猪CACNA2D1基因3''''UTR单核苷酸多态性与肉质性状的效应研究

CACNA2D1基因定位在猪的第9号染色体上,其位置与影响肉质性状的QTL重叠,可作为肉质性状的候选基因.采用PCR-SSCP技术,对160头金华×皮特兰资源家系F2猪CACNA2D1基因3'端非翻译区片段进行扩增分型,共产生2种等位基因,3种基因型.通过测序发现,在CACNA2D1基因3'端非翻译区(序列DQ981407)有一单核苷酸替换(C→A).对不同标记基因型与肉质性状的最小二乘分析表明,AA基因型猪大腿肌肉的pH45值、大腿肌肉导电率和肌内脂肪含量的最小二乘均数比BB基因型分别高0.169,0.26和0.021,差异显著(P＜0.05);A等位基因的加性效应分别为0.084 5,0.133 5和0.010 5.     

可乐猪Ghrelin基因多态性及其对肉质性状的遗传效应分析

根据GenBank上的Ghrelin基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从可乐猪肌肉组织基因组中扩增出了包含Ghrelin基因全序列的特异片段,包括第一、第二外显子和第一内含子DNA序列,并进行直接测序,分析该基因与可乐猪12项肉质性状的关联性,结果表明：在Ghrelin基因第一内含子上检测到1个单碱基突变：G252A,表现出纯合型GG和杂合型GA两种基因型,其中GG基因型频率高于GA基因型频率,达65.4%,等位基因G为优势等位基因,表现为低度多态。χ2检验表明,该SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P﹥0.05)。最小二乘分析显示,Ghrenlin基因252位点对可乐猪的肉质性状无显著影响(P>0.05)。     

甘肃肉牛CAST基因的多态性及其与肉质性状的相关性研究

为研究甘肃肉牛CAST基因的多态性及与肉质性状的相关性。利用PCR-RFLP对甘肃肉牛CAST基因多态性检测并利用最小二乘法拟合线性模型探索不同基因型与肉质性状间的关系。结果表明：在CAST基因3个SNP位点中发现T750C、A557G、G556T、351处DelGTT的T/C;相关分析表明：Hga I位点的各基因型与肉质性状均差异不显著;Hpy188III位点的剪切力值,AT基因型显著高于AA基因型;Acl I位点在剪切力值上Hh基因型显著高于HH基因型,HH基因型在失水率上显著高于hh基因型。鉴定了CAST基因是影响肉质性状的候选基因。     

中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系。本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究。结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点,其中4个位点Ho、He和PIC值较低属于中低度多态,8个位点属于高度多态。卡方适合性检验表明,10个位点处于HarDY-Weinberg平衡状态(P>0.05)。各位点遗传变异与屠宰性状进行关联分析显示,位点1不同基因型个体在肉色性状方面差异显著(P<0.05),位点2不同基因型个体在大腿肉厚方面差异显著(P<0.05),位点3不同基因型个体在胴体重、屠宰率、眼肌面积和大腿肉厚几个重要屠宰性状差异显著(P<0.05),在肉色性状达到了差异极显著(P<0.01)。位点3杂合子AB基因型为优势基因型,其他位点AA为优势基因型。本研究表明,CACNA2D1基因可以作为中国西门塔尔牛部分屠宰性状候选基因,尤其是位点3可以作为中国西门塔尔牛屠宰性状的重要潜在分子标记,从而为中国西门塔尔牛现代育种提供一定...     

不同品种牛IGF-I基因5'调控区序列的多态性分析

采用PCR-SSCP方法,检测134头牛IGF-I基因5'调控区的多态性.结果表明,在外显子1上游510 bp处检测到1个C→T的碱基突变,有2个等位基因和3种基因型.统计结果发现,在夏洛莱牛和草原红牛群体中等位基因A占优势,但是在利木赞牛群体中却是等位基因B占优势,西门塔尔牛群体中2种等位基因的比例相对平均.AB基因型在4个群体中均为优势基因型.夏洛莱牛、西门塔尔牛、利木赞牛群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而草原红牛群体处于非平衡状态(P<0.05).为今后对牛的肉质性状研究打下分子生物学基础.     

牦牛CAPN4基因启动子区突变对胴体及肉质性状的影响

为检测CAPN4基因在牦牛群体中的多态性,分析CAPN4基因启动子区突变对甘南牦牛胴体及肉质性状的影响,寻找与牦牛此类性状相关的分子遗传标记。采用PCR-SSCP技术检测830头甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛CAPN4基因启动子区突变并分析其多态性,运用SPSS 19.0软件中的GLM模型分析基因突变对甘南牦牛胴体及肉质性状的影响。牦牛CAPN4基因启动子区存在a.-1222GA的单碱基突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型。相关性分析结果表明,a.-1222GA的突变对不同年龄甘南牦牛胴体和肉质性状有一定影响,其中4,6岁牦牛BB型个体熟肉率显著高于AA型或AB型(P0.05);3,6岁牦牛AB型个体失水率显著高于BB型或AA型(P0.05),而5岁牦牛BB型个体肌肉失水率显著高于AA型(P0.05);3,5岁牦牛BB型个体的眼肌面积显著高于AA和AB型(P0.05)。等位基因A对4,6岁牦牛熟肉率、各龄牦牛肌肉保水性和眼肌面积均存在不利影响;除5岁牦牛携带等位基因A个体的胴体重显著低于未携带者外,该突变对其他年龄段牦牛胴体重及全部牦牛个体的肌肉嫩度无显著影响。CAPN4基因启动子区a.-1222GA突变影响不同年龄段甘南牦牛部分胴体及肉质性状,可作为甘南牦牛此类性状的遗传标记。     

猪TLR6基因Msp I多态性与生长性状相关性研究

本研究旨在阐明猪TLR6基因片段多态性及其与生长性状之间的关系,利用PCR-RFLPs技术检测405头猪TLR6基因片段Msp I酶切位点的多态性,结果表明：该位点具有两种等位基因T\C, 在大围子猪、沙子岭猪、宁乡猪和黔邵花猪各群体中的频率分别为0.136/0.864、0.189/0.811、0.186/0.814、0.281/0.719。C等位基因是群体中的优势等位基因,该基因座处于Hardy-Weinberg平衡状态。利用最小二乘分析研究了该多态位点对初生体质量、45日龄体质量、60日龄体质量、4月龄体质量、6月龄体质量、6月龄体高、6月龄体长、6月龄胸围等生长性状的影响。结果显示：TT基因型个体对4月龄体质量性状影响达极显著水平（P<0.01）;TT基因型4月龄体质量比CC型高25.92%;对45日龄体质量、6月龄体质量、体长和胸围性状影响达显著水平（P<0.05）,TT基因型45日龄体质量比CC型高12.46%、6月龄体质量高7.20%、6月龄体长高7.62%、6月龄胸围高7.24%。由此可知,猪TLR6基因不同基因型对生长性状有着重要的影响,是猪育种应用中的一个潜在遗传标记。     

不同品种牛IGF-I基因5′调控区序列的多态性分析

采用PCR-SSCP方法,检测134头牛IGF-I基因5′调控区的多态性。结果表明,在外显子1上游510bp处检测到一个C→T的碱基突变,有两个等位基因和三种基因型。统计结果发现,在夏洛莱牛和草原红牛群体中等位基因A占优势,但是在利木赞牛群体中却是等位基因B占优势,西门塔尔牛群体中两种等位基因的比例相对平均。AB基因型在4个群体中均为优势基因型。夏洛莱牛、西门塔尔牛、利木赞牛群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P﹥0.05）,而草原红牛群体处于非平衡状态（P﹤0.05）。为今后对牛的肉质性状研究打下分子生物学基础。     

牦牛LPL基因外显子7多态性与生长性状相关性的研究

采用PCR-SSCP技术对5个牦牛品种共398头牦牛脂蛋白脂肪酶基因(LPL)外显子7进行了多态性研究,分析了该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛LPL基因外显子7存在2个等位基因3种基因型.各群体在该基因座上呈Hardy-Weinberg平衡状态.三种基因型与牦牛部分生长性状的最小二乘法分析表明,该位点多态与牦牛的体重、体高、胸围存在显著相关(P<0.05),BB型个体体重、体高、胸围显著高于AA和AB型个体.初步推断牦牛LPL基因第7外显子可作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一.     

庄河大骨鸡GHR基因的多态性及其遗传效应分析

为了探究庄河大骨鸡GHR基因的多态性与屠宰性状相关的遗传标记。以17周龄庄河大骨鸡为试验材料,利用PCR-RFLP标记技术、最小二乘法分析了GHR基因群体遗传结构与屠宰性状的关联。结果表明：GHR基因的多态性信息含量为0.285,属于中度多态,存在3种基因型,其基因型的频率分别为：0.3575、0.3825、0.26,等位基因M和N的频率为0.54875和0.45125;MM型基因型公母鸡的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重和平均日增重分别显著的高于MN型和NN型的公母鸡(P<0.05)。GHR基因的MM型对鸡的屠宰性状有显著影响。     

草原红牛H-FABP基因单核苷酸多态性及其对肉质的影响

通过选择对肉质性状有影响的优势基因型作为遗传标记,为草原红牛的继续选育提供理论依据。运用PCR-SSCP方法对草原红牛H-FABP基因5′-调控区进行研究,分析其与肉质性状的相关性。草原红牛H-FABP基因5′-调控区136位点一个T碱基的插入突变,142位点发生了G-A转换。相关分析结果表明剪切力在AA和AB、BB基因型间差异极显著（P〈0.01）,AB与BB基因型间差异不显著（P〉0.05）,其余肉质性状不同基因型间差异均不显著（P〉0.05）。H-FABP基因对草原红牛嫩度有显著影响。     

中国西门塔尔牛SCD1基因多态性与肉质性状的相关分析

利用Illumina HD SNP技术对484头中国西门塔尔牛SCD1基因的遗传变异及其与部分肉质性状的相关性进行了分析.结果表明,该群体中存在7个SCD1基因的SNP位点.SCD1基因第4内含子存在A8605G、A9229G与A10050C 3个SNP位点;第5内含子存在1个SNP位点A12304G;3' UTR区存在A13655G、C14790T与A15565G 3个位点.A8605G位点的B等位基因为优势等位基因,频率为0.748,其他位点等位基因频率在0.4 ～0.6之间.x2检验结果显示,SCD1基因的所有SNPs均处于哈代-温伯格平衡状态(P＞0.05).SCD1基因的7个SNPs位点全部为中度多态,杂合度和有效等位基因数均较高.SCD1基因SNP多态性与肉质性状的关联分析表明,SCD1基因对肌内脂肪含量、剪切力、大理石花纹等级和脂肪颜色有一定的影响,可以作为改善牛肉质量进行标记辅助选择的重要候选基因.     

猪SLA-DQA基因外显子4多态性分析

采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.250.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。     

中国西门塔尔牛CANA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系.本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究.结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点...     

中国荷斯坦牛HSP70基因3＇-非翻译区多态性与耐热性的关联分析

用PCR-SSCP和测序技术研究了541头中国荷斯坦奶牛热休克蛋白70(HSP70)基因的3'-非翻译区的多态性,并研究了多态性对奶牛产奶性状和耐热性状的影响。设计引物扩增片段大小549 bp,通过PCR-SSCP技术发现参与试验的奶牛出现了3个复等位基因:A、B和C,6种基因型:AA、AB、AC、BB、BC和CC基因型。测序发现复等位基因是由3个新的突变引起的,第6 400、6 600和6 601位碱基分别发生了G/C、C/T和G/A突变。χ2适合性检验表明,该群体在这三个位点的突变没有达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。中国荷斯坦牛BB基因型个体红细胞钾含量和产奶量下降率显著低于其他基因型个体(P0.05),表明BB型的中国荷斯坦牛耐热性能优于其他类型。BB基因型个体305 d产奶量高于其他5种基因型的个体,进一步说明BB基因型可能在选育高产抗热应激奶牛中得到应用。     

秦川牛CS-1 基因SNPs 检测及其与胴体、肉质性状相关性研究

【目的】检测秦川牛CS-1基因的SNPs多态性,并将其与秦川牛胴体和肉质性状进行关联分析。【方法】采用PCR-SSCP方法对485头秦川牛CS-1基因第3外显子进行SNPs多态性检测,分析其与部分胴体、肉质性状的关系; 【结果】在CS-1基因第3外显子191碱基处发现C→A突变,201碱基处发现C→T突变。检测到A和C两个等位基因,其基因频率分别位0.1381和0.8619。方差分析结果表明：胴体性状方面, AC 型个体背部皮下脂肪厚显著高于CC 型个体(P＜0.05);在肉质性状方面,AC 型个体的大理石花纹显著高于CC 型个体（P<0.05）,AA 型和AC 型个体的嫩度要显著优于CC 型个体(P＜0.05);其余性状差异不显著; 【结论】揭示可以用该多态性位点(CS-1 Exon3) 对秦川牛的胴体性状和肉质性状进行标记辅助选择。     

糖皮质激素受体（GR）基因内含子7长度多态性与猪脂肪性状相关研究

应用特异PCR技术检测了猪糖皮质激素受体（GR）基因内含子7长度多态性,并分析其与脂肪性状的相关性。结果表明：凉伞猪、龙潭猪群体中GR基因内含子7长度多态性发现有A和B两个等位基因存在,该两种等位基因A/B频率在两个群体中分别为0.2286/0.7714和0.2008/0.7992。B等位基因是群体中的优势等位基因,该基因座在两群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。建立混合模型方程组分析该长度多态对猪脂肪性状的效应,结果显示,猪GR基因内含子7长度多态的不同基因型与肌内脂肪、肩部膘厚、腰部膘厚、6～7肋膘厚、板油质量等性状显著相关（P<0.05）。表明猪GR基因内含子7长度多态对猪脂肪沉积有一定的影响。     

中国荷斯坦牛BOLA-DRB3外显子2的PCR-SSCP多态性分析

通过PCR-SSCP法对中国荷斯坦牛BoLA-DRB3基因的外显子2进行多态性分析.在223个个体中共获得10种等位基因,其中D等位基因频率最高为0.228 7,A等位基因频率最低为0.013 5;等位基因型18种,其中FG基因型频率最高,为0.125 6,其次为HH,基因型频率为0.112 1;ML基因型频率最低,为0.004 5.另外分析发现,在不同家系中,DRB3基因外显子2等位基因具有特异性,等位基因的类型和频率存在比较明显的差异.差异显著性分析表明,D等位基因对305 d产奶量和305 d乳蛋白量有明显的负效应,ME基因型个体305 d乳脂量显著低于其他个体.结果表明中国荷斯坦牛的BoLA-DRB3外显子2具有丰富的多态性,并具有家系分布的特异性.     

豫南黑猪及3个引进猪种FSHβ和PRLR基因多态性与产仔性能的关系

检测FSHβ和PRLR基因多态性及其对豫南黑猪和3个引进猪种产仔性能的影响.采用PCR-RFLP方法,对豫南黑猪、杜洛克猪、长白猪和大约克夏猪4个猪种进行FSHβ基因和PRLR基因多态性检测,并采用最小二乘法分析其对产仔性能的影响.结果表明,对于FSHβ亚基基因,豫南黑猪在初产总产仔数与产活仔数方面,基因型CC型比AC...     

四引物分子标记鉴定水稻光合效率基因TAC1的不同基因型

水稻(Oryza sativa)的株型含株高、分蘖、穗型和叶型等性状,其表现与光合效率直接相关。一般地,籼稻(Oryza sativa ssp.xian)株型松散,而粳稻(Oryza sativa ssp.geng)更为紧凑。松散型的籼稻自身遮蔽少,通风好,植株光合效率高;紧凑株型的粳稻适应密植,通过提高单位面积植株数量提高总体光合效率。控制籼粳稻分蘖角度差异的主效基因是TAC1基因。相比TAC1xian,发生在tac1geng的3'非翻译区(3'UTR)的A→G突变导致mRNA稳定性下降,从而影响了粳稻的株型。2个等位基因分别属于单株高光效基因型和整体高光效基因型,处于杂合状态下还可互补,因此建立可精确选择TAC1等位基因的分子标记在育种实践中意义重大。本研究利用扩增受阻突变系统(amplification refractory mutation system,ARMS)的原理,开发出包含4条引物的共显性分子标记,鉴定TAC1的功能单核苷酸多态性(functional nucleotide polymorphism,FNP)。该分子标记命名为tac1fnp,同TAC1完全连锁,一次PCR反应即可精确区分2种等位基因及杂合基因,有助于水稻的高光效分子标记辅助选择育种。