实时荧光定量PCR法检测转基因猪外源基因整合拷贝数

以GFP转基因猪为研究对象,以转铁蛋白受体基因为内参基因,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR建立针对外源基因GFP和内参基因的双标准曲线和方程。对转基因猪基因组DNA中外源基因和内参基因的拷贝数同时定量检测,外源基因与内参基因起始模板拷贝数的比值即为外源基因在转基因猪中的整合拷贝数。同时,利用Southern-blot进行验证分析。结果显示:实时荧光定量PCR法检测2头转基因阳性猪外源基因拷贝数分别为3和2,2头转基因阴性猪外源基因拷贝数均为0,结果同Southern-blot检测一致。结果表明:实时荧光定量PCR法高通量、灵敏、方便,可以更好的用于转基因猪外源基因整合拷贝数的检测。     

实时荧光定量PCR法检测转基因牛拷贝数

为了检测bfat-1转基因牛的外源基因拷贝数,试验采用绝对定量PCR法鉴定外源基因的拷贝数。结果表明:绝对定量PCR可以准确、有效地检测转基因牛外源基因的拷贝数,标准曲线为lnN=-3.16Ct+40.76(R2=0.994 2),2头转基因牛的外源基因拷贝数分别为4.62±1.03,5.46±1.26。     

猴痘病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

为建立一种特异性强、灵敏度高、操作简单的猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)检测方法,试验针对MPXV保守区OPG002基因片段设计特异性引物,通过优化环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)反应体系中内引物、环引物体积及反应温度建立了一种MPXV实时荧光LAMP检测方法,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,并应用该方法检测了临床样品和模拟样品。结果表明：建立的MPXV实时荧光LAMP检测方法于64℃恒温反应60 min即可完成DNA检测;该方法能特异性地检出MPXV,最低检出限为25 copies/μL,灵敏度是普通PCR方法的20倍;该方法对12份临床样品的检测结果均为阴性,可检测出质粒浓度为0.5×10²～0.5×10⁶ copies/μL的模拟阳性样品。说明建立的MPXV荧光LAMP检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的优点,可用于MPXV的快速鉴别诊断。     

非洲猪瘟病毒非结构基因实时荧光LAMP检测方法的建立

为建立非洲猪瘟病毒(ASFV)通用型高通量检测技术,利用高度保守的非结构DNA聚合酶G1211R基因,制备质粒标准品,建立实时荧光LAMP方法,出现典型的S形核酸扩增曲线,扩增产物具有特异的熔解曲线。G1211R基因质粒标准品在1.81×10~5拷贝数/μL~1.81×10~9拷贝数/μL对数值与Ct值之间的线性关系良好。以ASFV E70株病毒核酸为模板,LAMP检测灵敏度达到21pg,优于荧光定量PCR方法。重复性试验LAMP检测批内和批间变异系数均小于5%。LAMP方法检测ASFV特异性良好,与猪圆环病毒2型、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒及昆虫核酸无交叉反应。以ASFV Arm 07株制备各种临床模拟样品,检出阳性率达到17.31%。检测方法的建立,可为非洲猪瘟防控提供新的技术手段,有利于不同基因型毒株检测和出入境快速筛查。     

转基因猪中抗生素标记基因neo漂移风险评估

本试验旨在研究转基因猪中抗生素标记基因neo漂移的可能性。利用Southern blotting鉴定F1代仔猪的显隐性,结果发现6头仔猪中有3头为转基因仔猪,3头为阴性仔猪。通过PCR技术对试验仔猪血液和消化道组织中neo基因进行检测,结果发现neo基因没有在血液水平和消化道组织中发生漂移。通过PCR技术对试验仔猪肠道细菌中neo基因进行检测,在肠道细菌基因组中没有检测到neo基因的存在。检测结果表明,仔猪血液、肠道细菌和消化道组织等都没有发生neo基因的漂移。     

非洲猪瘟病毒实时荧光LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种快速简便、灵敏度高、准确性好的非洲猪瘟病毒恒温快速检测方法,根据ASFV P72基因保守区域设计特异性引物,优化引物浓度、反应温度、反应时间,建立了一种基于SYTO9荧光染料的非洲猪瘟病毒实时荧光LAMP快速检测方法。结果表明,该方法在63℃条件下扩增40 min,该方法灵敏度高,最低可检测限为10 copies/μL;特异性良好,与猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒、美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒、欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒无交叉反应;重复性好,变异系数低于5%。对70份临床样本检测,4份血液样品和9份脾脏样品检测阳性,与荧光定量PCR检测结果符合率为100%。该方法灵敏度高、特异性强、重复性好、符合率高,适用于非洲猪瘟现场快速诊断。     

实时荧光定量PCR检测猪细小病毒

根据已报道的猪细小病毒基因组序列,设计并合成了引物和探针,从猪细小病毒(PPV)感染的细胞中提取DNA,经PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌JM109,筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行PCR和测序鉴定,表明目的片段已经成功克隆.将104～108拷贝反应的重组标准品质粒进行荧光定量PCR,系统自动分析软件显示Ct值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系.动力学曲线分析表明,在该反应体系和反应条件下,标准曲线的灵敏度为102拷贝.本方法的建立为猪细小病毒感染的早期诊断奠定了基础.     

饲料中转基因成分的实时荧光PCR检测研究

本试验采用实时荧光PCR方法对饲料中的转基因成分进行了检测研究。对国产的14份猪饲料、3份水产饲料和3份荷兰进口代乳粉共20份样品进行了大豆、玉米、棉花、油菜和大米物种特异性基因和CaMV35S、NOS、FMV35S、NPTⅡ、PAT、BAR、GOX、CryⅠA(b)、CryⅠA(b)-CryⅠA(c)、rrsoy外源基因检测。在11份样品中检出转基因成分,其中8份样品中含有转基因大豆成分,2份样品中含有转基因大豆和转基因棉花成分,1份样品中含有转基因大豆、转基因油菜和转基因棉花成分。     

柞蚕核型多角体病毒实时荧光LAMP检测方法的初步建立

柞蚕脓病是柞蚕生产上的主要病害之一,病原为柞蚕核型多角体病毒(Ap NPV)。建立快速而准确检测蚕体样品中Ap NPV的技术,将有助于对病害的早期诊断及流行病学调查和实施有效的防控措施。以柞蚕核型多角体病毒ORF142基因为靶基因,设计2组特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,利用实时荧光PCR技术进行检测分析。结果表明,设计与合成的2组引物均能对柞蚕核型多角体病毒基因组扩增出特异性产物,其中引物组2在63℃开始孵育60 min,反应起始扩增时间为12 min,当反应时间达到40 min时,扩增曲线的最大相对荧光强度(RFU)值达6 000,相对于引物组1具有更好的及时性,可缩短一半反应起始时间。初步建立的Ap NPV实时荧光LAMP检测方法相对于传统PCR方法,检测效率提高4倍左右。     

利用荧光定量PCR法检测转基因绒山羊外源基因整合拷贝数

外源基因拷贝数是转基因动物检测中的重要内容。本实验室使用PiggyBac(PB)转座子系统获得Tβ4-GFP、FGF5s-GFP、VEGF164-GFP 3种转基因类型陕北白绒山羊,为研究其外源基因整合情况,利用荧光定量PCR方法对其外源基因copGFP的整合拷贝数进行检测。以Gluc为内参基因,建立外源基因和内参基因的标准曲线方程,对转基因陕北白绒山羊DNA进行荧光定量PCR,将copGFP/Gluc的比率作为外源基因的拷贝数。同时,选取Tβ4-GFP转基因绒山羊对其整合位点进行检测,以验证拷贝数结果。结果显示:copGFP与Gluc的标准曲线方程分别为,y=-3.230 6x+39.216(R~2=0.998 8)、y=-3.564 8x+38.440(R~2=0.996 0);成功得到9只转基因绒山羊的整合拷贝数;Tβ4-GFP转基因绒山羊整合位点数目和拷贝数检测结果一致。结果表明,利用荧光定量PCR检测转基因绒山羊外源基因整合拷贝数,操作简单、灵敏方便,是一种切实可行的检测方法。     

猪圆环病毒3型实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、特异、灵敏的猪圆环病毒3型(PCV3)实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中PCV3全基因组序列高度保守区域设计了一对特异性引物和探针,通过对反应体系和扩增条件进行优化,建立了能够特异性检测PCV3的荧光定量PCR方法.该方法对7.87×103～7.87×109拷贝/μL的PCV3标准质...     

转基因猪的检测

本文采用地高辛标记及检测试剂盒(DigoxigeninduTP),以OMT片段为探针,对转基因猪的耳样或尾样进行三次dot杂交和Southern印迹杂交。共检测四批样品,数量分别为122,45,71,66,三次dot杂交结果阳性数分别为17,10,4,4,可疑阳性数分别为8,5,3,2。多次重复实验表明该方法快速、简便、安全、经济,灵敏度和重复性也较高。     

荧光抗体法检测猪细小病毒

猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)为引起母猪繁殖障碍性疾病的主要病原之一.猪细小病毒感染的主要特征是孕猪在怀孕前容易受到感染,可引起胚胎或胎儿的感染和死亡,导致母猪发生流产,死胎,胎儿木乃伊化及新生仔猪的死亡.目前,国内外检测猪细小病毒的方法主要有原位杂交、银加胶体金检测法、ELISA双抗体夹心法、聚合酶链反应和荧光抗体法等.免疫荧光技术是将不影响抗原抗体活性的荧光色素标记在抗体(或抗原)上,与其相应的抗原(或抗体)结合后,在荧光显微镜下呈现一种特异性荧光反应.笔者认为荧光抗体法较适用,而关于此方法的报道甚少,因此进行了以寻求快速、特异的直接荧光抗体检测方法为目的的研究.     

应用实时荧光定量RT-PCR检测猪HEV ORF2基因3个连续片段的真核表达水平

将构建的猪戊型肝炎病毒广西株3个连续ORF2基因片段重组真核表达质粒pEASY-LB1、pEASY-LB2、pEASY-LB3转染人肾上皮细胞系293T,应用实时荧光定量RT-PCR检测目的基因LB1、LB2、LB3。经ABI7500系统建立的标准曲线相关系数（R2）范围为0.994 209-0.999 130,斜率范围-3.469 403-3.579 107,扩增效率范围为90.28%94.19%。经对转染细胞、空白对照细胞的目的基因、内参基因的扩增曲线和融解曲线分析,表明该实时荧光定量PCR扩增体系的特异性良好,通过2-ΔΔCt相对定量法计算,可得出转染细胞293T-a、293T-b、293Tc目的基因LB1、LB2、LB3的基因表达量分别为6 226 830.88±826 430.14、9 449 238.68±926 057.13、35 177 915.63±3 949 173.42。本实验室建立的3个重组真核表达质粒在293T细胞中的转染成功为深入研究猪戊型肝炎基因工程疫苗奠定了基础。     

实时荧光定量PCR法检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗抗原含量的研究

本研究根据GenBank公布的猪伪狂犬病毒gB基因保守序列设计引物和TaqMan探针,采用实时荧光定量PCR方法检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗的抗原含量,并对方法的特异性和敏感性进行验证.结果显示:该方法灵敏度可达102 TCID50/mL,只对猪伪狂犬病毒有特异性扩增曲线,其他4种对照病毒均为阴性;检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗...     

猪圆环病毒3型LAMP检测方法的建立与应用

为快速诊断和检测猪圆环病毒3型(PCV3),本研究根据其ORF2基因保守序列,设计特异性引物,并通过Bst DNA聚合酶、引物最佳浓度比例、Mg~(2+)、dNTPs和甜菜碱浓度及反应条件优化,建立了环介导等温核酸扩增(LAMP)检测方法。结果显示,59℃恒温扩增36min即可出现梯形条带,且产物亦可通过SYBR GreenⅠ染色进行判断。该方法最低检测限为1.0×10~1copies·μL~(-1),与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)及猪圆环病毒1型和2型(PCV1、PCV2)等均无交叉反应。检测68份呼吸道病猪淋巴结样品,PCV3阳性率占30.9%,与PCR检测结果符合率为95.6%(65/68)。相对传统PCR方法而言,该方法敏感特异,简便快速,可用于PCV3检测和临床诊断。     

3种猪细胞因子mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立猪细胞因子SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank中3种重要的猪细胞因子即猪白细胞介素-2(interleukin-2,IL-2)、α-干扰素(interferon α,IFN-α)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor,TNF-α)的基因序列,设计特异引物扩增目的基因.将3种基因克隆至pMD18-T载体上,得到各自阳性克隆质粒,以3种阳性质粒为标准品建立标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验.结果表明,当标准品稀释度为1×10¹~1×10⁶ 拷贝/μL时,3种基因的Ct值与浓度间具有良好的线性关系,相关系数均≥0.992.熔解曲线分析表明,产物为特异性单峰且重复性较好.应用建立的方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)TJM-F92株免疫的30日龄猪外周血单核细胞(PBMC)中IL-12、IFN-α和TNF-α表达量进行检测,结果发现,免疫了PRRSV TJM-F92株的猪PBMC细胞内3种细胞因子表达量均极显著升高(P< 0.01).研究结果为IL-12、IFN-α和TNF-α的定量分析提供了技术平台.     

猪圆环病毒3型实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立快速、灵敏且特异的检测猪圆环病毒3型(porcine circovirus, PCV)的实时荧光定量PCR方法,本研究根据ORF2基因的保守序列设计一对特异性引物和TaqMan探针,通过构建标准品质粒来制作荧光定量PCR标准曲线,优化反应条件,验证敏感性、特异性及重复性,建立了检测PCV3的实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法可以特异性检测出PCV3,而对猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪细小病毒、伪狂犬病毒等检测结果均为阴性,表明其具有良好的特异性。用构建的标准品质粒测得的灵敏度可以达到10 copies/μL,重复试验批内及批间变异系数均小于2%,表明其具有良好的灵敏性和重复性。以上结果表明,本研究建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法具有快速、灵敏性高、特异性强的优点,可为我国PCV3型的早期检测及相关研究工作提供可靠的技术支持。     

猪细小病毒 LAMP检测方法的建立

猪细小病毒（PorcineParvoviru，PPV）属于细小病毒科细小病毒属，通常感染初产母猪后会发生流产、不孕、产死胎、畸形胎、木乃伊胎及弱仔等病状。该病广泛存在于世界各地并在大多数猪场流行，中国PPV的感染也很广泛，因此本研究针对VP2基因作为靶序列设计引物，旨在建立一种可快速、灵敏、特异地检测PPV的LAMP检测方法。     

实时荧光PCR检测鸡GAPDH基因方法的建立

根据GenBank上鸡的3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因的序列,在保守区域设计并合成一对引物,采用SYBR Green Ⅰ染料建立了荧光定量PCR法.采用梯度浓度的GAPDH基因重组标准品质粒DNA进行荧光定量PCR并建立了标准曲线,经分析显示标准曲线的Ct值与标准品浓度的对数值之间存在良好的线性关系;动力学曲线分析表明,在本研究所建立的反应体系和反应条件下,标准曲线的灵敏度都达到10拷贝/反应.实时荧光定量PCR检测GAPDH基因表达水平标准品质粒和标准曲线的建立,为GAPDH基因作为内参基因进行鸡功能基因与病原基因表达的定量分析奠定了基础.