新城疫病毒TL1株P基因的克隆及序列分析

根据GenBank登陆的新城疫病毒P基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR技术对新城疫病毒内蒙古分离株TL1的P基因进行了扩增。将扩增产物提纯后克隆入pGEM-Teasy载体,通过酶切、PCR和测序验证克隆正确。测序拼接得出P基因的序列长度为1248bp,该基因的ORF总长为1188bp,编码395个氨基酸。与GenBank下载的12株参考毒株比较P基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株核苷酸的同源性为99.8%,氨基酸的同源性为99.2%;与鹅源新城疫ZJ1株核苷酸的同源性为96.1%,氨基酸的同源性为95.5%,说明TL1株和与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株的同源性极高,它们三者亲缘关系较近,同属于基因VII型新城疫病毒。而与传统疫苗株LaSota核苷酸的同源性为83.4%,氨基酸的同源性81.8%,说明该毒株相对于经典的NDV在P基因上已发生了较大的变异。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N、M基因的克隆与序列分析

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。     

IBRV内蒙古分离株NM06gE基因的克隆与序列分析

参考GenBank发表的牛疱疹病毒Ⅰ型全基因序列设计gE基因PCR扩增引物,以牛传染性鼻气管炎病毒内蒙古分离株NM06提取的DNA为模板,运用PCR的方法扩增gE基因,扩增产物经克隆、序列测定和拼接,结果表明:测定序列全长为2086 bp,包含gE基因1793 bp,其中有1728 bp组成的完整开放阅读框,编码576个氨基酸.将NM06株gE基因序列与GenBank发表的参考毒株核苷酸序列相比,与4株BHV-1病毒的同源性在99.3%～99.9%;与2株BHV-1.1型分离株同源性高达99.5%、99.6%;与BHV-1.2型分离株同源性为93.4%.从进化树中也可以看出:NM06株与BHV-1.1型分离株属于同一个进化分支,而BHV-1.2 BH83株属于另一个进化分支,可以推测IBRV NM06分离株属于BHV-1.1型.NM06株与牛疱疹病毒5型N569病毒的同源性为82.9%,与鹿疱疹病毒2型Norway4病毒的同源性为72.6%.     

猪伪狂犬病病毒山西分离株gE全基因的遗传变异多样性及流行特点分析

为了研究当前山西省猪伪狂犬病(PR)的流行特点及遗传变异情况,对山西分离的3株猪伪狂犬病病毒(PRV)分离株(SXQX株、SXTG株和SXYP株)的gE全基因进行了扩增、克隆和测序(已被GenBank收录)。并将gE全基因序列和推导出的氨基酸序列与不同国家和地区的主要流行株进行了遗传变异多样性分析。结果显示,3株PRV分离株的gE全基因序列之间核苷酸及推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%～100.0%和99.5%～100.%,与34株不同国家和地区的PRV参考株之间同源性分别为97.1%～100.0%和94.6%～100.0%,与欧美分离株的同源性分别为97.1%～97.6%和94.6%～95.7%,与2012年以来我国不同省份分离株的同源性分别为98.8%～100.0%和98.1%～100.0%,与2012年以前分离的经典毒株同源性分别为98.4%～99.7%和97.2%～99.3%。PRV gE全基因组序列的进化分析表明,3株PRV分离株属于亚洲基因群中2012年以来国内不同地区相继分离的PRV变异株群,而与2012年前分离的经典强毒株群亲缘关系较远,与欧美基因群亲缘关系最远。进一步进行核苷酸及氨基酸多序列比对分析发现,3株PRV分离株的gE基因均有一些位点发生了突变。本试验为近年来山西地区PRV的流行特点和PRV变异情况提供了依据。     

鸡马立克氏病病毒广西株Meq基因的克隆与序列分析

为研究鸡马立克氏病病毒(MDV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了3株MDV。参照GenBank中MDV的核苷酸序列设计1对引物,利用PCR技术对分离毒株的Meq基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示, Meq基因序列全长为1020 bp,编码一条由339个氨基酸组成的多肽,分离株与国内外MDV参考毒株相比,不同MDV株的Meq基因序列相对较保守,它们之间核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%。3株MDV分离株Meq基因在相关报道中提到的与毒力相关的脯氨酸重复区存在点突变。3株分离株与国内参考株YL、GXY2关系较近,与参考株RB1B、GA、Md5、648A及疫苗株亲缘关系较远。该研究为中国MDV的流行、遗传变异及防控研究提供了材料。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。     

鸭肝炎病毒浙江分离株全基因组测序及其VP1基因的序列分析

利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群.     

贵阳地区犬细小病毒NS1基因的克隆及序列分析

为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

IS711和omp2作为布氏杆菌种属及种株间分子鉴别诊断标记的研究

布氏杆菌为世界性具重要公共卫生意义的人兽共患疫病原，分6个种。建立种间及种株间安全敏感、经济有效的快速鉴别诊断方法对布病防制及分子流行病学研究具有重要意义。布氏杆菌IS711和omp2基因具有种属特异性，可用于布氏杆菌的PCR分子诊断。其中IS711为转座因子，在不同种布菌种存在插入位置的多态性，外膜蛋白OMP2编码基因则存在反向重复序列及种株间的多态性。为此，分别采用复式-PCR、PCR和限制性酶切片段长多态性（RFLP）分析，对分属于B．mclitcnsis、B．suis和B．abortus的不同种布氏杆菌的不同种株，M5、M16、S2、S6和S19进行分子鉴别诊断。结果显示，根据IS711基因特定PCR扩增片段长多态性，可进行布氏杆菌种间的快速鉴别；而omp2编码基因PCR扩增片段PsrⅠ、KpnⅠ、NcoⅠ和Eco47 Ⅲ等4种限制酶片段长多态性，则可成为布氏杆菌菌株间特异的分子鉴别诊断标记，甚至疫苗株M5和野毒株M16之间的分子诊断标记。     

Development of a multiplex PCR assay for polymorphism analysis of Brucella suis biovars causing brucellosis in swine

Swine brucellosis is caused by the biovars 1, 2 and 3 of Brucella suis the identification of which up to now relies on microbiological tests lacking adequate specificity together with time consuming and expensive molecular procedures. Based on sequence variation of the omp2b gene, we have developed a four primer set multiplex PCR assay that was tested for polymorphism analysis of B. suis biovars causing brucellosis in swine. The assay exploits the single nucleotide polymorphisms found in omp2b gene of B. suis reference biovars which are conserved in 43 B. suis field isolates from different geographic origins and hosts. Three specific amplification patterns (S1, S2 and S3) were obtained for reference strains of B. suis biovars 1, 2 and 3, respectively. However, some B. suis field isolates identified as biovars 2 or 3 according AMOS-PCR, PCR-RFLP of omp31 and omp2 genes and classical bacteriological methods, resulted also in S1 patterns, limiting the typing usefulness of the method.     

A potential novel Brucella species isolated from mandibular lymph nodes of red foxes in Austria

The wild red fox (Vulpes vulpes) is a known indicator species for natural foci of brucellosis. Here, we describe phenotypic and molecular characteristics of two atypical Brucella strains isolated from two foxes hunted 2008 in Eastern Austria. Both strains agglutinated with monospecific anti-Brucella A serum and were positive in ELISA with monoclonal antibodies directed against various Brucella lipopolysaccharide epitopes. However, negative nitrate reductase- and negative oxidase-reaction were atypical traits. Affiliation to the genus Brucella was confirmed by 16S rRNA gene sequencing and by detection of the Brucella specific insertion element IS711 and gene bcsp31 using real-time PCR. Both fox strains showed identical IS711 Southern blot profiles but were distinct from known brucellae. The number of IS711 copies detected was as high as found in B. ovis or marine mammal Brucella strains. Molecular analyses of the recA and omp2a/b genes suggest that both strains possibly represent a novel Brucella species.     

8株布氏杆菌BCSP31基因的序列分析

参照GenBank中布氏杆菌的全基因组序列，设计一对特异性引物，通过PCR方法，扩增了8株来自3个布氏杆菌种的布氏杆菌表面蛋白31（BCSP31）全基因。PCR产物经克隆和序列分析后发现，该基因非常保守，8株不同菌株间的同源性高于99．3％；进化关系分析显示，5株中国来源的菌株（S2，M5，M111，M28，A387）显示了最近的同源关系，其中2个弱毒菌株S2和M5的BCSP31基因序列100％同源。3株外国来源的菌株（S19，2308，Rev．1）中，S19和2308同源性为100％。Rev．1与其他7株布氏杆菌BCSP31基因均有较大的差异。序列分析结果表明，BCSP31基因序列差异与布氏杆菌的种属和毒力无相关性。     

布鲁菌外膜蛋白OMP10表达及其抗原性的研究

设计1对特异性引物对羊布鲁菌16M总DNA进行外膜蛋白omp10的PCR扩增,得到了一个大小为330 bp的目的基因片段(去掉17个氨基酸编码的信号肽),测序证实它与国外报道的羊布鲁菌omp10基因完全一致.将其克隆到表达载体PET-30a中,经酶切、PCR扩增和测序分析,表明重组表达载体构建成功.将此重组质粒转化入大肠埃希菌BL21(DE3)中,IPTG诱导表达,该基因以包涵体的形式在大肠埃希菌中表达,经过包涵体的变性、复性和亲和层析纯化,成功获得大小为14.2 ku的融合蛋白,与理论推测的蛋白分子质量一致;Western blot和间接ELISA试验证明,纯化之后的OMP10重组蛋白可以被布鲁菌阳性血清识别.     

布鲁氏菌实时定量荧光PCR检测体系的建立及应用

本根据GenBank上公布的布鲁氏菌BCSP31基因保守区域序列设计合成一对特异性引物与TapMan探针,建立整套快速准确鉴定布鲁氏菌的实时定量荧光PCR检测体系。以实验室构建的克隆有布鲁氏菌目的片段的重组质粒为标准品,进行实时定量荧光PCR反应检测,通过优化反应条件,建立标准曲线。以标准品为模板,对该方法的特异性、敏感性与重复性进行检测与分析。并以临床样本进行检测的结果进行比较分析,结果表明,该检测体系的检测灵敏度高,重复性与特异性良好。本研究建立的实时定量荧光PCR可用于准确检测样本中的少量的布鲁氏菌,具有良好的应用前景和市场价值。     

Prevalence of Brucella pinnipediae in healthy hooded seals (Cystophora cristata) from the North Atlantic Ocean and ringed seals (Phoca hispida) from Svalbard

Investigations for Brucella-infections were conducted in 29 hooded seals (Cystophora cristata) caught between Svalbard and Greenland (North Atlantic Ocean; Greenland Sea) autumn 2002, and from 20 ringed seals (Phoca hispida) caught in Billefjord, Svalbard, spring 2003. All animals were apparently healthy and were caught in their natural habitat. Bacteriology on tissue samples from ringed seals was negative, whereas Brucella sp. were recovered in tissues from 11 of the 29 hooded seals (38%), with the highest tissue prevalence in spleen (9/29) and lung lymph nodes (9/24). Anti-Brucella antibodies were detected in sera from 9 hooded seals (31%) (EDTA-modified Slow Agglutination test of Wright, Rose Bengal test, Complement Fixation Test, and Protein-A ELISA). The bacterial isolates all belonged to the genus Brucella according to classical biotyping and PCR analysis based on Insertion Sequence IS711, and were shown to be typical marine mammal strains, based on the occurrence of an IS711 element downstream of the bp26 gene. Their dependency on CO2 for growth, and the presence of one copy each of the omp2a and omp2b gene finally classified them as Brucella pinnipediae. Furthermore, all the hooded seal isolates showed an A+ M+ agglutination profile, which is different from the profile of reference seal strain 2/94 (harbour seal, Phoca vitulina). Thus, these results indicate that B. pinnipediae may contain different biovars. The present results suggest that infection with B. pinnipediae is enzootic in this population. Since the hooded seal is commercially hunted and consumed in Norway, the pathological impact of such infections and their zoonotic potential should be further addressed.     

新疆地区绵羊布鲁氏菌omp25基因PCR扩增研究

根据GenBank发表的绵羊布鲁氏菌标准菌株(63/290)的omp25基因序列设计引物,以新疆地区绵羊布鲁氏菌(80/019)基因组DNA为模板,探索PCR反应的各种条件以确定最适PCR反应条件。结果扩增出清晰的omp25目的基因片段,为今后进行omp25的分子生物学特性的研究奠定基础。     

布鲁氏菌omp28基因的克隆、表达及反应原性分析

本研究克隆了羊种布鲁氏菌16M株、羊种布鲁氏菌M28株、犬种布鲁氏菌、绵羊附睾种布鲁氏菌、牛种布鲁氏菌A19株、猪种布鲁氏菌S2株的omp28基因并对以上不同种菌株的omp28基因序列及编码的氨基酸序列进行了比对,结果显示不同种布鲁氏菌omp28基因之间仅6个碱基不同,而且只有2个氨基酸不同,亲水性分析结果显示两处氨基酸的差异对蛋白亲水性不造成影响.将羊种布鲁氏菌16M的omp28基因亚克隆到pET32a中表达,OMP28在低温下诱导以可溶性形式高效表达.Westem-blot结果显示OMP28反应原性良好,是布鲁氏菌病诊断抗原的可能选择.     

Induction of immune response in mice with a DNA vaccine encoding outer membrane protein (omp31) of Brucella melitensis 16M

Brucellosis causes serious economic losses to goat farmers by way of reproductive losses in the form of abortions and stillbirths. Nucleic acid vaccines provide an exciting approach for antigen presentation to the immune system. In this study, we evaluated the ability of DNA vaccine encoding the omp31 protein of Brucella melitensis 16M to induce cellular and humoral immune responses in mice. We constructed eukaryotic expression vectors called pTargeTomp31, encoding outer membrane protein (omp31) of B. melitensis 16M. pTargeTomp31 was injected intramuscularly three times, at 3-week intervals in groups of mice 6 weeks of age. pTargeTomp31 induced good antibody response in ELISA . pTargeTomp31 elicited a T-cell-proliferative response and also induced a strong gamma interferon production upon restimulation with either the omp31 antigen or B. melitensis 16M extract. We also demonstrate that animals immunized with this plasmid elicited a strong and long-lived memory immune response. Furthermore, pTargeTomp31 elicited a typical T-helper 1-dominated immune response in mice, as determined by immunoglobulin G isotype analysis. This vaccine also provided the moderate degree of protection to the mice. This study for the first time focuses on DNA immunization of a gene from B. melitensis. These results may lead to the development of a DNA-based vaccine for the control of brucellosis in goats.