用JoinMap~3.0初步构建小麦遗传连锁图

以普通小麦品种"望水白"与"Alondra"杂交并通过单粒传方法获得的含104个重组自交系(F7)的群体为作图群体,采用JoinMap~3.0软件初步构建了含有2个RAPD、109个SSR和105个AFLP多态性标记的小麦遗传整合图谱。该图谱的遗传总距离为1241.4cM,含有25个连锁群,已确认其中24个连锁群相应的染色体,除3D染色体外,其余20条染色体均构建了遗传连锁图。A、B、D3个染色体组的染色体平均长度分别为75.1cM、59.6cM和45.8cM,每个染色体平均分布的多态性标记分别为11.3、13.8和5.5个,标记间的平均间隔为5.7cM,仍有25.8%的多态性标记未能构建进遗传图谱。     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）为主要作图标记,以微卫星（Simple Sequence Repeats ,SSR）和表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）为辅助标记,采用CP（Cross Pollinators）模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记（174个SSR标记、41个ESTSSR标记和345个SNP标记）,分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩（centimorgan,cM）,最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种（MAS）打下基础。     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)为主要作图标记,以微卫星(Simple Sequence Repeats,SSR)和表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)为辅助标记,采用CP(CrossPollinators)模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记(174个SSR标记、41个EST-SSR标记和345个SNP标记),分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩(centimorgan,cM),最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种(MAS)打下基础。研究亮点:首次以新型分子标记SNP为主要作图标记并以SSR标记为...     

小麦RIL群体遗传连锁图谱的构建及其多态性分析

以普通小麦重组近交系(recombinant inbred lines,RIL)‘Q9086×陇鉴19’为作图群体,利用SSR标记构建小麦遗传连锁图谱.结果表明:通过选用2 187对SSR引物筛选出RIL群体双亲表现多态性的引物共405对,多态性频率为18.52%.不同类型SSR标记多态性频率从小到大依次为Xpsp(4.4%)相似文献   

来源于疣粒野生稻高抗白叶枯病水稻新种质遗传连锁图谱的构建(英文)

Y73是一个疣粒野生稻和栽培稻不对称体细胞杂交的后代株系,它兼具了野生稻高抗白叶枯病的特性和栽培稻优异的农艺性状。本研究以Y73和易感白叶枯病的水稻品种IR24为亲本创制了重组自交系群体,并利用该群体构建了Y73特异的遗传连锁图谱。该图谱包含155个简单重复序列(simple sequence re-peats,SSR)标记和56个序列标签位点(sequence-tagged site,STS)标记,覆盖约1 540.0 cM的水稻基因组区域,平均图距为7.89 cM。该遗传图谱的构建为水稻白叶枯病抗性和其他农艺性状相关的数量性状位点(quantitative trait loci,QTLs)的定位、重要基因的分离和分子标记辅助育种提供了基础。     

基于GBS、DArT array和SSR标记构建普通小麦高密度遗传图谱

以印度小麦品种Sujata与澳大利亚小麦品系Avocet杂交获得148个家系的重组自交系群体为材料,利用6 397对基于二代测序技术的GBS标记、705对DArT-array标记和164对SSR标记构建普通小麦高密度遗传图谱。结果显示:该图谱覆盖小麦的21条染色体,分为25个连锁群,总长度6 104.4 cM,标记间平均距离为0.84 cM。本研究构建的高密度连锁图为后续QTL定位、图位克隆和分子标记辅助选择等研究奠定基础。     

利用AFLP构建甘薯连锁图及淀粉含量QTL定位

利用甘薯高淀粉品种绵粉一号与甘薯低淀粉品种红旗四号杂交F1代分离群体,根据淀粉含量,选择F1分离群体中各22个高、低淀粉极端类型材料构成选择性基因型作图群体。构建的连锁图包括130个AFLP标记和13个连锁群(父本7个连锁群,母本6个连锁群),在绵粉1号遗传图的第2连锁群上检测到E1M7-2可作为淀粉的临近QTL。     

小麦雄性核不育基因Tal与rht_(10)基因的连锁遗传

几年来,进行了普通小麦显性雄性核不育基因Tal与矮变1号的矮秆基因Rht_(1c)的等位基因rht_(10)的连锁遗传,以及试图打破其连锁方式,选育重组类型Tal-Rhhrht_(10),使Tal转育至矮变1号的研究,这项研究目前只能获得非期望的另一类tal-rht_(10)交换型配子,本研究表明,两个基因有复杂的连锁关系,可能Tal不仅与rht_(10)主基因,而且与某个修饰基因连锁,重组型是致死的。     

用2个不同来源的DNA探针构建水稻RFLP连锁图谱(英文)

基于籼稻品种圭 6 30与粳稻品种台湾粳杂交产生的一个包含 111个株系的加倍单倍体 (DH)群体 ,构建了一个水稻 RFL P连锁图谱 .该图谱 (记为 DH图谱 )含有 175个 RFL P座位 ,全长 12 2 4 .6 c M,相邻标记间平均距离 7.0 c M.用于 RFL P分析的探针选自分别由日本水稻基因组计划 (RGP)和美国康耐尔大学 (CU)构建的 2个水稻图谱 .9个染色体区域发现明显的偏分离 ,但 DH图谱与 RGP和 CU图谱之间仍表现出较好的共线性 .因此 ,DH图谱可以作为那 2张图谱之间遗传信息相互沟通的桥梁 .本图谱还可用于对水稻中控制重要农艺性状的数量性状基因座的定位和分析     

宁夏农林科学院生物中心利用分子标记构建成小麦分子遗传连锁图谱

<正>历时1年时间,宁夏农林科学院生物中心生物中心小麦分子育种课题组在国家自然科学基金资助下,利用分子标记技术,以抗旱、高水分利用效率(WUE)、低碳同位素分辨率(△)小麦品种与低WUE、高△小麦品种为亲本杂交构建的重组自交系(RIL)群体为材料,从1007对SSR引物中筛选出308对在双亲间有多态性的引物,多态性频率为30.6%,以多态性引物分别对132个RIL群体进行扩增,利用Mapmaker/EXP3.0软件构建成小麦分子遗传连锁图谱,构建的分子遗传图谱共     

大豆作图群体检验与调整后构建的遗传图谱

 应用RFLP、SSR、AFLP对大豆重组近交系群体NJRIKY的 2 0 1个家系进行分析。根据RFLP标记的分析结果 ,通过模拟群体抽样标准法 (SPSC)对试验群体进行了检验与调整。结果表明 ,试验群体偏分离的家系较多 ,且整体偏向于亲本科丰 1号。汰除偏分离家系后 ,群体减少为 184个家系。对 3种分子标记进行连锁分析 ,结果表明 ,RFLP和SSR标记在基因组中的位置相对稳定 ,可以作为锚定标记 ,有利于连锁群的归并和不同图谱的比较整合 ;而AFLP标记容易出现聚集现象 ,从而造成连锁群上出现很大的空隙。以RFLP、SSR和形态等标记构建了包含2 2个连锁群的图谱 ,共 2 5 6个标记 ,总遗传距离为 30 5 0 .9cM。与未调整群体作图结果相比 ,19个标记及 2个连锁群有根本性改变。该图谱为基因定位、比较基因组学和重要农艺性状的QTL定位等研究打下了基础     

Mapmarker/Exp 3.0遗传图谱构建中重要参数设置初步探讨

Mapmarker/Exp(3.0)是目前分子作图中应用最广的软件之一,但由于许多重要参数的默认值并非是作图的最佳值,影响提高作图的精确性.本文以川麦42×川农16重组近交系(F_8)作图群体为实例,对Mapmarker/Exp 3.0软件在遗传作图中不同LOD值、max distance值以及用compare and try、compare和order 3种排序方式对遗传图谱的影响进行了初步比较, 结果表明,作图过程中,不应强求采取统一LOD值,对于特殊的连锁群可采取不同的LOD值;max distance值在20至50为宜,值过小容易遗漏大量本来正确连锁的标记;小于等于7个标记的连锁群可直接用compare命令排序.     

绵羊遗传连锁图的研究现状

随着DNA分子标记不断增加和各国对畜禽基因组计划的逐步开展，一些重要的畜禽(如牛、猪、绵羊、鸡等)的遗传连锁图谱的研究工作取得了巨大的成就。本文对绵羊的主要参考家系、构建遗传连锁图的分子标记的选择、绵羊的遗传连锁图的研究现状以及展望进行综述。     

SSR分子标记丰富向日葵(Helianthus annuus L.)遗传图谱的研究

为了提高向日葵遗传图谱的密度和实用性,以125个来源于PAC-2和RHA-266杂交的F8代重组自交系(RILs)群体为材料,利用简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记,采用MAPMARKER软件对向日葵遗传图谱进行标注,并从300对SSR引物中筛选出51对多态性引物对群体进行标记。结果表明:①51对多态性引物中有19对引物无多态性或条带不清晰,32对引物表现多态性;②共检测到35个多态性位点,分布在图谱的15条连锁群上。③标记后的图谱总长度为2914.5 cM,比原来的图谱增长7.5 cM。④标记间平均距离由9.0 cM缩短为8.1 cM。     

绿豆高密度分子遗传图谱的构建

【目的】在前期研究的基础上,进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS和普通菜豆基因组SSR等标记构建绿豆遗传连锁图谱,为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken（高感豆象绿豆栽培种）× ACC41（高抗豆象绿豆野生种）及其重组自交系（recombinant inbreed line,RIL）群体,对6 686对引物进行PCR扩增及多态性筛选,包括6 100对绿豆基因组SSR、149对EST-SSR、13对STS和424对普通菜豆基因组SSR引物,将亲本间多态性引物,进一步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据,利用Mapmarker/Exp 3.0软件构建遗传图谱,并设置LOD≥3.0,最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0软件进行图谱整合。【结果】用2个亲本共筛选了6 686对SSR引物,共有3 691对引物有稳定的扩增产物,得到有多态的引物有588对。其中,通过磁珠富集法开发的绿豆SSR引物6 100对,有效扩增3 459对,有效扩增率56.7%,得到多态性引物559对;通过转录组测序开发的绿豆MGCP引物149对,有效扩增126对,有效扩增率84.6%,得到多态性引物21对;通过磁珠富集法开发的菜豆SSR引物424对,有效扩增97对,有效扩增率22.9%,得到多态性引物6对;绿豆STS引物13对,有效扩增9对,有效扩增率69.2%,得到多态性引物2对。表明不同来源和种类的SSR引物在RIL群体亲本中的有效扩增率有明显差别,绿豆EST-SSR引物（84.6%）最高,绿豆STS引物（69.2%）和SSR引物（55.7%）次之,菜豆SSR引物（22.9%）最低。获得一张含有585个标记（499个SSR标记、74个RFLP标记、9个STS标记和3个RAPD标记）的绿豆遗传图谱,图谱总长732.9 cM,包括11个连锁群,每个标记间的平均距离为1.25 cM,平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2-112.8 cM,每条染色体上面的标记数为35-92个,平均53.18个。标记位点数最多的连锁群LG1含92个标记,长度为112.8 cM;标记位点数最少的连锁群LG11仅含有35个标记,长度为48.7 cM。对图谱的585个标记位点进行χ2测验,在P＜0.05和P＜0.01条件下,分别有79个和151个标记表现为偏分离,占总标记位点数的39.3%。【结论】构建了一张目前国内外发表的标记数最多、密度最高的绿豆遗传连锁图谱。     

SSR分子标记丰富向日葵(Helianthus annuus L.)遗传图谱的研究(英文)

[目的]提高向日葵遗传图谱的密度和实用性。[方法]以123个来源于PAC-2和RHA-266杂交的F8代重组自交系(RILs)群体为材料,利用简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记,采用MAPMARKER软件对向日葵遗传图谱进行标注。从300对SSR引物中筛选出51对有多态性的引物对(RILs)群体进行扫描。[结果]有19对引物无多态性或条带不清晰,32对引物表现多态性;共检测到35个多态性位点,分布在图谱的15条连锁群上。标记后的图谱总长度为2914.5cM,比原来的图谱增长7.5cM。标记间平均距离由9.0cM缩短为8.1cM。[结论]为进一步的向日葵遗传图谱整合和分子标记辅助选择提供参考。     

小麦SSR连锁图谱的构建及多态性研究

为构建小麦遗传图谱并对小麦主要蛋白品质性状进行QTL定位,以普通小麦99G44×京771的178个重组自交系RIL(F2:8)为作图群体,利用721对SSR引物筛选出RIL群体双亲表现多态性的引物180对,多态性频率为24.9%。利用这180对引物对RIL群体进行分析,共检测到98个多态性标记位点,利用Mapmaker 3.0 Mapdraw v2.1软件将其中的82个SSR位点绘在小麦21条染色体上。该图谱覆盖小麦基因组全长1532.38cM,标记间的平均遗传距离为19.15 cM。     

栽培稻与普通野生稻BC_1群体分子连锁图的构建和株高的QTL分析

本研究用江西东乡普野和桂朝 2号的 115株 BC1群体 ,构建了一个长度为 1418.2 c M、包含 12 0个RFL P标记的遗传图谱 ,标记间的平均距离为 11.8c M。该图谱除第 1染色体短臂上的标记的顺序与日本水稻基因组计划发表的图谱不同外 ,其他染色体上相对应的标记的顺序及标记之间的遗传距离基本一致。该图谱为定位栽、野之间重要的分类性状和农艺性状以及进一步研究野生稻进化到栽培稻的分子进化机理奠定了基础。利用该图谱 ,对控制株高的 QTL s分析结果表明 ,控制株高有 6个 QTL s,他们分别位于第 1,3,4 ,5 ,8和 9染色体上 ,其中位于第 1染色体 C95 5— R1613间为 1个主效基因 ,并对主效基因的来源进行了讨论。最后作者提出 ,在野生稻驯化为栽培稻的过程中 ,株高由高变矮是微效基因突变与主效基因突变相结合并通过长期积累而成的     

林木遗传图谱的构建及应用

概述了林木遗传图谱的构建方法、策略及其现状，并综述了国内外林木遗传图谱在数量性状基因位点定位和分析、分子标记辅助育种中应用研究的最新进展。     

枇杷遗传连锁图谱的初步构建与分析

以枇杷‘早钟6号’和‘贵妃’杂交的56株 F1代群体为试材,应用Join-Map4．0作图软件初步构建含19个连锁群,94个遗传标记（23个 SSR 标记、28个ISSR 标记、42个 SRAP 标记和1个果肉颜色性状标记）的枇杷遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组849．0cM,连锁群平均长度为44．7cM,平均图距为9．1cM。每个连锁群包含2～16个标记,平均为4．9个标记。枇杷果肉颜色性状标记定位在第5连锁群上的S33-250和 UCB842-1000标记之间。