鹿科动物线粒体DNA序列差异和系统进化关系

从Gen Bank数据库中获得20种鹿科动物的线粒体DNA序列全长,分析了序列碱基含量和遗传距离关系,并构建系统进化树,探讨了鹿科动物的系统进化关系。序列分析表明:鹿科动物线粒体DNA全长为16 305~16 482 bp,A+T含量约占62.58%,各物种间遗传距离为0.014~0.164。系统进化分析表明:驼鹿在鹿科动物中可能是最古老的;麋鹿与鹿属亲缘关系较近,支持将麋鹿划到鹿属的观点;泽鹿与花鹿属的斑鹿和豚鹿先聚到一起,支持将泽鹿划到花鹿属中;麂亚科中小麂可能是最原始的,赤麂和黑麂亲缘关系较近;獐与狍亲缘关系更近,建议将獐与狍划归到一个亚科。     

基于线粒体 DNA D-loop 全序列的麒麟鸡遗传多样性研究

【目的】从线粒体DNA(mtDNA) D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNA D-loop全序列为1 231～1 232 bp,C+G含量（39.8%）低于T+A含量（60.2%）,总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008～0.009,净遗传距离为0.003～0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享...     

微生物进化树构建的研究

进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一,可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系,从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究,首先阐述了进化树的原理,对相关的理论进行了梳理。同时全面地介绍了最常用的构建进化树的软件功能,对微生物进化树的构建方法进行了详细的介绍,使后续的研究开展更为便捷。     

分子标记与QTL之间重组率的最大似然估计及通用程序设计

系统描述了数量性状基因座位作图的统计方法－－单个遗传标记ＱＴＬ之间重组了最大似然估计法，并将ＬＯＤ值与似然比检验相结合，应用于重组率估值及连锁强度的显著性检验，编写了可在微型机上运行，适合于Ｆ２、ＤＨ、ＢＣ等群体ＱＴＬ作图的通用计算机程序，并提供了水稻广亲和基因及与生育期有关的ＱＴＬ作图的应用实例。     

凹线仙女蚬Cytb基因片段序列分析及系统进化树初步构建

初步探究凹线仙女蚬的系统发育地位,为凹线仙女蚬的分子遗传学研究提供前期数据。采用PCR方法扩增得到凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata线粒体细胞色素b (Cytb)基因片段序列,序列长为624bp,并在NCBI上使用NT数据库进行Blast比对分析,进而构建系统进化树,探讨凹线仙女蚬的分类地位。结果显示NT数据库中未见凹线仙女蚬的Cytb基因信息。研究扩增获得的序列与蚬属其他种的Cytb基因片段有88%的相似性,与其他帘蛤目贝类的相似度77.02%～78.53%,表明扩增出的片段是凹线仙女蚬所特有的Cytb基因片段。基于Kimura′s 2-Parameter模型计算得出,3个样本个体的遗传距离仅为0～0.001 6,远小于蚬属内种间遗传距离(0.002～0.114),与蚬属的遗传距离为0.127～0.144、与帘蛤目帘蛤科种类遗传距离为0.282～0.335。进化树显示,凹线仙女蚬样品独立聚为一支,与蚬属聚为一大支,支持度为99,表明仙女蚬属与蚬属的亲缘关系较近,与帘蛤科的遗传距离较远。     

均匀分布中参数θ的估计量的比较

结合教学中遇到的问题,举例分析和说明了仅有无偏性不足以判定一个估计的好坏.     

Cytb、12SrRNA基因进化速度对构建系统进化树的影响

[目的]论证线粒体Cytb和12SrRNA基因不同进化速率影响构建的系统树拓扑结构。[方法]从GenBank下载了蛇亚目12科15种蛇线粒体全序列,提取Cytb和12SrRNA基因序列,选用GTR＋I＋G核苷酸替代模型,基于最大似然法,用PAUP4.0软件分别构建2个基因的系统关系树。[结果]在选用相同的软件、建树方法和研究物种的情况下,构建的系统树拓扑结构差异主要是因为线粒体Cytb和12SrRNA基因进化速率不同产生的。[结论]在分子系统进化研究中,要针对不同的研究物种和研究目的,选择合适的基因构建系统进化树。     

基于误差修正的电线覆冰厚度贝叶斯模型及分析

通过对已有的电线覆冰厚度数据进行分析,建立了电线覆冰厚度时间序列模型,对覆冰厚度进行贝叶斯统计推断,然后运用基于Gibbs抽样的MCMC方法对推断模型进行参数估计,并对MCMC模型进行误差修正.在此基础上,运用WINBUGS软件,对Gibbs抽样得到的预测结果与极大似然估计的预测结果进行比较.比较分析结果表明：通过误差修正的贝叶斯推断方法在电线覆冰厚度预测上具有更高的准确性.     

基因诊断中DNA序列的快速检测法

目的：探讨一种DNA测序方法在临床中的应用。方法：用纯化试剂盒对PCR产物进行纯化．然后用310自动测序仪测定DNA序列。结果：准确测定了一长度为106bp的DNA序列。结论：本方法不但有快速、简便和准确的特点，尤其还对短片段的DNA更显优势．很适合于临床基因诊断中的测序。     

基于ITS2序列探讨兰属的DNA条形码鉴定和系统发育关系

兰属中许多类型具有极高的观赏和经济价值,并在兰花产业中占据重要地位。由于兰属植物复杂的演化、遗传历史,一直以来分类鉴定困难,存在诸多分类学争议。近年来,快速发展的DNA条形码技术为兰属植物的分类鉴定提供了新的思路。该研究利用12个兰属本地样品和250条GenBank下载的兰科ITS2序列(其中81条属于兰属),通过BLAST1、遗传变异、建树法等分析评估了ITS2序列用于兰属植物分子鉴定的可行性,并基于建树结果探讨了兰属的系统发育关系。BLAST1结果显示,ITS2序列可以准确鉴定12个本地兰属样品的属、亚属划分,鉴定成功率达到100%;在组水平也具有较好的鉴定能力,鉴定成功率为92%,但在物种水平上的鉴别能力较差,鉴定成功率仅17%。参考库(GenBank下载的250条兰科ITS2序列)遗传变异分析结果显示,兰属ITS2序列具有很高的遗传多样性(变异率为74.9%),在属、亚属水平上能较好地区分,但在组或组下的物种水平,由于组内和组间变异、种内和种间变异存在较大重叠,鉴别能力较差。建树结果显示,ITS2序列可以将兰属中的建兰亚属、兰亚属和大花亚属明显区分开,建兰亚属与兰亚属亲缘较近,两者与大花亚属亲缘较远,同时还发现莲瓣兰与春兰在系统发育树中关系紧密,结果支持Du Puy & Cribb的3亚属划分,并暗示莲瓣兰可能是春兰下的一个变种或品种(支持率为69%)。综上所述,ITS2序列在兰属植物的分子鉴定上具有一定的应用价值,可作为兰属植物DNA条形码鉴定的辅助条形码。     

基于叶绿体psbA基因初步探讨植物系统发育的关系

根据已知psbA基因的保守性,设计引物对谷子叶绿体psbA基因进行扩增、测序.然后以谷子叶绿体psbA基因为基础,在GneBank上通过Blast找到目前已知psbA基因的所有物种编码的氨基酸序列,在ClustalW上进行序列比较,用软件Phylip 3.6对比较结果进行系统树的构建,对植物的系统发育进行探讨和分析.     

基于核糖体28S rRNA对叶螨的鉴定及其系统发育分析

通过研究核糖体28SrRNA的D1～D2部分序列来阐述蜱螨亚纲叶螨科6个属11个物种的系统发生关系。研究结果证实了形态学上定义的叶螨属(Tetranychus)、全爪螨属(Panonychus)、双叶螨属(Amphitetranychus)、裂爪螨属(Schizotetranychus)、缺爪螨属(Aponychus)和岩螨属(Petrobia)等6个属分别形成一个单系,然而在叶螨属内截形叶螨(T.truncatus)、土耳其斯坦叶螨(T.turkestani)、神泽叶螨(T.kanzawai)、朱砂叶螨(T.cinnabarinus)和二斑叶螨(T.urticae),及全爪螨属内苹果全爪螨(Pa.ulmi)和柑橘全爪螨(Pa.citri)各物种的系统发生地位并没有被很好地确定。因此,基于核糖体28SrRNA序列无法将叶螨鉴定到种水平,但却为属水平上的鉴定提供了重要的参考。     

基于Hurst指数的DNA序列相似性分析

[目的]建立直接将Hurst指数作为指标参数进行DNA序列相似性分析的方法.[方法]以11个物种β-球蛋白第一个外显子的编码序列作为分析对象,首先将DNA序列转化为数字序列,然后用重标极差分析法计算各编码序列的全序列Hurst指数,之后利用它们的Hurst指数构建距离矩阵进行相似性分析,并将建立的基于Hurst指数的D...     

Terraces in phylogenetic tree space

A key step in assembling the tree of life is the construction of species-rich phylogenies from multilocus--but often incomplete--sequence data sets. We describe previously unknown structure in the landscape of solutions to the tree reconstruction problem, comprising sometimes vast "terraces" of trees with identical quality, arranged on islands of phylogenetically similar trees. Phylogenetic ambiguity within a terrace can be characterized efficiently and then ameliorated by new algorithms for obtaining a terrace's maximum-agreement subtree or by identifying the smallest set of new targets for additional sequencing. Algorithms to find optimal trees or estimate Bayesian posterior tree distributions may need to navigate strategically in the neighborhood of large terraces in tree space.     

基于空间自相关构建树木生长模型

2004—2008年,在日本九州地区宫崎县田野天然次生林内设置的一块100 m×100 m固定标准地中,通过每木调查,测量了固定标准地内树木的种类、空间位置、生长等数据。为了便于理解,以固定标准地中优势树种蚊母树为主要研究对象,在考虑周边所有树木的影响的同时,利用贝叶斯统计方法分析了空间自相关及树木间的对称竞争、非对称竞争对树木生长过程的影响,并比较了忽略空间自相关的情况。结果表明:在构建研究对象树种的生长模型时,树木个体间的竞争是不可缺少的参数,尤其是个体间的对称竞争。在利用空间自相关参数建模时,最终模型的决定系数R2＝0.83;而忽略空间自相关参数的模型,其决定系数R2＝0.74。通过其他主要树种的分析也表明了导入空间自相关参数的优越性,因此可以认为,考虑空间自相关的随机效应模型能更精确地预测树木的生长。本研究所采用的空间自相关模型不仅可以利用树木个体的分布信息推测其生态学特征,还为树木生长模拟提供了理论与方法上的借鉴。      

一株解脂耶氏酵母菌的鉴定及其系统发育树分析

从未发酵猪粪中分离出一株酵母样菌株7B3,用BioMerieux Vitek公司的酵母样生化鉴定卡（yeast biochemical card）鉴定该菌为解脂耶罗维亚酵母。为了进一步确定该菌的分类学地位,测定了其18S rDNA序列,分析了相关菌株的同源性,构建其系统发育树。结果表明,该菌株与Yarrowia Lipolytica M相似度最高。     

由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系

为验证鳜类系统分类位置的各种假说，对部分鳜类鱼类线粒体16SrDNA基因片段进行PCR扩增和测序，利用其与GenBank中鳕科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列，初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明，鳜类为单系类群，但未与绪科聚合成单系群体，与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群，系统演化上较晚发生，因而，支持将其独立为一科——鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。     

由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系

为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16SrDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中鳕科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与绪科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科——鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。     

Construction of a novel oncogene based on synthetic sequences encoding epidermal growth factor

The autocrine model postulates that constitutive release of a mitogenic growth factor can lead to uncontrolled proliferation and cell transformation. A synthetic polynucleotide encoding epidermal growth factor conferred a tumorigenic phenotype on cells. These cells were transformed through the action of an autocrine circuit having an extracellular component.