绵羊LDHβ基因的生物信息学分析及其在不同剩余采食量绵羊肝脏和肌肉组织中的表达

【目的】为鉴定绵羊乳酸脱氢酶β(lactate dehydrogenase B,LDHβ)基因的分子特征,研究其在不同剩余采食量绵羊肝脏和肌肉组织中的表达差异.【方法】测定了137只‘湖羊’公羔的剩余采食量(residual feed intake,RFI),按RFI进行排序,分别筛选出RFI最高(high-residual feed intake,H-RFI)和RFI最低(low-residual feed intake,L-RFI)的羊各15只,屠宰后,采集肝脏和肌肉组织,利用Q-PCR技术检测绵羊LDHβ基因分别在H-RFI和L-RFI羊肝脏和肌肉中表达量,并利用生物信息学软件构建了该基因的系统进化树和预测其结构与功能.【结果】绵羊LDHβ基因开放阅读框(open reading frame,ORF)为1 005bp,编码334个氨基酸,其蛋白质分子质量为36 479.43U,理论等电点为6.40.绵羊LDHβ基因与山羊的亲缘关系较近,其次为牛,序列同源性高.功能结构域预测结果显示,该基因编码产物在内质网中参与辅酶因子生物合成的可能性最高.Q-PCR结果显示,绵羊LDHβ-mRNA基因在L-RFI羊肝脏和肌肉中表达量均显著低于H-RFI羊(P0.01).【结论】绵羊LDHβ基因作为能量代谢的关键酶参与绵羊饲料效率的调控.     

威宁绵羊IGF-1基因外显子多态性分析

为了更好地保护和开发利用威宁绵羊这一优良地方品种,本实验利用威宁绵羊构建DNA池,设计4对引物扩增威宁绵羊IGF-1基因外显子及部分内含子序列。将PCR产物纯化并进行双向测序,通过DNAStar生物软件分析确定多态性位点。利用在线生物信息学软件分析多态位点对IGF-1基因RNA的二级结构、类胰岛素生长因子1的二级和三级结构的影响。结果表明,在扩增的IGF-1基因中筛选到3个SNPs:Intron1-A4387C、Exon2-T87C、Exon4-A27T,其中Exon4-A27T为错义突变,导致编码的精氨酸(Arg)变为丝氨酸(Ser);Exon2-T87C多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变;Intron1-A4387C在内含子区,不参与氨基酸编码。     

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因5′调控区序列特征分析

对松辽黑猪类胰岛素样生长因子-Ⅰ（IGF-Ⅰ）基因5′调控区进行了T-A克隆和序列测定,在分析序列结构特征的基础上与GenBank中野猪、大白猪、牛、山羊、绵羊进行了比较基因组学和系统进化研究。结果表明：松辽黑猪IGF-Ⅰ基因5′调控区存在C/EBPb、MATal、Oct-1、CF-1等多个潜在的转录因子结合位点,可能与IGF-Ⅰ的转录调控和起始以及特异表达有关。在该非编码序列中,重复序列所占比率为2.22%,不存在SINEs、LINEs、LTR类反转录元件和DNA转座子元件,而发现存在1个（CA）18微卫星位点。在松辽黑猪IGF-Ⅰ基因5′调控区,松辽黑猪与野猪、大白猪、牛、山羊、绵羊各物种间同源性大小分别为99.0%、98.8%、90.7%、91.6%、90.6%。MUPD法构建的分子系统进化树聚类结果表明,野猪与大白猪先聚为一类,再与松辽黑猪聚类形成一个大分支,而山羊和绵羊先聚成一类,再与牛聚类形成一个大分支,然后再与猪的一支汇合在一起。     

鹅肌肉IGF-Ⅰ基因mRNA的表达

以吉林白鹅肉用品系、蛋用品系和霍尔多巴吉白鹅为供试材料,采用实时定量PCR法对胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因在鹅1、30、60、90日龄时胸肌、腿肌中mRNA的表达水平进行测定分析。结果表明:鹅胸肌、腿肌IGF-ⅠmRNA的表达量随着日龄的增加呈先升后降的趋势,胸肌中IGF-ⅠmRNA的表达峰值在吉林白鹅肉用品系60日龄、蛋用品系30日龄、霍尔多巴吉白鹅60日龄出现,其中霍尔多巴吉白鹅30日龄与1日龄差异不显著(P>0.05);腿肌IGF-ⅠmRNA的表达量均在30日龄达到最大,随后下降。在胸肌组织中,吉林白鹅肉用品系IGF-ⅠmRNA的表达量在1、60和90日龄时均高于蛋用品系,霍尔多巴吉白鹅IGF-ⅠmRNA表达量在1日龄和90日龄时高于吉林白鹅蛋用品系(P<0.05),30日龄品种间差异不显著(P>0.05)。在腿肌组织中,吉林白鹅肉用品系IGF-ⅠmRNA在30和60日龄的表达量均高于霍尔多巴吉白鹅,在60和90日龄高于吉林白鹅蛋用品系(P<0.05);霍尔多巴吉白鹅在30日龄时IGF-ⅠmRNA表达量低于蛋用品系(P<0.05),90日龄时高于吉林白鹅两个品系(P<0.05),1日龄时表达水平无差异(P>0.05)。     

不同鸭种胚胎期和岀雏早期肌肉组织中IGF-Ⅰ基因mRNA的差异表达分析

【目的】研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平的发育性变化。【方法】采用实时荧光定量PCR方法,研究生长速度不同的"高邮鸭"和"金定鸭"13,17,21,25,27胚龄和出雏后7日龄胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA的表达规律。【结果】IGF-ⅠmRNA的表达规律在2个品种鸭的早期肌肉发育过程中较为一致,胸肌和腿肌IGF-ⅠmRNA表达量都是在13胚龄时最高,公鸭和母鸭同一肌肉组织IGF-ⅠmR-NA表达没有显著差异(P>0.05);不同品种间,IGF-ⅠmRNA在"高邮鸭"胸肌中的表达量除27胚龄外,其他发育时期均高于"金定鸭",且在13和21胚龄及7日龄时呈显著(P<0.05)或极显著差异(P<0.01),而"高邮鸭"腿肌IGF-ⅠmRNA的表达量在不同发育时期均高于"金定鸭",但差异不显著(P>0.05);同一品种内IGF-ⅠmRNA在胸肌中的表达量高于腿肌,且除13胚龄外,其他发育时期都显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于其在腿肌中的表达量。【结论】鸭肌肉中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平具有显著的年龄依赖性和明显的品种特征及组织差异,肌肉中IGF-Ⅰ基因mRNA表达对鸭早期生长发育有重要影响,且对胸肌生长发育的启动要早于腿肌。     

罗非鱼胰岛素样生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)的生物信息学分析

为进一步研究罗非鱼胰岛素样生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)的生物学特征,根据NCBI上登录的尼罗罗非鱼的IGF-Ⅰ氨基酸序列,利用相关的软件对其进行生物信息学分析。结果显示,罗非鱼IGF-Ⅰ蛋白含有182个氨基酸,pI为9.65,脂溶指数为51.98,是不稳定的脂溶性亲水蛋白。二级结构中,60.99%为环,31.32%为螺旋。IGF-Ⅰ蛋白具有信号肽,含有4个二硫键,具有一个跨膜区。IGF-Ⅰ蛋白具有13个磷酸化、16个糖基化和12个泛素化等蛋白质翻译后修饰位点。     

胰岛素、IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ及其对卵巢的作用

介绍了近年来胰岛素、胰岛素样生长因子Ⅰ和Ⅱ(IGF—Ⅰ和IGF—Ⅱ)的分子特征、受体性质以及它们促进动物卵巢的细胞代谢、甾体激素合成和受体表达的研究进展。     

惠阳胡须鸡IGF-Ⅰ和GHRL基因多态性研究

以IGF-Ⅰ和GHRL基因为惠阳胡须鸡生长性状的候选基因,通过测序、酶切等方法对93日龄惠阳胡须鸡IGF-Ⅰ和GHRL基因多态性进行分析,并用GLM模型分析基因型与体质量的关联性。结果表明:IGF-Ⅰ基因在第181位发生碱基突变,A突变为G,属于同义突变,BsmⅠ酶切分析发现,IGF-Ⅰ基因只有1种基因型,表明该位点在胡须鸡保种群中已经纯合;GHRL基因在第124位发生碱基突变,T突变为G,改变了酶切位点,通过pfl MⅠ酶切分析发现,GHRL基因有3种基因型,即AA型、AB型和BB型。统计结果表明,93日龄惠阳胡须鸡3种基因型个体间体质量无显著差异。     

绵羊RXRG基因的生物信息学分析

以绵羊RXRG基因为目的基因,利用生物信息学软件预测其结构和功能。结果表明,绵羊RXRG基因编码463个氨基酸,开放阅读框长度为1 392 bp,起始密码子位于228 bp处,终止密码子位于1 619 bp处。RXRG基因编码蛋白的相对分子质量为50 845.19 Da,等电点为7.55,在氨基酸组成中亮氨酸所占比率最高,色氨酸占比最低。亚细胞定位主要位于细胞核中,不属于分泌蛋白;不存在信号肽序列;存在两个保守结构域,并且为疏水性蛋白,二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,三级结构主要由无规卷曲缠绕折叠形成。     

绵羊NRCAM基因的生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊神经原相关的细胞粘附分子基因(neuro-related celladhesion molecule,NRCAM)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并对其编码的蛋白质的功能进行预测。结果表明,绵羊NRCAM基因含有1个最大长度为3 648 bp的开放阅读框,编码1215个氨基酸残基。NRCAM基因编码产物的分子质量为134 367.13 KDa,理论等电点为5.49。亚细胞定位主要位于细胞质(26.1%),属于分泌蛋白,且存在信号肽序列。存在5段IGc2区、1段IG区,1段低复杂性区域以及4段FN3区,且有1段跨膜结构;二级结构以无规卷曲和β折叠为主,三级结构主要由无规卷曲和β折叠缠绕形成。     

IGF-Ⅰ对不同绵羊皮肤中5个毛囊相关生长因子基因表达的影响

【目的】为探讨外源性IGF-Ⅰ对绵羊皮肤中毛囊生长调控的影响。【方法】选取36只新疆细毛羊，随机分成6组。在每只绵羊的左、右两侧肩胛前部分别进行拔毛、剃毛处理。同时在左侧肩胛前部的拔毛、剃毛和正常区的交叉处注射0.5ml IGF-Ⅰ（10ng•ml-1），然后在第0、3、6、9、12、50天采取皮样。用RT-PCR方法，测定各皮肤中GHR、IGF-Ⅰ、IGF-ⅠR、KAP3.2和KAP6-1的mRNA相对丰度。【结果】（1）IGF-Ⅰ可以下调正常皮肤中GHR基因的表达，对IGF-Ⅰ、IGF-ⅠR的表达没有显著的影响，能显著提高KAP3.2和KAP6-1的转录水平；（2）IGF-Ⅰ在3 d内可降低拔毛皮肤中GHR的表达，6 d以上无明显影响；对剃毛皮肤中的GHR表达无显著影响。IGF-Ⅰ对拔毛皮肤中的IGF-Ⅰ和IGF-ⅠR的表达均无明显影响；对剃毛皮肤中IGF-Ⅰ的表达有明显的促进作用，但IGF-ⅠR的变化不明显。IGF-Ⅰ对拔毛皮肤和剃毛皮肤中的KAP3.2 和KAP6-1的表达都能显著提高，且表达模式也基本一致，KAP3.2的表达早于KAP6-1的表达。【结论】IGF-Ⅰ对绵羊皮肤中的GHR和IGF-ⅠR的表达均无显著影响，对KAP3.2和KAP6-1的表达能显著提高，但呈现出颠倒的特定时序性，这是否是外源性IGF-Ⅰ不能促进体内毛囊生长的原因所在，有待进一步研究。     

新扬州鸡IGF-Ⅰ基因多态性的PCR-SSCP检测及其与生长发育性状的相关性

以新扬州鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因作为控制其生长、发育性状的候选基因,通过对IGF-Ⅰ基因主要部分序列进行PCR-SSCP检测,发现了2个多态位点.测序结果表明,IGF-Ⅰ基因存在2个突变位点:插入(G)和(G→C).分析多态位点与0-12周龄鸡生长发育性状的关联性,结果表明:插入(G)突变基因型中,2周龄鸡体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型差异均不显著,而(G→C)突变各基因型间没有显著差异;插入(G)突变位点对0-12周龄鸡的龙骨长、胫骨长均没有显著影响,而(G→C)突变位点仅在鸡6周龄时表现出与龙骨长、胫骨长间的差异显著性.     

大通牦牛IGF-Ⅰ基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-Ⅰ基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析．结果显示：PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB3种基因型,A（B）等位基因频率分别为0．9028（0．0972）;对IGF-Ⅰ基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失／插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型（P＜0.05）;18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型（P＜0.05）,说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型．     

绵羊LHβ基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊促黄体生成都（Luteinizinghormonebeta,￡邵）基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊LHβ基因含有1个426bp的开放阅读框,编码141个氨基酸;LHβ蛋白分子质量为15．2KD,理论等电点为7．47;工邵编码产物的二级结构主要以β折叠和无规则卷曲为主,主要位于细胞质中,作为一种激素参与机体的生殖调控。     

生长抑素基因免疫对湖羊羔羊生长及GH和IGF-Ⅰ的影响

为探讨生长抑素DNA疫苗免疫湖羊的效果,将生长抑素(SS)与乙肝表面抗原(S)基因融合构建真核表达质粒pES/2SS,分别与pE-CpG质粒、细菌DNA、脂质体粗品配合及重新构建的pES/2SS-GMCSF免疫断奶母羔羊,4周后以相同剂量加强免疫1次。结果显示,免疫组的抗体水平高于对照组(P<0.05),首次免疫4周和加强免疫2周后,细菌DNA佐剂组的抗体水平高于生长抑素单独免疫组(P<0.05),其抗体阳性率也为各免疫组最高。全期免疫组抗生长抑素抗体阳性率达36.0%;免疫羊的增重比对照组高18.82%(P<0.01)。加强免疫后2周,免疫组的GH和IGF-Ⅰ水平显著高于对照组(P<0.05),抗体阳性羊的GH和IGF-Ⅰ水平显著高于抗体阴性羊(P<0.01)。分析第2、4、6和10周所检测的各免疫组湖羊生长抑素抗体P/N值、GH、IGF-Ⅰ及周增重之间的相关性,发现生长抑素抗体与GH、IGF-Ⅰ、周增重显著相关(P<0.01),周增重与生长抑素抗体(P<0.01)、GH(P<0.01)、IGF-Ⅰ(P<0.05)显著相关。结果表明:SS基因免疫产生SS抗体,有效中和了内源性SS,影响了相关激素的分泌,促进羔羊生长。     

绵羊HMGA1基因的生物信息学分析

高迁移率族蛋白A1基因（high mobility group protein A1,HMGA1）是一类对DNA转录起调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内。为探究HMGA1基因在绵羊体内的功能,对该基因及其编码产物进行了生物信息学分析。结果显示,绵羊HMGA1基因编码152个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子式为C443H759N151O151S1,分子质量为10.648 35 kDa,等电点pI为10.31。绵羊HMGA1蛋白为不稳定蛋白、亲水性蛋白、非分泌蛋白且无信号肽序列和跨膜结构;亚细胞定位主要存在于细胞核（95.7%）。绵羊与牛的HMGA1蛋白相似度为100%。其二级结构和三级结构主要以无规卷曲组成。     

陆川猪和大白猪IGF-Ⅰ基因对生长性状的效应分析

探讨陆川猪和大白猪IGF-Ⅰ基因多态性与生长性状的关系,以期为猪生产性状标记辅助选择候选基因提供理论依据.试验采用PCR-SSCP技术,在陆川猪和大白猪群中进行了IGF-Ⅰ基因的基因型频率检测及不同基因型的生长性状效应分析.结果表明,IGF-Ⅰ基因对陆川猪和大白猪的断奶重和平均日增重影响显著(P＜0.05),对初生重影响不显著(P＞0.05).     

枣R2R3-MYB亚家族基因鉴定及其在果实发育中的表达分析

[目的]MYB作为植物中最大的基因家族之一,在植物生长、果实发育等方面具有重要作用.本研究拟鉴定枣R2R3-MYB亚家族成员,并进行生物信息学和表达模式分析,为深入探究该类基因在枣生长发育尤其是果实发育中的功能提供参考.[方法]以拟南芥R2R3-MYB亚家族成员为探针,利用BLAST和HMMER方法,在枣全基因组数据库...     

绵羊GP5基因的生物信息学分析

为探讨绵羊血小板糖蛋白V基因(Glycoprotein V,Platelet,GP5)编码蛋白的结构和功能,以NCBI网站的GenBank数据库中发布的绵羊GP5基因序列(登录号为XM₀27965957.1)为基础,采用生物信息学在线工具和软件对绵羊的GP5基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊GP5基因序列中包含1个最大长度为1 620 bp的开放阅读框,推测其编码539个氨基酸,其中亮氨酸含量最多,为22.6%。GP5基因所编码的蛋白其相对分子质量约为59 305.38 KDa,理论等电点为9.40;亚细胞定位结果表明其主要位于内质网(44.4%)。GP5蛋白含有信号肽和跨膜螺旋结构,在二级结构预测中,该蛋白以无规卷曲为主,为70.14%。GP5蛋白三级结构主要由无规卷曲折叠缠绕形成,与二级结构预测结构一致。     

绵羊HTR4基因的生物信息学分析

利用生物信息学数据库及软件,对绵羊羟色胺受体4基因(hydroxytryptamine receptor4,HTR4)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并进行功能预测。结果表明,绵羊HTR4基因所含最大长度的开放阅读框为1 317 bp,编码438个氨基酸残基。HTR4基因编码的蛋白分子质量为49 437.09 KDa,理论等电点(pI)为8.32。亚细胞定位结果表明其编码产物主要定位于质膜(60.9%),且不属于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信号肽序列,存在7段跨膜结构且无低复杂性段区域,该蛋白的二级结构以α螺旋为主,且三级结构主要由α折叠缠绕形成。