系统分析肝脏转录组解析猪脂肪沉积的分子调控机制

肝脏是调控猪能量平衡和代谢的重要器官。本研究选择松辽黑猪和长白猪背膘厚度显著差异的个体（每个品种内高、低各3头）为研究对象，利用高通量转录组测序技术鉴定其肝脏组织中基因的表达水平并进行差异表达分析，进一步对差异表达基因进行生物学功能分析。结果表明，在不同背膘厚度的比较中，共发现差异表达基因395个，其中部分参与了花生四烯酸代谢、谷胱甘肽代谢、P450细胞色素代谢过程、脂肪酸代谢、胰岛素抵抗、皮质醇的合成和分泌等通路。ACACA、ELOVL6、OGDHL、GSTO2、GGT5、CREB3L1等基因是肝脏中调控脂肪合成和代谢的关键基因。在不同品种猪中，鉴定出458个差异表达基因，显著富集在PPAR信号通路、细胞色素P450代谢通路、甘油三酯代谢通路、胆汁酸合成、MAPK信号通路、免疫相关通路等通路。PPAR信号通路和CD28、CD59、ICOS、CXCR4、FOS、INF等基因是影响不同品种猪生长性能和免疫性状差异的关键通路和基因。品种内与品种间脂肪沉积差异的分子机制并不相同。本研究对猪脂肪性状的遗传改良、肝脏功能解析有一定意义。     

丹参多糖抑制氟苯尼考致肉鸡肝脏损伤的分子机制研究

本试验旨在探究丹参多糖缓解氟苯尼考致肉鸡肝脏损伤的转录组学靶点与通路。将30只1日龄肉鸡随机平均分成3组：空白对照组（LA组）饲喂自来水、氟苯尼考造模组（LB组）给予含0.15 g/L氟苯尼考的自来水、丹参多糖治疗组（LC组）给予含0.15 g/L氟苯尼考和5 g/L丹参多糖的自来水。从1日龄开始,连续给药5 d。于第6天各组分别随机取3只鸡,处死,无菌摘取其肝脏组织。肝脏组织经过RNA抽提、纯化和建库后,采用IlluminaHiSeq测序平台,对这些文库进行双末端测序。然后对原始下机数据进行过滤,将过滤后得到的高质量序列比对到该物种的参考基因组上。根据比对结果,计算每个基因的表达量。分别构建3组肉鸡肝脏的数字化基因表达谱（DGE）文库,比较DGE文库的差异表达基因,寻找基因表达差异最显著的关键基因,并进行GO功能注释、KEGG通路分析。结果显示：LA vs LB、LA vs LC及LB vs LC比较组分别筛选出1 989（上调基因495个,下调基因1 494个）、1 278（上调基因344个,下调基因934个）、380个（上调基因165个,下调基因215个）表达差异显著的基因。LA vs LB、LA vs LC及LB vs LC比较组差异表达基因的GO功能注释主要归类为生物过程和细胞组成两个分支。KEGG通路分析结果表明,LA vs LB的差异表达的基因主要富集到药物代谢-细胞色素P450,细胞外基质（ECM）受体相互作用、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、细胞色素P450对异生物的代谢,谷胱甘肽代谢,过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等通路。LB vs LC差异表达的基因主要富集到药物代谢-细胞色素P450和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢及PPAR信号通路等。丹参多糖可通过调节与细胞色素P450代谢通路有关的细胞色素P450 3A4酶（CYP3A4）、细胞色素P450 2C23b酶（CYP2C23b）、谷胱甘肽S-转移酶（GSTA3）、类谷胱甘肽S-转移酶α2（GSTAL2）等mRNA的表达以及与PPAR信号通路有关的脂肪酸结合蛋白1（FABP1）和长链脂肪酸辅酶A连接酶（ACSBG2）等mRNA的表达,从而抑制氟苯尼考产生的有害代谢产物,促进肝脏脂质的正常代谢,进而缓解氟苯尼考引起的肝脏损伤。     

APAP急性肝损伤小鼠肝脏组织转录组RNA-seq及相关信号通路分析

[目的]筛选与对乙酰氨基酚（acetaminophen,APAP）诱导的急性肝损伤发生发展相关的基因和关键信号通路。[方法]建立C57BL/6J小鼠APAP急性肝损伤模型。构建正常小鼠肝脏组织样本和APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天肝脏组织样本的2个cDNA文库,进行转录组测序。对获得的转录组测序数据进行组装及功能注释。使用DESeq R包（1.10.0）分析具有生物学重复的差异基因的表达,利用KOBAS软件确定KEGG信号通路中差异表达基因的静态富集。[结果]APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天与正常小鼠肝脏组织转录组相比,共有7 270个DEGs,包括3 707个显著（P<0.05）上调表达基因和3 563个显著（P<0.05）下调表达基因。在所有显著上调表达基因中,表达量变化幅度较大的是Col1a1、Gsta1、S100a6基因;在所有显著下调表达基因中,差异表达量位于前3位的基因是Slc1a2、Glul、Acaa1b。共有2 515个DEGs在316个不同的KEGG通路中富集,显著上调表达基因富集的信号通路主要是趋化因子信号通路、B细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、ECM受体相互作用信号通路等免疫和炎症相关信号通路,显著下调表达基因富集的信号通路主要是氧化磷酸化、脂肪酸降解、脂肪酸代谢、碳代谢等合成代谢信号通路。[结论]在APAP急性肝损伤过程中涉及多个信号通路的参与,趋化因子信号通路和ECM受体交互作用信号通路可能是急性损伤期中发挥主要作用的信号通路。     

深度测序技术分析小鼠巨噬细胞感染布鲁菌16M株的转录组学变化

布鲁菌病是由布鲁菌引起的一种人兽共患性传染病,曾被用作生物恐怖战剂。本研究利用深度测序技术对布鲁菌感染小鼠巨噬细胞RAW264．7的转录组学轮廓进行了描述。在感染后4h,筛选出差异表达基因3576个,其中58％的基因表现上调;在感染后24h,筛选出差异表达基因3962个,其中45％的基因表现上调。并且在感染后24h内,变化显著的基因都是与炎症、免疫、吞噬、凋亡紧密相关的。进而我们分析了在感染后24h内显著变化的代谢途径,这些代谢途径包括内质网代谢途径、溶酶体代谢途径、及与凋亡相关的代谢途径;及被显著富集的信号通路,这些信号通路包括凋亡通路、NOD受体信号通路、Fc γR介导的吞噬通路、溶酶体信号通路、p53信号通路、内质网相关蛋白的通路;并且发现B细胞受体和toll样受体信号通路在感染后24h与感染后4h相比被显著富集。本研究建立的巨噬细胞感染布鲁菌后差异表达基因数据库,将为布鲁菌致病机制的逐步阐述奠定基础。     

基于高通量转录组测序的红花籽油对肥育猪肝脏差异表达基因的影响

18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。     

基于RNA-Seq鉴定和分析蒙古牛抗寒过程中骨骼肌的可变剪接事件

为了鉴定和分析蒙古牛抗寒过程中骨骼肌发生的可变剪接(AS)事件,试验采用Illumina Novaseq^TM 6000测序平台对冬季组和夏季组蒙古牛的骨骼肌组织分别进行转录组测序,使用rMATS软件对样品中的AS事件与差异剪接基因(DSG)进行鉴定,并对DSG进行GO富集和KEGG信号通路分析。结果表明：转录组测序共获得272 950 322条原始读长,冬季组与夏季组中发生的AS事件分别为10 966,13 756个,两组的AS事件都以外显子跳跃(SE)事件为主,SE事件在冬夏两组的AS事件总数中所占比例分别为78.64%、82.48%。冬季组与夏季组间共检测到843个显著的DSG。DSG在生物过程、细胞组分和分子功能类别中分别富集到了380,105,174个GO条目。DSG共在20条信号通路中发生富集,其中PPAR信号通路、胰岛素抵抗、TCA循环及昼夜节律等与能量代谢密切相关的信号通路富集明显。说明冬夏两季蒙古牛骨骼肌可能在脂质代谢、氧化应激、胰岛素敏感性及昼夜节律方面存在较大差异。     

PPARα siRNA干扰对骡鸭原代肝细胞脂质代谢基因表达影响研究

为揭示PPARα基因对骡鸭肝细胞PPAR信号通路中脂质代谢基因的调控作用,试验以16日胚龄的骡鸭为材料,用Ⅳ型胶原酶法分离原代肝细胞,分离的原代肝细胞经形态学观察、糖原染色和白蛋白(ALB)检测鉴定后用于后续试验;构建4对干扰PPARα基因的siRNA,分别转染骡鸭原代肝细胞,转染12 h后用荧光显微镜检测转染效率,转染48 h后用油红O染色检测肝细胞脂质分泌情况,筛选干扰效率最高的siRNA,qRT-PCR检测该siRNA干扰PPARα基因后PPAR信号通路上脂质代谢相关基因的表达情况。结果显示:Ⅳ型胶原酶法分离的骡鸭原代肝细胞活性较好,ALB的分泌量维持在较高水平,糖原染色发现大量细胞存在双核和多核状态,干扰效率最高的PPARα-1344组与对照组相比脂质分泌量减少,原代肝细胞中LPL、FABP、FAS和ACBP基因表达量极显著下调(P0.01),SCD基因表达量显著下调(P0.05),APO-A1、CYP7A1和CPT1基因表达量差异不显著(P0.05)。研究表明:分离的骡鸭原代肝细胞纯度好、活性高,PPARα基因可能促进脂肪在肝脏中沉积,与骡鸭的肥肝形成密切相关。     

氟苯尼考致雏鸡肝损伤模型的建立

建立氟苯尼考(FFC)致雏鸡药物性肝损伤的模型,并初步探讨其作用机理。将210只1日龄体重均匀的健康雏鸡随机分为7组,每组30只,用不同剂量的100 g/L FFC溶液对雏鸡进行饮水给药,以建立雏鸡药物性肝损伤的模型。分别于造模后的5、7、9日龄,观察FFC溶液对雏鸡血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、肝组织超氧化物歧化酶(SOD)的活性、丙二醛(MDA)的含量、微量还原性谷胱甘肽(GSH)的含量以及肝指数等指标的影响。与空白组相比,7日龄时不同剂量的FFC溶液显著提高肝损伤模型组雏鸡的肝指数,提高血清中ALT和AST的活力,表明造模成功,且显著提高肝组织中MDA的水平,显著降低肝组织中SOD和GSH水平。结果表明不同剂量的FFC溶液对雏鸡的肝脏造成一定的损伤,其机制可能与其破坏机体内的活性氧自由基脂质过氧化有关。     

肾上腺素对民猪脂肪细胞基因表达模式的影响

为了探究冷刺激对民猪脂肪细胞代谢的影响,试验以体外培养的前脂肪细胞为试验材料,通过添加终浓度为1 000 nmol/L的肾上腺素模拟冷刺激环境,同时设置未添加肾上腺素的对照组,诱导分化7 d后收集细胞进行转录组测序(RNA-seq)分析,筛选出表达水平发生变化的差异基因,对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,最后通过qRT-PCR验证试验检测RNA-seq结果的准确性。结果表明：肾上腺素会改变脂肪细胞中基因的表达模式,引起128个基因显著上调,93个基因显著下调,其中游离脂肪酸受体4(FFAR4)基因上调倍数最大,为4.63倍。对差异表达基因进行GO功能注释,在分子功能注释分析中有8个条目显著富集,在生物过程注释分析中有128个条目显著富集,在细胞组分注释分析中无显著富集的条目。对差异基因进行KEGG信号通路富集分析,仅神经活性配体-受体相互作用通路被富集。说明肾上腺素可以改变脂肪细胞原有的代谢模式,与脂肪酸代谢和糖原合成等相关的基因发生了显著变化,同时细胞内外的信号转导也发生了改变。     

BMP2对猪前体脂肪细胞差异表达miRNA1的影响

采用高通量测序技术构建经骨形态发生蛋白-2(BMP2)处理前后的猪前体脂肪细胞差异miRNA表达谱,以明确BMP2影响的功能性miRNA。结果显示:BMP2刺激猪前体脂肪细胞前后共有55个miRNAs存在较大的表达差异,包括30个上调表达的miRNAs和25个下调表达的miRNAs;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测表明,高通量测序数据结果正确可靠;经miRnada和RNAhybrid这2个软件对差异表达的miRNAs进行靶基因预测及靶基因进行GO和KEGG Pathway分析,发现靶基因主要富集在Notch信号通路、胰岛素信号通路、甘油磷酯代谢、MAPK信号通路、半乳糖代谢、类固醇激素的生物合成等通路。结果表明:BMP2作为前体脂肪细胞分化重要调控因子,可能通过介导miRNA及其调控的某些关键基因的表达,从而影响前体脂肪细胞外基质与受体的结合、胰岛素利用、脂类和糖的合成与代谢等生物学过程,最终作用于前体脂肪细胞的分化和脂质沉积。     

基于转录组测序的油酸诱导延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化差异表达基因的分析

本研究旨在研究油酸(OA)引起延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化途径的分子调控机制。对从12日龄延边牛中分离得到的骨骼肌卫星细胞进行体外培养,加入不同浓度OA的诱导分化培养液,进行分化处理,试验设1个空白对照组[CON组,5%马血清(HS)],3个不同浓度OA诱导组:OAL组(5%HS+50μmol/L OA)、OAM组(5%HS+100μmol/L OA)、OAH组(5%HS+200μmol/L OA),诱导96 h后,对延边牛骨骼肌卫星细胞进行了转录组测序及分析。结果表明:共得到13 951条单基因,对4个组差异表达基因进行比较发现,与CON组相比,OAL组有3 412个差异表达基因,OAM组有1 045个差异表达基因,OAH组有1 428个差异表达基因,各组之间共有278个差异表达基因。GO富集分析显示,差异基因参与了多种生物过程,包括代谢过程、细胞过程、生物调节过程等;在分子功能类别上,大多数的基因功能与结合活性、转录调节活性、催化活性等相关;在细胞组分范畴内,大部分的基因被富集到细胞、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集通路为单磷酸腺苷激活的蛋白激酶(AMPK)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、脂肪酸代谢通路、脂肪酸降解通路等。不同浓度OA差异基因荧光定量PCR结果显示,所选的5个差异基因与转录组测序结果基本一致,表明了测序结果的可靠性。本试验完成了OA诱导延边牛骨骼肌卫星细胞成脂分化的转录组测序分析,获取差异基因的功能注释信息,初步揭示了OA诱导牛骨骼肌卫星细胞成脂分化的潜在基因和通路。     

sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下沙门菌的转录组分析

为探明沙门菌(Salmonella)在sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下转录组变化情况。本试验采用HiSeq测序平台对沙门菌LT2菌株及其Hfq敲除株进行高通量测序,通过DESeq2差异分析方法筛选敲除sRNA伴侣蛋白Hfq条件下的差异表达基因,对其进行生物信息学GO功能显著性富集分析和Pathway显著性富集分析。结果显示,对照组和试验组分别得到12 753 534条、8 254 308条Clean Reads。通过DESeq2差异分析获得差异基因1 055个,其中表达上调基因516个,表达下调基因539个。GO功能显著性富集分析表明显著差异表达基因主要富集在钴胺素代谢过程、钴胺素生物合成过程、碳水化合物代谢过程等生物过程中。Pathway显著性富集分析表明显著差异表达基因富集到细菌趋化性、丙酸代谢和碳代谢等11个信号通路中。结果表明,本试验应用RNA-seq技术丰富了sRNA伴侣蛋白Hfq调控基因数量,筛选出20个受伴侣蛋白Hfq调控的显著差异表达基因,其中4个基因功能及编码蛋白未知,注释了差异表达基因的生物学功能及信号通路,推断Hfq在细菌对数期主要通过影响营养提供和趋化性等途径,继而影响细菌的正常生理活动,为Hfq协同sRNA的调控机理研究及sRNA靶基因的筛选奠定了基础。     

鸡白痢沙门菌感染雏鸡的骨髓miRNA表达谱分析

旨在探究鸡白痢沙门菌(Salmonella enterica serovar Pullorum,S.Pullorum)感染雏鸡后骨髓miRNA的差异表达特征,为深入了解鸡白痢沙门菌的致病机制提供理论基础。将7日龄SPF雏鸡随机分为两组,分别口服鸡白痢沙门菌和PBS,于感染24 h后采集骨髓进行miRNA测序,筛选差异倍数≥2且P值≤0.05的差异表达miRNAs进行靶基因预测以及GO、KEGG富集分析,随机选取6个miRNAs进行qRT-PCR验证,构建与免疫过程相关的miRNA-mRNA靶点网络。通过miRNA测序,共获得20个已知的差异表达miRNAs,其中11个上调,9个下调。qRT-PCR结果表明,miRNA变化趋势与测序结果一致。GO分析结果表明,差异表达基因主要富集在膜运输、信号转导、免疫系统、碳水化合物代谢、糖类的生物合成和代谢等,KEGG的信号通路主要富集在Notch信号通路、Hedgehog信号通路、PPAR信号通路、AMPK信号通路、Hippo信号通路等,miRNA-mRNA网络互作发现,gga-miR-1466和gga-miR-6643-5p可能是参与免疫过程相关的关键miRNA。本研究解析了鸡白痢沙门菌感染雏鸡的骨髓miRNA表达谱特征,为了解鸡白痢沙门菌和鸡之间相互作用的复杂分子致病机制提供了新的见解,为防控鸡白痢沙门菌感染提供了新策略。     

鸭肠炎病毒感染鸭肝脏组织miRNA表达谱差异分析

为探究鸭感染鸭肠炎病毒（Duck enteritis virus,DEV）后肝脏miRNA表达谱的差异,试验以DEV-GZ株经腿部肌肉接种30日龄麻鸭,于感染后66、90和114 h采集鸭肝脏组织样本,提取组织总RNA,经质检合格后,采用高通量测序技术对对照组和试验组样品进行miRNA测序,筛选出DEV感染鸭肝脏组织的差异表达miRNA,对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG信号通路分析,并随机选取部分差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR验证。结果显示,鸭感染DEV后66、90和114 h,肝脏组织差异表达miRNAs数量分别为227、225和231个。GO功能注释显示,感染鸭肝脏差异表达miRNA在生物过程分类中主要为细胞过程、单有机体过程和代谢过程类别;在细胞成分分类中主要是细胞、细胞部分和细胞器类别;在分子功能分类中主要是绑定分子功能和催化活性功能类别。KEGG通路富集显示,差异表达miRNA主要涉及PI3K-Akt、JAK-STAT、磷脂酰肌醇信号通路系统、ECM-受体相互作用、MAPK、Wnt、Toll样受体、IL-17、脂质代谢、钙离子信号通路和cAMP等信号通路,其中感染66 h差异表达miRNA主要在生物系统及神经系统中发挥作用;感染90 h主要在内分泌系统及消化系统中发挥作用;感染114 h主要在全身生物、免疫和消化系统等中发挥作用。选取10个差异表达miRNAs进行实时荧光定量PCR验证,结果与高通量测序结果一致。表明DEV感染对鸭肝脏组织miRNA表达具有显著影响,为从宿主miRNA角度揭示DEV致病机制提供了参考依据。     

家蚕丝腺响应高低温胁迫的转录组分析

丝腺是家蚕合成和分泌丝蛋白的唯一器官，温度在丝腺合成丝蛋白的过程中具有重要调控作用，对蚕丝产量和品质都有重要影响。了解丝腺对饲养温度的响应机制对有效调控熟蚕吐丝有重要借鉴作用，以实用蚕品种贵蚕7号为研究对象，在丝腺发育和丝蛋白合成关键时期(5龄期)分别采用20℃、25℃和30℃不同温度条件进行饲养，并取游走期丝腺进行转录组比较分析。结果发现高温组(30℃)和低温组(20℃)与正常适宜饲养温度组(25℃)相比，共鉴定到109 053个差异表达基因。其中30℃饲养条件下存在67个显著上调表达基因，196个显著下调表达基因；20℃饲养条件下存在101个显著上调表达基因，124个显著下调表达基因。高温组和低温组之间分别存在4个和7个特异差异表达基因。进一步对这些差异基因进行GO和KEGG功能富集分析，发现高温组差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、保幼激素代谢和能量代谢等与丝蛋白合成紧密相关的信号通路，低温组差异表达基因主要富集于苯丙素的生物合成、谷胱甘肽代谢等与物质代谢合成相关的信号通路，共同富集的通路主要集中于物质运输和能量代谢。这说明高温和低温胁迫影响丝腺发育或丝蛋白合成分泌的分子途径既存在...     

利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。     

基于转录组测序的饲料添加淫羊藿对番鸭睾丸组织差异表达基因分析

为研究饲料添加淫羊藿的番鸭睾丸组织相关基因和调控通路变化，本研究将60只公番鸭随机分为2组，每组3个重复，一组饲喂基础日粮（对照组），另一组饲喂基础日粮的基础上添加量为1%的淫羊藿（实验组）。饲喂75 d结束后，测定血清生殖激素和抗氧化指标，并进行睾丸组织形态学观察和高通量转录组测序。结果显示，实验组生精上皮层数多，生精细胞数量多，管腔饱满，成熟精子多。实验组血清生殖激素中睾酮含量、雌二醇含量、促卵泡素含量和促黄体素含量均显著高于对照组，实验组血清抗氧化指标中超氧化物歧化酶含量、谷胱甘肽过氧化物酶含量、总抗氧化水平均显著高于对照组，丙二醛含量显著低于对照组。通过转录组测序分析，本研究最终得到2 414个差异表达基因，这些差异表达基因主要被注释到白细胞激活、受体等过程，主要富集于细胞因子受体相互作用、铁死亡等代谢途径和信号通路。本文研究表明饲料添加淫羊藿激活了番鸭睾丸相关基因或通路表达，对番鸭繁殖力的提高具有重要意义。     

不同滴度鸭肠炎病毒感染对鸭脾脏的转录组变化分析

为探讨不同滴度鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染对鸭组织器官转录组的影响,本研究采用2个不同DELD50滴度的DEV,接种50日龄健康鸭90h后,采集脾脏样本,高通量测序技术进行转录组测序,筛选差异表达基因,并应用GO与KEGG数据库进行分析。结果显示,当接种量为100×DELD5 0时,鸭脾脏差异表达基因有685个,其中上调基因341个,主要参与免疫反应、核糖体结构和酶活性等生物学过程,并在核糖体、氧化磷酸化和吞噬体信号通路中显著富集;下调基因为344个,主要参与细胞分化正调控、β转化生长因子生成正调控、酶与相关受体活性、细胞结构等生物学过程,并在细胞黏附分子、内吞作用、肠道免疫网络IgA产生、ECM受体互作、缝隙连接和黏着信号通路上显著富集。当接种量为10-2×DELD50时,鸭脾脏差异表达基因有485个,其中上调基因297个,主要参与细胞功能、蛋白结合和蛋白复合物等生物学过程,并在细胞黏附分子、吞噬体、肠道免疫网络IgA产生、球系列鞘糖脂生物合成及N-糖链合成信号通路中显著富集;下调基因188个,主要参与补体激活、肌肉组织活动调节、受体复合物、酶与受体活性等生物学过程,并在基础转录因子、PPAR信号通路、α-亚麻酸代谢等代谢途径与信号通路上显著富集。这些结果表明不同滴度DEV感染对鸭脾脏转录组产生不同的影响,为深入探究DEV致病分子机制提供基础资料。     

脂肪酸结合蛋白7的研究进展

脂肪酸结合蛋白7(FABP7)是脂肪酸结合蛋白(FABPs)家族成员之一,FABP7基因对大脑发育及中枢神经系统的调节至关重要。同时,FABP7位于脂质代谢的经典通路PPAR通路中,在脂质代谢、基因调控、细胞生长和分化过程中发挥重要的作用。目前,关于FABP7基因的研究主要集中于大脑发育及中枢神经系统的调节,对于家畜脂质代谢分子机制方面的研究相对较少。本文对FABP7的结构、分布及其在脂质代谢、神经系统和癌细胞增殖相关研究进展进行阐述,为今后利用FABP7基因相关育种研究提供参考。     

基于RNA-Seq分析食欲素A对绵羊卵巢黄体化颗粒细胞基因表达的影响

食欲素A(orexin A)作为一种重要的神经肽类激素,通过与G蛋白耦联受体结合影响生殖功能。为了研究orexin A对绵羊黄体化颗粒细胞基因表达的影响及其信号网络,培养绵羊卵巢黄体化颗粒细胞进行鉴定,提取黄体化颗粒细胞组和添加Orexin A的黄体化颗粒细胞组的RNA,采用lllumina测序技术进行测序,利用生物信息学方法对转录组数据进行分析,在测序数据质量控制的基础上,对差异表达的基因进行筛选、功能注释和富集分析。结果表明,黄体化颗粒细胞组的孕酮分泌量显著高于未黄体化颗粒细胞组;转录组测序共获得了50个差异基因,其中上调表达20个,下调30个;发现多个与细胞周期调控、繁殖及代谢相关的高表达基因,如PRRT2、ID1、RRM2、ATP6、ATP8、KIRREL、SOX4、TBX3等基因,结合GO分析和KEGG通路分析表明,差异基因主要参与代谢途径、氧化磷酸化、癌症信号通路、GnRH信号通路、cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、Wnt信号通路以及Ca离子信号通路等。本试验为进一步阐明orexin A影响绵羊的生殖调控提供了依据。