不同品种绵羊D-loop区遗传多样性研究

线粒体DNA(Mitochondria DNA,mtDNA) D-loop区的进化速度快且多态性丰富,因此在生物的遗传多样性和起源进化研究中具有重要意义.采用PCR扩增和基因测序的方法分析甘肃高山细毛羊(G)、欧拉羊(O)、杜泊羊(D)、蒙古羊(M)、小尾寒羊(S)和湖羊(H)的线粒体DNA D-loop区遗传多样性和...     

贵州半细毛羊线粒体D-loop区母系遗传结构分析

贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明：20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T平均含量分别为33.1%、14.4%、22.9%、29.7%,其中A+T为62.8%,G+C为37.3%,A+T含量明显高于G+C含量。20条序列中共发现多态位点84个,其中转换83个,颠换1个。通过构建遗传发育树发现贵州半细毛羊有两个母系起源。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

[目的]探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据.[方法]以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高...     

绵羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

利用PCR-SSCP技术对8个绵羊群体的806个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)5′端部分序列进行遗传多样性分析,以探讨山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为A、B、C、D、E和F。杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为B和E,其他群体均为F。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。     

贵州务川黑牛线粒体DNA D-loop区全序列分析

务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议.为了解其遗传多样性及遗传背景,该研究测定了22头务川黑牛个体的线粒体D-loop区全序列.结果表明:22头务川黑牛个体中存在51个核苷酸多态位点,碱基组成中A+T含量大于G+C含量;共检测到11种单倍型,核苷酸歧异度(π值)为5.475%,单倍型多样性Hd为(0.909±0.044),表明务川黑牛线粒体DNA D-loop高变区具有丰富的多态性;系统分析表明务川黑牛同时受普通牛和瘤牛的影响.     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629～635 bp, A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和A...     

基于线粒体 D-loop 区序列的 4 个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

【目的】黄尾鲴（Xenocypris davidi）是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵 4个黄尾鲴养殖群体的线粒体 DNA（mtDNA）D-loop 序列进行 PCR 扩增和测序,通过序列分析研究 4 个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体 D-loop 序列长度为 1 038~1 093 bp,碱基 A+T 含量（65.3%）显著高于 C+G含量（34.7%）,平均转换 / 颠换比值（TS/TV）为 4.6。在 128 条黄尾鲴的 D-loop 序列中共检测到 101 个变异位点,包括 97 个简约信息位点;界定了 19 种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4 和 2;单倍型多样性（h）介于 0.226~0.915 之间,核苷酸多样性（π）介于 0.00640~0.01433 之间。4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为 0.03782 ～ 0.88756,遗传分化系数为0.78903（P<0.01）,群体内变异占整个遗传变异的 21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。     

云南地方猪种mtDNA D-loop区遗传多样性研究

【目的】为揭示云南7个地方猪种遗传多样性及其分布规律。【方法】以云南7个地方猪品种(群体)为对象,研究了线粒体DNA D环高变区(mtDNA D-loop HVI)的序列多态性。【结果】研究表明,在全长435bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,由此界定了30个单倍型。云南地方猪种整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.820和0.004 51。在7个品种(群体)中,保山猪单倍型多样度最高(0.828),高黎贡山猪最低(0.644);滇南小耳猪的核苷酸多样度最高(0.005 21),高黎贡山猪同样最低(0.003 27)。由遗传变异贡献率和遗传独特性贡献所决定的总体遗传贡献率中,迪庆藏猪总体遗传贡献率最高(10.342 9),高黎贡山猪和大河猪最低(均为1.059 4)。【结论】就总体单倍型丰富度效应而言,迪庆藏猪、滇南小耳猪、保山猪和撒坝猪对维持云南地方猪种遗传多样性呈正效应,而明光猪、高黎贡山猪和大河猪呈负效应。     

贵州关岭黄牛线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性分析

为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了22个个体的线粒体DNAD—loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D—loop区全序列中,A T平均含量为61．5％,G c含量为38．5％。经比对,共检测到关岭黄牛D—loop区14种单倍型,核苷酸多态位点54个,其中12种为普通牛血统的单倍型,2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛22个个体中,其单倍型多样度为0．909,核苷酸歧异度(π值)为2．29％,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。     

基于线粒体DNA D-loop 序列的五华三黄鸡遗传多样性及其品种起源研究

通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个TC转换和10个AG转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

猪线粒体DNA D-loop PCR-RFLP分析

对太湖猪（二花脸）、大约克猪、北京黑猪、五指山猪、香猪、长白猪、杜洛克猪以及太湖猪与7个品种猪的正反交杂交家系线粒体DNAD－loopPCR－RFLP分析,发现猪的线粒体DNAD－loop约为1500bp,长白猪及部分大约克猪与其他猪品种在AccⅠ酶切位点存在多态性;太湖猪、大约克猪的正反交后代的线粒体DNAD－loop在AccⅠ酶切位点存在多态性,其遗传方式遵循母系遗传特性。     

4个猪种线粒体DNA D-loop区PCR-RFLP分析

对野猪、民猪、大白猪和杜洛克共4个猪种的线粒体DNA D-loop用25种限制性内切酶进行了PCR-RFLP分析.结果表明:野猪在EcoR I酶切位点存在多态性,民猪和大白猪在Hinf I酶切位点存在多态性,Taq I在猪种间存在多态性.本研究认为猪线粒体DNA D-loop酶切多态性丰富,但尚不能用于猪的品种鉴定.     

新疆鹅线粒体DNA D-loop区序列分析(英文)

[目的]通过线粒体DNAD-loop区序列分析研究不同羽色新疆鹅的遗传多样性和系统进化。[方法]从新疆鹅核心群中随机选取灰羽、花羽、白羽新疆鹅各10只,共30只,作为试验材料,采集其翅下静脉血。运用DNA测序技术对新疆鹅线粒体DNAD-loop区序列进行了测定分析,研究其多态性。通过与参考序列的对比分析,估计群体间的遗传距离。[结果]不同羽色的新疆鹅线粒体DNAD-loop区的A、G、C、T含量分别为28.85%、17.05%、25.38%和28.72%。平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.583和0.056。聚类分析结果显示,新疆鹅与灰雁聚为一类。[结论]该研究结果表明不同羽色的新疆鹅均起源于灰雁(Anser anser)。     

基于线粒体 DNA D-loop 全序列的麒麟鸡遗传多样性研究

【目的】从线粒体DNA(mtDNA) D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNA D-loop全序列为1 231～1 232 bp,C+G含量（39.8%）低于T+A含量（60.2%）,总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008～0.009,净遗传距离为0.003～0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享...     

河南奶山羊线粒体D-loop区遗传多态性和遗传分化研究

为了解河南奶山羊遗传资源现状,对河南奶山羊、萨能奶山羊、关中奶山羊和伏牛白山羊线粒体DNA D-loop区全序列遗传多态性和遗传关系进行分析。结果表明,共存在16种单倍型,各品种单倍型多样度范围为0.391～0.814,核苷酸多样度的范围为0.000 35～0.004 64,核苷酸平均差异数范围为9.333 33～13.666 67,核苷酸岐异度变异范围为0.008 33～0.012 19,遗传分化系数范围为0.135 65～0.360 10,固定系数范围为0.583 23～0.935 50。山羊品种间系统发育树表明,河南奶山羊首先与伏牛白山羊聚为一支,其次河南奶山羊与萨能奶山羊聚类,最后与关中奶山羊聚类。系统发育树聚类结果与遗传距离分析、遗传分化分析结果相符,从遗传角度证实了河南奶山羊是以萨能奶山羊为父本,以河南地方品种为母本经杂交选育而成。     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

贵州白香猪母系与父系遗传检测

采用PCR测序技术分析贵州白香猪两品系(Ⅰ系、Ⅱ系)mtDNA D-loop区和Y染色体SRY基因编码区序列.结果表明,在遵循母系遗传的mtDNA D-loop区,贵州白香猪Ⅰ系具有3种单倍型H1、N2和H3;Ⅱ系具有1种单倍型H1;在遵循父系遗传的SRY基因编码区,两品系共享单倍型GWXP Ⅰ.说明贵州白香猪Ⅰ系具有3个母系血统,Ⅱ系具有1个母系血统;Ⅰ系和Ⅱ系具有1个父系血统.通过与GenBank上收录的其他猪品种的同源序列比对发现,贵州白香猪具有独特的线粒体遗传结构,且其线粒体基因纯合性较高.     

用线粒体DNA D-loop区序列探讨盘丽鱼属鱼类系统分类

迄今盘丽鱼属鱼类主要根据形态学特征进行分类,该属仅有一个种还是两个不同的种存在着争议。为了研究几种盘丽鱼属鱼类的亲缘关系,从分子水平探讨它们的分类地位,对绿盘丽鱼（Symphysodon aequifasciata aequifasciata）、褐盘丽鱼（S．a．axelrodi）和盘丽鱼（S．discus）共12个个体的线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）部分序列进行了分析,用邻接法和非加权组平均法构建了分子系统树,得到相同的拓扑结构。结果表明：盘丽鱼种内个体间的遗传距离为0．004～0．015;绿盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0．042～0．050,褐盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0.034～0．038,绿盘丽鱼与褐盘丽鱼间的遗传距离为0．050。盘丽鱼和绿盘丽鱼、褐盘丽鱼种间差异与绿盘丽鱼和褐盘丽鱼亚种间差异接近,推测盘丽鱼可能还没有分化到种的水平。     

下司犬线粒体DNA的遗传多样性研究

为调查下司犬种群的遗传资源,采用PCR扩增和测序方法获得10只下司犬线粒体D-loop序列,发现其D-loop 5' 端高变区Ⅰ 582bp碱基序列的A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的反G偏倚.并于下司犬高变区Ⅰ序列检测到11个多态位点,构成7种单倍型,单倍型多样性为0.867,说明下司犬线粒体D-loop的单倍型类型丰富,但其高变区Ⅰ的核苷酸多样性(Pi=0.00519)和平均核苷酸差异(k=3.002)却提示,下司犬的遗传多样性较低.聚类分析结果显示,中国家犬有3个母系来源,下司犬起源于Clade Ⅰ并与藏獒的亲缘关系最近,因此藏獒可用于对下司犬的选育和复壮.