鸡传染性法氏囊病超强毒Gx及其致弱株基因组B节段的克隆和序列分析

用蛋白酶K法分离提取了鸡传染性法氏囊病病毒强毒株Gx及其致弱株Gt的病毒核酸dsRNA,应用随机引物将RNA反转录成cDNA,以此为模板用长距离一步法扩增出全长基因B节段,将其克隆入PMD18-T载体,进行了测序,并用DNAStar软件进行序列分析.测序结果表明,克隆的Gx株B节段全长为2 827bp,与超强毒参考株UK661的同源性为88.2%,与强毒参考株Harbin-1株的同源性达96.3%;克隆的Gt株B节段全长为2827bp,与弱毒参考株P2的同源性达99.5%.而Gx株与Gt株B节段的核苷酸的同源性只有89.8%;vvIBDV-Gx、IBDV-Gt株B节段全长的获得将为进一步构建感染性分子克隆奠定必要的基础.     

鸡传染性法氏囊病超强毒Gx与疫苗毒Gt在鸡体内的复制研究

本试验利用鸡传染性法氏囊病超强毒Gx及其致弱疫苗毒Gt为对象,研究超强毒与弱毒株在鸡体主要免疫器官内的复制情况,以探讨两类毒株表现不同生物特性的原因。分别利用鸡胚半数致死量和鸡胚成纤维细胞半数感染量对超强毒Gx和疫苗株Gt进行病毒滴度的测定;再利用荧光定量RT-PCR对两类毒株进行病毒量的校准。以相同量的病毒对2周龄SPF鸡进行攻毒。攻毒试验表明超强毒Gx能造成47.5%的死亡,法氏囊、脾脏、胸腺等免疫器官均严重损伤;而疫苗毒Gt无致死,且未能造成任何病理可见的损伤。病毒的体内复制情况表明超强毒相对于疫苗毒复制更为迅速,病毒载量更高。     

鸡传染性法氏囊病活疫苗（Gt株）对超强毒株HLJ-4和Gx株的免疫保护试验

本研究用传染性法氏囊病活疫苗(Gt株)免疫3周龄SPF雏鸡,免疫两周后,分别用IBDV超强毒株HLJ-4株与Gx株进行攻毒,攻毒剂量为10ELD50/0.1ml,攻毒结果表明:传染性法氏囊活疫苗(Gt株)能抵抗HLJ-4和Gx的攻击,SPF鸡保护率达100%。     

传染性法氏囊病病毒超强毒株HLJ-0504全基因组克隆及其新特征分析

为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)HLJ-0504株的分子生物学特征,本研究利用融合PCR技术获得HLJ-0504株全基因组序列。核苷酸和推导氨基酸序列遗传演化分析发现,HLJ-0504A节段位于IBDV超强毒的分枝上,而B节段则介于超强毒株和减毒株之间,形成一个独立分枝,属于一株新的自然重组病毒。VP2抗原性预测分析表明,HLJ-0504株VP2第Ⅰ亲水区中的氨基酸发生突变(D212N),该突变可能导致了HLJ-0504株抗原性发生漂变。本实验结果为深入研究IBDV的分子特征奠定了基础。     

O型与A型口蹄疫重组标记疫苗病毒株的制备及鉴定

为研制针对我国边境地区(尤其是西南边境)流行的A型口蹄疫(FMD)的标记疫苗储备病毒株,本研究通过化学合成东南亚地区流行的A型口蹄疫疫毒(FMDV)A/VN/03/2009株的P1基因,将其插入含FMDV编码非结构蛋白3A aa91-aa105位缺失的O/HN/93病毒全长重组质粒p OFS/3A_(91-105)中,构建FMDV A型和O型嵌合的全长重组质粒p O/3A_(91-105)-AP1。该重组质粒经NotⅠ酶切线性化后转染于表达T7 RNA聚合酶的BSR/T7细胞中,拯救得到FMDV重组病毒。间接免疫荧光、RT-PCR和序列测定结果表明拯救的FMDV为正确的A型和O型间嵌合及3A aa91-aa105缺失的重组病毒。病毒蚀斑和一步生长曲线表明拯救病毒的感染性和复制能力稍低于其亲本病毒。该型间嵌合标记病毒的成功拯救为研制防控边境地区A型FMD的储备疫苗奠定了基础。     

不同毒力传染性法氏囊病病毒衣壳蛋白酵母双杂交诱饵载体的构建及鉴定简

传染性法氏囊病病毒（infectious bursal disease virus,IBDV）毒株Gx（超强毒株）、F9（中等毒力毒株）、Gt（弱毒株）遗传背景高度相似,但生物学性状差异显著。为研究不同毒力毒株与宿主细胞相互作用的分子细节,本研究将IBDV Gx、F9、Gt毒株的衣壳蛋白VP2基因克隆入pGBKT7载体,分别构建了诱饵载体pGBGxVP2、pGBF9VP2和pGBGtVP2。经Matchmaker Gold Yeast Two-hybrid System验证,结果显示所构建的3个诱饵载体均无自激活作用,对酵母细胞无毒性作用。本研究为利用酵母双杂交系统深入研究IBDV与宿主相互作用奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒3'-UTR碱基缺失对病毒复制影响的初步研究

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)3'-非编码区(UTR)在病毒复制过程中具有重要作用,本研究经序列比对发现,与经典PRRSV相比,高致病性PRRSV(HP-PRRSV)3'-UTR中第17位碱基G(鸟嘌呤)发生缺失。为进一步探究3'-UTR中该碱基缺失对3'-UTR二级结构和PRRSV复制效率的影响,本研究在HP-PRRSV HuN 4感染性克隆株的基础上,将缺失碱基补平,得到突变病毒HuN 4-3'-UTR-(17+G)。复制动力学结果显示突变病毒HuN 4-3'-UTR-(17+G)在48 h和96 h病毒滴度均较亲本病毒HuN 4株显著降低(p0.05),表明3'-UTR第17位碱基G的缺失增强了HP-PRRSV的复制能力;同时第17位碱基对应的茎环区域的缺失不影响病毒拯救,其还可以作为标记疫苗的分子标签。本研究结果为进一步探究PRRSV复制的分子机制奠定了基础。     

两株传染性法氏囊病病毒5′和3′非编码区结构分析

采用快速扩增cDNA末端 (RACE)方法测定了我国超强毒株Harbin 1和经典弱毒株CJ80 1的非编码区。在两株病毒基因组A节段中 ,Harbin 1的 5′非编码区包括 10 0个核苷酸 ,CJ80 1包括 96个核苷酸 ;两个毒株B节段的 5′非编码区均含有 111个核苷酸。Harbin 1毒株A节段的 3′非编码区含 95个核苷酸 ,CJ80 1含 94个核苷酸。Harbin 1毒株B片段的 3′非编码区含 79个核苷酸 ,CJ80 1含 82个核苷酸。结构分析表明 :超强毒株Harbin 1与细胞适应株CJ80 1的 5′和 3′端非编码区在一级和二级结构上均存在差异。Harbin 1与欧洲超强毒株的关系最近 ,CJ80 1与欧洲细胞适应株同源性最高。IBDV非编码区结构特征的研究为进一步研究IBDV非编码区的功能 ,阐明其与病毒复制调控和毒力的关系奠定了基础。     

两株传染性法氏囊病病毒5‘和3’非编码区结构分析

采用快速扩增cDNA末端（RACE）方法测定了我国超强毒株Harbin-1和经典弱毒株CJ801的非编码区。在两株病毒基因组A节段中，Harbin-1的5‘非编码区包括100个核苷酸，CJ801包括96个核苷酸；两个毒株B节段的5‘非编码区均含有111个核苷酸。Harbin-1毒株A节段的3‘非编码区含95个核苷酸，CJ801含94个核苷酸。Harbin-1毒株B片段的3‘非编码区含79个核苷酸，CJ801含82个核苷酸。结构分析表明：超强毒株Harbin-1与细胞适应株CJ801的5‘和3‘端非编码区在一级和二级结构上均存在差异。Harbin-1与欧洲超强毒株的关系最近，CJ801与欧洲细胞适应株同源性最高。IBDV非编码区结构特征的研究为进一步研究IBDV非编码区的功能，阐明其与病毒复制调控和毒力的关系奠定了基础。     

猪瘟病毒Thiverval株3'非编码区插入片段对病毒拯救的影响

猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3'-UTR含有一定长度的插入序列.本研究通过反向遗传学操作,构建了3'-UTR含有19 nt、32 nt以及插入片段完全缺失的CSFVThiverval株全长cDNA感染性克隆,将突变病毒基因组进行体外转录,利用BHK-21细胞转染、PK-15细胞传代增殖的方式成功的从3种重组突变感染性克隆中拯救出活病毒粒子,表明CSFV疫苗株3'-UTR插入片段并不影响病毒的拯救.通过3'-UTR二级结构模拟,发现疫苗株的插入片段导致3'-UTR空间构型发生改变、自由能升高、影响二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一.     

鸡传染性腔上囊病病毒Gt株全基因组序列分析及真核表达载体的构建

采用一步法长距离RT-PCR克隆了IBDV Gt株全基因组，对其核苷酸和氨基酸序列进行了系统分析。在IBDV Gt株全基因组中引入分子标签，且在基因组两端分别引入锤头状核酶结构（HamRz）和丁肝病毒核酶结构（HdvRz）。将带有分子标签和核酶结构的IBDV基因组插入载体pCAGGS的口肌动蛋白启动子下游，构建了IBDV真核表达载体pCAGGmGtAHRT和pCAGGmGtBHRT，为IBDV新型高效拯救平台的构建及基于此的病毒基因功能奠定了基础。     

鸡传染性法氏囊病病毒VP3基因的克隆与原核表达

IBDV是一种无囊膜的双节段双股RNA病毒，属于双RNA病毒科（Birnaviridae），禽双链RNA病毒属（Avibirnavirus），IBDV基因组由A、B两个双链RNA节段组成，A节段编码VP2、VP3、VP4、VP5蛋白，B节段编码VPI蛋白。     

传染性法氏囊病病毒Gt株基因组A节段的克隆和序列分析

利用SPF鸡胚对鸡传染性法氏囊病超强毒vvIBDV-Gx株进行培育,通过鸡胚成纤维细胞对病毒进行传代致弱,使其成为弱毒株IBDV-Gt.从细胞适应毒中提取病毒dsRNA,通过反转录,使用Long-accurate PCR(LA-PCR)用一对引物一步直接扩增IBDV-Gt基因组A节段全长cDNA的方法,得到一约3.30kb的片段.测序结果证明已获得3255bp的A节段全长,对vvIBDV-Gx株和IBDV-Gt株的全部核苷酸及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明IBDV-Gt株与国内外数株IBDV弱毒株的同源性在99%以上.     

传染性法氏囊病病毒自然重配株全基因组序列分析

从具有新的流行病学特征的传染性法氏囊病(IBD)发病鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒(IBDV),分别命名为QL和ZZ-11,对4周龄SPF鸡的致死率分别为94%和86%。为分析该毒株的分子生物学特征,对其全基因组序列进行了测定,2个病毒株基因组A节段长度为3 260bp、B节段长度2 827bp。病毒演化分析结果显示2个病毒基因组A节段的核苷酸序列与已发表的强毒株序列的同源性分别为96.8%⁹8.1%和96.9%98.1%和96.9%⁹8.4%,处在IBDV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89.7%98.4%,处在IBDV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89.7%⁹0.4%和90.0%90.4%和90.0%⁹0.7%,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ-11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段77790.7%,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ-11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段777⁷82位核苷酸序列为GGTGCC,没有KpnⅠ酶切位点,具有弱毒株的序列特点。以上分析结果表明,QL和ZZ-11为IBDV自然重配株,A节段源于超强毒株,而B节段源于弱毒株。     

传染性法氏囊病超强毒Gx株VP3基因在病毒致弱过程中的变异研究

利用SPF鸡胚对鸡传染性法氏囊病超强毒vvIBDV Gx株进行培育，通过鸡胚成纤维细胞对病毒进行传代致弱，对其结构蛋白VP3基因核苷酸及推导的氨基酸序列进行分析，从而揭示vvIBDV Gx从超强毒力向弱毒力转化过程中基因的序列变化规律。对不同代次细胞毒序列分析的结果表明，细胞毒在第8代以前，VP3基因序列没有改变，与标准超强毒HK46株氨基酸同源性达99％以上；细胞毒第9代核苷酸和氨基酸序列发生了改变；10代毒VP3基因与标准弱毒P2株氨基酸序列同源性达100％；细胞适应毒传至20代，其VP3基因序列不再改变。从而说明，vvIBDV Gx株在致弱过程中，VP3基因也随之改变。     

鸡传染性法氏囊病病毒流行株VP1部分序列及VP2高变区序列分析

为了对鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的13个地方分离株与3个商品疫苗株的VP1-b基因(756 bp～1 522 bp)进行同源性和遗传进化分析,本研究对其进行RT-PCR扩增和序列测定.结果表明,获得的VP1-b基因长度均为767 bp; 13个分离株VP1-b节段核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7 ％～100％和72.9％～100％,其中10株超强毒分离株与经典株、弱毒株、疫苗株的同源性较高,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7％～100％和94.5％～100％,所有12个超强毒分离株与超强毒参考病毒株的同源性均较低,核苷酸同源性仅为68.2％～79.2％;在遗传进化分析中,所有病毒株被分为3个分支,与相应病毒株的基于IBDV-VP2高变区(vVP2)序列的遗传进化树比较并结合同源性分析结果表明,除了弱毒株HUN0804之外,其它12个分离株可能均为重组病毒.据此推测,基因重组可能是目前IBDV流行的新趋势.     

传染性法氏囊病病毒自然重配株全基因组序列分析

从具有新的流行病学特征的传染性法氏囊病（IBD）发病鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒（IBDV）,分别命名为QL和ZZ—ll,对4周龄SPF鸡的致死率分别为94％和86％。为分析该毒株的分子生物学特征,对其全基因组序列进行了测定,2个病毒株基因组A节段长度为3260bp、B节段长度2827bp。病毒演化分析结果显示2个病毒基因组A节段的核苷酸序列与已发表的强毒株序列的同源性分别为96．8％～98．1％和96．9％～98．4％,处在IB—DV超强毒株分支上;而B节段与已发表的弱毒株序列的同源性分别为89．7％～90．4％和90．0％～90．7％,位于弱毒株分支上。IBDV超强毒株和弱毒株序列特征氨基酸残基与基序分析表明,QL和ZZ—11两个病毒株的A节段VP2基因的氨基酸残基为222A、249Q、253Q、254G、256I、294I和299S,七肽基序为SWSASGS,均符合超强毒株的分子特征;而B节段777～782位核苷酸序列为GGTGCC,没有KpnI酶切位点,具有弱毒株的序列特点。以上分析结果表明,QL和ZZ—11为IBDV自然重配株,A节段源于超强毒株,而B节段源于弱毒株。     

鸡传染性法氏囊病病毒(ZJ2000)基因组B节段全长的克隆及其毒力位点的分析预测

将本实验室保存的ZJ2000株囊毒加生理盐水研磨后接种9～10日龄鸡胚增殖病毒，收集尿囊液透析纯化，用蛋白酶K法提取病毒基因组dsRNA。通过RT-PCR获得基因组B节段全长的eDNA。并将其克隆到PUC18-T载体中进行测序。同时，本研究对GenBank中登录的IBDV基因组B节段进行了大量分析，发现B节段的5＇-NCR存在1个基因高突变区，并且ZJ2000株的5＇-NCR可形成独特的二级结构。经过对VP1一级结构的大量分析，筛选出B节段中17个可能对IBDV毒力产生影响的候选毒力位点，并在此基础上又对这些位点氨基酸的特性进行统计分析，进一步探讨了这些位点对VP1功能影响的可能性，为深入研究IBDV基因组B节段对其毒力的影响作了有益的探索。     

LA-PCR快速克隆传染性法氏囊病病毒基因组A节段全长cDNA方法的建立

从浙江省某鸡场暴发疑似传染性法氏囊病 (IBD)的法氏囊病料中分离到 1株致死率高达 70 %的强毒株 (IBDV-ZJ2 0 0 0 )。通过筛选 ,采用效果最理想的蛋白酶 K法从法氏囊中提取病毒基因组 RNA,经 L i Cl纯化后 ,优化各种反应参数和条件 ,建立了 L ong- accurate PCR(L A- PCR)一步直接扩增 IBDV A节段全长 c DNA的方法 ,得到一约 3.2 6 kb的片段。L A- PCR法能快速从病鸡法氏囊和细胞适应毒中扩增 A节段全长 c DNA,为研究各 IBDV毒株 A节段的结构和功能打下了基础。     

鸡传染性法氏囊病毒基因组A节段编码前体多聚蛋白的遗传踪迹分析

为研究鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)毒力变异的分子机理,本实验采用进化踪迹分析方法对GenBank中登录的28个毒力不同的IBDV参考病毒株的基因组A节段编码的前体多聚蛋白(NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH)推导的氨基酸序列进行分析。结果表明超强IBDV与标准IBDV的差异位点集中在第299位、451位、680位、715位和751位氨基酸上;致弱IBDV与标准IBDV的差异位点在第242位、253位、330位和981位氨基酸。该结果为进一步研究IBDV的毒力变异奠定基础。