6个鸡种AMPD1基因PCR-RF-SSCP分析

腺苷一磷酸脱氨酶(adenosine monophosphate deaminase, AMPD)是嘌呤代谢过程中的一种重要的酶,它对肉质性状和风味起到重要作用.根据人和大鼠的AMPD1基因序列设计引物对鸡的AMPD1基因进行扩增,在克隆测序的基础上,采用PCR-RF-SSCP技术分析了AMPD1基因在北京油鸡(119只)、泰和乌骨鸡(40只)、崇仁麻鸡(39只)、鹿苑鸡(39只)、霞烟鸡(40只)和AA鸡(40只)6个鸡种中的多态性.结果表明,在供试的6个鸡种中共检测到AMPD1基因的A、B、C 3个等位基因,产生AA、AB、AC、BB、BC、CC 6种基因型.测序结果发现等位基因B和等位基因A相比存在一个单碱基突变,即C→T(402),而等位基因C与等位基因A相比存在G→T(361)、A缺失(373)、T缺失(404)、G→T(420)、C→T(434)、G→A(456)、A→G(469)、G→A(473)、G→A(486)、G→A(491)、G→A(493)等11处碱基突变.     

4个鸡品种TPK1基因的PCR-SSCP分析

以鸡硫胺焦磷酸激酶(TPK1)基因为候选基因,隐性白羽鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对TPK1所有外显子及3'-调控区进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,探讨不同基因型与不同鸡品种肌肉硫胺素含量的关系.结果表明:在3'-调控区发现了1个SNP位点,其纯合子AA型与BB型相比有一个C2132T的单碱基突变,CC型与BB型相比有一个C2132A的单碱基突变.等位基因A和B的频率极显著高于等位基因C的频率,且泰和乌骨鸡与白耳鸡差异显著,故推测所检测到的基因座与肌肉硫胺索含量相关.     

山羊、绵羊RSPO2基因3'端外显子SNPs分析

通过PCR产物直接测序的方法,对阿尔巴斯绒山羊、奶山羊、蒙古羊、巴盟肉羊R-脊椎蛋白2(RSPO2)基因的3'端外显子进行单核苷酸多态性分析。结果表明:三个品种的RSPO2基因3'端外显子序列上存在七处碱基突变,其中六处属错义突变,一处属同义突变。绵羊有五处,其中包括211位、212位上发生了错义突变由T→G;223位发生了错义突变由A→C;500位发生了同义突变由A→G的点突变;846位发生了错义突变由A→G。山羊有两处,其中包括1272位发生了错义突变由T→C;1386位发生了错义突变由T→C。     

赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析

采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α–螺旋、β–转角、无规则卷曲组成。     

滩羊H-FABP基因序列测定及分析

采集2、4、6、9、12、18月龄共计120只滩羊血液标本,PCR扩增H-FABP基因,进行酶切和测序.结果表明:H-FABP基因在滩羊群体中存在多态性,扩增的目的基因序列长度分别为285 bp、258 bp.通过测序发现外显子2在236、241、249处分别发生了A→C、C→T、T→G的单碱基突变.外显子3在103、164处分别发生了T→C、G→A的单碱基突变.     

地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT1基因在贵州地方鸡品种中的作用,分析ONECUTl基因在5个地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明:4个多态位点均位于内含子上,分别是16 369位(C→A),16 517位(C→T),16 587位(C→G)和16 639位(C→T)。16 517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16 587位置和16 639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

6个鸡种腺苷单磷酸脱氨酶1基因克隆及序列分析

 以肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶之一的鸡腺苷单磷酸脱氨酶1（adenosine monophosphate deaminase 1,AMPD1）基因作为候选基因,分析了其在6个鸡种中的序列多样性,发现在525 bp的片段中共存在10个多态位点,其中120位的A→G,355位的A→G的碱基变化仅在泰和乌骨鸡、北京油鸡、茶花鸡肌苷酸含量较高的鸡种中出现,推测这两个位点与肌苷酸含量密切相关。另外该基因与体重也可能具有相关性。     

4个鸡品种VIPR-1基因遗传多样性分析

采用PCR-RFLP方法,对茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡和隐性白洛克鸡VIPR-1基因的20个位点的遗传多样性进行研究。结果表明,20个位点的基因频率在这4个群体中分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5%。独立χ2分析显示,除位点C1704887T外,其他19个位点基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异(P0.05、P0.01)。茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡与隐性白洛克鸡4个群体的平均多样性分别为0.3658(±0.0238)、0.3609(±0.0315)、0.3836(±0.0299)和0.3598(±0.0401),显著性检验差异均不显著。单倍型分析发现,在所研究的区域,泰和丝羽乌骨鸡有2个单倍型块,固始鸡有4个单倍型块,茶花鸡和隐性白洛克鸡有5个单倍型块。研究发现鸡VIPR-1基因中5个位点,单倍型块C1660256T～A1660309G以及G1680779T～C1693306T的12kb区域可能与早期生长速度有关。     

德保矮马生长激素基因的克隆与序列分析

克隆和分析德保矮马的生长激素(GH)基因全序列.阳性重组质粒测序表明:德保矮马GH基因碱基序列全长1 922 bp(GenBank登录号为EU939447),包含完整的5个外显子和4个内含子.与纯血马比较,有19个碱基位点突变,其中11个位于外显子区域,有义突变4个,第924位碱基C→T致使第70位氨基酸由Thr→Ile,第1 249位碱基C→T使第112位氨基酸Pro→Leu,第1 287位碱基A→T使第125位氨基酸Ser→Cvs,第1 309位碱基A→C使第132位氨基酸Asp→Ala.以GH编码区构建物种的亲缘进化树,GH基因在进化中比较保守.     

优质肉鸡VIP和DRD基因多态性与性成熟的关联分析

为探究鸡血管活性肠肽受体基因(VIP1和VIP2)和多巴胺受体基因(DRD1)多态性与性成熟的关系,采用PCR-SSCP和SNPs测序验证等方法对优质肉鸡F系287个个体进行了性成熟相关性状的关联分析。结果表明,VIP1基因处发现2个突变位点,分别为73352处C→T的突变,68818处T→C的突变;VIP2基因发现1个突变为36 127处A→G的突变。DRD1基因发现3个突变位点,分别为201处C→T的突变,208处A→G的突变及255处A→G的突变。与性成熟的关联性分析表明,VIP1基因73 352处的基因突变与冠高、冠长、冠重和睾丸重显著相关(P0.05),而与生长激素GH、睾酮激素TEST差异不相关(P0.05);VIP2和DRD1各处基因突变与性成熟相关指标均存在不同程度的差异显著(P0.05),但都与生长激素GH和睾酮激素TEST差异不相关(P0.05)。结果提示说明,VIP1、VIP2和DRD1基因可作为性成熟性状标记辅助选择的有效分子标记。     

广西三黄鸡脂蛋白脂酶基因的克隆及蛋白构象分析

【目的】对广西三黄鸡和爱拔益加（AA）鸡的脂蛋白脂酶基因（LPL）进行克隆与蛋白质结构分析,为后期开展LPL基因表达与鸡肌内脂肪含量相关性研究及筛选出与优质肉质相关的分子遗传标记奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的鸡“也基因序列设计引物,利用RT-PCR扩增广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因cDNA序列,经双酶切鉴定和序列测定比对分析后,应用生物软件进行蛋白质二级结构预测分析。【结果】成功获得广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因编码区序列（CDs）,大小均为1473bp,两者的同源性为99．4％;将广西三黄鸡LPL基因序列提交至GenBank获得序列号JX090309。相对于AA鸡,广西三黄鸡LPL基因CDs存在9个位点的碱基突变,其中碱基^503T→C导致氨基酸^168Val→Ala,^606T→G导致^202Asp→Glu,^1066A→G导致^366Thr→Ala,^1277C→T导致^426Ser→Phe,^1420A→G导致^474Arp→Gly,^1432G→A导致^202Glu→Lys,这6个位点为错义突变;第166、372和1305位点的碱基突变为同义突变。蛋白质二级结构预测结果表明,广西三黄鸡与AA鸡LPL的C端结构域存在空间构象差异。【结论】LPL基因突变引起的氨基酸组成变化及蛋白质二级构象改变,可能影响鸡肌内脂肪沉积,进而决定肉质的优劣,即LPL基因可作为研究广西三黄鸡肌内脂肪代谢的主要候选基因。     

肉用型乌鸡生长发育及肉用性能研究

肉用型乌鸡是通过丝羽乌鸡、山地乌鸡、本地柴鸡杂交选育而成。生产性能显著提高，60日龄体重、90日龄体重和40周龄体重以及90日龄屠宰率、半净膛率、全净膛率、胸腿肌率比丝羽乌鸡及本地柴鸡高，差异显著（p〈0．05）或差异极显著（p〈0．01），但和山地乌鸡比，差异不显著（p〉0.05）．     

文昌鸡PRL基因的克隆及序列分析

为研究文昌鸡催乳素基因的分子生物学特性和就巢机理,提取文昌鸡全血总DNA,利用特异性引物PCR技术获得文昌鸡PRL基因,将其克隆至pGM-T载体上,并测序分析.结果表明,文昌鸡PRL基因与GenBank 上已公布的白来航、泰和丝羽乌骨鸡核苷酸序列同源性分别为93.3%和93.5%,而氨基酸序列同源性均为89.6%;与其...     

猪INHA与GnRHR基因型互作效应对产仔数的影响

利用不对称PCR-SSCP、PCR-SSCP、PCR-RFLP技术检测了INHA基因、GnRHR基因在大白猪、长白猪、宁乡猪、桃源猪、大围子猪、沙子岭猪、海南五指山猪中的多态性.结果表明,INHA基因外显子Ⅱ检测到2个突变位点,即外显子ⅡG262A位点和A852G位点.在GnRHR基因5(-UTR端310 bp处有1个A→C的突变位点.分析INHA基因G262A与GnRHR基因A310C互作效应时发现,基因型的互作效应在大白猪中极显著(P<0.01),在长白猪中达到了显著水平(P<0.05).基因互作型效应最大的是AGDD基因互作型,最小的是GGEE基因互作型.分析INHA基因A852G与GnRHR基因A310C互作效应时发现,各基因型互作对总产仔数、产活仔数影响不显著(P﹥0.05).     

山羊GDF9基因多态性与产羔数关联分析研究

采用PCR-SSCP技术检测山羊GDF9基因外显子突变位点,发现编码序列第183 bp、719 bp、959 bp、1189bp处分别发生了C→A、C→T、A→C、G→A的单碱基突变。序列分析显示C183A突变没有引起氨基酸的改变,C719T突变使蛋白质第240位氨基酸残基由缬氨酸变为丙氨酸,A959C突变使第320位氨基酸残基由谷氨酰胺变为脯氨酸,G1189A突变导致第397位氨基酸残基由缬氨酸变为异亮氨酸。应用LDR技术对济宁青山羊(234只)、鲁北白山羊(90)只、沂蒙黑山羊(84只)进行GDF9四个突变位点的群体检测,利用SAS软件GLM过程对四个位点的基因型效应和产羔数进行了最小二乘分析,结果表明C183A突变对济宁青山羊和鲁北白山羊产羔数没有显著影响,但对沂蒙黑山羊的产羔数有显著影响(P<0.05),CC型产羔数比AC型多0.11只(P<0.05);C719T突变和A959C突变对济宁青山羊、鲁北白山羊、沂蒙黑山羊的产羔数均没有显著影响(P>0.05);G1189A突变对山羊产羔数没有显著影响(P>0.05),对鲁北白山羊产羔数有显著影响(P<0.05),AG型产羔数比AA型多0.42只(P<0.01),G1189A突变对沂蒙黑山羊产羔数有极显著影响(P<0.01),AA型产羔数分别比AG型、GG型多0.34只(P<0.05)、0.38只(P<0.05)。     

陕北白绒山羊H-FABP基因多态性及其与部分生产性能的相关研究

[目的]探讨陕北白绒山羊群体的遗传特性,为陕北白绒山羊的选育提高和分子标记辅助选择等提供理论和试验依据。[方法]利用PCR-SSCP技术分析253只陕北白绒山羊H-FABP基因多态性及其与生长和胴体性状的关系。[结果]结果表明:该座位存在两个突变位点(G→A和T→C),且该群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;H-FABP基因的AA型和CC型个体的周岁重差异在0.05水平显著,AA型和BB型个体的体斜长差异达0.05显著水平,其AA型与BB型、CC型个体的眼肌面积差异均在0.05水平显著,其他性状在不同基因型间均不存在差异;此外,断奶重、周岁重、胸围和眼肌面积4项指标均表现为AA>BB>CC,出生重表现为AA>CC>BB。[结论]H-FABP基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因和绒山羊肉用性能的分子标记。     

Nucleosomes suppress spontaneous mutations base-specifically in eukaryotes

It is unknown how the composition and structure of DNA within the cell affect spontaneous mutations. Theory suggests that in eukaryotic genomes, nucleosomal DNA undergoes fewer C→T mutations because of suppressed cytosine hydrolytic deamination relative to nucleosome-depleted DNA. Comparative genomic analyses and a mutation accumulation experiment showed that nucleosome occupancy nearly eliminated cytosine deamination, resulting in an ~50% decrease of the C→T mutation rate in nucleosomal DNA. Furthermore, the rates of G→T and A→T mutations were also about twofold suppressed by nucleosomes. On the basis of these results, we conclude that nucleosome-dependent mutation spectra affect eukaryotic genome structure and evolution and may have implications for understanding the origin of mutations in cancers and in induced pluripotent stem cells.     

猪PRLR基因intron 9多态性与产仔性能关联性分析

采用PCR-SSCP技术分析豫南黑猪、杜洛克猪、长白猪和大约克夏猪4个猪种PRLR基因内含子9多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AC、BB、BC及CC 5个基因型。对纯合子序列比对发现,在此区域内有5个位点突变,分别为G→A、T→G、C→A、C→G和T→G突变。采用最小二乘法分析其对产仔数影响的遗传效应,结果表明,豫南黑猪不同基因型对产仔数没有显著影响(P>0.05);外来猪种在初产产活仔数(NBA)上基因型CC型比BC型多产2.38头,差异显著(P<0.05),而在初产总产仔数(TNB)和经产产仔数上不同基因型对产仔数影响都不显著。     

鸡IGF1R基因多态性与生长和体组成性状的相关性研究

类胰岛素生长因子1型受体对细胞的生长、分化、增殖有重要调控作用,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代肉仔鸡为研究对象,采用PCR-RFLP方法,对鸡IGF1R基因外显子4的C→G(919C→G)和外显子13的T→C(2761T→C)两个突变进行多态性检测。结果表明,919C→G对股骨重有极显著影响(P<0.01),对5周龄体重有显著影响(P<0.05),对龙骨长、胫骨长和胫骨重有一定影响(P<0.1)。2761T→C突变位点对跖骨围、胫爪比率有极显著影响(P<0.01),对胫爪重、股骨重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定影响(P<0.1)。群体遗传学分析表明,919C→G、2761T→C两个位点的等位基因频率在两系间分布差异极显著(P<0.01)。因此初步推断IGF1R基因可能是控制鸡5周龄体重、骨骼生长发育的主(效)基因或与主(效)基因紧密连锁。