The Complete Genomic Sepuence of a Foot-and-Mouth Disease Virus Isolated from the Swine

The complete genomic sequence of foot-and-mouth disease virus (FMDV) Chinese strain OH/CHA/99 was determined. The 8 040 nt sequence and the deduced amino acid sequence were compared with FMDV sequences published. The results showed that OH/CHA/99 shared higher sequence homology with OTYTW/97, indicating their close genetic relationship. However,the strain had lower sequence identity with O1/Kaufbeuren/66 strain. Besides, large deletions in 3A coding region were observed in OH/CHA/99. It was shown that the poly (A)tail of OH/CHA/99 had 56 As at least.     

华南地区新城疫病毒WS_(99)株HN基因片断的克隆和序列分析

用RT -PCR一步法扩增了华南地区野毒NDVWS99株的HN基因 890bp片断 ,并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析 结果表明 :WS99株的HN基因与其他 2 9株NDV的核苷酸同源性在 88.0 %～ 99.8%之间 ,氨基酸同源性在 90 %～ 97%之间 鸡源NDVWS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性 ,高达 99.8% 该毒株与TEX/ 48和B1/ 47一样 ,在HN基因 130 1bp处由G突变为A ,对应氨基酸由V突变为I,但其半胱氨酸位点和个数没有改变 ,且所克隆的目的片段中含有HN基因上 5个凝血抗原位点其中的 4个     

1株小鼠肠道酵母菌的分离与鉴定

为研制新型微生态制剂,从试验小鼠中分离出1株肠道酵母菌,采用形态学、生理生化、基因测序和系统发育树分析等方法对其进行鉴定。结果显示,该菌菌落呈白色、圆形,在显微镜下细胞呈椭圆形,出芽生殖;该菌能发酵葡萄糖、蔗糖和D–甘露醇,能够同化蛋白胨和硝酸钾,不能耐受高浓度乙醇,脲酶试验结果为阴性。序列分析结果表明,该菌株18SrDNA(登录号为KC534843)与汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)18SrDNA(登录号为AB013567)的同源性达99%,26SrDNA(登录号为KC534842)与汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)26SrDNA(登录号为EU131182)的同源性达99%。系统发育树分析结果显示,该菌株18SrDNA与Debaryomyces hansenii(登录号为AB013590)的亲缘关系最近,26SrDNA与Debaryomyces hansenii(登录号为EU131182)的亲缘关系最近。由以上结果可推断该菌为汉逊德巴利酵母。     

冬季储藏甜瓜黑斑病病原菌的分离与鉴定

[目的]对二氧化氯消毒低温冷库中储藏甜瓜黑斑病原菌进行分离与鉴定.[方法]采用回接感染进行致病性测定.4株真菌中发现XJU8能使甜瓜产生黑斑,对其形态特征、生理生化特性、26 S rDNA D1/D2区碱基序列、全细胞脂肪酸等进行分析.[结果]形态特征观察以及生理生化特性的测定结果表明,菌株XJU8 与链格孢属有很大的相似性;26S rDNA D1/D2区序列序列进行碱基序列分析比对表明,与交链格孢Alternaria alternata IFM53800具有99;的序列同源性;系统进化树也表明XJU8和已知的交链格孢(A. alternata)聚类在同一分支上;全细胞脂肪酸分析结果显示XJU8的主要脂肪酸组分为C18∶2 CIS 9,12/18∶0a(52.83;),C16∶0 (19.19;) 和Sum In Feature 8 (16.41;),与链格孢属的脂肪酸特性相同,并与链格孢属中其它种具有51.8;的相同脂肪酸成分.[结论]置菌株XJU8属于链格孢属交链格孢菌的新变种,该菌种被命名为Alternaria alternata XJU8,菌株保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏编号为:CCTCC AF 207029.     

生防菌06-4对魔芋软腐病的防治及机理的初步研究

从拮抗作用、定殖特性、营养竞争方面研究溶杆菌属(Lysobacter)生防菌06-4对魔芋软腐病的生防机理.结果表明:生防菌06-4对不同致病力魔芋软腐病菌可产生拈抗作用;能在魔芋根部、根际土等生态位点定殖,定殖的量维持在102～104 cfu/g,定殖时间长达32 d,表现出良好的环境适应性和稳定性;与魔芋软腐病原菌...     

嗜盐嗜碱菌株20-13的生物学特性及系统发育学分析

对大庆盐碱土中分离到的菌株20-13进行表型特征、生理生化特性和系统发育学研究表明,菌株20-13为革兰氏阴性、能运动的杆菌,末端形成膨大的芽孢,嗜碱且中度嗜盐,能在NaCl浓度为1%~25%(W/V)的改良S-G培养基中生长,最佳生长发生在3%NaC(lW/V);生长的温度范围20~50°C,最适为30~32°C;pH范围8.0~11.0,最适pH 10.0。16S rRNA基因序列的系统进化分析表明,该菌株与厚壁菌门、碱杆菌属Alkalibacillus haloalkaliphilus的成员亲缘关系最近,相似性达99.4%,菌株20-13与Alkalibacillus haloalkaliphilus的表型特征与生理生化特性基本一致。综合分析,确定该菌株与碱杆菌属Alkalibacillus haloalkaliphilus为同一种,且与模式菌株不同的菌株。     

‘秦美’猕猴桃贮藏期病原真菌的鉴定

以‘秦美’猕猴桃为试材,分离纯化在贮藏过程中引起腐烂的主要病原真菌。采用形态学观察及核糖体rDNA-ITS(Internal transcribed spacer)区序列分析法进行鉴定。结果表明:从腐烂猕猴桃中共分离出5株致病菌,对ITS区序列测序结果经GenBank数据库BLAST比对,A的ITS序列与Trichothecium roseum(EU552162.1)同一分支,支持率达100%;B的ITS序列与Fusarium tricinctum(AB587078.1)同一分支,支持率达99%;C的ITS序列与Penicillium expansum(AF330635.1)同一分支,支持率达99%;D的ITS序列与Colletotrichum boninense(KF819619.1)同一分支,支持率达99%;E的ITS序列与Botrytis elliptica(KJ638600.1)同一分支,支持率达100%。由形态学及ITS区序列分析,构建系统发育树,最终鉴定A为粉红聚端孢(Trichothecium roseum),B为镰刀菌属(Fusarium tricinctum),C为扩展青霉(Penicillium expansum),D为炭疽病菌(Colletotrichum boninense),E为灰葡萄孢(Botrytis cinerea)。5种病原真菌中灰葡萄孢为主要致病菌。     

中国猪瘟兔化弱毒（C-株）兔脾组织毒P80基因的序列分析

利用RT-PCR及Nest-PCR技术扩增出了C-株兔脾组织毒P80基因,将其克隆到PGEM-T载体中,测定了其核苷酸序列并推导出了氨基酸的序列。将C-株P80基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的HCV Alfort株、Brescia株、C株细胞（SK6）毒P80基因核苷酸及氨基酸序列进行比较,结果表明C-株P80基因与C株SK6细胞毒P80基因的同源性最高为99%,与Alfort株P80基因的同源性最低为87%;氨基酸同源性均在98%以上。表明了中国的C-株毒与荷兰所发表的C株毒的缘源关系,同时也证实了HCV P80基因的高度保守性。核苷酸序列分析表明,P80基因可编码丝氨酸类蛋白酶及RNA解旋酶。     

芳香烃化合物降解菌CP5的降解特性及降解基因

以苯酚作为碳源从化工厂污水样品中富集筛选出降解能力较强的降解菌CP5,该菌能利用多种芳香烃化合物生长。16SrDNA序列系统发育分析表明,该菌属于假单胞菌属(Pseudomonas)。CP5可以在48h内将500mg/L的苯酚完全降解。从该菌株中扩增获得邻苯二酚2,3-双加氧酶基因,该基因编码氨基酸序列与P.putida NCIB9816-4以及P.fluorescens PC20的双加氧酶具有最高同源度,均为99%。CP5菌株对芳香烃化合物的生物修复有较大的应用前景。     

谷瘟病菌无毒基因型鉴定及分析

【目的】鉴定不同地区谷瘟病菌（Magnaporthe oryzae）所含无毒基因的类型,确定无毒基因在菌株中的分布及变异情况,为深入研究谷瘟病菌无毒基因变异机制提供参考。【方法】从中国北方谷子主产区不同区域内采集并分离76个谷瘟病菌的单孢菌株,提取其基因组DNA,根据目前已成功克隆的稻瘟病菌的7个无毒基因的核苷酸序列设计特异性引物,进行PCR扩增及电泳检测,并对部分菌株的无毒基因进行测序分析。【结果】在76个谷瘟病菌中,无毒基因ACE1、Avr-pita、Avr1-CO39和AvrPiz-t的扩增率为100％,无毒基因Avr-pik、Avr-pia和Avr-pii的扩增率分别为63.2%、42.1%和21.1%。在谷瘟病菌菌株P11和P34中,Avr1-CO39的扩增条带较预期片段大490 bp,测序结果发现菌株P11和P34中的Avr1-CO39基因序列完全一致,均在启动子区插入了490 bp核苷酸,该插入序列与non-LTR retrotransposon: Mg-SINE的相似度达99.16％。Avr-pita的测序结果发现,谷瘟病菌菌株中的Avr-pita基因序列变异较为丰富,其变异形式主要为单核苷酸的变异,包括单碱基的插入、缺失及多位点的SNP。Avr-pia的变异类型主要为整个无毒基因的缺失,经测序验证等位基因序列分为4种类型。Avr-pia-A与参考序列（AB498873.1）一致,包含10个菌株;Avr-pia-B包含20个菌株,在-116、-109和-16 bp处分别存在C/T、G/T和C/A变异,但与参考序列的CDS区序列相同;Avr-pia-C仅包含菌株P10,在+150 bp处存在T/G变异,但为同义突变;Avr-pia-D仅包含菌株P18,在+212 bp位点处存在C/T变异,导致该变异位点由编码苏氨酸突变为编码异亮氨酸。谷瘟病菌Avr-pii包含3种等位基因类型。Avr-pii-A型与参考序列（AB498874.1）一致,共包含14个菌株;Avr-pii-B型和Avr-pii-C型分别在+139和+64 bp处存在A/G变异,核苷酸的变异导致该位点由编码苏氨酸改为丙氨酸。Avr-pii-B型和Avr-pii-C型变异均为首次报道。单元型分析表明,AG2包含23个菌株,占供试菌株的30.2%,为优势单元型。【结论】明确了不同地区的谷瘟病菌中无毒基因ACE1、Avr-pita、Avr1-CO39和AvrPiz-t不存在地理来源的差异;而无毒基因Avr-pik、Avr-pia和Avr-pii在各地分布有差异。谷瘟病菌AG2单元型为优势单元型,其次是单元型AG1和AG5。     

云南甘蔗创新亲本的遗传力和配合力研究

本文选用11个云南甘蔗创新亲本与国内外常用亲本杂交,配制组合26个,研究了云南甘蔗创新亲本有性杂交世代主要性状的遗传效应.结果表明,云南甘蔗创新亲本及组合选配方式对后代的影响存在显著差异;对主要性状遗传力贡献的大小为组合(86.7 %)>父本(79.3 %)>母本(58.4 %);后代主要性状的遗传力大小顺序为锤度>有效茎>蔗产量>茎径>糖产量>株高;在11个云南甘蔗创新亲本中,云瑞03-417、云瑞99-113、云蔗97-84和云蔗03-97等作为母本,云蔗71-790、云蔗89-351、云蔗94-343和云瑞99-151等作为父本后代糖产量、蔗产量或锤度的一般配合力大,可分别作为高产或高糖母本和父本加以利用;云蔗03-97×ROC10、CP72-1210×云89-351、CP77-1776×云瑞99-151、CP84-1198×云蔗91-790、粤糖93-159×云蔗94-343、云瑞99-151×PS45和云瑞99-155×内江86-117等组合后代蔗、糖产量及锤度表现佳,特殊配合力(SCA)强.     

生防细菌C 3的鉴定及对魔芋软腐病的防效研究

从魔芋根际土壤中分离得到一株具有强烈抑菌活性,并具有较广抑菌谱的革兰氏阳性生防细菌菌株C3.经形态特征、常规生理生化特征和Biolog鉴定,发现该菌株与解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens特征很相似.采用细菌通用引物27f和1 492r扩增16SrDNA基因片段,得到1 105bp DNA片段,其序列与已报道的解淀粉芽孢杆菌FZB42的同源性高达100%,故将生防细菌菌株C3鉴定为解淀粉芽孢杆菌B.amyloliquefaciens.田间防效测试结果显示,在对照病情指数为41.20的情况下,生防细菌C3对魔芋细菌性软腐病的控制效果达到了57.76%.     

芳香族化合物降解菌PM8的分离鉴定及降解特性

通过富集培养,从化工厂的活性污泥中分离出1株能以芳香族化合物作为惟一碳源和能源的优势菌株PM8,对该菌株进行了鉴定和降解特性研究.结果表明,经形态观察和16 S rDNA序列分析,该菌株属于苍白杆菌属(Ochrobactrum);30℃、200 r/min培养8d,该菌株对500 mg/L萘和吡啶的降解率分别为77％和88％;在72 h内,菌株PM8对焦化废水、酒厂废水和猪粪水的CODc去除率分别达到11.69％、83.68％、57.85％.PM8在含有芳香族化合物的污水处理中具有广泛的应用前景.     

大肠杆菌野生株K99菌毛蛋白结构基因的克隆与序列分析

根据产肠毒素大肠杆菌(Enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)K99菌毛蛋白的全基因序列设计产肠毒素大肠杆菌主要菌毛K99的一对引物。PCR扩增K99菌毛蛋白的全基因序列大小为546bp。将PCR扩增的目的片断克隆于pMD18-T载体、pET-32a载体中,分别转化大肠杆菌,经酶切鉴定、PCR鉴定及DNA序列分析,筛选出阳性克隆。经过序列比对,所克隆的外源基因与报道的K99菌毛蛋白结构基因序列同源性达99.3%。成功克隆分离到的产肠毒素大肠杆菌菌毛的K99基因,为当地产肠毒素性大肠杆菌病疫苗的选择及基因疫苗的研制提供了坚实的理论基础,为产肠毒素性大肠杆菌病检测、预防及基因工程疫苗的研制开辟新的途径。     

苜蓿内生菌中高效AHL降解菌的筛选和鉴定

从中国新疆、内蒙古和墨西哥等地分离苜蓿内生菌133株,平板筛选到8株细菌具有N-酰基高丝氨酸内酯(N-Acyl-L-homoserinelactone,AHL)降解活性,其中活性较强的菌株有r-12、r-9和R1.5.对8株AHL降解菌做AHL唯一碳源试验,结果发现菌株S35和N46在液体AHL唯一碳源培养基中生长情况较好,D600 nm分别为0.415和0.386,菌株r-9的生长情况最差,D600 nm为0.015.菌株R1.5还具有耐高温、耐盐碱、能分解无机磷、在无氮培养基上生长等优点.经细菌形态学观察、生理生化试验以及16S rDNA序列分析,初步确定菌株R1.5为1株地衣芽孢杆菌.     

一株产木聚糖酶菌株的鉴定及产酶条件研究

【目的】对一株从木薯渣堆中分离得到的产木聚糖酶嗜热真菌JG-50菌株进行分类鉴定,并研究其利用木薯渣固态发酵产酶的最佳条件,为该菌株在农业有机废弃物发酵利用中的应用提供理论依据。【方法】采用真菌形态学观察和26S rDNA基因D1/D2区序列同源性分析方法对JG-50菌株进行分类鉴定,并以单因素试验方法对JG-50菌株产木聚糖酶的最佳碳源、氮源、培养时间、培养温度和培养基初始pH等发酵条件进行优化。【结果】菌株JG-50与嗜热子囊菌(Thermoascus aurantiacus isolate MTCC 4890)的26S rDNA序列相似性为99%,结合形态学特征初步鉴定为嗜热子囊菌属的一种。该菌株能以木薯渣为碳源固态发酵产木聚糖酶,其产酶的最佳条件为:以木薯渣为碳源,添加60%麦麸,0.3%蛋白胨和0.2%酵母粉,pH 6.0,以此培养基50℃培养8 d,木聚糖酶活可达4625.4 U/g(干培养基)。【结论】嗜热真菌JG-50具有较强的产木聚糖酶能力,在农业有机废弃物发酵利用领域具有良好的应用前景。     

一株深海细菌Idiomarina sp.406-6的微生物学特征分析

从印度洋海区水深为4 517 m的深海泥样中筛选到一株细菌,菌株号为406-6.通过形态学特征和生理生化特征分析表明,菌株406-6为革兰氏阴性菌,细胞呈稍微弯曲的棒状.菌落为乳白色,圆形.菌株406-6生长需要NaCl,62 ℃时生长微弱,能利用小分子的甘氨酸作为唯一碳源生长,但不能利用L-阿拉伯糖、D-木糖、D-葡萄糖、D-半乳糖、D-甘露糖、蔗糖、D-甘露醇、D-海藻糖和D-纤维二糖作为唯一碳源.能水解酪素、明胶、脱脂奶粉、Tween 40和Tween 60,但是不能水解淀粉、Tween 20和Tween 80.16S rRNA基因序列比对分析表明,菌株406-6与Idiomarina属的I.fontislapidosi F23T相似性最高(98.0%),和其他属的相似性均低于94.0%.Neighbor-joining系统树中,菌株406-6和Idiomarina属内的菌种相聚成簇.基于以上微生物学特征分析表明,406-6为Idiomarina属内的一个潜在的细菌新物种,该研究丰富了Idiomarina属的物种多样性,为微生物资源的开发利用奠定基础.     

国内养殖鱼类和进境鱼卵中传染性造血器官坏死病毒(IHNV)的检测及基因分析

用传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)的反转录聚合酶链及该方法在来自国内养殖场的患病牙鲆和虹鳟及进口的匙吻鲟鱼卵中检测出IHNV,同时对扩增出的IHNV的DNA片段进行了序列分析。结果表明,从国内养殖的牙鲆和虹鳟中分离出的IHNV与IHNV的标准株RB-1株在序列上都具有98.1%的同源性,推导出在氨基酸序列上分别具有97%和99%的同源性。从进口匙吻鲟鱼卵中分离的IHNV与RB-1株在序列上都具有92.5%的同源性,推导出氨基酸序列有93%的同源性。系统发育树分析结果表明,从国内发病的养殖虹鳟中分离出的IHNV与进口匙吻鲟鱼卵中检测到的IHNV在进化上关系较为密切。     

降解2,4-二氯酚的假单胞菌GT241-1的特性及其3,5-二氯儿茶酚1,2-双加氧酶基因定位

从2,4-二氯酚生产厂排污口污泥中分离并筛选到一株降解2,4-二氯酚的细菌GT241-1，经鉴定属假单胞菌属。菌株GT241-1能在48h内将90mg/L的2,4-二氯酚降解91%。GC/MS分析表明，该菌株能将2,4-二氯酚彻底降解而不积累中间代谢产物。经38℃热处理，菌株GT241-1中有1.9%丧失了2,4-二氯酚降解能力。菌株GT241-1有两条大质粒带。Southern杂交表明，菌株GT241-1的3,5-二氯儿茶酚1，2-双加氧酶基因定位于约11kb的EcoRI/XbaI酶切片段。     

口蹄疫病毒Akesu/58持续感染分离株P1基因的克隆及序列分析

以持续感染模型动物牦牛的食道/咽部分离物(O/P液)为材料,采用RT-PCR法,扩增和克隆了P1结构蛋白基因的全序列。序列测定和分析结果表明,持续感染分离株的序列与Akesu/58参考毒株的序列相比,其同源性为86.5 %,而与china/99的同源性高达89.4 %。氨基酸差异分析表明,氨基酸相应的密码子中T-C或A-G互变频率较高,这可能是导致氨基酸改变的主要因素。