基因组单核苷酸多态性图谱构建方法研究进展

为了获得高质量的金标孕酮单抗,通过采用柠檬酸三钠还原法,制备出符合要求的30 nm胶体金溶液,在此基础上摸索胶体金标记孕酮单克隆抗体的最佳条件,并对其进行质量鉴定。结果发现,用柠檬酸三钠还原法制备的30 nm胶体金溶液呈深红色,透射电镜观察,胶体金颗粒大小基本一致;胶体金标记孕酮单克隆抗体的最低稳定浓度为16 μg/mL,最适稳定浓度为19.2 μg/ mL,最适标记pH为8.5。制备的金标抗体复合物经电镜观察,周围有一层明显的低电子密度晕圈,且其D_{520 nm}值在0.2~0.4之间。     

单核苷酸多态性(SNP)的研究进展和应用

单棱苷酸多态性(SNP)是最新发展起来的第三代分子标记，具有密度高、双等位基因、易实现自动化检测等优点。本文重点介绍了SNP的概念、特点、分析检测技术以及SNP的应用。     

单核苷酸多态性的研究进展

染色体的某个位点上存在单个碱基的变化 ,称为单核苷酸多态性 ,即SNP。SNP是继限制性片段长度多态性和微卫星多态性以后 ,近年来出现的第三代遗传标记 ,广泛用于基因定位、克隆和遗传多样性研究。本文综合介绍了单核苷酸多态性的遗传特性、功能、研究意义及其在畜牧业中的应用     

不同品系西方蜜蜂基因组DNA多态性图谱构建及杂交分析

本研究应用随机引物K（5'-CGGCCCCTGT-3'）对不同品系西蜂的基因组DNA扩增，获得了能区分不同品系西蜂的多态性DNA图谱，从多态性图谱中选取一个共同片段K1680bp，标记成探针，探针K1680bp与不同品系西蜂的基因组DNA匀有杂交，从而证明片段K1680bp是西蜂蜂种的共性，为西蜂的鉴定提供了直接依据。     

单核苷酸多态性及其检测方法

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)是指一些物种正常个体的基因组DNA中单碱基对位置存在序列的变异(等位基因),是最新发展起来的第3代遗传标记,在遗传育种、基因作图、基因定位等方面具有广泛的作用.作者简要介绍了SNP的特点、各种检测方法及其在寄生虫学领域的应用.     

全基因组SNP分型策略及基因组预测方法的研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）是遗传学研究中重要的材料。近年来,全基因组SNP标记开发方法的发展使得研究者们能够以较低成本获得丰富的基因组标记,大大推动了基因组水平的相关研究。基因组预测从已知基因型数据和表型数据的个体建立训练模型,对未知表型的个体进行基因型和表型预测,在育种领域具有重要意义。全基因组SNP的分型策略结合基因组预测方法,构成了动物基因组选择的前沿。本文从这两个方面进行综述,以期为从事分子遗传学,尤其是复杂性状研究的研究者们提供参考。     

鸡lmbr1部分内含子的克隆及其单核苷酸多态性

以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的基因组DNA为模板,采用PCR产物直接测序的方法进行鸡lmbr1基因部分内含子的克隆、单核苷酸多态性检测。结果表明,试验克隆了鸡lmbr1基因的10～14及16内含子序列,共计4 610 kb,从丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡中检测到67个单核苷酸多态位点（SNPs）。将提交序列与NCBI上公布的红色原鸡基因组序列比较,在这6个内含子内发现40个变异位点,其中20个为新的SNPs。基因组结构分析表明,鸡lmbr1基因约60 kb,为人类lmbr1基因的28%,内含子外显子的剪接方式符合GT-AG法则。     

单核苷酸多态(SNP)相关技术研究及其应用

单核苷酸多态（SNP）为同一物种不同个体间染色体上遗传密码单个碱基的变化，是限制性片段长度多态性（RFLP）、微卫星标记（SSR）之后的又一种新的分子标记，通常呈双等位基因多态，在生物学诸多领域具有广阔应用前景。本文从SNP技术的发展历史、研究动态及其特点和应用前景等方面进行综述。     

单核苷酸多态性及其应用

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）是一种新的分子标记，是指基因组由于单个核苷酸的变异所产生的差异。由于其多态性高，便于自动操作等特点，在基因组、后基因组时代具有广泛的应用前景。本文对SNPs的概念、特点、分析方法及应用等方面做了简要的概述。     

牛基因组研究进展

本文分牛基因组遗传图谱、物理图谱、全基因组序列图与转录组研究四个部分介绍了牛基因组学研究进展.最新的牛遗传连锁图谱由4 585个标记组成,平均图距精确到1.2 cM,是研究牛数量性状位点、定位克隆生产性状相关基因进行分子辅助育种的蓝图.基于限制性酶切指纹图与末端测序技术对294 651个BAC克隆分析拼接成的物理图谱,覆盖约15.8倍基因组,为牛全基因组测序和组装提供了框架.融合了全基因组鸟枪法和逐步克隆法绘制的牛基因组草图,包含了26 052 388个可用测序读长,覆盖约7.0倍基因组,拼接成2.87 Gb的基因组序列.牛各个组织器官的cDNA文库构建和EST测序以及基因芯片方面的基因转录和表达的研究,将阐释更多的泌乳、繁殖、产肉和疾病抵御力等重要性状相关功能基因,从而将更多的基因应用到牛的分子辅助育种上.     

中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究

本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase related protein 1,TYRP1）基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异,以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性（SNP）检测,利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明,在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs,其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点,除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外,其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异,说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明,所有样本中共有42个单倍型,优势单倍型0000000000（245/918）、0100000001（91/918）在所有绵羊群体中均存在,除单倍型0101100000（93/918）在中国美利奴羊中没有出现,单倍型0001000001（69/918）在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外,在其他群体中均存在。连锁分析结果表明,10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明,中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异,各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式,且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。     

猪干扰素-γ基因单核苷酸多态性分析

干扰素-γ（interferon-gamma,IFN-γ）在调节机体免疫应答及抵抗病毒感染等方面有着重要的作用。为探索IFN-γ基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对包括军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481个个体的IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行分析。结果在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4上各发现了一个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。各个突变位点的多态信息含量均小于0.25,呈低度多态,说明猪IFN-γ基因较保守。     

基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况.结果 表明,8个地方鸡品种45647个位点的多态信息含量大多为0.25＜PIC＜0.5,属于中度多态,表明这8个地...     

Use of bioinformatic SNP predictions in differentially expressed genes to find SNPs associated with Salmonella colonization in swine

Asymptomatic Salmonella-carrier pigs present a major problem in preharvest food safety, with a recent survey indicating >50% of swine herds in the United States have Salmonella-positive animals. Salmonella-carrier pigs serve as a reservoir for contamination of neighbouring pigs, abattoir pens and pork products. In addition, fresh produce as well as water can be contaminated with Salmonella from manure used as fertilizer. Control of Salmonella at the farm level could be through genetic improvement of porcine disease resistance, a potentially powerful method of addressing preharvest pork safety. In this research, we integrate gene expression profiling data and sequence alignment-based prediction of single nucleotide polymorphisms (SNPs) to successfully identify SNPs in functional candidate genes to test for the associations with swine response to Salmonella. A list of 2527 genes that were differentially regulated in porcine whole blood in response to infection with Salmonella enterica serovar Typhimurium were selected. In those genes, SNPs were predicted using ANEXdb alignments based on stringent clustering of all publically available porcine cDNA and expressed sequence tag (EST) sequences. A set of 30 mostly non-synonymous SNPs were selected for genotype analysis of four independent populations (n = 750) with Salmonella faecal shedding or tissue colonization phenotypes. Nine SNPs segregated with minor allele frequency ≥15% in at least two populations. Statistical analysis revealed SNPs associated with Salmonella shedding, such as haptoglobin (HP, p = 0.001, q = 0.01), neutrophil cytosolic factor 2 (NCF2 #2, p = 0.04, q = 0.21) and phosphogluconate dehydrogenase (p = 0.066, q = 0.21). These associations may be useful in identifying and selecting pigs with improved resistance to this bacterium.     

单核苷酸多态性及其在牛育种中的应用

单核苷酸多态性(SNPs)被公认为是最新的第3代分子标记,它将成为理想分子标记之一.本文介绍了SNP的概念、特点以及在牛生长发育性状、胴体和肉质性状、产奶性能、抗病性状中的应用.     

基因组水平的选择信号及其检测方法研究进展

在进化过程中,自然或人工选择在基因组上留下了各种选择信号的印迹。探究不同物种或同一物种不同种群之间的选择信号有助于我们研究物种的进化历史,筛选优势等位基因并应用于遗传育种之中。本文详细介绍了各种经典的选择信号检测方法及其适用场景,并讨论了各自的优缺点和未来的发展方向。     

蜜蜂基因组研究进展

蜜蜂授粉对农业生产和全球生态起重要的作用,蜜蜂也是研究社会行为和学习记忆导航行为的模式生物,其简单的脑部结构和卓越的学习记忆能力又为神经生物学家提供了绝好的研究模型,此外,蜜蜂可以成为免疫、过敏、精神疾病和长寿等试验的研究模型。本文从蜜蜂的基因组序列、基因组结构、发育、级型分化及繁殖衰老、基因调节、群体遗传学等方面综述了蜜蜂基因组研究的最新进展。     

鸡血糖性状的全基因组关联分析

旨在挖掘影响鸡血糖性状的有效SNP位点及功能基因,为优质肉鸡分子育种工作提供有效的理论支撑。本试验选取407只京星黄母鸡于98日龄屠宰,酚仿法提取血液DNA,进行深度为10×的全基因组重测序;葡萄糖氧化酶法测定血清中血糖水平,基于全基因组重测序和血糖表型数据进行全基因组关联分析（GWAS）。结果,GWAS共筛选到6个血糖相关的SNPs位点（关联阈值P<1.43×10^-6）。基因注释发现,rs734134177在UBE3D基因第8内含子上,其编码蛋白为泛素蛋白连接酶。该位点携带野生型（AA）个体的血糖水平极显著高于突变型（GG）个体（P<0.01）;rs794554022位于ACAD9基因下游D 93.5 kb处。ACAD9蛋白为酰基辅酶A脱氢酶家族的成员之一,是细胞线粒体中脂肪酰基辅酶A进行β-氧化过程中的限速酶。rs794554022位点携带野生型（AA）个体的血糖水平极显著低于携带突变型（CC）个体的（P<0.01）。以上位点可能是调控血糖水平的相关候选SNPs位点,这两个位点所在基因可能参与了肉鸡血糖代谢的调控过程,这些结果将为调控肉鸡血糖代谢进而改善肉品质的育种工作提供候选的分子标记,为肉鸡血糖代谢的调控提供了新的思路。