全基因组重测序在畜禽研究领域的应用进展

全基因组重测序(whole genome resequencing, WGRS)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的全基因组水平的测序,具有检测变异类型丰富、高性价比、应用广泛等优点。随着测序成本的降低和畜禽基因组测序工作的完成,全基因组重测序技术已成为畜禽遗传变异研究的重要工具。全基因组重测序技术可获得大量基因变异信息,包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)、插入缺失(insertion/deletion, InDel)、结构变异(structural variation, SV)和拷贝数变异(copy number variation, CNV)等,丰富了现有的基因组序列,形成的大量数据集为探索畜禽表型性状和遗传改良提供了一个基因组信息库,以促进对畜禽遗传资源的深入研究与利用。作者概述了全基因组重测序技术及其关键影响因素(测序深度、序列比对和变异检测),重点综述了该技术在重要畜禽(牛、羊、猪、鸡)研究领域的应用进展,并对将来侧重于整合分析重测序数据、精准表型记录和多组学信息的研究趋势进行了展望。     

全基因组重测序在鸡中的应用和研究进展

高通量测序技术的出现不仅推动了生命科学的发展进程,为许多生命机制的解析提供了技术支撑,也为基因组学研究中曾经未解的一些难题带来了新的解决方法.随着基因组研究水平的不断深入,越来越多家养动物的基因组信息被逐渐公布,极大地推动了家养动物重要性状在全基因水平上的研究进程.自鸡的基因组序列信息公布以来,重测序技术被大量运用于基...     

利用全基因组重测序数据检测8个鸭品种基因组拷贝数变异

旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations, CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据,采用CNVnator和CNVcaller软件进行全基因组CNVs检测,同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响。结果显示,8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7 550个CNV regions (CNVRs),其中包括7 098个duplications和452个deletions。这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布,总长度为16 111.2 kb,平均长度为2 134 bp,约占鸭基因组的1.51%。此外,本研究在8个鸭品种共筛选到4 304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1 230个注释基因。通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析,鉴别到38个可...     

绵羊基因组测序及应用研究进展

随着测序技术的不断发展,测序价格的平民化使得基因组测序及应用普及到各个物种。绵羊作为人类重要的经济动物,其基因组研究近年来取得了重要进展,在绵羊起源、进化和适应性及功能基因鉴定等方面的研究取得了重要成果。该文重点综述绵羊的全基因组de nono测序进展及全基因组重测序在解析绵羊品种遗传多样性、揭示进化适应机制、功能基因定位等方面的研究应用,以期为绵羊的生物学研究提供方法参考,也为绵羊品种资源的保护和利用及分子育种提供参考。     

全基因组测序在山羊上的研究进展

全基因组测序技术可对生物基因序列进行定位与功能分析,解析家畜表型变异的遗传基础,在缩短家畜分子育种周期和提高畜牧产业经济效益方面表现出巨大潜力.本文综述了山羊全基因组测序及其在重要性状的研究进展,旨在为山羊分子育种工作提供参考.     

猪的全基因组测序研究进展

猪具有独特的生物学特征,在畜牧业生产和医学研究中占有重要地位。全基因组测序即de novo测序和全基因组重测序为解释猪的生物学特性和促进猪的分子育种发挥了重要作用。本文重点阐述全基因组测序在猪基因组学研究中的应用,分析全基因组测序技术及其在猪的全基因组测序工作中的优势和不足,并对未来猪的分子遗传育种研究工作进行展望。     

利用全基因组测序技术鉴定宁夏彭阳县利木赞牛的群体遗传结构

[目的]通过全基因组测序技术分析宁夏彭阳县11头利木赞牛的群体遗传结构及遗传多样性,以揭示其遗传背景和血统纯度。[方法]利用全基因组重测序、主成分分析、系统发育树构建及祖先成分分析等生物信息学方法。[结果]在宁夏彭阳县11头利木赞牛基因组中,10头利木赞牛含有东亚普通牛、欧洲普通牛与中国瘤牛血统,其中欧洲普通牛占比最大,平均约占60%,东亚普通牛血统平均约占28%,中国瘤牛血统平均约占12%,表明10头利木赞牛与宁夏地方黄牛群体秦川牛与固原牛存在不同程度的杂交;还有1头为纯种利木赞牛。[结论]利用全基因组测序技术和生物信息学方法对宁夏彭阳县11头利木赞牛进行鉴定,其中1头为纯种利木赞牛,其余10头均为杂种利木赞牛。     

家蚕品种桂蚕8号亲本全基因组重测序研究初报

对桂蚕8号4个杂交亲本“锦”（9MN）“绣”（芙H）“壮”（7MH）“丽”（87H）开展全基因组重测序研究,通过比对并作初步分析,获得4个全基因组单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构性变异（SV）和拷贝数变异（CNV）,4个杂交亲本SNP总数均超过600万个位点,插入缺失（Indel）总数约140万;在结构性变异（SV）方面,插入（INS）、缺失（DEL）、倒位（INV）、染色体内易位（ITX）和染色体间易位（CTX）类型均有存在,主要分布在基因间区、内含子、外显子、基因上游、基因下游,在可变剪切位点、UTR5、UTR3及位于一个基因的上游同时也是另一个基因的下游区间亦有分布;拷贝数偏低的区域均超200个,偏高的区域在79～100个之间,所有品种在基因上游、外显子、UTR5、基因间区均有拷贝数变异,其中以外显子区域最多,在可变剪切位点、基因下游、上游/下游、UTR3区域未见有拷贝数变异。     

基于全基因组重测序的岔口驿马分子遗传特性研究

本研究以岔口驿马为主要研究对象,分析了其群体结构以及其与百色马、哈萨克马品种的遗传关系和受选择位点。实验采用PCA分析、系统发育树分析、ADMIXTURE分析以探明群体遗传结构和品种间的遗传关系;采用群体遗传分化指数（Fst）、核苷酸多样性（θπ）和XP-EHH 3种方法检测岔口驿马受选择位点,提取相应的基因进行富集分析。研究结果表明,在这3个马品种中,岔口驿马与哈萨克马的遗传关系更近;使用3种分析方法所筛选到的岔口驿马与百色马的候选基因有110个,岔口驿马与哈萨克马的候选基因有25个;GO和KEGG富集分析结果显示,岔口驿马与百色马的差异基因主要富集在骨骼发育通路,而岔口驿马与哈萨克马的差异基因主要富集在神经发育相关通路。本研究初步揭示了岔口驿马的遗传特性,并为岔口驿马保种选育工作提供了参考依据。     

全基因组测序在畜禽中应用的研究进展

在基因组研究方面,目前全基因组测序已由第一代测序技术发展到第三代测序技术,全基因组测序与传统方法相比具有更加全面、精准、高效等优势。随着测序技术的发展和费用的降低,全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）技术逐渐成为基因组研究应用最广泛的技术。全基因组测序已经在畜禽起源进化、重要经济性状基因挖掘、分子育种等方面取得了诸多成果。通过全基因组重测序,能够发现拷贝数变异（copy number variation,CNV）及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）变异,丰富现有的CNV和SNP数据库,为抗病、生长、食欲、代谢调节、表型、环境适应机制及重要经济性状基因的分析提供重要数据。作者针对全基因组测序技术在主要畜禽上的研究进展,综述了全基因组测序在畜禽的品种遗传多样性、群体演变机制、功能基因挖掘等研究中的应用,并探讨了全基因组测序存在的问题,旨在为畜禽种质资源保护和分子育种实践提供参考。     

畜禽抗性分子育种研究进展

近年分子遗传的理论和技术进展迅速，为动物抗性育种的研究开拓了新的空间。本文就抗性遗传概念，抗性基因的来源、标记、选择、表达及转基因动物在抗性育种的应用前景做一简介。     

动物炭疽病的研究进展

炭疽是由炭疽芽孢杆菌引起的一种人畜共患的烈性传染病.全球大约有82个国家发现过动物炭疽病,据估计,近几年全球每年有1万例动物炭疽,9 000人感染发病.近几年,在辽宁省的个别地区也零星发生过动物炭疽疫情,并且也有人感染发病的情况.     

动物布鲁氏菌病的研究进展

布鲁氏菌病(Brucellosis)也称作“马尔他热”、 “地中 海热”或“波状热”,是由布鲁氏菌引起的一种人兽共患 的传染病,严重危害人类健康和畜牧业发展。     

实验动物科学研究进展

实验动物科学是专门研究实验动物的生物学疾病防治、遗传育种、营养、繁殖、饲养管理及应用的科学.作为一门独立的综合性基础学科,它诞生于20世纪50年代,由于其在科学技术领域的重要作用,受到了世界各国的高度重视,因此有了迅猛的发展,所涉及的领域也不局限于生物医学,而是扩展到工农业和许多其它领域,如制药、化工、轻工、食品、农药、国防等,故人们甚至把实验动物的品种、质量和数量作为衡量一个国家科学技术水平的重要标志之一.     

动物麻醉监测的研究进展

麻醉监测是应用人的感观、电子、声、光学等技术及时发现动物机体各种生理指标的变化,将感官监测与仪器监测相结合,更好的判断麻醉深度,是保障麻醉安全和提高麻醉质量的诊断手段.麻醉深度过浅会使动物感到疼痛,在手术中产生未预料到的活动,对手术不利;麻醉过深则对动物生命安全造成威胁.通过麻醉监测,才能了解动物麻醉的深浅程度、麻醉动物的生理功能是否在它的耐受范围之内,这样才能保证诊疗和外科手术的顺利进行,保证动物的安全及康复痊愈.     

动物微生态制剂的研究进展

微生态制剂是在微生态理论学指导下发展起来的一种新型活菌制剂，本主要从微生态制剂的起源，分类，作用机理，目前研究概况进行论述，涉及生态学和工艺学等方面，揭示了微生态制剂所面临的问题，并对其应用前景及发展方向进行了展望。     

动物微生态制剂研究进展

长期以来，人们为了提高养殖业生产效益而不顾饲养环境，致使饲养环境不断恶化，各种疾病不断发生，损失惨重。使用抗生素能使许多疾病得到相应的控制，但往往对畜牧业生产和人类产生较大的副作用。首先抗生素作用于病原菌的同时，也对机体有益的菌群构成威胁，以致破坏肠道微生态平衡，造成菌群失调，使机体抵抗力下降而增加对外源性感染的易感性。另外，在抗生素作用下，通过突变与选择使正常微生物对抗生素耐药性增加，同时也使动物机体免疫力下降。滥用抗生素还可破坏生态环境。鉴于以上使用抗生素带来的种种副作用，微生态制剂将逐渐成…     

动物抗病育种研究进展

对开展动物抗病育种的必要性、发展过程、抗病的遗传基础、抗病育种方法的现状及存在的问题进行了阐述。提出采用分子标记辅助选择和转基因工程抗病育种是当前和今后动物抗病育种的主要方向,最后对动物抗病育种进行了展望。     

动物机体中肌肉生长抑制素基因的研究进展

肌纤维作为构成肌肉组织的基本单位,其生成在分子水平上受到肌细胞生成素等基因的精确调控,其中肌肉生成抑制素（Myostain,MSTN）负向调控肌肉生长,对肌肉细胞的分化生长起负向调节作用。本文主要就MSTN基因的表达、生物学功能、作用机制、在动物中的最新研究进展以及发展前景进行综述。     

当前国际毛皮动物营养研究进展

毛皮动物的消化道短，消化能力弱，不适合消化高纤维食物，而以消化高蛋白高脂肪的动物性饲料为主。研究表明，蛋白质和脂肪是毛皮动物必需的营养来源，碳水化合物、矿物质和维生素则既对毛皮动物的毛皮质量产生重要影响，同时还与一些代谢疾病的发生发展有密切的关联。此外，关于毛皮动物的能量需求及其饲料能值的研究也取得了一定的进展。