IGFBP3基因内含子2多态性及其与猪主要生长性状的关联分析

胰岛素样生长因子结合蛋白(Insulin-like Growth Factor Binding Proteins,IGFBPs)与动物的生长发育有着密切的联系,为研究IGFBP3的多态性与猪生长性状之间的关系,本实验采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克及长白猪IGFBP3基因内含子2的多态性进行分析,并且研究了IGFBP3不同基因型对体长、体高、瘦肉率、活体背膘、肌肉厚度、0~100 kg日增重、30~100 kg日增重及100 kg体重日龄等主要生长性状的影响。结果表明:IGFBP3基因内含子2共417 bp,在3个猪群中有1个A307G多态位点与猪的生长性状有关,并且都是AG基因型占优势,杜洛克与长白猪在该位点上偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.010);3个品种猪群IGFBP3基因的多态性信息含量(PIC)均表现为中度多态(0.34~0.37);IGFBP3基因的GG基因型对大白猪的体高(P=0.068)、瘦肉率(P=0.058)的影响较大,对杜洛克猪的瘦肉率(P=0.099)、肌肉厚度(P=0.079)的影响较大,对长白猪的0~100 kg日增重的影响均接近显著水平(P=0.08)。GG基因型猪具有体高、瘦肉率高和生长较快的特点,为以后猪的育种和选种提供参考。     

FTO基因多态性与杜洛克公猪生长性状的关联研究

旨在分析肥胖相关基因(FTO)多态性位点(g.400CG与c.46-139AT)与杜洛克猪群的生长性状的关联性,为该位点的分子标记辅助选择提供理论依据。试验采集了广东某猪场374头杜洛克猪核心群公猪的DNA样本,并测定杜洛克公猪的生长性状,用高分辨率熔解曲线(HRM)技术检测基因型,并进行标记-性状关联分析。结果表明:FTO基因g.400CG和c.46-139AT位点多态性分别与杜洛克公猪100 kg背膘厚、瘦肉率、饲料转化率、体高、体长等性状存在显著相关。g.400CG位点CC基因型个体平均背膘厚显著低于CG与GG型,瘦肉率显著高于后两者,GG型个体的饲料转化率显著低于CC型与CG型个体(P0.05);c.46-139AT位点AT基因型在体长和体高上均显著高于AA型和TT型(P0.05),存在明显的杂合子效应。g.400CG位点CC基因型是优势基因型,可用于背膘薄、瘦肉率高的新品系的选育,而GG型具有更高的饲料化率,有一定的潜在价值;c.46-139AT位点在体长和体高方面存在杂合效应,可为选育种工作提供参考。     

绵羊MyoG基因内含子Ⅱ多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】 分析肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因内含子Ⅱ的多态性及其对绵羊生长性状的影响,筛选对绵羊生长发育有显著影响的分子标记,以期为绵羊的分子育种提供参考。【方法】 选取大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊5种绵羊为研究对象,采用PCR-RFLP技术对MyoG基因内含子Ⅱ(Eco72 Ⅰ)进行基因分型,利用PopGene32软件计算绵羊MyoG基因内含子Ⅱ的群体遗传多样性,利用SPSS 17.0软件对不同基因型与绵羊生长性状进行关联分析。【结果】 小尾寒羊、杜泊羊、湖羊群体中MyoG基因内含子Ⅱ均存在3种基因型:AA(368/540 bp)、AB(908/368/540 bp)和BB(908 bp);大尾寒羊和豫西脂尾羊群体中仅检测到2种基因型:AB(908/368/540 bp)和BB(908 bp)。大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊的AB基因型频率分别为0.845、0.633、0.917、0.706和0.811,BB基因型频率分别为0.155、0.033、0.083、0.176和0.054,AA基因型频率分别为0、0.333、0、0.118和0.135。小尾寒羊的杂合度最低(0.455),杜泊羊的杂合度最高(0.497),表明杜泊羊的遗传多样性要高于其他群体;5个群体多态信息含量(PIC)均为中度多态(0.25<PIC<0.5)。关联分析发现,小尾寒羊MyoG基因内含子Ⅱ BB基因型个体胸围、胸宽、头长、颈长均显著低于AA、AB基因型(P<0.05)。【结论】 MyoG基因内含子Ⅱ Eco72 Ⅰ位点可作为影响绵羊生长性状的分子标记,结果可为今后绵羊生长性状的分子标记辅助选择提供参考。     

松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联性.选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用Sanger直接测序法检测NR5A2基因内含子6的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因内含子6的SNP与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性.结果...     

大白猪FST基因多态性与生长和繁殖性状的关联分析

本实验旨在研究卵泡抑素（FST）基因多态性与猪生长、繁殖性状的关系,为母猪生长、繁殖性能提供新的遗传标记。选用大白猪为实验对象,采用DNA混池测序对猪FST基因多态位点进行筛选,利用GenoPlexs?基于多重PCR的靶向测序基因型分型技术对候选单核苷酸多态性（SNP）进行分型,并与大白母猪出生重、达100 kg时的生长性能（日增重、背膘厚、体重日龄、眼肌面积和眼肌厚）、母系指数、父系指数、繁殖指数、出生乳头数、终身繁殖性能（总产仔数、产活仔数、死胎数、产仔窝重、仔猪21日龄窝重和妊娠期）进行关联分析。结果显示,在FST基因中筛到3个单碱基突变,分别为g.32808636G>A、g.32809116A>G、g.32809757T>A。其中g.32809116A>G为同义突变,突变后未改变FST基因mRNA二级结构。FST基因的g.32808636G>A、g.32809116A>G、g.32809757T>A 3个位点完全连锁遗传（D’=1,R2=1）,且表型值完全相同,对父系指数、出生乳头数、终身产仔窝重、死胎数、100 kg眼肌面积和眼肌厚有...     

大白猪和长白猪EPOR基因第4内含子多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以大白猪和长白猪为研究对象,以促红细胞生成素受体（erythropoietin receptor,EPOR）基因作为产仔性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法来检测EPOR基因第4内含子C＼T突变多态性,研究此位点多态性与猪繁殖性状之间的关联性。结果发现,在长白猪和大白猪中存在AA、AB和BB共3种基因型,在2个群体中处于中度多态。利用SAS 8.0软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和初生重（WB）进行了关联分析,结果表明,长白猪初产母猪BB基因型个体的WB显著高于AB、AA基因型个体（P＜0.05）;经产母猪BB基因型个体的TNB显著高于AB基因型个体（P＜0.05）;B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB均表现为正效应。大白猪初产母猪BB基因型个体的TNB、NBA和WB都高于AA型和AB型个体,但差异均不显著（P＞0.05）;经产母猪AB基因型个体的WB显著高于AA基因型个体（P＜0.05）;B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB都表现为正效应。     

大白猪和长白猪EPOR基因第4内含子多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以大白猪和长白猪为研究对象,以促红细胞生成素受体(erythropoietin receptor,EPOR)基因作为产仔性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法来检测EPOR基因第4内含子C\T突变多态性,研究此位点多态性与猪繁殖性状之间的关联性。结果发现,在长白猪和大白猪中存在AA、AB和BB共3种基因型,在2个群体中处于中度多态。利用SAS 8.0软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明,长白猪初产母猪BB基因型个体的WB显著高于AB、AA基因型个体(P<0.05);经产母猪BB基因型个体的TNB显著高于AB基因型个体(P<0.05);B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB均表现为正效应。大白猪初产母猪BB基因型个体的TNB、NBA和WB都高于AA型和AB型个体,但差异均不显著(P>0.05);经产母猪AB基因型个体的WB显著高于AA基因型个体(P<0.05);B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB都表现为正效应。     

奶山羊AGPAT6基因多态性与生长性状的关联分析

利用PCR-RFLP技术对549只西农萨能和关中奶山羊群的AGPAT6基因遗传多态性与生长性状(体高、体长和胸围)的相关性进行了研究。结果表明AGPAT6基因存在4个SNPs多态:P1、P2、P4与P10位点分别位于5'UTR(g.152G>C)、内含子2(g.8124G>A)、外显子4(g.9263C>G)和3'UTR(g.16436G>A)。经关联分析,P2、P4和P10三位点在西农萨能奶山羊和关中奶山羊品种中都属于中度多态,4个SNPs的不同基因型对两个奶山羊品种的生长性状影响均不显著(P>0.05)。     

奶山羊AGPAT6基因多态性与生长性状的关联分析

利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术对549只西农萨能和关中奶山羊群的AGPAT6基因遗传多态性与生长性状(体高、体长和胸围)的相关性进行研究.结果表明AGPAT6基因存在4个单核苷酸多态性:P1、P2、P4与P10位点分别位于5′UTR (g.152G＞C)、内含子2(g.8124G＞A)、外显子4(g.9263C＞G)和3′UTR(g.16436G＞A).经关联分析,P2、P4和P10三位点在西农萨能奶山羊和关中奶山羊品种中都属于中度多态,4个SNPs的不同基因型对两个奶山羊品种的生长性状影响均不显著(P＞0.05).     

松辽黑猪METTL23基因内含子4多态性及其与繁殖性状的关联分析

为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。     

AQP7基因内含子4多态性与郏县红牛生长性状的关联分析

本试验旨在研究郏县红牛AQP7基因内含子4的遗传变异,分析其遗传多态性对生长性状的影响。采用PCR-SSCP、DNA序列分析及生物信息学技术探讨郏县红牛AQP7基因内含子4的多态性及其与生长性状的关联情况。结果发现,郏县红牛AQP7基因内含子4存在A、B、C 3个等位基因,其基因频率依次为0.838、0.076、0.086;郏县红牛AQP7基因4种不同基因型与其体重和胸围有显著相关(P< 0.05),与其他指标不存在相关性(P> 0.05),且BC基因型个体的体重和胸围均显著大于其他3种基因型(P< 0.05)。暗示BC基因型是提高郏县红牛生长性状的有利基因型,AQP7基因内含子4的遗传多态性与郏县红牛的生长性状存在相关,因此可作为该品种生长性状分子标记辅助选择的候选基因。     

大白猪PGAM2基因多态性与生长繁殖性状的关联分析

实验旨在挖掘大白猪磷酸甘油酸变位酶2(PGAM2)基因单核苷酸多态位点（SNPs）,分析遗传多样性、连锁不平衡程度及其不同基因型与生长、繁殖性状的相关性。选取大白母猪316头,提取DNA,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定PGAM2基因SNPs位点。采用多重PCR靶向基因捕获技术对每个个体进行目标SNPs位点分型,并分别与大白猪初产和经产的总产仔数、产活仔数、木乃伊数和死胎数进行关联分析,与大白猪生长性状的达100 kg日龄、达100 kg背膘厚、达100 kg眼肌厚和初生重进行关联分析。共鉴定出5个突变位点,均为已知SNP,其中rs331014516和rs346188790位点为稀有突变,不适合用作分子标记;所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;rs331014516与rs346188790完全连锁,rs80977507与rs80902904完全连锁且与rs343549757强连锁;rs80977507及其完全连锁位点与初产母猪总产仔数、产活仔数显著相关;rs343549757位点与大白猪经产死胎数显著相关。这5个位点的基因型与大白猪达100 ...     

骨桥蛋白基因多态性与母猪繁殖性状的关联分析

为探讨骨桥蛋白(OPN)基因多态性对母猪繁殖性状的影响,用直接测序法检测长白、大约克、杜洛克和金华母猪群体OPN基因的多态性,并对母猪的繁殖性能指标进行了关联分析。结果显示,OPN外显子6有一处T→A的突变,存在TT、AT、AA 3种基因型,等位基因T为优势等位基因;OPN基因多态性对初产和经产长白、大约克、杜洛克和金华母猪群体的总产仔数、产活仔数和初生窝重有显著影响(P0.05)。试验结果表明,OPN基因多态性对母猪的繁殖性能存在影响,可作为潜在的遗传标记。     

猪MSTN基因的多态性和生长性状关联分析

基于肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因结构及功能研究报道,将其作为猪生长发育性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,旨在为猪分子遗传标记提供依据。本研究以长白猪、大白猪、杜长大、通城猪、莱芜猪、五指山猪6个不同猪种基因组DNA为模板,通过克隆测序鉴定MSTN基因启动子区、第1内含子区、第2内含子区、第1外显子区、第2外显子区及3′UTR区SNPs位点;以长白猪和杜长大2个试验猪群为材料,利用基质辅助激光解吸飞行时间质谱法对MSTN基因进行SNP分型。建立最小二乘法分析模型,利用SAS软件分析数据。结果表明:在6个猪种76个个体中,共筛选出16个SNPs,其中有4个位于启动子区,5个位于第1内含子,7个位于第2内含子,在外显子1、外显子2和3′UTR区域并未检测到SNP位点。对MSTN基因的4个SNPs位点(P1、P3、P4、P5;其中P1、P3、P4位于启动子区,P5位于内含子1区)的生长性状关联分析显示,P4和P5 2个位点的多态性与猪生长性状显著相关(P<0.05)。P4和P5 2个位点具有作为分子标记辅助猪育种的潜在应用价值。     

绵羊TSHR基因多态性及其与繁殖性状关联分析

为探讨TSHR基因多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数的关系,本实验采用Sequenom Mass-ARRAY?SNP分型技术检测常年发情的小尾寒羊(407只)、湖羊(101只)、策勒黑羊(48只)和季节性发情的苏尼特羊(21只)、滩羊(22只)、草原型藏羊(161只)TSHR基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,并进行群体遗传学分析及其与小尾寒羊产羔数的关联分析。结果表明:TSHR基因g.89430525G>A、g.89363881T>C和g.89431097C>G的基因型频率和等位基因频率在常年发情绵羊品种和季节性发情绵羊品种间差异极显著(P<0.01);这3个SNP位点在大多数绵羊品种中表现为中度多态,且在各个绵羊品种中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);TSHR基因g.89431097C>G位点的多态性与小尾寒羊第1～3胎的产羔数显著相关(P<0.05),其中CC型母羊的产羔数显著低于CG和GG型母羊(P<0.05)。本研究表明,TSHR基因与绵羊季节性繁殖性状具有较强的相关性,同时参与绵羊季节性繁殖和多羔性状的调控。     

京海黄鸡IGFBP-3基因外显子1和内含子1部分序列多态性及其与生长繁殖性状的相关性

以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对JGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标.结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,该位点为中度多态,在160 bp处发生T到G的突变,导致BB、AB型的56日龄体重显著大于AA型(P<0.05),AA型的11月产蛋数显著大于BB、AB型(P<0.05).由此初步推断,内含子1对产蛋及生长发育很可能有一定的促进作用,A为产蛋的优势基因,B为体重的优势基因.     

京海黄鸡IGFBP-3基因外显子1和内含子1部分序列多态性及其与生长繁殖性状的相关性

以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对IGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,该位点为中度多态,在160 bp处发生T到G的突变,导致BB、AB型的56日龄体重显著大于AA型(P＜0.05),AA型的11月产蛋数显著大于BB、AB型(P＜0.05)。由此初步推断,内含子1对产蛋及生长发育很可能有一定的促进作用,A为产蛋的优势基因,B为体重的优势基因。     

MDR1基因多态性与母猪繁殖性状的关联分析

多药耐药基因1(multiple drug resistance gene 1,MDR1)编码的P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)可导致多种药物耐药。MDR1基因可能与繁殖器官有密切联系。本研究以长白、大约克、杜洛克和金华母猪为试验群体,通过直接测序的方法检测MDR1基因的多态性,并对母猪的繁殖性能指标进行了关联分析,探讨MDR1基因多态性对母猪繁殖性状的影响。结果表明:MDR1基因外显子1有一处G→A的突变,存在GG、AG、AA3种基因型,等位基因G为优势等位基因,GG基因型为优势等位基因;MDR1基因多态性对初产和经产长白、大约克、杜洛克和金华母猪群体的总产仔数、产活仔数和初生窝重有显著影响(P0.05)。综合结果分析,MDR1基因多态性对猪的繁殖性能存在影响,可作为潜在的遗传标记,为猪的分子育种提供参考。     

大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】挖掘大白猪β-烯醇化酶(β-enolase, ENO3)基因单核苷酸多态性(SNP)位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。【方法】选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。【结果】共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁(D’=1,r²=1),与rs342598032呈强连锁(D’=1,r²=0.99);rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁(D’=1,r²>0.7)。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关(P<0....