桉属植物叶片DNA抽提

对植物组织DNA抽提是在分子水平上对植物进行系统分析与研究的基础性工作。我们使用改良CTAB法抽提桉属植物叶片中总的DNA获得了成功，其纯度和得率完全能满足常规分子生物学操作的要求。与DNA得率有关的几个问题在此一并探讨。     

山茶属植物叶片DNA抽提

对植物中ＤＮＡ 抽提是在分子水平上对植物进行系统分析与研究的基础性工作．经多次实验,使用改良的ＣＴＡＢ法抽提山茶属植物中总ＤＮＡ,即在抽提前加入抗氧化剂β－巯基乙醇,并使用冷冻的异丙醇来沉淀ＤＮＡ, 获得了较好的效果,其纯度和得率完全能满足常规分子生物学操作的要求．     

柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法

为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用Codon W、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密码子数在49.58~50.18之间,密码子偏好性较弱;柿叶绿体基因组不同位置的有效密码子数不同,取值范围为32.36~59.64;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析结果表明,柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响;通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法,筛选出23个柿属植物最优密码子,且这些密码子主要以A和U碱基结尾。     

壳斗科5属植物基因组DNA提取方法研究

植物体内所含的蛋白质、酚类、单宁、色素及多糖等物质影响Tag酶的聚合效率,是使PCR 扩增反应失败的主要因素.本研究以壳斗科植物为材料,对CTAB法、SDS法提取的DNA 进行了比较研究,结果表明:CTAB法适合于壳斗科植物基因组DNA的提取,采用这种方法提取的DNA能很好的用于PCR扩增.     

基于核糖体DNA ITS序列和叶绿体DNA trnL-F序列的青篱竹属Arundinaria及近缘属系统发育关系的初步研究(英文)

在青篱竹属Arundinaria 系统分类中由于对该属的形态分类标准取舍不一,至今仍存在着严重的意见分歧。本文采用PCR 扩增产物直接测序的方法分析青篱竹属Arundinaria 及近缘属(如苦竹属Pleioblastus、矢竹属Pseudosasa、少穗竹属Oligostachyum、巴山木竹属Bashania、肿节竹属Clavinodum 等)有关争议属的代表种或模式种(毛竹为外类群)等18 种竹种的核糖体DNA ITS 区段序列和叶绿体DNA trnL-F 序列。分别对ITS 序列、trnL-F 序列和ITS 与trnL-F 的组合序列进行系统发育分析。结果表明,和trnL-F 区段序列相比,核糖体DNA ITS 区段序列有较高的系统发育信息位点。通过最简约分析产生的ITS 树、trnL-F 树和ITS 与trnL-F 的组合序列树表明,所得树形基本相似。供试竹种(斑苦竹A. oleosa、仙居苦竹A. hsienchuensis、茶秆竹A. amabilis、长叶苦竹A. chino、苦竹A. amara、宜兴苦竹A. yixingensis、菲白竹A. fortunei、翠竹A. pygmaea、大明竹A. gramineus、巴山木竹A. fargesii、冷箭竹A. faberi、凤竹A. hupehense、鼓节矢竹P. japonica cv. Tsutsumiana、矢竹P. japonica、短穗竹B. densiflorum、肿节竹A. oedogonata、少穗竹A. sulcata)形成一个单系类群,且分为2 个不同的分支。图3 表2 参11。     

天料木属植物叶绿体基因组密码子使用偏性分析

为揭示天料木属4种植物叶绿体基因组密码子偏性特征及偏性特征的影响因素,对4种植物叶绿体基因组进行分析,结果显示：天料木属4种植物叶绿体基因组GC含量均不足50%;GC12与GC3双尾检验均呈显著相关(p<0.05);超过60%的基因ENc实际值围绕在期望值曲线附近;密码子第3位均存在T/C偏倚;第1轴与CAI值均呈现不同程度的相关性;斯里兰卡天料木、广南天料木和狭叶天料木的亲缘关系较天料木更近。因此得出：突变压力在影响4种植物叶绿体基因组密码子偏性因素中比重较大,但自然选择等因素仍发挥着主要作用。天料木属4种植物有13个相同的最优密码子UUU、UUA、UUG、AUU、GUA、CCU、ACU、GCU、CAA、AAA、GAA、UGU、GGU。但天料木多出4个：GUU、UCU、CCA、AGU。天料木叶绿体基因组密码子偏性不同于其他天料木属3种植物。     

柿属植物叶绿体DNA提取方法优化

利用Percoll密度梯度离心法,对4种柿属植物君迁子D.lotus L.、油柿D.oleifera Cheng、浙江柿D.glaucifolia Metc.、金枣柿D.kaki spp.进行叶绿体DNA(cp DNA)提取方法的优化,结果显示优化后的柿属植物cp DNA提取方法具有高效、简便、重复性好、稳定性高的特点;经检验,利用此方法提取的cp DNA质量好,浓度与纯度均较高,能够满足后续叶绿体PCR扩增、基因组测序等分子生物学试验。     

植物DNA提取的新方法

植物DNA的提取方法很多,概括起来可分为如下几步: 1.破碎或消化细胞壁,以释放细胞成分。通常是在碾臼内用干冰或液氮碾磨植物组织。 2.采用SDS(十六烷基黄酸钠)或CTAB(十六烷基吡啶铵溴化物)等去污剂破坏细胞膜,使DNA释放到缓冲液中。 3.防止DNA被外源核酸酶降解,使用     

9种狼尾草属植物叶绿体基因组特征分析

狼尾草属为禾本科1 a生或多年生草本植物,该属植物在饲用、保护生态、观赏等方面均有良好的应用价值。为探讨狼尾草属植物叶绿体基因组的遗传结构及进化特征,基于基因组浅层测序技术获得狼尾草属9种植物叶绿体基因组序列,对其组装与注释后进行生物信息学分析。结果显示：(1)9种狼尾草属植物叶绿体基因组均为典型的四分体结构,其大小在137 929～138 554 bp之间。叶绿体基因组GC含量范围为38.6%～38.7%,其中IR区GC含量最高,为44%～44.1%,各叶绿体基因组结构无明显差异,在IR/SC交界区表现出微小差异。(2)共注释113个基因,包括78个编码蛋白基因、31个tRNA基因和4个rRNA基因。对序列进行简单重复序列检测,共检测到389个SSRs位点,其中单核苷酸重复数量最多,而在非简单序列重复检测中,串联重复所占比例最高。(3)变异位点主要存在于叶绿体LSC和SSC区,筛选出9个差异较大的区域,可作为狼尾草属植物的潜在遗传标记。(4)基于31条狼尾草属植物样本叶绿体基因组序列构建了狼尾草属系统发育树,结果形成两大分支,阐明了狼尾草属植物种间亲缘关系。本研究可为狼尾草属植物的分...     

适合转录组测序的芒果不同组织RNA试剂盒提取方法研究

为了探寻能够满足芒果各组织转录组测序要求的高质量RNA提取方法,以‘桂热芒82号’的叶片、花和果实为材料,从RNA提取质量和产率、琼脂糖电泳和RT-PCR结果分析、RNA测序质量评价这3个方面,对常用的3种试剂盒的提取效果进行了实验研究和评价分析。结果表明:以来自于天根生化科技有限公司的DP 419试剂盒提取的芒果各组织的RNA质量均较好,提取的RNA产率远高于其余两种试剂盒的提取产率;除以美伯生物医药技术有限公司的RM 103试剂盒提取芒果各组织所得RNA,经琼脂糖电泳未见有5S条带出现外,以其余两种试剂盒提取的芒果各组织的RNA都存在28S、18S、5S条带且RT-PCR分析结果理想;对以3种试剂盒提取所得的RNA进行完全测序,结果表明,3种试剂盒提取的RNA完全测序都大于98.99%,能满足RNA-Seq分析的要求。文中综合上述评判因素分析认为,天根生化科技有限公司的DP 419试剂盒是适用于芒果叶片、花和果实RNA提取的最优试剂盒。     

不同提取方法的铁线莲属叶片总DNA提取效果

以铁线莲属植物的叶片为材料,采用CTAB-SDS法、简易CTAB法、改良CTAB法等3种提取方法,比较耗时、纯度、得率、浓度和质量等指标,以期为铁线莲属植物叶片总DNA的提取筛选适宜方法.结果表明,在纯度和浓度方面CTAB-SDS法＞简易CTAB法＞改良CTAB法,在节省提取时间方面改良CTAB法＞CTAB-SDS法＞简易CTAB法.以CTAB-SDS法所提取的9种铁线莲DNA为模板,进行PCR扩增,CTAB-SDS法提取的DNA得率高、质量好,PCR扩增成功率也较高.综合比较,采用CTAB-SDS法进行铁线莲属叶片总DNA提取效果更佳.     

不同生根剂对扁桃裸根苗的生根效果分析

以扁桃（Mangifera persiciformis）裸根苗为试验材料,选用“根盼”、 2 种自配生根剂、“根太 阳”、“根司令”和“速生根”共 6 种生根剂进行根部处理,通过测定扁桃生根数、每株生根苗的生根数、 根长和根直径,计算生根率、增长率,分析评价不同生根剂对扁桃生根的效果。结果表明：处理 20 d 后, “根盼”生根剂 250 mg/L 浸泡 2 h、“根太阳”生根剂 10 mg/L 浸泡 2 h、“根太阳”生根剂 20 mg/L 浸泡 2 h 和自配生根剂一 1 000 mg/L 速蘸 10 s 处理的扁桃苗生根率都达到了 100%;平均生根数以自配生根剂 一 1 000 mg/L 速蘸 10 s 最好,为 37 根;根长以“根盼”生根剂 250 mg/L 浸泡 2 h 最好,为 4.38 cm;根 直径以自配生根剂一 1 000 mg/L 速蘸 10 s 最好,为 1.27 mm。模糊综合评价结果表明,自配生根剂一 SP 1 000 mg/L 速蘸 10 s 促生根效果最好。     

两种方法提取杏基因组DNA的比较

以改良CTAB法和改良SDS法提取辽杏等6个杏品种的基因组DNA。经检测,结果表明:两种方法均可提取到较高质量的杏基因组DNA,可用于SSR-PCR扩增,满足后续分子生物学研究需要。改良CTAB法提取的各品种DNA产率和纯度具有更高的稳定性,因此,更适用于杏基因组DNA的提取。     

刺槐高质量基因组DNA提取方法的研究

高效、稳定的基因组DNA提取是进行分子标记辅助育种研究的关键技术环节之一。以刺槐叶片为材料,将传统的CTAB法进行优化改良,结合组织研磨棒液氮研磨建立刺槐基因组DNA的提取方法。将提取获得的基因组DNA进行SSR分子标记技术研究,获得的条带清晰、稳定．表明提取获得的基因组DNA能很好的满足SSR分子标记的需要。为刺槐遗...     

Patterns of synonymous codon usage bias in chloroplast genomes of seed plants

Codon usage in chloroplast genome of six seed plants （Arabidopsis thaliana, Populus alba, Zea mays, Triticum aestivum, Pinus koraiensis and Cycas taitungensis） was analyzed to find general patterns of codon usage in chloroplast genomes of seed plants. The results show that chloroplast genomes of the six seed plants had similar codon usage patterns, with a strong bias towards a high representation of NNA and NNT codons. In chloroplast genomes of the six seed plants, the effective number of codons （ENC） for most genes was similar to that of the expected ENC based on the GC content at the third codon position, but several genes with low ENC values were laying below the expected curve. All of these data indicate that codon usage was dominated by a mutational bias in chloroplast genomes of seed plants and that selection appeared to be limited to a subset of genes and to only subtly affect codon usage. Meantime, four, six, eight, nine, ten and 12 codons were defined as the optimal codons in chloroplast genomes of the six seed plants.     

Identification of chloroplast DNA haplotypes ofAbies firma andA. homolepis using a polymerase chain reaction with species-specific primers

DNA sequences of the chloroplast spacer region between thetrnP andtrnW genes (234 bps) were determined for two Japanese fir species,Abies firma Sieb. et Zucc. andA. homolepis Sieb. et Zucc., using four individuals from each species. No intraspecific variation was found in either species, but interspecific sequence polymorphism was detected between the two species. The interspecific variation was three nucleotide changes, from the 148th to 150th nucleotide position. These three nucleotides were TAC inA. firma and GTA inA. homolepis, which were inverted. In order to identify the cpDNA haplotypes between the two species, this inversion polymorphism was utilized to develop a new marker. Species-specific primers were designed so that the 3′ ends of the primers would anneal to the mutation site, in order for the two haplotypes to be easily identified by a polymerase chain reaction (PCR).     

柳树DNA提取改良方法研究

高质量的DNA是进行林木分子生物学研究的基础与关键。该研究利用改良的CTAB法提取垂柳基因组DNA,并与常规CTAB法、CTAB-硅珠裂解法、SDS法和试剂盒法进行了比较。琼脂糖凝胶电泳检测显示,改良CTAB法提取的DNA浓度和纯度较高,质量优于其他4种提取方法。同时利用改良CTAB法提取了柳树16个自然种及杂交种基因组DNA,并经SSR-PCR扩增反应验证,表明改良CTAB法可作为一种柳树基因组DNA提取的通用方法。     

Pollen dispersal in a hinoki (Chamaecyparis obtusa) seed orchard detected using a chloroplast DNA marker

Pollen dispersal was estimated in two test plots in a hinoki (Chamaecyparis obtusa) seed orchard using a chloroplast DNA marker, the spacer region between thetrnD andtrnY genes, and SSCP (single strand conformation polymorphism). In Plot 1, 2,020 seeds from 40 trees within 30 m of the marker tree were analyzed using the PCR-SSCP method. In Plot 2, 1,850 seeds from 37 trees were analyzed in the same manner. The results revealed that the maximum pollen dispersal distance in the two plots exceeded 25 m. Pollen dispersal appeared to be inversely proportional to the distance from the marker tree. The effective pollen dispersal was suggested to be less than about 20 m in a mature hinoki seed orchard. Adjacent trees had an excessive influence when the pollen density was increased by artificial flower stimulation. Therefore, it was suggested that seed production better resembles ideal random mating when carried out as naturally as possible. In conclusion, the SSCP chloroplast DNA marker was a useful tool for amassing basic information on pollen management in seed orchards of coniferous species.     

元江芒果蓟马的危害特性及其防治

芒果蓟马是危害芒果十分严重的害虫,在元江发现有黄胸蓟马、褐蓟马、红蓟马危害芒果花序及果实。花穗受害率达100％,严重影响芒果的产量和质量。1992～1994年通过对蓟马生活史及消长规律的观察,掌握了蓟马在元江以芒果为寄主,1年发生8～9代,3月底至4月初为发生高峰期,至6月上旬后数量迅速下降,危害降低的危害特性。5种不同药剂的防效试验表明用24％万灵、21％灭杀毙、15％氧化乐果、40％速扑杀1000倍药液进行防治,防效达76．2％～83．6％。大田防效达77％以上,可有效控制多种蓟马的危害,花期连续喷撒3～4次,可保证花期座果。