2013～2014年猪嵴病毒分子检测和3D基因遗传变异分析

[目的]为调查猪嵴病毒（ PKV）在我国哺乳仔猪中的流行和变异情况。[方法]采集2013～2014年我国5个省份27个猪场224份哺乳仔猪腹泻粪样,采用 RT-PCR方法对 PKV的3D基因进行检测,并对其中的29个 PKV 3D基因进行序列测定和遗传变异分析。[结果]腹泻粪样中PKV总阳性率为65.18％（146/224）,猪场PKV总阳性率为85.2％（23/27);29个 PKV 3D基因与国内外6株其他 PKV株相关序列的核苷酸同源性为87.0％～100％,所推导的氨基酸序列同源性为92.7％～100％。[结论]我国哺乳仔猪中普遍存在 PKV感染,PKV 3D基因呈现多样性。     

猪嵴病毒福建株3D基因的克隆及遗传进化分析

根据GenBank中登录的猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)3D基因序列特征设计特异性引物,采用RT-PCR方法从福建省某猪场采集腹泻粪便样品和小肠组织混合物中扩增猪嵴病毒3D基因,将扩增后的目的片段克隆后进行序列测定。结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的3D开放阅读框,全长为1 407bp,编码有468个氨基酸。运用生物信息学软件,将获得3D基因序列和GenBank的猪嵴病毒株3D基因序列进行分析比较,该毒株的3D基因序列和SH-W-CHN/2010/China毒株的核苷酸同源性最高,为93.6%,与WH1株核苷酸同源性最低,为92%。从遗传进化上看,猪嵴病毒和其他中国株在遗传进化上处在一个同一分支,匈牙利分离株处在另一分支,表明猪嵴病毒可能在欧亚大陆上各自独立进化。     

猪嵴病毒VP1基因序列测定与分析

[目的]对猪嵴病毒(PKV) VP1基因进行测序与同源性分析,确认其可能来源,为今后的生物学特性分析及仔猪腹泻防治工作提供科学依据.[方法]采用RT-PCR对GXPKV-1毒株VP1基因进行克隆,运用DNASTAR软件包中Megalign程序对测序获得的VP1基因进行核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分析.[结果]GXPKV-1毒株ⅥP1基因全长762 bp,共编码254个氨基酸,与GenBank已公布的13株参考毒株VP1基因的核苷酸同源性为74.1%~85.4%,推导氨基酸同源性为81.1%~93.3%.根据VP1基因推导氨基酸序列进行系统发育进化分析,发现GXPKV-1毒株与Gansu-2012、JS1419等国内参考毒株同属于同一亚群,而与瑞士分离株Swine-S-1-2007、泰国分离株THA-2008、美国分离株H24-2012-USA及四川分离株CHN-SC-2011-02等的亲缘关系较远.[结论]猪嵴病毒GXPKV-1毒株起源于国内流行毒株的传播,在新的环境下虽然其VP1基因核苷酸发生变异,但由于同义翻译,推导氨基酸的同源性仍然较高,说明碱基突变并未引起蛋白结构的改变.     

新发猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传进化分析

从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。     

福建地区2株猪嵴病毒 VP1基因的克隆及遗传进化分析

[目的]调查猪嵴病毒在福建地区腹泻猪群中的流行和变异情况。[方法]根据Gen Bank中登陆的猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKo V)结构蛋白VP1基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法从某猪场采集腹泻小肠样品中扩增猪嵴病毒VP1基因,将扩增后的目的片段克隆后进行序列测定。应用生物信息学软件,将获得的2株猪嵴病毒VP1和Gen Bank的猪嵴病毒株VP1基因序列进行对比分析。[结果]猪嵴病毒CH/FJNP/12L/2015与匈牙利株K-30-HU/2008/HUN(GQ249161)的核苷酸同源性最高,为88.1%,氨基酸同源性为95.3%。CH/FJNP/12W1/2015与越南株714441/CAOLANH-VH/2012-2-21(KT266058)的核苷酸同源性最高,为88.2%,氨基酸同源性为96.1%,同源重组分析显示,2株毒株均无明显同源重组发生。[结论]频繁的畜禽国际贸易,以及如今便捷的现代化交通工具,人们生活提供方便的同时,也加速了猪嵴病毒毒性的传播。     

2014—2018年猪流行性腹泻病毒N基因遗传变化分析

为了解猪流行性腹泻病毒(PEDV)N基因的分子流行病学情况,采用RT-PCR方法对2014—2018年采集到的河南、河北、山东、山西、甘肃、湖北、江西以及上海8省市共205份疑似PEDV阳性病料进行PEDV检测,使用RT-PCR方法扩增得到PEDV的N基因片段,回收PCR产物并与pMD20-T载体进行连接,挑选阳性克隆进行测序,分析研究PEDV遗传变异情况。结果显示,205份样品中,有191份样品为PEDV阳性,共得到19株PEDV的N基因序列,N基因全长均为1 326 bp,没有碱基的缺失和插入;将检测到的PEDV的N基因序列与国内外分离株进行比对发现,核苷酸的同源性为94.8%～99.5%,氨基酸的同源性为95.0%～99.3%。进化树分析发现,得到的19株N基因序列与CV777、CH-S等国内外毒株亲缘关系较远;其中,16株与MN、USA-Indiana-2013、USA-Iowa107-2013等近年分离株在一个分支上,为G2a亚群;CH-HENWZ-2015、CH-HENPY-2014、CH-HENZMDPY-2017这3株序列形成另一个分支,为G2b亚群。综上可知,我国PEDV流行广泛,病毒变异频繁。研究结果可为新型疫苗研发以及检测方法的建立奠定基础。     

浙江地区猪圆环病毒2型检测及遗传变异分析

为了掌握浙江地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)流行病学特点和遗传变异情况,应用PCR检测方法,对2018年浙江地区猪场采集的临床疑似病料进行PCV2检测,并对部分阳性病料进行全基因扩增、克隆、序列测定和ORF2遗传进化树分析。结果显示:329份临床疑似样品中,PCV2阳性率27.4%(90/329),其中宁波地区阳性率最高,为52%;保育猪和肥育猪阳性率最高,分别为38.8%(64/165)和68.8%(11/16)。选取7份病料进行全基因组扩增,每个毒株随机挑选3个或4个阳性克隆进行序列测定,共得到22个毒株进行遗传变异分析。22株病株同源性为93.3%～99.8%,与16个参考毒株同源性为93.5%～99.8%。根据遗传进化树分析,22个毒株分别处于3个分支,其中6株PCV2a,6株PCV2b,10株PCV2d,说明目前浙江地区PCV2d是优势毒株。ORF2遗传进化树分析显示,ORF2核苷酸同源性较全基因组核苷酸同源性低, 3个分支分别处于PCV2b、PCV2d和PCV2e,预示浙江地区流行毒株可能在向PCV2e转变。本研究掌握了PC...     

华南地区猪圆环病毒3型分子流行病学研究

猪圆环病毒3型(PCV3)是一种新的猪圆环病毒类型,为了解PCV3在华南地区的分布及其分子流行病学,应用荧光定量PCR方法对华南地区的临床样品进行检测,然后对PCV3阳性样品进行全基因组扩增和测序,将获得的7株PCV3核酸序列与国内外参考毒株进行遗传变异分析。结果表明,华南地区送检的临床样品和猪场的PCV3阳性率分别为46.3%和69.2%,7株PCV3毒株与国内外的参考毒株同源性为97.4%~99.8%,而ORF2核苷酸及其推导的氨基酸序列同源性分别为96.6%~99.8%和96.7%~99.5%。由此可见,PCV3在我国华南地区已经广泛存在。     

猪流行性腹泻病毒陕西渭南株的遗传变异

从陕西省渭南某规模化猪场采集疑似猪流行性腹泻(PED)仔猪病料进行病毒检测,旨在从基因遗传变异方面分析疾病发生的可能原因。通过RT-PCR从疑似仔猪20份小肠样品中检测到9份PED病毒阳性样品,并扩增出PED病毒M、ORF3和S基因的部分序列。序列分析结果表明,与CV777疫苗株对比,样品渭南(WN)株PEDV M基因高度保守,同源性为98.2%;ORF3基因存在11处碱基突变,同源性为98.2%;S基因突变较大,存在4个插入区域,分别是164~166、177~179、181~186和416~418nt,内分核心中和表位区(COE,499~638位氨基酸)存在9个氨基酸突变位点。遗传分析显示,WN株M基因与中国近期分离毒株亲缘关系较近;ORF3基因与同处在G1群中的中国毒株亲缘关系较近,而与CV777疫苗株亲缘关系较远;S基因与中国早期分离毒株及CV777疫苗株亲缘性较远,与当前的流行株亲缘关系密切。这些结果表明,WN株与CV777疫苗株相比,有明显的遗传变异倾向,可能导致目前PEDV疫苗免疫效果下降,PED疫情大规模流行。     

GH基因在不同香猪类群中的遗传变异分析

采用PCR-ApaI-RFLP技术对4个不同地理分布的香猪类群(各50头)GH基因-119 bp~ 486 bp区域间的多态性进行研究,共检测到A(449 101 55 bp)和B(316 133 101 55 bp)2个等位基因,AA、AB和BB 3种基因型。在各香猪类群中A均为优势等位基因,基因频率均大于0.6;AA为优势基因型,基因型频率均大于0.5。所有香猪类群的基因型分布经卡方检验符合哈代温伯格平衡,剑白香猪与久仰香猪经卡方独立性检验其基因型分布存在显著差异(P<0.05);聚类分析表明:从江香猪、久仰香猪和环江香猪聚为一类,剑白香猪另为一类,这一聚类结果与按香猪类群间的地理分布远近特征划分结果不太相一致。     

2020-2022年华中地区部分猪场猪圆环病毒3型的分子流行特征与遗传变异分析

【目的】通过系统性试验方案摸清我国华中部分地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus 3)流行病学及遗传变异特点,为PCV3疫苗研究提供数据基础。【方法】对华中地区(湖北、湖南和河南)15个规模化养猪场的3 500份临床采集样品进行real-time PCR检测,分析不同猪群、不同组织器官、不同排毒量和对应流行病学症状特点关系。对部分阳性样本PCV3全基因组进行扩增、测序和分析。【结果】50.86%(1 780/3 500)被检样本为PCV3核酸阳性,不同发育阶段猪群PCV3均易感,保育猪、哺乳仔猪、生长育肥猪PCV3阳性率较高,分别为70.44%(498/707)、67.19%(596/887)、41.75%(177/424)。在不同组织器官和样品中,淋巴结、肺脏、产后胎盘样本PCV3阳性率为67.05%(59/88)、63.79%(74/116)、49.11%(55/112),血液、初乳样本PCV3阳性率分别为56.09%(502/895)、44.20%(278/629),且鼻拭子和唾液中均检出PCV3。出现猪繁殖障碍症状、厌食症状和呼吸障碍症状的猪群PCV3阳性率高...     

猪H-FABP基因PCR-RFLP分子标记研究

利用PCR-RFLP(Hinf 、Hae 和Msp 3种限制性内切酶)分子标记技术,检测了杜洛克猪、长白猪、大白猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪、汉白猪、八眉猪和野猪等8个猪种,共计265头猪心脏脂肪酸结合蛋白基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异。结果表明,在Hinf -RFLP位点上,上述猪种和野猪均存在多态性,等位基因H的频率分别为0.7500,0.7188,0.9167,0.3333,0.1250,0.6909,0.1167,0.8500和0.9375;除汉江黑猪(P<0.05)和野猪(P<0.01)外,其余猪种的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinderg平衡状态(P>0.05);大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉白猪和野猪表现为低度多态性(PIC<0.25),杜洛克猪、长白猪、内江猪和荣昌猪为中度多态性(0.25相似文献   

口蹄疫病毒3D基因的克隆及其编码蛋白的结构和功能预测

采用RT-PCR技术,对AsiaⅠ型口蹄疫病毒的3D基因进行克隆,并对其序列进行比对,同时利用Ex-pasy等生物软件对3D蛋白的二级、三级结构及生物学特性进行预测和分析.结果表明:3D蛋白在口蹄疫各血清型间高度保守,分子中含有一个糖基化位点及多个酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸位点,并存在一个单股正链RNA病毒依赖RNA多聚酶的催化区;结构特点显示3D蛋白为口蹄疫病毒复制所需的多聚酶.     

13/17罗伯逊易位猪CMYA3基因多态性分析（摘要）（英文）

[目的]对13/17罗伯逊易位杂合子猪[2n=36,rob（13;17）]互交后代中的148个体进行CMYA3基因的多态性分析。[方法]采用PCR-RFLP方法分析CMYA3基因在13/17罗伯逊易位猪群中的多态性。用酚-氯仿抽提法从猪耳组织中提取基因组DNA。以基因组DNA为模板进行PCR扩增,反应体系为25μl：dNTPs 2μl,上下游引物各0.5μl,Taq酶1 U,模板DNA1μl,用ddH2O补足至25μl。PCR反应条件为：94℃预变性5 min;94℃变性30 s,53℃退火45 s,72℃延伸30 s,共35个循环;72℃延伸10 min。PCR产物经PCR纯化试剂盒纯化,限制性内切酶Bsh1236 I 37℃酶切过夜后,1%琼脂糖凝胶电泳,检测酶切结果。[结果]通过PCR扩增所有个体均能获得507 bp的目的片段,PCR产物经限制性内切酶Bsh1236I酶切,琼脂糖凝胶电泳结果表明该基因在此群体中具有A和B 2个等位基因,基因频率分别为0.699和0.301,具有AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.615、0.169和0.216。因此,在该试验猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率最大。[结论]该研究为13/17罗伯逊易位猪的分子育种和标记辅助选择提供了理论依据。     

2011—2015 年我国南方地区PEDV 分子流行病学调查及S 基因遗传变异分析

应用RT-PCR方法对南方地区五省(广东、广西、福建、四川、江苏)18个猪场7日龄以内发病仔猪的小肠组织和粪便样本进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测,对9个猪场进行为期5年的动态监控,并对2011-2015年期间分离的35个PEDV流行株的S基因进行测序,与GenBank中的PEDV参考序列进行比较,并绘制了系统进化树.结果显示,上述地区五省存在Group1和Group 2两种类型毒株.Group1与美国、韩国毒株较为接近,可分为G1-1、G1-2、G1-3和G1-4等4个亚群,Group 2与2004年国内分离毒株较为接近,可分为G2-1、G2-2两个亚群.25个中国南方地区毒株集中于G1-2和G1-3,而另外8株与2004年国内毒株(JS-2004-2)同属G2-2亚群.不同类型的毒株引发的PEDV临床表现及死亡率不同,G2-2亚群的毒株引发的PED相对缓和,死亡率较低且病程较短,而位于G1-2和G1-3亚群(尤其是G1-3)的毒株则引起大规模急性暴发,病程较长,死亡率较高.     

猪圆环病毒3型分子生物学检测方法研究进展

猪圆环病毒3型感染猪后能引起猪厌食、皮炎和肾病综合征、母猪繁殖障碍、仔猪先天性震颤、多系统衰竭综合征等多种疾病,是一种新发的猪传染病,未来可能会给养猪业造成巨大的经济损失。文章综述了6种猪圆环病毒3型分子生物学检测方法,主要包括核酸探针、常规PCR法、套式PCR法、多种PCR、荧光PCR方法、环介导等温扩增技术等。     

华南地区猪流行性腹泻病毒的分子流行病学调查与分析

为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析.结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100％,在所有样品中的平均检出率为53.0％,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6％、42.8％、12.8％和47.2％.根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群.结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化.     

福建省猪流行性腹泻病毒的ORF3基因序列分析

为探讨福建省猪流行性腹泻病毒(PEDV)ORF3基因遗传变异情况,于2014-2015年从福建省不同地区猪场扩增8株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传进化分析。结果表明:8株分离株均为野毒株;与近年来国内及其周边国家的分离株亲缘关系较近,其核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性最高高达100%;与经典株CV777亲缘关系较远,其核苷酸及推导的氨基酸同源性达96.0%~96.9%与92.5%~94.7%;表明近年来福建省PEDV流行株较以往的经典株已经发生了改变。     

2014—2016 年广东省PRRSV GP5 基因遗传变异分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,采集了2014—2016年间广东地区46个猪场317份疑患PRRS的临床样品进行检测,并对阳性样品的GP5基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,选出21株PRRSV GP5基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:所分离的PRRSV均属于美洲株,21株PRRSV GP5基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为82.4%~98.7%和78.6%~98.5%,其中2株与美国NADC30分离株同属亚群Ⅲ,10株与近几年广东省内分离的PRRSV毒株QYYZ和GM2同属于亚群Ⅳ。PRRSV GP5基因的遗传进化分析结果表明,亚群Ⅲ和亚群Ⅳ是近几年在广东省内流行的新兴亚群,研究结果将为PRRSV疫苗的选择以及防控方案的制定提供参考。