甘肃境内6个牦牛群体微卫星标记遗传多样性及遗传结构分析

为了研究甘肃境内牦牛(Bos grunniens)群体的遗传多样性和遗传结构,促进甘肃境内牦牛群体遗传资源的合理利用和保护,研究采用微卫星标记技术检测了甘肃境内6个牦牛群体(240头个体)15个微卫星座位的等位基因。结果共检测到了146个等位基因,其中在玛曲牦牛群体检测到的等位基因数最多(106个),天祝白牦牛群体最少(74个)。期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)的分析结果表明,6个牦牛群体中来自于合作市的3个牦牛群体的遗传多样性较丰富,而天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传多样性相对较低。DA遗传距离和Nei氏标准遗传距离(DS)的分析结果以及DA和DS遗传距离构建的NJ系统树的分析结构均表明,玛曲牦牛、碌曲牦牛和夏河牦牛群体具有较近的亲缘关系,说明这3个群体可能具有相同的原始祖先。天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传距离较近,另为一类,可能来源于相同的原始祖先。主成分分析和遗传结构推导分析的结果与系统树的分类结果一致,研究将甘肃境内的6个牦牛群体分为两个类群,分类结果与其地理分布具有一致性。     

微卫星标记分析广西水牛遗传多样性

为研究广西沼泽型水牛(Bubalus bubalis)核基因组的多态性,采用23对荧光标记微卫星引物,对随机抽取的60个广西本地水牛样本进行了PCR检测。结果表明,23对引物中,有19对可以获得特异性产物且存在多态,平均有效等位基因数为4.0189,基因座ILSTS086含有13个等位基因;各微卫星基因座的平均杂合度变化范围为0.1852~0.4722,ILSTS019基因座平均杂合度最高(0.4722),而ILSTS017平均杂合度最低(0.1852);群体基因平均多态信息含量(PIC)为0.6639,19个标记中有18个PIC大于0.5,属高度多态位点。     

鸭微卫星标记的筛选及其遗传多样性分析

采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。     

东乡野生稻的发现、价值与保护

东乡野生稻是20世纪70年代发现的分布于我国最北的野生稻种。东乡野生稻具有抗寒、耐旱、耐瘠、抗病虫等多种优异抗性基因,价值十分珍贵,被誉为"野生植物大熊猫"、"比大熊猫更应得到保护的物种"。笔者在调查研究的基础上,简述了东乡野生稻的发现;分析了东乡野生稻的价值,认为东乡野生稻的价值体现在4个方面——珍贵的农业文化遗产、优异的植物抗性基因、特有的水稻育种材料、难得的生态旅游资源;最后,指出了当前东乡野生稻濒危现状,提出了抢救、保护东乡野生稻的具体对策和措施。     

三种笛鲷的野生群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

摘要：利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对南海海域红鳍笛鲷、星点笛鲷、紫红笛鲷3种笛鲷鱼的野生种群（HYE、XYE、ZYE）和养殖种群（HYA、XYA、ZYA）进行了遗传多样性分析。10对微卫星引物在6个群体中共检测到78个等位基因,每个位点的等位基因数目在1~8个之间。6个群体的观测杂合度(Ho)为0.2500~1.0000,平均观测杂合度为：ZYE(0.9550)> ZYA(0.8900),HYE(0.8950)> HYA(0.8400),XYE(0.8450)>XYA(0.8100) ;平均多态信息含量(PIC) 为0.3648~0.7964,各野生群体均大于养殖群体;三种笛鲷鱼的野生群体和养殖群体遗传距离HYE与HYA,XYE与XYA,ZYE与ZYA分别为0.1029,0.0371,0.0135,基因分化系数分别为0.0371,0.0211,0.0352。群体遗传结构分析结果表明：红鳍笛鲷、星点笛鲷和紫红笛鲷的遗传多样性较丰富,养殖群体的遗传多样性较野生群体均有一定程度的降低,野生群体和养殖群体分化较弱。     

东乡野生稻BIL群体孕穗期抗旱性综合评价

以协青早B//东乡野生稻/协青早B回交重组系(Backcross Inbred Lines,BIL)为材料,测定了水分胁迫和非水分胁迫2种环境下株高、有效穗、穗长、穗总粒数、穗实粒数、着粒密度、结实率、千粒重、单株产量、叶片相对含水量和卷叶级别11个抗旱相关性状,经方差分析显示,除穗长外,其余产量相关性状对水分胁迫均表现为敏感或极为敏感。采用基于主成分分析的隶属函数综合评价法分析表明,BIL群体中337、186、275、174、207、306、255、219、236、332株系不仅抗旱性强,而且产量高,可作为水稻高产抗旱遗传改良材料进行深入研究。以抗旱性综合评价值为因变量,各单项指标相对值为自变量,建立了评价群体抗旱性的最优回归方程,筛选出结实率、单株产量和叶片含水量3个性状与水稻抗旱性相关显著,可作为孕穗期抗旱性鉴定指标。     

用微卫星标记分析中国山羊品种的遗传多样性和群体遗传结构

本研究采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的9对微卫星标记,结合荧光标记PCR技术,检测了我国39个地方山羊(Capra hircus)品种和1个引进山羊品种的遗传多样性,为中国山羊系统分类和遗传资源保护利用提供科学依据.各山羊群体期望杂合度在0.4346～06951之间,遗传分化处于中等水平,FsT为0.115,GsT为0.112.群体间和群体内的遗传变异率分别为13.3%和86.7%;UPGMA聚类结果、主成分分析结果和贝叶斯分组方法基本一致,40个山羊品种可分为5大支系,波尔山羊单独为一个支系,中国山羊分为4个支系:西南支系、华南支系、华中支系和北方支系.中国山羊遗传多样性丰富,遗传变异主要来源于群体内,育种潜力大.     

利用微卫星标记分析6个山羊品种遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了山西黎城大青羊、吕梁黑山羊、阳城白山羊、新疆南疆山羊、新疆北疆山羊以及宁夏中卫山羊6个地方山羊品种的分子水平上的遗传多样性,结果表明:19个微卫星位点均为中度和高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.6859"0.7083;6个品种平均位点杂合度在0.3832"0.4277之间。遗传分化系数表明:BM203、BM023、BMS6526和BM8754个位点的遗传分化系数(GST)估算值较大,分别为0.0475、0.0491、0.0107和0.0262,BM3033值最小,为0,表明前4个位点在不同品种间的基因分化占总群杂合度的4.75#、4.91#、1.07#和2.6#;其它位点遗传分化系数(GST)值不高,遗传变异主要存在于各个品种内,品种间遗传变异不大。以Nei氏标准遗传距离的UPGMA和N-J聚类结果表明,吕梁黑山羊与阳城白山羊具有较近的亲缘关系,黎城大青羊与新疆南疆山羊具有较近的亲缘关系;以共祖距离的UPGMA和N-J聚类结果,阳城白山羊与新疆南疆山羊亲缘关系较近,山西地方山羊与新疆山羊有可能存在一定的基因交流。     

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2．7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708,Nei氏期望杂合度0．5295,平均多态信息含量PIC0．5353;养殖群体的平均观察杂合度0．3839,Nei氏期望杂合度0．4011,平均多态信息含量PIC0．5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

鲮微卫星DNA分子标记的筛选与遗传多样性分析

采用磁珠富集法对已建立的生长较快的西江段野生浅色鲮群体的极大、极小群体各31尾基因组DNA进行了微卫星序列的筛选,128个阳性克隆成功测序93个,其中80个为的微卫星序列,微卫星序列完美型占85％,非完美型占6．25％,混合型占8．75％。利用微卫星序列合成了23对微卫星引物,扩增结果表明,等位基因数为1～10个,扩增片段大小为92～283bp,其中14对引物扩增条带清晰,为中度或高度多态位点,极大、极小群体的平均有效等位基因数和平均多态信息含量分别为3．0784、3．2079和0．5675、0．5974,反映出2个群体遗传多样性均较丰富;高度多态性引物4的位点b,片段大小为119bp,在极大群体中出现频率为61．3％,在极小群体占22．6％,出现频率极大群体高于极小群体近3倍,初步可作为候选差异性分子标记。     

利用cDNA-AFLP技术分析东乡野生稻干旱胁迫的差异表达基因

为探索东乡野生稻抗旱性分子调控机制,以东乡野生稻、协青早B和渐渗系后代M749为材料,利用c DNA-AFLP技术,分析了东乡野生稻干旱胁迫相关的差异表达基因。结果表明,使用6对引物组合对材料进行选择性扩增,共分离得到27条差异表达的转录衍生片段(TDFs),对这些TDFs进行测序分析,发现其可能编码多种类型蛋白,包括转座子和逆转座子蛋白、D-甘露糖结合凝集素家族蛋白、驱动蛋白马达结构域蛋白、植物PDR ABC转运相关结构域蛋白、细胞壁联合受体激酶3前体蛋白、乳酸/苹果酸脱氢酶蛋白、氧化还原酶蛋白、萜烯合成酶蛋白、富甘氨酸蛋白以及血红素结合蛋白等,其中一些蛋白与植物应答干旱胁迫密切相关。利用荧光定量PCR技术检测5个差异表达TDFs,其结果与c DNAAFLP表达谱结果一致,说明研究结果稳定可靠,这为进一步探讨东乡野生稻抗旱性分子调控机制和相关基因的克隆提供了理论依据。     

利用SSR标记分析藜麦品种的遗传多样性

为了解藜麦种质资源的多样性,本研究利用SSR引物对所搜集的41个藜麦种质的多态性及其亲缘关系进行了分析。结果表明,从54对SSR引物中筛选出了16对能明显扩增出稳定的多态性条带的引物,共检测出139个等位基因条带,每一对引物的等位基因个数为3~13,平均为8.7;16对引物的多态信息含量(PIC)变幅为0.208~0.432,平均为0.366。UPGMA聚类分析显示,41份材料的遗传相似系数(GS)在0.374~0.906之间,平均相似系数为0.626。在阀值(GS)约为0.665时,41份材料可分为4大类。其中614929与B.B.Quinoa浙Ⅰ间的遗传相似系数最小,为0.374,表明来源于不同地区的遗传距离较远,遗传基础较广泛。藜麦品种资源间的亲缘关系的揭示为藜麦资源保存和新品种选育提供了理论依据。     

利用小麦SSR标记分析鸭茅种质资源的遗传多样性

使用小麦(Triticum aestivum)SSR引物和扩增程序,以中国春小麦(T. aestivum)品种为对照,利用SSR标记对来自国内外的45份鸭茅(Dactylis glomerata L.)种质资源进行遗传多样性研究.结果表明,20对引物扩增出295个条带,多态性条带为187条,多态性条带比率为61.15%,鸭茅种质资源的遗传相似系数范围为0.7848～0.9513.聚类分析和主成分分析将供试材料分为6大类,聚类结果不仅能反映鸭茅生态适应性特征与其生长发育状况及生产性能相关,还显示出国产鸭茅品种遗传基础较为狭窄.研究表明将小麦SSR引物用于检测鸭茅遗传多样性行之有效.     

华南沿海地区南方夏大豆遗传多样性的SSR分析

利用60个SSR位点对来自华南地区9个省份的191份南方夏大豆（Glycine max）进行分析，结果显示：在191份材料中共检测到663个等位变异，平均每个位点的等位变异数为11．05个；Shannon-Weaver指数平均值为1．67，材料的成对相似系数范围为0．19-0．95，平均相似系数为0．29，说明华南地区南方夏大豆材料间的相似程度高，与表型性状表现相一致；在聚类分析中，以相似系数0．26为划分标准，可将夏大豆分为4个类别，但9个省（市）之间并没有明显的界限，相近纬度和同一流域夏大豆趋向于聚在一起；通过等位变异数及遗传多样性指数分析发现，华南地区南方夏大豆分子遗传多样性中心可分成2个：一个以安徽省为中心的长江流域．另一个以广西壮族自治区为中心的珠江流域。由于多数相同来源的夏大豆分别聚在不同的类别中，为充分利用本地资源拓宽育种遗传基础提供了理论依据。     

南瓜栽培品种的SSR分子标记分析及农艺性状多样性研究

为了研究南瓜栽培品种的遗传多样性,本研究利用43个简单序列重复(SSR)分子标记,对35份南瓜育成品种及地方品种进行了分子标记分析,并调查了农艺性状。结果表明,43个SSR标记均能扩增出多态性条带,共检测到155个等位基因,平均每个标记能检测到3.6个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.130 8~0.775 4,平均值为0.487 2。利用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,结果表明35份材料可分为三大类,分别与中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜三个种吻合,且印度南瓜与美洲南瓜之间的亲缘关系较近。农艺性状调查结果表明,不同栽培种之间以及同一栽培种内的不同品种之间,都发现有农艺性状差别明显的情况。本研究为南瓜种质资源的保护、品种指纹图谱的建立及分子育种提供了理论依据。     

山西芝麻种质资源SSR遗传多样性及群体结构分析

为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析.结果 表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在1.058 ～5.149之间,平均2.805个;Shannon指数变幅为...     

利用SSR标记分析柑橘雄性不育及低育资源的遗传多样性

采用SSR标记分析了43份柑橘(Citrus)不育、低育、含不育胞质及13份可育材料的遗传多样性。结果表明,8对SSR引物扩增得到35个等位基因,平均每个位点有4.4个等位基因。利用NTSYSpc2.10统计分析软件,UPGMA法聚类分析表明,56份柑橘资源可分为3组。宽皮柑橘类品种为第一组,甜橙、葡萄柚、椪柑及杂柑类品种为第二组,包含不育胞质的澳洲指橘为第三组。SSR聚类分析还表明本地广橘与温州蜜柑有着紧密的亲缘关系,而与早橘、槾橘、本地早等的亲缘关系较远?涕?不育与低育资源的遗传多样性分析将为此类资源的收集保存及应用提供依据。     

利用SSR标记对中国柚类资源及近缘种遗传多样性研究

利用SSR标记研究了122份我国柚(CitrusgrandisOsbesk)类资源及近缘种遗传多样性。31对SSR引物从供试材料中检测出335个等位基因变异,平均每个位点可检测到9.85个等位基因。位点多态信息量(PIC)变幅为0.1939!0.9073,平均为0.7085。用UPGMA方法将122份材料分成7个组群,110个柚类品种在相似系数0.712,可细分成18个亚组,主要由沙田柚品种群、文旦柚品种群及庞大的杂种柚品种群组成。     

大麦SSR标记遗传多样性及连锁不平衡分析

为确定不同青稞亲本材料间的遗传差异及连锁不平衡水平,以56个SSR分子标记对88份大麦进行多态性扫描。结果表明,88份材料中共检测出160个等位变异,平均每个标记2.857个,变幅为2~7。供试材料间的遗传相似系数为0.497~0.970,平均为0.761。基于多态性较好、基因多样性值较高的53个SSR标记分析结果,88份材料被分成2个类别。主坐标分析将青稞材料分成2类,分别包含39和47份材料,2份西藏品种ZDM5200和ZDM5457所属类别不明确。群体遗传结构分析将88份材料也分成2个亚群,分别包含40份和48份材料,与聚类分析和主坐标分析的结果较一致。1 378个SSR位点成对组合中,不论共线性组合还是非共线性组合,都存在一定程度的连锁不平衡(LD)。D'统计概率(P0.01)支持的LD成对位点179个,占全部位点组合的12.99%,D'平均值为0.56,较高水平的LD成对位点(D0.5)主要集中于除1H外的其余6个连锁群上。本研究结果为今后青稞杂交组合配置、有利基因发掘和标记辅助育种提供了理论依据。     

利用简单重复序列(SSR)标记分析太湖稻区现代粳稻品种的遗传多样性

太湖地区有丰富的粳稻(Oryza satiua ssp.japonica)种植资源,随着品种大面积推广应用,育种材料的遗传基础趋窄,相似性增高,使粳稻育种突破困难。本研究利用分布于水稻(Oryza satiua L.)12条染色体上的24对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对太湖地区的42份粳稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,有23对SSR引物在42份粳稻材料间表现出多态性;23对引物共检测到105个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为2~8个,平均为4.57个,有效等位基因共有56.43个,平均每个位点为2.45个。每个多态位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变幅为0.083 0~0.8079,平均为0.496 6;每个粳稻材料多态性位点数的变幅为6~19,等位基因总数的变幅为27~55;42份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.391~0.990,平均为0.610,遗传相似系数在0.50~0.80之间的材料占全部的74.45%,供试材料相似度高;非加权配对算术平均法(unweighed pair group method with arithmetic mean;UPGMA)聚类结果显示,遗传相似系数为0.50,42份粳稻材料可以分为两个类群,一个类群包含19份常规粳稻,另一个类群包括其他23份杂交粳稻。结果显示,太湖地区的粳稻品种总体上遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,育种工作有待进一步加强新的基因资源引进和利用,创新水稻育种材料。本研究结果为新品种选育提供技术支持和理论根据。