不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”mtDNA D-loop序列遗传变异分析

为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况,本文基于mtDNA D-loop序列对6种颜色(全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写)锦鲤、2个“福瑞鲤2号”(青灰和红色)及2个杂交鲤品种(青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂),共150尾个体进行序列分析。结果发现,全长932bp的D-loop序列,A、T、G、C含量为33.2％、32.8％、14.2％和19.8％。所有个体共检测34个变异位点,呈18个单倍型。其中,红白和绯写存在2个优势单倍型,全白和青灰鲤均存在2个特有单倍型,青灰、红福瑞鲤共享一个优势单倍型。10个鲤品种间遗传距离0.001～0.018,遗传分化指数(F_st)0.011～0.933。分子方差(AMOVA)分析群体间变异67.17％,群体内变异32.83％,呈极显著(P<0.01)分化水平。研究表明,绯写、全白和大正三色3个锦鲤品种具较高遗传多样性,白写、“福瑞鲤2号”(青灰和红色)及杂交鲤遗传纯度较高,结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据,为后期种质资源利用和遗传选育提供了一定参考。     

珠江和长江水系赤眼鳟D-loop基因序列遗传变异分析

利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数分析,结果表明:不同水系群体间有显著的遗传差异,而同一水系内的不同群体间差异不显著。对5个群体进行分子方差分析,结果表明:5个群体间存在显著性遗传差异。分子系统树显示:两大水系5个不同水域赤眼鳟29个个体的系统树明显分为两支:珠江15个个体聚为一支,长江14个个体聚为另一支,且都有较高的置信度。可见,长江和珠江群体间已经出现了明显的遗传变异,是因珠江和长江的地理隔离导致的生殖隔离。但在同一水系内,群体间的遗传距离和群体内的遗传差异不显著,系统树也是两大水系内的不同水域混杂在一起,说明同一水系不同水域间没有出现遗传分化,分属"长江群体"或"珠江群体"。     

基于D-Loop序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F₀、F₆、F₇、F₈、F₉分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F₀与F₆、F₇、F₈、F₉之间的遗传距离呈增大趋势,表明较短时间内的人为选择可以造成与长期地理隔离效应相当的群体遗传分化。     

基于D-Loop序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F0、F6、F7、F8、F9分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F0与F6、F7、F8、F9之间的遗传距离呈增大趋势,表明较短时间内的人为选择可以造成与长期地理隔离效应相当的群体遗传分化。研究亮点:(1)长期以来人们不能清晰地理解选育过程中群体内遗传特征所发生的变化。采用现代分子遗传分析手段对罗非鱼选择育种群体进行遗传特征分析研究,是对鱼类育种实践的重要理论补充。(2)控制区序列变异分析表明随选育的进展,选育群体出现逐步纯化。(3)采用D-loop序列分析可以检测群体选择压力造成的遗传学效应。     

东海野生灰鲳mtDNA D-loop序列遗传变异分析

以东海区野生灰鲳背部肌肉的线粒体DNA为模板,采用PCR技术对7个个体的D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了471 bp的核苷酸片断（除去两端部分序列）。用DNAMAN6.0软件进行了排序比较发现,东海野生灰鲳的D-loop序列同源性高达99.48%;用DNASP4.0软件分析得知,7个序列共有6个单倍型（在GenBank登录号：GU970085-GU970087,GU970089-GU970091）,在7个个体中,共检测到14个变异位点,包括13个转换和1个颠换位点。运用MEGA4.0软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了MP和NJ系统树。用DNASP4.0软件计算出的多态位点数为14,核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.009 71和4.571。研究结果表明,东海野生灰鲳的D-loop序列个体变异程度并不丰富。     

达氏鳇亲鱼群体mtDNA Cyt b基因和D-loop区 的序列特征及遗传多样性分析

通过对线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(D-loop)进行序列特征和遗传多样性检测,分析达氏鳇(Huso dauricus)亲鱼群体30个个体的序列特征及遗传多样性。结果表明,Cyt b基因长1 138 bp,G+C含量为47.03%,共定义单倍型5个、多态性位点(S)2个,简约信息位点1个,单倍型多样性指数(H_d)为0.372,平均核苷酸差异数(K)为0.384,核苷酸多样性指数(π)为0.000 34;D-loop区序列全长845 bp,G+C含量为37.41%,共定义单倍型6个,多态性位点8个,简约信息位点3个,单倍型多样性指数为0.424,平均核苷酸差异数为1.069,核苷酸多样性指数为0.001 27。基于线粒体D-loop与Cyt b序列的研究结果表明,养殖达氏鳇亲鱼群体的遗传多样性偏低,在利用达氏鳇亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的影响。     

中华鳖线粒体遗传变异的细胞色素b序列分析

测定并分析了长江水系14尾中华鳖(Pelodiscus sinensis)的线粒体细胞色素b基因1 140 bp序列,结合GenBank中下载的3个序列,发现了243个变异位点,61个简约信息位点:A+T含量(60.6%)明显高于G+C含量(39.4%);17个中华鳖序列中共存在10个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.882,核苷酸多态性(Pi)为0.01002.在分子系统树上,17个样本共形成3个谱系,其中长江中下游出现遗传距离为0.023的2个谱系,谱系A由7个单倍型(共14尾)组成,谱系C由2个单倍型(共2尾)组成.韩国1尾单独为谱系B,与A、C谱系之间的遗传距离分别为0.030、0.031推测3个谱系问分化时间约为5百万年,建议分别加以保护.长汀中下游不同地理来源的个体混杂分布,没有形成明显的地理聚群,不同群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异.中性检测Tajima's D和Fu's Fs均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈多峰型.表明中华鳖未经历过种群扩张.     

黔东南小香鸡Cyt b基因遗传多态性及系统进化研究

采用PCR产物直接测序技术对30羽贵州省黔东南小香鸡线粒体Cyt b基因序列进行分析.结果表明,在所分析的序列(1 143 bp)中,A、C、G、T等4种核苷酸的平均含量分别为24％、36.4％、12.1％、27.5％;共检测到8个核苷酸多态位点,全部为转换位点,没有检测到插入/缺失位点;共存在4种单倍型,单倍型多样度为0.764±0.007,核苷酸多样度为0.002 33,表明小香鸡群体内遗传变异较丰富;小香鸡单倍型与红原鸡聚在一支,说明小香鸡属于红原鸡种;在分支内部又分两大枝,揭示小香鸡在遗传组成上具有多个母系血统来源.     

基于线粒体D-loop区序列和Cyt b基因的鲟鱼群体遗传多样性分析

【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。     

中国近海小黄鱼遗传变异的细胞色素b序列分析

分析了中国近海丹东、营口、舟山、温州和福州32尾小黄鱼线粒体Cytb基因的862bp序列,共检测到31个变异位点,13个简约信息位点,26个单倍型;单倍型多样性为0.984±0.013,核苷酸多样性为0.00395。高单倍型多样性和低核苷酸多样性,Tajima’s中性检验为负值且显著,核苷酸不配对分析呈单峰曲线,在简约性网络图中单倍型呈星状分布,表明小黄鱼经历过种群扩张,扩张年代约为0.14MY前。群体间较低的Fst值和较高的Nm值,在NJ系统树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,分子方差分析都表明群体间未出现明显的遗传分化,与传统的地理群体划分并不一致。推测小黄鱼产浮性卵、生活史中出现大规模的洄游以及扩张后的群体尚未在迁移与漂变间达到平衡可能是未检测到显著地理和谱系结构的主要原因。     

长脂拟鲿种群Cyt b基因序列的变异及遗传多样性

为给长脂拟鲿(Pseudobagrus adiposalis)的保护和利用提供科学依据,以采自珠江水系西江支流漓江、长江水系沅江上游支流阳河的长脂拟鲿各30尾为材料,研究该种鱼类种群细胞色素b(Cyt b)基因序列变异及遗传多样性。结果表明:长脂拟鲿Cyt b基因序列长1 096bp。其中,阳河种群、漓江种群分别有6个和40个变异位点,分属6个和4个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)分别为0.639和0.251,单倍型间平均遗传距离(P)分别为0.002 0和0.024 3,核苷酸多样性(Pi)分别为0.000 80和0.006 31。阳河种群Cyt b基因序列有4个同义突变和2个非同义突变,漓江种群有37个同义突变和3个非同义突变。漓江与阳河种群Cyt b基因序列共定义了10种单倍型,Hd为0.727,P为0.030 0,Pi为0.026 03。2个种群间的遗传分化指数(Fst)为0.817,基因交流值(Nm)为0.06。2个种群间出现了一定程度的分化,但未达到种群水平。     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离（0.042~0.072）小于鲱科内属间遗传距离（0.065~0.106）。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究*

 务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。     

河南省3个山羊品种mtDNA D-loop区的序列变异与系统发育关系研究

对河南省3个山羊品种(槐山羊、伏牛白山羊、牛腿山羊)共计27个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列进行了PCR扩增和测序分析。检测到98个变异位点,19个单倍型,平均核苷酸差异数(K)为18.13,核苷酸多样度(Pi)为1.65%,单倍型多样度(Hd)为0.92;4种碱基A、T、C、G的频率分别为31.1%、28.9%、25.8%和14.2%;多态位点的突变类型以转换为主;构建的NJ进化树分为3枝,槐山羊、伏牛白山羊、角羊骨羊和部分牛腿山羊聚为一枝,部分牛腿山羊单独聚为一枝,作为外群的捻角山羊单独为一枝。河南省3个山羊品种遗传多样性丰富,支持山羊品种的多起源说。     

关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析

以红斑大壁虎、黑斑大壁虎、蹼趾壁虎和中国石龙子为材料,采用改进的SDS/蛋白酶K裂解法提取DNA,用特异引物进行PCR扩增线粒体Cyt b基因部分序列,PCR产物经纯化后,进行序列测序。用邻接法和最大简约法构建了其系统发育关系,结果显示红斑大壁虎和黑斑大壁虎首先聚在一起,再先后与同为壁虎属的蹼趾壁虎和白脊壁虎相聚,然后与同为壁虎科的沙虎相聚,最后与石龙子科的中国石龙子相聚。     

基于Cyt b基因序列的大叶蝉亚科部分种类分子系统学分析

为探讨吸汁类害虫大叶蝉亚科种类间的系统发生关系,选用线粒体Cyt b基因432 bp片段进行扩增、测序,分析大叶蝉亚科9属21种昆虫的系统发育关系.结果表明:Cyt b基因的多序列中,有227个核甘酸变异位点,变异率为52.5％,简约信息位点206个,占总位点数的47.7％;T、C、A、G碱基平均含量分别为38.8％、17.4％、33.2％、10.6％,A+T平均含量为72.0％,明显高于G+C含量(28.0％).T、C转换大于A、G,T、A颠换占主体.密码子第1、3位点转换已达到一定饱和.以横脊叶蝉亚科(Evacanthinae)的2种类(黑条脊额叶蝉、褐带横脊叶蝉)以及杆叶蝉(Hylicinae)作为外群,基于432 bp编码的144个氨基酸序列构建了系统树,MP树和NJ树结构基本一致,均支持大叶蝉各属的单系性,构建的系统树和雄性外生殖器一些特征演化吻合.故Cyt b基因是大叶蝉亚科属种系统发育十分有效的基因.     

基于Cytb基因序列的拟硬刺高原鳅遗传多样性研究

[目的]探究拟硬刺高原鳅种群的遗传多样性和分化程度。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟硬刺高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟硬刺高原鳅3个种群共58个个体均获得Cytb基因的全长序列（1 140 bp）,共定义了20个单倍型,拟硬刺高原鳅宝库河种群遗传多样性低于黄河种群。[结论]拟硬刺高原鳅黄河种群和宝库河种群间存在显著的分化,建议在实践中将2种群分开管理和保护,以达到保护种群遗传多样性的目的。     

基于线粒体 D-loop 区序列的 4 个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

【目的】黄尾鲴（Xenocypris davidi）是以腐殖质、有机碎屑为饵料，兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类，是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响，可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵 4个黄尾鲴养殖群体的线粒体 DNA（mtDNA）D-loop 序列进行 PCR 扩增和测序，通过序列分析研究 4 个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体 D-loop 序列长度为 1 038~1 093 bp，碱基 A+T 含量（65.3%）显著高于 C+G含量（34.7%），平均转换 / 颠换比值（TS/TV）为 4.6。在 128 条黄尾鲴的 D-loop 序列中共检测到 101 个变异位点，包括 97 个简约信息位点；界定了 19 种单倍型，其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4 和 2；单倍型多样性（h）介于 0.226~0.915 之间，核苷酸多样性（π）介于 0.00640~0.01433 之间。4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异，不同养殖群体间遗传距离为 0.03782 ～ 0.88756，遗传分化系数为0.78903（P<0.01），群体内变异占整个遗传变异的 21.10%，其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低，双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高，遗传变异主要发生在群体间。【结论】4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考，有助于黄尾鲴的资源保护。     

柞蚕线粒体Cyt b基因片段的序列多态性分析

以22个柞蚕品种（品系）为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA（mtDNA）的细胞色素b基因（cytb）,测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明：供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cyt b基因的5’端相应序列（AY242996）,与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较。结果表明：青黄1号和青6号的同源性达99．8％,青黄1号和豫早l号的同源性达98．6％,青6号和柞早1号的同源性达98．8％。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在cytb基因水平上其核苷酸序列的组成却是高度一致。供试品种间的亲缘关系很近,同源性较高。