三鸡种NLRC5基因编码区SNPs及其与部分免疫性状的关联分析

本研究通过检测鸡NLRC5基因编码区域单核苷酸多态位点,以期分析与免疫性状相关的遗传标记。采用PCR-SSCP方法对3个鸡品种NLRC5基因编码区SNPs进行检测,仅在外显子8区域发现多态位点,其中在文昌鸡中检测到AA、BB和AB 3种基因型,如皋鸡中检测到AA和AB 2种基因型,安卡鸡中仅存在AA基因型。序列分析结果显示,NLRC5基因外显子8存在G43A同义突变。测定部分免疫性状,分析不同鸡品种之间以及不同基因型与免疫性状间的关联性,结果表明:安卡鸡H/L值、ND抗体滴度、IL-1浓度均显著高于如皋鸡和文昌鸡(P0.05),AI抗体滴度极显著低于其他2个品种(P0.01),如皋鸡SBRC抗体滴度最高,但3个品种之间差异不显著(P0.05);不同基因型同免疫性状之间,AA型个体各项性状值均优于AB和BB型个体,但是差异不显著(P0.05)。综合分析,中国地方品种文昌鸡、如皋鸡的抗性优于安卡鸡种,AA型可能是NLRC5基因在机体免疫应答能力的有利基因型。     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

鸡Nramp1基因第9外显子的单核苷酸序列多态性分析

以文昌鸡、安卡鸡及藏鸡为试验动物,利用PCR-SSCP方法检测Nramp1基因部分区域的单核苷酸多态性(SNP)。结果发现,该区域存在2个突变,分别为C315G、C357T;共出现4种基因型,分别为GG、GT、TT及AA型,在文昌鸡和藏鸡群体内,T为优势等位基因,而安卡鸡中G为优势等位基因。3个群体该座位均处于哈代-温伯格平衡(PO.05),且3个群体间基因型分布无显著差异(P0.05)。     

文昌鸡促卵泡素受体(FSHR)基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.本研究以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析.结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点.exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5'端-49 bp处的C→T突变;exon6编码区3'端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3'端+38 bp处的G→T突变.促卵泡素受体(FSHR)是促卵泡素(FSH)的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础.     

不同鸡种GARS-AIRS-GART基因21号外显子单核苷酸序列多态性分析

以安卡鸡、文昌鸡、如皋草鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因的21号外显子进行SNPs检测.结果发现4个核苷酸多态位点:G29943C、C29968T、T30011C、C30017T,其中3处为非同义突变,分别为:29943处天冬氨酸(Asp)→天冬酰胺(Asn)、30011处色氨酸(Trp)→精氨酸(Arg)、30017处精氨酸(Arg)→半胱氨酸(Cys);另1处为同义突变.对多态位点进行单倍型分析,发现12种单倍型,有3种单倍型的频率超过10%,其余9种都小于10%.另外共检测到11种基因型,存在5种等位基因,安卡鸡的D和E等位基因的基因频率较高,基因型频率与其他2个鸡品种之间都存在着极显著的差异(P<0.01),表明我国地方鸡种和外来鸡种在遗传组成上存在着差异.     

鸡脂肪酸脱氢酶基因多态性及其与脂肪酸含量的关联分析

利用PCR-SSCP技术检测安卡鸡、文昌鸡和如皋鸡△9-脂肪酸脱氢酶基因的单核苷酸多态性(SNP),并对不同基因型与胸肌脂肪酸含量进行关联分析.结果表明:在外显子6没有检测到SNP突变,在外显子2检测到T101C和C197T 2+SNP突变,共3种基因型,其中A为优势等位基因,其频率在3个鸡种中均大于0.81,该位点在各品种中均处于Haray-Weinberg平衡(P>0.05).脂肪酸含量的最小二乘检验表明,AB基因型个体的多不饱和脂肪酸(PUFA)和必需脂肪酸(EFA)含量显著高于AA和BB基因型个体(P<0.05),提示AB型可能对脂肪酸含量有重要的影响.     

文昌鸡MTNR1B基因的多态性及其与产蛋性状的关系

本研究旨在了解褪黑激素受体基因MTNR1B的多态性及其与文昌鸡产蛋性状的关系。用直接测序的方法检测MTNR1B5′调控区、外显子1和外显子2的单核苷酸多态性,并将其与文昌鸡的产蛋性状进行关联分析。结果表明,在外显子1和2的编码区未发现碱基突变或缺失,而在5′调控区发现15个单核苷酸多态位点。其中-778位点突变(A→G)对文昌鸡中期(22～31周龄)产蛋数和46周龄总产蛋数的显性效应分别达到了2.3和6.2枚(P<0.05)。对后期(32～46周龄)产蛋数和46周龄总产蛋数而言,-216位点C对A为优势等位基因,加性效应值分别为2.5和3.2枚,显性效应分别为3.5和6.8枚,且表现为超显性。在4种单倍型中,AA单倍型个体的后期产蛋数和46周龄总产蛋数最低,GC单倍型个体的开产日龄最早。AC/GA联合基因型母鸡拥有最高的中期产蛋数、后期产蛋数和46周龄总产蛋数。综上所述,MTNR1B基因的外显子高度保守,而5′调控区的SNPs有望成为影响产蛋性状潜在的遗传标记。     

猪干扰素-γ基因单核苷酸多态性分析

干扰素-γ（interferon-gamma,IFN-γ）在调节机体免疫应答及抵抗病毒感染等方面有着重要的作用。为探索IFN-γ基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对包括军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481个个体的IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行分析。结果在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4上各发现了一个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。各个突变位点的多态信息含量均小于0.25,呈低度多态,说明猪IFN-γ基因较保守。     

文昌鸡促卵泡素受体基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。本研究以促卵泡素受体（FSHR）基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析。结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点。exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5′端—49 bp处的C→T突变;exon6 编码区3′端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3′端+38 bp处的 G→T突变。促卵泡素受体（FSHR）是促卵泡素（FSH）的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础。     

鸡Apo VLDLⅡ基因内含子Ⅰ的多态性研究

本研究根据鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ的基因序列设计3对引物,分别采用PCR-RFLP、PCR-SSCP技术对文昌鸡、如皋黄鸡、丝羽乌骨鸡、安卡肉鸡及红色原鸡5个鸡种进行多态性研究。结果表明,鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ存在4处突变,分别为:1950处G/A、2522处A/C、2705处A/C及2793处C/T。统计结果显示:安卡肉鸡基因型频率的分布与如皋黄鸡、红色原鸡存在显著差异,文昌鸡基因型频率的分布与乌骨鸡差异不显著,除安卡肉鸡外所有鸡种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

北京油鸡喙畸形性状候选基因GLA多态性的研究

本实验旨在研究α-半乳糖苷酶(GLA)基因的多态性及其与北京油鸡喙畸形性状之间的关系。用直接测序的方法检测GLA基因的单核苷酸多态性。结果表明:该基因启动子的-524、-389、-242、-212 bp处,内含子6的4 494、4 505、4 552、4 691 bp处以及外显子7的4 815 bp处共发现9个突变位点。卡方检验显示,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。群体遗传多态性结果显示,正常鸡所有位点为中度多态(0.25PIC0.5);喙畸形鸡中,C4494T、G4505A、C4691T 3个位点为低度多态(PIC0.25),其余位点为中度多态(0.25PIC0.5)。基因型差异比较发现,在外显子7的C4815T位点处,喙畸形鸡未发生突变,与正常鸡基因型差异显著(P0.05);在内含子6的A4552C位点处,正常鸡AA型频率较高,喙畸形鸡CC型频率较高,两者基因型差异极显著(P0.01),其余位点差异不显著(P0.05)。结果提示,GLA基因的多态性与喙畸形存在一定关联,C4815T和A4552C 2个位点的SNPs有望成为剔除喙畸形性状的潜在遗传标记。     

TGF-β1基因多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1(TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790bp处碱基发生G→C的突变.多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659,在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05);LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05);在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05),TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

猪ITGB1基因多态性与产仔数的关联性分析

本研究以643头母猪为实验材料,利用CRS-RFLP技术对猪ITGB1基因第14外显子C42241T位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析,旨在探讨该多态位点能否作为猪产仔数性状的分子遗传标记。结果表明:42241多态位点的基因型效应对长白猪的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响不显著;对于大白猪和杜洛克猪,不同基因型个体之间的TNB和NBA差异显著(P<0.05),其效应为TT>TC>CC,且TT型个体具有较高的产仔数主要是由基因的加性效应导致的。因此,42241位点TT基因型可作为大白猪和杜洛克猪TNB和NBA性状的标记基因型。     

优质肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因第2和第9外显子单核苷酸多态性分析

以四川大恒家禽育种有限公司培育的8个优质肉鸡群体(5个品系和3个杂交组合)为材料,采用PCR-SSCP技术结合测序检测鸡ADSL基因外显子2与外显子9的单核苷酸多态性.结果表明:在所研究的群体中,腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因外显子2的3797位点发生C→T突变,外显子9的10225位点发生A→T突变;适合性检验显示,ADSL基因外显子2、外显子9各基因型频率除1个群体外均处于哈代-温伯格平衡;对群体各位点基因型频率分布进行计算,发现ADSL-3797和ADSL-10225 SNPs位点属于中度多态位点,多态信息含量分别为0.283和0.320.本研究为ADSL基因SNPs位点与优质肉鸡重要肉质性状的关联性研究奠定了基础.     

荔波瑶山鸡DRD2基因多态与早期产蛋性能的关系

为了提高贵州地方鸡品种荔波瑶山鸡的产蛋性能,试验以多巴胺受体2(dopamine receptor2,DRD2)基因作为候选基因之一,采用PCR-单链构象多态性(SSCP)及测序等方法检测196只荔波瑶山鸡母鸡的该基因遗传变异情况,并统计分析其遗传变异与鸡产蛋性状的相关性。结果表明:DRD2基因mRNA SNP962(C→T)位点TT、TG基因型38周龄产蛋量差异极显著(P0.01),300日龄蛋重差异显著(P0.05)。该单核苷酸多态性(SNPs)突变影响DRD2蛋白质第312位氨基酸(亮氨酸)发生同义突变,由L(CTG)→L(TTG)。mRNA SNP962(C→T)位点对38周龄产蛋量有较大的遗传效应,可以作为分子标记应用于荔波瑶山鸡的早期选育。     

麦洼牦牛UCP基因多态性及其与生长性状的遗传效应分析

为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。     

TGF-β1基因多态性及其与2个山羊品种产羔数的相关分析

为了研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1 (TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法探讨了其多态性与产羔数的关系.结果显示,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790 bp处碱基发生G→C的突变,多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659.在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05)；LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05).在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05).表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

12个地方品种鸡TLR4基因多态性分析

为了探究我国地方鸡种TLR4基因的多态性和群体遗传特性,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序方法,对我国12个地方品种鸡TLR4基因部分序列的单核苷酸多态性进行分析.结果显示,在所有鸡种TLR4基因的第二内含子上均发现了G1894C的突变.除了固始鸡极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01)外,其他品种均处于Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).12个鸡品种该位点的多态信息含量均属于高度多态,其中皖南三黄鸡该位点的多态信息含量和杂合度最高,北京油鸡次之,文昌鸡最低;12个品种间的基因型分布存在极显著差异(P＜0.01).本研究表明,中国地方鸡种TLR4基因G1894C位点多态丰富,为深入开展鸡TLR4基因抗病育种的研究提供了一定的理论基础.