重庆辣椒病毒病病原初步鉴定和分析

利用斑点免疫杂交法（Dot-ELISA）和RT-PCR法对重庆地区发生的辣椒病毒病的病原进行了鉴定和优势病毒分析。利用5种常见蔬菜病毒的血清对采自重庆8个区县的152份辣椒病毒病样品进行Dot-ELISA检测,结果表明,共有118份辣椒样品检测呈阳性,其中,黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）的侵染最普遍,总检出率高达57.89%;番茄花叶病毒（Tomato mosaic virus,ToMV）的总检出率最低,为22.52%;烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）、芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）和蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）的总检出率分别为30.26%、36.18%和24.34%。在118份阳性样品中,有66.10%的样品受两种及以上病毒复合侵染,其中33.33%的样品受到CMV和TuMV复合侵染,有26.27%的样品受3种病毒复合侵染。设计5种病毒的特异性引物,随机选取16份阳性样品进行RT-PCR扩增,克隆测序结果表明扩增片段确实是5种病毒的相应序列,且RT-PCR与ELISA检测结果基本吻合。检测结果表明CMV是重庆地区辣椒上的优势病毒种类,且该地区辣椒上病毒复合侵染现象普遍。本文首次报道了ToMV和TuMV侵染辣椒。     

侵染番茄的苎麻花叶病毒分子特征及其基因序列分析

为明确侵染贵州番茄的菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)病毒种类及其变异分化情况,将采自贵州省关岭县的番茄病毒病样品提取DNA,用Begomovirus通用引物BegoAFor1/BegoARev1进行PCR检测,并用J4F/J4R引物扩增并克隆该分离物的DNA-A全长序列,用RaMV-B-F/RaMV-B-R扩增并克隆该分离物的DNA-B全长序列,所获序列用MEGA软件构建系统进化树,分析其亲缘关系。结果表明,该分离物序列与已报道Ramie mosaic virus(苎麻花叶病毒,RaMV)序列相比,其DNA-A的核苷酸一致性在94.7%～95.5%之间,DNA-B核苷酸一致性在90.4%～92.4%之间。从系统进化树分析,RaMV-GZ的DNA-A和DNA-B与中国其他地区的RaMV DNA-A和DNA-B序列都聚在一支。综上可知,侵染贵州番茄的Begomovirus为苎麻花叶病毒,且其与中国不同省份的RaMV亲缘关系较近。     

利用siRNA高通量测序和RT-PCR技术鉴定引起茄子斑驳紫花病的病毒种类

为了明确引起茄子斑驳紫花病的病毒种类,利用小干扰RNA(si RNA)高通量测序技术,结合生物信息学方法寻找茄子样本中的病毒序列,发现存在烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)。为了验证该结果,对待测样品中TMGMV和ToMMV的外壳蛋白(coatprotein,CP)全长基因进行RT-PCR扩增和系统进化分析,分别得到500bp的TMGMV-CP和482bp的ToMMV-CP特异性条带,与GenBank中TMGMV和ToMMV序列相似性分别达到98%～100%和100%,说明待测样品中确实存在TMGMV和ToMMV。对采自山东、河南、辽宁、河北等地的23份疑似斑驳紫花病茄子样品,分别采用特异性引物524-F/R和ToMMV-F/R进行检测。结果显示,所有样品中均含有TMGMV,20份样品中含有ToMMV,复合侵染检出率为86.96%。对茄子、番茄和辣椒幼苗的致病性检测显示,接种后茄子花表现出与田间相同的症状,茄子、番茄和辣椒的叶片表现典型的病毒侵染症状,在接种发病组织中检测到病毒ToMMV和TMGMV。结果表明,茄子斑驳紫花病样中鉴定出TMGMV和ToMMV两种病毒。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒核酸试纸条检测技术的建立

以黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)阳性样品为研究对象,根据其外壳蛋白基因设计3条引物和2条探针,探针5′端分别用生物素和荧光进行标记;利用这套引物和探针在59℃进行RT-PCR恒温扩增90min,扩增产物用核酸试纸条进行检测。用其它5种同样侵染葫芦科作物的植物病毒作为对照进行试验,以期确定试纸条检测方法的特异性。将梯度稀释后的总RNA作为模板进行检测,以确定该方法的灵敏度。结果表明:该试验建立的核酸试纸条检测方法对CGMMV具有特异性,能够有效区分CGMMV及同样侵染葫芦科作物的黄瓜花叶病毒(CMV)、辣椒轻斑驳病毒(PMMoV)、烟草花叶病毒(TMV)、番茄花叶病毒(ToMV)和小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV);同时该方法也具有较高的灵敏度,可检测低至24.300ng·μL~(-1)的总RNA。因此该试验建立的核酸试纸条法可用于CGMMV的快速检测。     

番茄褪绿病毒在湖南省首次发生

2016年7月在湖南省蔬菜病害调查中发现,4种茄科蔬菜表现出叶脉间褪绿、叶片黄化等症状,疑似被番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,To CV)感染,同时叶片背面聚集了大量烟粉虱。采用To CV热激蛋白(heat shock protein 70,HSP70)序列的特异性引物对采集的番茄、茄子、辣椒、马铃薯样品和烟粉虱样品进行RT-PCR检测,均扩增出目标条带,且扩增序列与北京番茄To CV分离物(KC887999.1)部分序列相似度为99.0%,确认采集样品被To CV感染。4种茄科蔬菜To CV的感染率达70%~100%;发病叶片上烟粉虱的带毒率为66.7%~87.5%;鉴定出烟粉虱的生物类型为MED烟粉虱。这是湖南省首次确认该病毒,需要引起关注和加强防范。     

广西辣椒病毒病调查及病原种类初步鉴定

对广西9个市县辣椒病毒病的发生情况进行初步调查,并采用双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA)鉴定75份辣椒疑似病毒病样本的8种常见蔬菜病毒。结果表明,桂南、桂中地区辣椒病毒病发生普遍较桂西、桂北地区的严重。共有71份辣椒样本检测呈阳性,其中辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,Chi VMV)的侵染最普遍,总检出率最高,达63.38%,为广西辣椒的优势病原种类;甜椒叶脉斑驳病毒(Pepper vein mottle virus,PVMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMo V)、辣椒环斑病毒(Chilli ring spot virus,Chi RSV)的侵染也很普遍,总检出率分别为56.34%、43.66%、35.21%和33.80%。在71份阳性样本中,有87.32%的样本受2种及2种以上病毒的复合侵染,受2种或3种病毒复合侵染的分别占32.39%和29.58%;2种病毒复合侵染类型中,以ChiVMV+CMV、PVMV+PMMo V复合侵染最普遍,均占21.74%;3种病毒复合侵染类型中,以Chi VMV+CMV+PVMV复合侵染最普遍,占23.81%。     

烟草花叶病毒山西番茄分离物的全基因组序列测定及分析

为明确山西省晋中市侵染番茄的病毒种类,采用双链RNA(double-stranded RNA,ds RNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病番茄进行分子鉴定。序列测定及分析发现,具有花叶、卷曲症状的番茄为烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)所侵染。进一步克隆TMV番茄分离物(TMV-SXFQ)的全基因组序列,得到TMV-SXFQ(Gen Bank登录号为JX993906)全长为6 394 bp,含4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。序列比对分析表明,TMV-SXFQ与烟草花叶病毒属其他分离物的同源性为86.3%~99.6%;系统进化分析表明,TMV-SXFQ与韩国分离物IM聚为一簇、亲缘关系最近。     

四川省攀西地区南瓜、甜菜和辣椒部分病毒种类的ELISA检测

利用马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）和马铃薯X病毒（Potato virus X,PVX）的多克隆抗体,以及烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）、蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）及芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）的单克隆抗体,采用抗原直接包被ELISA法对四川省攀枝花、西昌和德昌地区的南瓜、甜菜和辣椒上采集的病毒病样品进行了检测。结果表明,在87份样品中PVY的侵染最普遍,总检出率达74.71 %|CMV、TMV、TuMV、BBWV-2和PVX的总检出率分别为12.64 %、13.79 %、22.99 %、10.34 %和14.94 %。在87份样品中,仅发现TuMV、PVX及PVY的单独侵染|其余25份样品均检测到2种以上病毒的复合侵染,总检出率为34.72 %。表明攀西地区蔬菜上病毒复合侵染现象普遍,PVY是该地区蔬菜上的优势毒原。     

重庆地区侵染抱子芥和茎瘤芥的病毒及其株系的分子鉴定

为了明确当前重庆地区抱子芥和茎瘤芥病毒病的病原种类和株系,在重庆13个区县的18个乡镇采集疑似病毒感染的样品进行病毒RT-PCR检测和株系分析。结果表明:在57份抱子芥样品中,黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和芸薹黄化病毒(Brassica yellows virus,BrYV)的检出率分别为31.58%、85.86%、49.12%、59.65%和77.19%,其中87.72%的样品受两种及以上病毒的复合侵染,45.61%的样品受3种病毒的复合侵染;在41份茎瘤芥样品中,CMV、TuMV、PVX和BrYV的检出率分别为36.59%、73.17%、75.61%和70.73%,其中80.49%的样品受两种及以上病毒的复合侵染,51.22%的样品受3种病毒的复合侵染。对各检出病毒分离物CP基因进行扩增、序列测定和系统发育分析,明确抱子芥和茎瘤芥中TuMV分离物归属于TuMV的World-B组;CMV分离物归属于CMV亚组Ⅰ;PVX分离物归属于PVX的X3株系;BrYV和TMV与已报道的病毒株系CP基因核苷酸序列具有很高的相似性,存在一定的地域相关性,BrYV为重庆地区首次报道。     

重庆南瓜病毒病病原ELISA 检测及CMV 变异分析

 利用7 种植物病毒的抗体,对采自重庆7 个区县的67 份南瓜病毒病样品进行了抗原直接包被酶联免疫吸附分析（ACP-ELISA）检测。检测结果表明,在这67 份样品中,至少59 份感染了所要检测病毒,其中,感染黄瓜花叶病毒 (Cucumber mosaic virus, CMV)、烟草花叶病毒 (Tobacco mosaic virus,TMV)、番茄花叶病毒 (Tomato mosaic virus, ToMV)、芜菁花叶病毒 (Turnip mosaic virus, TuMV)、蚕豆萎蔫病毒2 号 (Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)、马铃薯Y 病毒 (Potato virus Y, PVY)和马铃薯X 病毒(Potato virus X, PVX) 的样品分别为80.60%、77.61%、74.63%、82.09%、76.12%、83.58%和55.22%。在检测呈阳性的59 份样品中有93.22%的样品受到2 种以上病毒的复合侵染,而受7 种病毒复合侵染的样品高达60.00%,表明在南瓜上病毒复合侵染现象相当严重。进一步对54 份受CMV 侵染的南瓜样品检测发现,CMV 亚组Ⅰ (CMVⅠ) 病毒侵染的样品有49 份,占90.74%,CMV 亚组Ⅱ (CMVⅡ) 病毒侵染的样品为11 份,占20.37%;其中6 份（11.11%）样品检测到CMVⅠ和CMVⅡ的复合侵染。以免疫捕获反转录PCR (IC-RT-PCR) 扩增了一个CMVⅠ分离物 (CMV-CQ) 近全长CP 基因并进行序列分析,结果证实其属于CMV 亚组Ⅰ型,其核苷酸序列与国内CMVⅠ型赤豆分离物 (CMV-RB) 的同源性最高,为98.1%。     

重庆市辣椒TMV和CMV的鉴定

1997～ 1999年在重庆市郊辣椒产区采集病毒病标样 16 2个 ,采用生物学鉴定、血清学鉴定及稳定性试验进行检测 ,结果表明 ,重庆市辣椒病毒病主要由CMV和TMV复合侵染所致 ,其检出率分别为 79.0 %和 5 4.2 %。TMV单独为害检出率较低 (7.5 % ) ,CMV单独侵染的频率较高 (32 .3 % )     

北京地区南瓜病毒病病原种类鉴定

为明确北京地区南瓜病毒病种类及其主要侵染病原,2016~2017年在北京周边采集疑似感染病毒的南瓜病样84份,并根据南瓜上的6种病毒特异性引物对其进行反转录PCR(RT-PCR)检测。结果表明:共有79份南瓜病样检测显示阳性,其中黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的检出率最高,为52.38%;其次是小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)和西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV),检出率分别为44.01%、14.29%,其他病毒暂未检出。此外,16.67%的样品受2种病毒复合侵染,CMV和ZYMV复合侵染占7.14%,ZYMV和WMV复合侵染占9.52%。北京地区南瓜上优势病毒种类为CMV,且存在病毒复合侵染现象。     

接头连接介导的PCR 扩增马铃薯抗晚疫病基因侧翼序列研究

利用接头连接介导的PCR 技术，以前期NBS profiling 试验获得的1 条马铃薯抗晚疫病基因
片段为基础，设计巢式基因特异性引物，扩增获得两侧序列。结果表明：基因组DNA 经DraⅠ酶切后，
在已有536 bp 片段的左侧和右侧均得到序列延伸，右侧扩增得到2 301 bp，左侧扩增得到820 bp，去除
边界序列后，向左延伸789 bp，向右延伸2 273 bp，拼接后共长3 443 bp。采用GENSCAN 进行基因预测，
发现包含内含子在内的晚疫病抗性基因全长2 413 bp，在该预测基因 的UTR 区域设计特异性引物，在马
铃薯抗病和感病的基因型中扩增包含完整基因在内的2 571 bp 序列，发现该特异候选基因与晚疫病抗性相
连锁。     

柿果ACC合成酶基因的克隆与植物表达载体的构建

以柿果组织中分离的总RNA为模板,经RT-PCR扩增到约1.1 kb的富有柿果ACC合成酶(Fuyu-ACS)的 基因片段,将此片段克隆到pGEMR-T easy vector上,经测序分析与Genbank中平核无柿果的DK-ACS1基因核苷酸 序列的同源性为99％。设计了2对带限制性内切酶位点的特异性引物,以测序质粒为模板,PCR扩增到2个ACS- Fuyu片段。2个片段经双酶切消化后,分别以正反2个方向插入到植物表达载体pBI121的35 S启动子和NOS终止 子之间,构建成Fuyu-ACS基因的植物表达载体。     

番茄褪绿病毒与番茄黄化曲叶病毒复合侵染的分子鉴定

2013 年秋季，在山东寿光设施番茄植株上采集到叶片脉间褪绿黄化、叶片边缘卷曲、叶片皱缩，后期叶片变厚、变
脆，并伴随着植株矮化的疑似番茄褪绿病毒和番茄黄化曲叶病毒复合侵染的样本。分别利用番茄褪绿病毒（Tomato chlorosis
virus， ToCV）外壳蛋白基因（CP）序列引物CP-F/CP-R 和番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus， TYLCV）特异
引物TY1-R/TY1-F、TY2-R/TY2-F、TY3-R/TY3-F 对其进行检测、扩增，分别得到774 bp（GenBank 登录号KC709510）
和2 781 bp（GenBank 登录号KJ546418）的核苷酸序列。经序列测序后表明，KC709510 与GenBank 已登录的番茄褪绿病毒
ToCV-BJ （KC311375）分离物相似性为99.6%，KJ546418 与GenBank 已登录的番茄黄化曲叶病毒TYLCV-SDWF-L7（KC999850）
分离物相似性为99.6%。     

苹果柱型基因Co的一个AFLP 标记的SCAR转换

 将苹果柱型基因的一个AFLP 标记成功地转换成了简单实用的SCAR 标记。首先对AFLP 标记片段进行序列测定, 然后根据序列特点设计了两对特异引物CoA1/ CoA2 和CoA1/ CoA3 , 每条引物长20 bp。PCR 结果表明CoA1/ CoA2 可以扩增出216 bp 和148 bp 两条带, 其中216 bp 的为柱型性状的特征带; CoA1/CoA3 可以扩增出273 bp 和205 bp 的两条带, 其中273 bp 的为柱型性状的特征带。两对引物在杂交后代中扩增出的特征带与柱型性状的分离重组率都很低(CoA1/ CoA2 为6. 3 % ±2. 5 %; CoA1/ CoA3 为7. 3 % ±2. 6 %) , 所以它们都可以作为该SCAR 标记的特异引物所用。     

柑橘酸性转化酶基因片段的克隆

分析植物液泡和细胞壁转化酶基因的保守区序列，分别设计一对PCR引物，以柑橘基因组DNA为模板，采用PCR方法分别扩增出长约740 bp和530 bp的DNA片段，分别克隆入pBS－T 和pMD18－T载体，进行测序，结果表明，获得柑橘酸性转化酶基因家族的两个成员，成员A和B基因片段分别长742 bp和524 bp。其序列已在GenBank中登记（登记号分别为AF014925和AF314197）。在GenBank中进行同源性检索，结果表明，成员A编码的氨基酸与植物液泡酸性转化酶的氨基酸同源性较高，与拟南芥的最高，达76％，而成员B编码的氨基酸与植物细胞壁酸性转化酶的氨基酸同源性较高，与豌豆的最高，达71％。两成员核苷酸和氨基酸序列同源性分别为55％ 和50％，推测酸性转化酶基因成员A 和B编码的蛋白分别定位于液泡和细胞壁。     

中国商陆抗病毒蛋白基因的克隆及其转化辣椒的研究

本研究的目的是获得抗病毒病的辣椒材料,为选育抗病毒病辣椒品种奠定基础。根据美洲商陆抗病毒蛋白基因序列设计引物,从中国商陆（Phytolacca acinosa）叶片基因组DNA扩增克隆缺失无毒型中国商陆抗病毒蛋白基因（PacPAP1,构建该基因的植物表达载体,采用农杆菌介导的叶盘法转化辣椒,对转基因植株进行分子检测、TMV及CMV的人工接种鉴定,接种25d后,统计发病情况。结果表明：克隆得到缺失无毒型PAP基因PacPAP,大小为714 pb,与美洲商陆抗病毒蛋白基因（PamPAP）的同源性为99.7%;得到了PacPAP1整合入辣椒基因组中的阳性植株;接种TMV、CMV阴性对照植株都明显发病,转PacPAP1基因植株未出现症状,说明转PacPAP1辣椒植株可获得抗TMV和CMV材料。     

韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发

利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个，其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT（2.54%）、CA/TG（2.29%）、GAA/TTC（1.85%）和AAG/CTT（1.60%）。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间，其中小于20 bp的有11 128个（84.88%），大于20 bp的有1 983个（15.12%）。根据这些SSR位点，共设计出3 311对SSR引物，在随机选取的208对引物中有164对（78.85%）能进行有效扩增，其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41，鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明，基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。