姜品种遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对20个姜(Zingiberofficinale)品种进行了遗传多样性的研究。从200多个引物中筛选出25个有效引物,共扩增出171条DNA带,其大小分布在100￣3500bp之间,其中111条为多态性,约占总数的64.91%,平均每个引物的扩增带为6.8条。利用25个有效引物扩增的DNA带数计算出品种间的J系数,并进行UPGMA聚类分析,在此基础上,建立了中国姜品种亲缘关系系统树。在相似性系数0.67处,20个品种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类。Ⅰ类可分为A、B和C组;Ⅳ类可分为D和E组。其中,A组可再分为A1和A2亚组;B组可再分B1和B2亚组。各亚组内相似性系数较大,表明它们之间的亲缘关系较近,但也存在着一定的差异。     

利用RAPD和AFLP标记分析烟草种质资源的遗传多样性

从200条10 bp的RAPD引物中筛选获得28条多态性引物，对48份烟草材料的基因组DNA进行扩增。共获得184条DNA扩增片断带，其中多态性带86条，平均多态检出率为46.7%。用4对AFLP选择性扩增引物对48份烟草材料进行选择性扩增，共获得321条扩增带，其中174条具有多态性，平均多态检出率为54.2%。根据RAPD和AFLP标记的结果，采用UPGMA法进行聚类分析，两种方法获得了相似但不完全相同的结果，两者都可以将48份烟草资源分为两大类群，即黄花烟草(Nicotiana rustica)群和普通烟草(N.tobacum)群，普通烟草可进一步分为4组；48份材料的遗传距离变幅在1.4～11.0之间，其聚类结果与理论上所期望的结果基本一致，AFLP标记技术比RAPD标记技术能更好地从分子水平上揭示烟草种质资源的遗传背景、亲缘关系及演化规律。     

RAPD和ISSR标记对甜瓜种质遗传多样性的研究

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术对37份甜瓜(CucumismeloL.)种质进行了遗传多样性研究.在供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物21个,ISSR引物10个(其中ISSR-2与ISSR-4等量混合组成ISSR-10引物对).RAPD引物共扩增出多态性带106条,多态性条带比率(PPB)为58.62%,平均多态信息量(PIC)为0.47;ISSR引物共扩增出多态性带73条,PPB值为65.51%,平均PIC值为0.53.根据两种标记的结果,采用UPGMA聚类分析,将供试材料分为两大类群野生甜瓜和栽培甜瓜;栽培甜瓜又分为厚皮甜瓜和薄皮甜瓜两大亚群,各野生甜瓜种质之间的遗传距离较大,这与其分类地位基本一致.两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r=0.62>r=0.01).研究表明,RAPD和ISSR标记可用于甜瓜种质遗传多样性的研究.     

利用RAPD和SSR标记分析陆地棉种质资源的遗传多样性*

遗传多样性的量化与分类是收集和利用种质资源的重要前提。利用随机扩增多态性（RAPD）和简单重复序列(SSR)两种分子标记对31份陆地棉(Gossypium hirsutum L.)种质资源进行了遗传多样性分析,其中14份材料最近从美国和伊朗引进。研究的目标是对这些陆地棉种质资源进行遗传聚类分析,为制定引进资源的利用策略提供参考。从有多态性的21个RAPD引物和18对SSR引物中共获得117个多态性位点。利用NTSYS-pc2．10统计分析软件,采用Jaccard′s相似系数UPGMA法进行聚类。结果表明,中国的17份材料部分聚为一类,国外的14份材料大部分聚为另一类,其它材料相间排列。分别对31份材料的相似系数与中国的17份材料的相似系数进行了比较分析,中国材料相对于新引进的国外材料的遗传多样性水平稍高,与国外材料之间的遗传差异较大。这说明扩大不同地区间种质资源的交流和引进种质资源可以丰富本地材料的遗传多样性。     

大豆种质资源RAPD标记遗传多样性研究

为深入研究并充分利用野生大豆资源,本文利用RAPD分子标记对40份大豆材料加以分析,旨在从DNA分子水平上探索野生大豆、地方品种和育成品种之间的遗传多样性状况。结果表明:50个RAPD引物筛选出具有多态性且扩增条带清晰的引物38个,共检测出407条带,其中多态谱带309条,多态性程度为75.92%。每个引物可扩增出2～14条多态性带,平均产生多态性谱带8.1条;平均多样性指数为2.3377,变幅范围为0.5865～4.2133。遗传相似系数变幅范围为0.44～0.92,平均为0.75。野生大豆的多态比例(94.35%)、多样性指数(2.2336)分别高于育成品种(87.47%、1.7331)和地方品种(83.54%、1.6198)。遗传相似系数为野生大豆(0.6498)地方品种(0.7015)育成品种(0.7177),育成品种与地方品种间为0.6599,育成品种与野生大豆间为0.6487,地方品种与野生大豆间为0.6045。UPGMA聚类分析结果表明,40份大豆材料聚为6类,育成品种和地方品种各自聚为一类,野生大豆聚为4类。野生大豆特异等位基因数远远高于育成品种和地方品种二者的相加之和。本研究从分子水平上揭示了野生大豆与栽培大豆区别明显,宜作为一个独立的种,同时野生大豆变异幅度大,遗传基础广,是大豆育种实践中的优良基因资源。     

泰国产方斑东风螺养殖群体遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对泰国产方斑东风螺养殖群体的遗传多样性进行检测,从100个随机引物中筛选出21个引物对方斑东风螺的DNA进行扩增,结果表明:21个引物共检测到222条清晰且重复性好的条带,每个引物可扩增出4~16条带,分子量在200~2200bp之间,其中多态位点为156个,占70.27%;群体的Shannon多样性指数为0.2818,Nei基因多样性指数为0.2491;个体间最大遗传距离为0.291,最小遗传距离为0.066。通过与其他贝类遗传多样性的研究结果比较,可初步判断泰国产方斑东风螺养殖群体的遗传多样性比较丰富。     

松毛虫属5种松毛虫不同地理种群RAPD遗传多样性分析

松毛虫属(Dendrolimus)昆虫是我国危害林木最严重的森林昆虫,其中较典型的有马尾松毛虫(Dcndrolimus punctatus)、油松毛虫(D. tabulaeformis)、赤松毛虫(D. spectabilis)、云南松毛虫(D. houi)和思茅松毛虫(D.kikuchii).在我国,松毛虫在森林害虫防治中占有重要地位,其分类、生物学特性、防治和综合管理等方面的研究已经较为透彻(赵清山等,1999;张爱兵等,2004),但在松毛虫种群内进行遗传结构变异的研究还不是很深入.     

广西地方食用木薯种质资源遗传多样性分析

为研究广西地方食用木薯材料的遗传多样性,以48份广西地方食用木薯为试验材料,分析其变异系数、遗传多样指数、聚类分析、多态性和遗传相似性系数。结果表明,收集的木薯材料的平均表型变异系数为37.9%,平均遗传多样性指数为0.807,其中主茎分叉角度的变异系数最大,为86.7%,块根内皮颜色的遗传多样性指数最大,为1.842。13对SSR引物共扩增出118个条带,其中多态性条带为106个,多态性比率为86.23%;分子标记聚类结果发现,遗传相似性系数在0.415～1.000之间;通过对比发现表型聚类和分子聚类结果不一致,其中表型聚类发现类群划分与地理来源之间没有关联,但与株型性状有一定的关联;在遗传相似系数为0.62时,SSR分子标记聚类为两类材料,第一类材料地理分布无规律,第二类材料大多分布在桂南。本研究结果表明,广西地方食用木薯资源遗传多样性具有一定的丰富度,可为创制优异食用木薯种质资源和新品种选育奠定基础。     

应用RAPD分析川西北高原老芒麦自然居群的遗传多样性

利用RAPD标记对来自青藏高原东南部川西北高原的8个老芒麦自然居群的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析和评价。从150个RAPD引物中筛选出25个能扩增出高度重复性条带的引物。这25个引物共扩增出370条可分辨的条带,其中291条(占78.65%) 具有多态性,表明供试居群在物种水平上存在较高水平的变异。同时各居群的多态性位点比率(PP)在46.49%到53.78%之间变化,表明群体水平的变异较低。居群的平均基因多样性(HE)为0.176(变幅为0.159~0.190),而物种水平的平均基因多样性达0.264。基于Nei’s基因多样性、Shannon指数和贝叶斯方法的群体分化系数分别为32.0%、33.7%和33.5%。AMOVA 分析表明居群内遗传达到总变异的59.9%,而居群间变异仅有40.1%,但二者均达到极显著水平(P < 0.001)。居群间每世代迁入个体数(Nm)达到0.503个。各居群间存在较高的Nei’s遗传一致度。本研究获得的老芒麦的遗传结构不同于已报导的大多数披碱草属物种。另外,基于聚类分析及AMOVA的结果均表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地的南部和北部2个分支。总之,研究结果表明来自青藏高原东南部的老芒麦居群具有较高水平的遗传变异。在该地区应尽量选择遗传多样性高的老芒麦居群实施就地保护。     

磨芋属（Amorphophallus）RAPD标记遗传多样性研究初报

本研究利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对磨芋（魔芋）属内野生种和栽培种共20份材料进行基因组DNA多态性分析，用34个随机引物扩增，有23个扩增出的产物电泳图谱较清晰，共获得266个位点（DNA片段），其中259个具有多态性。供试材料所用23个的的扩增产物都存在种间多态性。7个引物扩增出的产物中有11条DNA片段在花磨芋种内样品（系统）间也存在多态性。以RAPD标记资料计算获得的传相似系数（Jaccard相似系数，Sj）进行UPGMA聚类分析，结果表明：花磨芋种内系统间差异最小，Sj系数在0.97-1.00间；两份甜磨芋材料间没有差异，Sj为1.00。在已知的种间，两个栽培种花磨芋和甜魔芋间亲缘关系最近，Sj在0.83-0.85间，与另一个栽培种白魔芋间亲缘关系都较远，Sj在0.62-0.66间，栽培种与野生种间亲缘关系都较远，Sj在0.48-0.64间。在野生种中，结节磨芋与栽培种系统间关系最远，Sj在0.48-0.54间，未定名4个野生种Sj在0.64-0.89间，系统A.sp05与A.sp06关系最近，Sj为0.89，其次是A.sp01与A.sp^*,Sj为0.73。根据亲缘关系树状图，当遗传相似系数Sj在0.55-0.60之间时，20份材料刚好划分为栽培种与野生种两个类群。     

基于RAPD标记的福建省稻曲病菌遗传多样性分析

为了解福建省稻曲病菌群体的遗传多样性和遗传组成,应用随机扩增多态性RAPD (random amplified polymorphic DNA)技术分析了来自福建省不同水稻种植区的102个稻曲病菌(Ustilaginoidea virens)的遗传多样性.从100条随机引物中筛选出10条扩增带清晰、重复性好的引物进行稻曲病菌多态性扩增,共扩增出157条带,多态性条带比率为82.17％,遗传距离变化范围为0.02～0.67.遗传多样性分析表明,福建省稻曲病菌具有丰富的遗传多样性,相对于其它地区而言,福建闽西地区分离的菌株遗传多样性水平最高PPB=76.43,H=0.2212,I=0.3383),晚稻分离的菌株群体遗传多样性(PPB=91.08,H=0.2402,I=0.3655)高于早稻群体(PPB=63.06,H=0.1892,I=0.2870).聚类分析显示,在遗传距离0.349水平上,供试的所有菌株可被划分成7个遗传聚类组(R1～R7),聚类组R1为优势聚类组,包含有80个菌株,其内又存有一些亚组.这些菌株的聚类与菌株的地理来源及水稻品种无明显相关性.但是在遗传距离0.330水平上,来自宁化的10个菌株可被明显划分成早稻群体和晚稻群体.初步分析认为菌株的地理来源、水稻品种及其生长季节是影响福建省稻曲病菌遗传多样性的主要因素,在稻曲病菌的遗传变异以及该病的发生和流行中可能起重要的作用.     

濒危黑颈长尾雉圈养种群的RAPD遗传多样性分析

运用RAPD技术对黑颈长尾雉圈养种群的遗传多样性进行了分析。从50条随机引物中筛选出14条引物,对24个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,从检测出的119个位点中有98个多态位点,占总位点的82．35％,标记的分子量大小范围是0．2～3kb。24个个体问的遗传距离幅度0．1597～0．4874,平均是0．2810;用软件NTsys2．10e构建了24个个体相互关系的分支图,24个个体可分为3个类群。实验表明：黑颈长尾雉圈养种群的遗传多样性水平较高,圈养种群内遗传差异性较大。     

吉富罗非鱼雌雄群体遗传差异的SSR分析

为探讨吉富罗非鱼（genetic improvement of farmed tilapia,GIFT）雌、雄群体间的遗传差异,本研究对国家级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因（Na）2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度（HO）分别为0.4183和0.4154,多态信息含量（PIC）分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡（P〈0.005）。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。     

中国西南区扁穗牛鞭草种质遗传多样性的SRAP分析

本研究采用SRAP标记对主要来自中国西南地区（四川,重庆,贵州和云南）的43份扁穗牛鞭草种质资源的遗传多样性进行了分析。试验筛选出了11对引物组合对43份供试材料进行扩增,共获得153条带,其中多态性条带140条,多态性条带比率为91.50%,平均每对引物扩增出条带13.91,多态性条带12.73。实验数据结果表明,43份扁穗牛鞭草材料间的遗传相似系数（GS）为0.565～0.992,平均值为0.723,表现出了丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,各供试材料间的聚类与其地理来源以及形态特征类型具有一定的相关性。同时,主成分分析结果能够直观的反映了各种质间的遗传关系。5个扁穗牛鞭草地理类群间的分子方差分析（AMOVA）揭示了供试的扁穗牛鞭草总遗传变异的85.99%存在于类群内,仅有14.01%的变异存在于类群之间,类群间的分化系数ΦST=0.140。本研究结果为扁穗牛鞭草种质的收集、利用及育种提供了理论依据。     

湖南典型茶树地理种群遗传多样性

利用RAPD分子标记技术,对湖南典型茶树安化云台山种(Camellia sinensis var.sinensis)、城步峒茶(C.sinensis var.assamica cv.Duntsa)、汝城白毛茶(C.ptilophylla)和江华苦茶(C.sinensis var.assamica cv.Jianghua)4个地理种群的240个单株的遗传多样性、种群内和种群间的遗传变异进行了研究。结果表明,21个10碱基随机引物共检测到226条谱带,其中多态性谱带为201条,占88.9%。遗传多样性分析结果显示:Shannon's多样性指数为0.43,种群内变异占74.7%,而种群间变异占25.3%;Nei's指数群体总基因多样性(HT)为0.37,群体内平均基因多样性(HS)为0.28,群体间的基因多样性(HST)为0.09,群体Nei's基因分化系数(GST)为0.23,说明76.7%的变异存在于种群间,群体内的变异占了总变异的23.3%,与Shannon's多样性指数相比基本一致,均表明种群内有较丰富的遗传变异;种群间的基因流(Nm)为0.74,显示种群间的基因交流有限。     

利用SRAP标记分析30份油茶种质资源的遗传多样性

本研究利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记技术,选用分辨力强、多态性较高的7对引物组合对30份油茶种质资源的进行了遗传多样性分析。结果表明,7对引物共扩增出60条带,多态性条带为54条,多态性频率为90%。30份油茶种质资源间的遗传相似性变化范围为0.655-0.985,其中凤凰油茶2号和凤凰油茶3号遗传相似性最高,为0.985,红皮糙果茶和新兴红花油茶遗传相似性最低,为0.655。构建的聚类图表明,当遗传相似性为0.72时可将30份资源分为5大类,部分地理来源相同、遗传背景相似的资源能较好的聚类在一起,呈现出地理分布的特征,但其他资源均未按其地理区域分布特征或遗传背景相似特征进行聚类,说明油茶资源亲缘关系的复杂性。     

RAPD分析野生和养殖太湖秀丽白虾的遗传多样性

摘要：用60个随机引物对野生和养殖的太湖秀丽白虾进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,筛选的23个随机引物共检测到105个位点（200～2000bp）。用PopGen1.32分析结果表明：野生种群多态位点比例为50.47%,养殖种群多态位点比例为43.33%;野生种群和养殖种群的种群内遗传相似系数分别为0.8635和0.8795;野生种群和养殖种群之间的遗传距离为0.0361;野生种群平均Shannon多样性指数h0为0.2830,略高于养殖种群的0.272。     

华东竹黄菌不同居群遗传分化的RAPD分析

为了解竹黄地理居群间的遗传分化,本研究采用随机引物扩增多态性DNA分子标记技术对江苏、安徽和浙江3省的8个居群共32个竹黄样本进行了遗传多样性分析。从50个RAPD引物中筛选得到了5个随机引物,对供试材料的DNA进行扩增,共检测出77个位点,其中多态性位点52个,多态性位点比率为67.53%。UPGMA聚类分析结果表明,这8个居群分为三类：安吉居群、临安居群、宜兴居群、广德居群和泾县居群聚为一类;宁国居群和休宁居群聚为一类;淳安居群单独为一类。遗传多样性分析表明8个竹黄居群中,淳安居群的遗传多样性水平最高,安吉居群的遗传多样性水平最低。Nei＇s基因多样性指数和Shannon信息指数均表明竹黄物种水平的遗传多样性高于居群水平。     

鲮微卫星DNA分子标记的筛选与遗传多样性分析

采用磁珠富集法对已建立的生长较快的西江段野生浅色鲮群体的极大、极小群体各31尾基因组DNA进行了微卫星序列的筛选,128个阳性克隆成功测序93个,其中80个为的微卫星序列,微卫星序列完美型占85％,非完美型占6．25％,混合型占8．75％。利用微卫星序列合成了23对微卫星引物,扩增结果表明,等位基因数为1～10个,扩增片段大小为92～283bp,其中14对引物扩增条带清晰,为中度或高度多态位点,极大、极小群体的平均有效等位基因数和平均多态信息含量分别为3．0784、3．2079和0．5675、0．5974,反映出2个群体遗传多样性均较丰富;高度多态性引物4的位点b,片段大小为119bp,在极大群体中出现频率为61．3％,在极小群体占22．6％,出现频率极大群体高于极小群体近3倍,初步可作为候选差异性分子标记。