻育种中具有重要利用价值的94份种质材料进行了研究,用以评价SSR标记在检测DNA多态性、鉴别品种类型及种质资源遗传多样性的作用,了解中国常用育种材料的遗传多样性背景。54个引物对在供试品种上扩增得到311条多态性带,58个位点的平均等位基因数为5.36;各位点的平均多态性信息量(PIC)的变幅为0.452~0.833,平均值为0.647;94×94对基因型的遗传相似系数(SM)变幅为0.009~0.845,平均为0.259。利用UPGMA法进行聚类分析,可将供试材料分成两大类,分别符合于籼、粳类型,符合系数95.7%。结果表明,可以有效利用微卫星标记来检测DNA多态性,并进行品种鉴定及遗传资源多样性的分析;中国水稻品种种内具有较高的遗传多样性,但亚种内遗传多样性偏低,其中籼稻内遗传多样性要比粳稻内遗传多样性高。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

橡胶树抗寒种质遗传多样性分析

应用RAPD和ISSR技术对20份橡胶树抗寒种质进行遗传多样性分析。结果表明，16个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出条带113和101条，多态性条带指数(PPB)分别为61.1%和63.4%。据Nei-Li相似系数，ISSR标记在相似系数约0.74处，可将20份材料分为野生种质和栽培种质两大类；RAPD标记在相似系数约0.70处，也可将供试材料分为野生种质和栽培种质两类，但只有XJ002420为野生种质。对2种标记的分析结果进行相关分析，结果表明，RAPD和ISSR所检测的遗传相似系数呈极显著正相关，相关系数为0.672。以上结论表明，RAPD和ISSR标记可用于橡胶树种质资源的遗传多样性研究，但鉴于ISSR较RAPD有更强的多态性检出能力，ISSR技术应作为遗传多样性研究的首选单引物标记。     

索引

利用SCoT分子标记对47个菌草种质资源进行遗传多样性分析。从20个SCoT引物中筛选出10个扩增效果好的引物，对47份菌草种质材料的DNA进行PCR扩增,共获得282个多态片段。结合UPGMA聚类分析方法，算出47份种质材料间的遗传相似系数(SM)在0.77-0.96，所有47份材料被区分开来，在遗传相似系数为0.815时，47份材料可分为5大类群。研究结果表明，SCoT分子标记技术可有效用于菌草资源的遗传多样性分析。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

龙眼品种SRAP指纹检索系统的开发及遗传多样性研究

应用SRAP技术开发了龙眼指纹检索系统并进行了遗传多样性分析。12对引物组合在16份龙眼及龙荔种质中共扩增出257条DNA带,其中248条为多态带(占96.5%),平均每个引物扩增多态性带20.7条。17份材料间的遗传相似系数范围为0.399~0.871。利用Me6Em7、Me5Em4、Me2Em8等3对引物开发的指纹检索系统,可以区分全部17份种质。根据相似系数进行聚类分析,16个龙眼品种和龙荔分成2大组,龙眼品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

山西省西伯利亚远志种质资源的ISSR分析

应用ISSR标记对山西省7个野生居群和1个人工栽培居群共60份西伯利亚远志种质进行遗传多样性分析。结果表明：从100对ISSR引物中共筛选出20条多态性好、条带稳定的引物,60份材料DNA共获得338个扩增位点,其中多态性位点334个,多态性比率为98.82%;有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)及Shannon多样性信息指数(I)分别为1.433 7、0.265 6和0.414 2,居群的遗传相似度在0.655 2～0.977 9,表明8个居群具有丰富的遗传多样性,这与其自身繁殖特点有     

石斛兰亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系.     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

利用SSR分子标记构建Y58S及部分重要两系杂交水稻亲本的DNA指纹图谱

以优良光温敏核不育系Y58S及其杂交组合Y两优1号和生产中广泛应用的部分光温敏核不育系和恢复系等18个水稻品种为材料,利用SSR分子标记进行了DNA指纹图谱的构建。聚类分析表明,18个供试水稻品种的遗传相似度为0.672-0.945;利用筛选到的RM164、RM18和RM258等3对引物扩增出的14条多态性片段初步构建了18个供试水稻品种的DNA指纹图谱,每个品种的DNA指纹图谱具有特异性,可互相鉴别;引物RM164可在超级杂交稻组合Y两优1号、两优培九中扩增出父母本的互补带型,从而可鉴别其杂交种子中混杂的母本杂株。     

黄淮海和南方大豆育成品种TRAP标记的遗传结构研究

为采用新型分子标记技术有效评估与利用黄淮海和南方大豆种质资源,本研究通过目标区域扩增多态性(TRAP)功能标记对来自中国黄淮海和南方地域的158份大豆育成品种进行遗传结构及多样性分析。从随机组合的84组引物中筛选出21组多态性丰富的引物,共扩增出436条DNA条带,各引物条带数变幅为18～26个,平均20.7个。Nei′s基因多样性(H)变化范围为0.172 5～0.473 6,香农信息指数(I)变化范围为0.492 2～0.679 2,多态信息含量(PIC)变化范围为0.144 6～0.360 7。基于TRAP分子标记的聚类分析表明大豆材料共分为3类,其中I、II两小类亚群主要为黄淮海地域品种,III类大亚群黄淮海和南方地域品种分布均匀。Structure遗传结构分析将大豆育成品种划分为3个不同血缘关系。大豆材料的TRAP标记聚类分析和遗传结构分析结果表示大豆品种的分布无明显的地域相关性。     

基于SCoT标记的福建茶树品种（系）遗传多样性分析

利用SCoT标记对福建茶树资源进行分析,构建适用于福建茶树资源SCoT-PCR扩增体系。从38条SCoT引物中筛选出的16条多态性引物,构建了55份茶树品种（系）的SCoT标记指纹图谱。对55份材料共扩增出219条条带,多态性条带为216条,平均每条引物扩增出13.8条,多态性比率PPB为93.15%,55份供试材料的遗传相似系数（Genetic similarity, GS）介于0.49~0.85,平均为0.67。SCoT标记分析55份供试材料共两个群体的观测等位基因数Na为1.93,有效等位基因数Ne为1.54,Nei基因多样性为0.32,香农指数Shannon为0.48,遗传分化Gst为0.067,基因流Nm为7.01。在遗传相似系数为0.64处,将55份茶树资源分成2大类。     

三角梅种质资源的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对68份三角梅种质进行分析,从100个引物中筛选出14个多态性丰富、重复性好的引物,对68份三角梅种质资源的DNA多态性检测共获得了195条谱带,其中多态性条带182条,多态性比率为93.3%。聚类分析结果表明,三角梅品种间的遗传相似系数在0.50～0.97之间,平均相似系数为0.67,这说明供试的68份材料间的遗传多样性不是特别丰富、亲缘关系较近。在0.64水平处将三角梅种质资源分为A类群和B类群,A类群可分为2亚类,B类群还可分为6亚类。本研究从分子水平上揭示了三角梅不同种质资源之间的亲缘关系,进一步明确了种质资源间的遗传距离,为三角梅优良品质性状的选择、杂交育种亲本选配和良种繁育,提供了DNA分子水平上的理论依据。     

部分水稻不育系的指纹图谱构建和遗传多样性分析

利用56对SSR引物对20个水稻不育系进行了DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,56对SSR引物在供试不育系中共扩增出191个多态性片段,平均每对引物可检测出3.41个等位基因(变幅2~7个)。供试引物的平均多态性频率为0.52,平均PIC值为0.50,平均有效等位基因数为2.20。经聚类分析,20个不育系间的遗传相似系数变幅为0.51~0.93,以遗传相似系数0.65为阈值,可将供试不育系分为3个群,聚类分析结果与亲缘系谱表现出较好的一致性。     

咖啡种质资源DNA指纹图谱的构建

选用4份咖啡种质资源为材料,对S1-S100共100个RAPD引物进行筛选,选出多态性好的引物10个。利用这10个RAPD引物对28份咖啡资源进行扩增,共获得86条带,平均每个RAPD引物扩增出8.6条带,多态性谱带74条,多态性条带比率为86.0%。结果表明：供试咖啡种质资源遗传多样性较丰富;10个多态性好的RAPD引物中S8的鉴别效率最高,能将全部供试材料全部区分开,通过整合软件录入如所属种类、种质名称、采样地点、引物、RAPD-PCR 扩增数据以及电泳图片等相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成咖啡种质资源的DNA指纹图谱,为咖啡种质资源品种权益保护及分子身份证构建奠定了基础。     

芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性

利用RAPD分子标记方法,选取60个随机引物,对从我国保存的芝麻种质资源中接续取的19个种质进行遗传多样性分析,选出扩增效果好的14个多态性引物,并用于统计分析,14个引物共扩增出142条带,其中多态性带61条,占43%,平均每个引物有4.36条,变化范围2～7条,依据聚类分析结果可将19个供试材料分为4大类,地理来源较远的国外种质与我国本地种质之间遗传差民较大.利用RAPD标记技术在基因水平上分析芝麻种质资源遗传多样性完全可行.     

鹤蕉种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术研究鹤蕉种质遗传多样性及亲缘关系,为合理利用鹤蕉种质资源、培育观赏价值高的鹤蕉新品种提供依据.采用8对E+3和M+3引物组合对52份鹤蕉种质进行总基因组DNA水平上的多态性检测.检测结果共获得1534条可统计的条带.其中1 520条呈多态性,多态性带百分率达99.09%.揭示了鹤蕉种质具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果表明,多数鹤蕉种质资源与其花型的大小表现出较为密切的关系;来源相同的种质基本上可聚在一起,反映出品种间的亲缘关系;在相似系数0.56处将52份种质划分为5大类.8组引物在52份供试材料中检测到数目不等的特异带型,这些特异带型对供试鹤蕉种质具有一定的鉴别价值.     

黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析

为了从分子水平探讨黑龙江省春小麦种质资源的遗传多样性,对黑龙江省34份不同年代主栽春小麦品种进行SSR标记分析,计算遗传相似系数(GS)和位点多态性信息含量(PIC),并利用SSR标记的数据结果对供试品种进行聚类分析.14对SSR引物共扩增出73个等位变异,平均每对引物扩增出5.2个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.32～0.88,总体平均值为0.64.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.16～0.87,平均0.56.聚类分析表明,SSR标记将34个品种相互区分开并分为五大类,分类结果与品种系谱比较吻合.据此认为,SSR标记揭示出黑龙江省主栽小麦品种具有较高的遗传多样性.     

苎麻种质DNA指纹库构建的SSR核心引物筛选

为了筛选出适用于苎麻种质DNA指纹库构建的引物,以108份苎麻种质为材料,综合比较扩增带型及引物的重复性高低,对27对SSR引物进行筛选,以确定苎麻种质DNA指纹库构建的核心SSR引物。结果表明：筛选出的8对SSR引物可作为苎麻种质DNA指纹库的核心引物。