陕西等地区豆科植物根瘤内生细菌遗传多样性和系统发育研究

采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。     

油菜内生细菌种群多样性分析

植物内生细菌(Endophytic bacteria)指定殖在植物组织内部但不引起明显病害症状的细菌。内生细菌对其宿主具有许多生物学作用,如促进植物生长,帮助植物抵抗病虫害侵袭等,因而植物内生细菌概念提出的时间虽然较短,但已引起了多学科科学家们的广泛关注。本研究对油菜不同组织器官中的内生细菌进行了系统分离并初步归类,利用16S rD-NA序列系统发育分析对分离获得的内生分离物进行了鉴定。从健康油菜的根、茎、叶、柄部位共分离获得122株内生细菌,其中根部分离到29株,叶部25株,叶柄24株,茎部44株。根据菌落大小、形态、颜色、突起特征、边缘特…     

白芨内生细菌组成及多样性分析

[目的]调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据.[方法]应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异.[结果]获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sph ingomonas,3226%)、地杆菌属(Pecobacter,16.13%)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90%)、Kaistobactc届(6.45%)、希瓦氏菌属(Shcwanclla,6.45%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45%)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23%)8个属.[结论]鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群.Illumina MiSeq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性.     

文山石漠化地区豆科植物根瘤菌的16SrDNA序列分析

为研究和利用云南省文山石漠化地区豆科植物根瘤菌的种质资源多样性,对从文山地区豆科植物根瘤分离获得的13株根瘤菌株进行16S r DNA全序列分析,并与相关参比菌株的16S r DNA序列进行比较及聚类分析,建立13株文山石漠化地区豆科植物根瘤菌的发育树状图,初步确定13株豆科植物根瘤菌的分类地位,为以后石漠化生态修复中种植豆科植物接种适宜的根瘤菌提供种质资源。     

基于16SrRNA测序的不同青稞种子内生细菌多样性分析

本文旨在研究不同青稞种子内生细菌的多样性.采用组织分离法,对50种青稞种子进行内生细菌的分离,通过16S rRNA测序进行多样性分析,结果表明:分离获得了90株内生细菌,有10个优势种,其中4种细菌在50种青稞种子中出现的频率在50％以上,依次为:炭疽杆菌(B.anthracis)、暹罗芽孢杆菌(B.siamensis...     

烟草内生细菌多样性研究

为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85 和红花大金元3 个烤烟品种进行内生细菌的 分离和16S rDNA 序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27 株内生细菌分 别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis（33%）、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides（4%）、芽孢杆菌属Bacillus sp.（11%）、肠杆菌属Enterobacter sp.（4%）、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.（4%）、热带根瘤菌Rhizobium tropici（4%）、假单胞菌属Pseudomonas sp.（4%）、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.（4%）,芽孢杆菌属 Bacillus sp. 为优势细菌类群。3 个品种的 Shannon index（H′）以K326 最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红 花大金元最低、为1.3。     

木薯不同组织内生细菌多样性的比较分析

为研究木薯（Manihot esculenta）内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎（韧皮部）内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且...     

天府花生内生细菌种群多样性研究

通过对四川省重点推广的4个花生品种——天府11号、12号、13号和岳易各生育期、各部位内生细菌种群动态的系统研究,分离出内生细菌170株,其中放线菌15株;鉴定结果表明,天府系列花生内生细菌共16个属,其中芽孢杆菌属11个种,为花生内生细菌的优势种群。对链霉菌属放线菌进行了抗菌性检测,其中13株对枯草芽孢杆菌有拮抗作用,淡紫灰类群菌株11-02和13-10的抑菌效果最为显著。     

薄荷内生细菌的多样性及组成分析

为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S rDNA\|V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷（样品名BH）的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2538。薄荷内生细菌分布于以下10个属：食酸菌属（Acidovorax,65.34%）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,17.32%）、土地杆菌属（Pedobacter,5.88%）、甲基杆菌属（Methylobacterium,4.33%）、Luteolibacter属（1.94%）、土壤杆菌属（Agrobacterium,153%）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium,1.30%）、金黄杆菌属（Chryseobacterium,0.92%）、黄杆菌属（Flavobacterium,0.78%）、Dyadobacter属（0.67%）;薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属（Acidovorax,65.34%）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,17.32%）。Illumina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。     

文山地区石漠化成因、危害及防治

云南省是全国岩溶分布最广和石漠化严重省份之一,文山州是云南省石漠化最严重的地州。通过对石漠化的成因、危害、治理模式进行归纳和总结,以期对文山州及云南地区石漠化预防和治理起到指导和参考作用。     

基于TM影像的文山州岩溶地区石漠化监测

运用2005年文山州TM影像资料及典型地区TM7个波段数据,对文山州岩溶地区石漠化土地进行研究,建立石漠化分级的遥感影像解译标志,生成文山州各县石漠化分布图,在Arcview平台上解译,参考其他相关资料及图件,对文山州岩溶地区石漠化现状进行监测,建立文山州石漠化监测空间数据库。     

粤北石漠化地区不同土地利用类型水流失研究

在粤北阳山县江英镇设计了祼地、耕地、草坡地3种类型的石漠化试验样地,现场观测降雨在上述3种样地所产生的径流量,分析粤北石漠化地区不同土地利用类型的水流失情况。结果表明,在粤北石漠化地区,绝大部分的雨水下渗成为土壤水和裂隙水,其中祼地的降雨有91.36%下渗,耕地的降雨有95.85%下渗,草坡地的降雨有97.53%下渗。地表径流量祼地>耕地>草坡地,草坡地地表径流深最小,其次为耕地,最大是祼地,说明草坡地对降雨截流的效果最好。     

非寄主植物可培养内生细菌防治桉树青枯病研究

为筛选对桉树青枯病有防治效果的内生细菌,采用抑菌圈法,测定从青枯菌的非寄主植物中分离的内生细菌对青枯菌的拮抗作用,并分别在水培和土壤系统中测定其防治作用以及内生特性。结果表明:从蒜、葱、洋葱和葡萄内分离的14种可培养内生细菌中,只有菌株SH、SB、PT、C1和C2对青枯病菌具有拮抗作用;SH对C1具有拮抗作用,C2对SH有拮抗作用;在水培系统中,菌株SH对桉树青枯病的防治效果最好;在土壤系统中菌株PT、SH具有防治作用;菌株SH具有内生性,将桉苗浸于SH菌液中24 h,内生菌能侵入到桉苗茎部。     

加快毕节地区石漠化生态治理及可持续发展进程的探讨

毕节地区土地石漠化的不断加剧和贫困落后互为因果,在岩溶山区极具典型性和代表性。根据毕节地区石漠化成因以及石漠化危害,结合已开展过的石漠化防治工作经验,在此基础上提出对加快石漠化生态治理及可持续发展进程的探讨。     

海南粗榧内生真菌多样性分析

以海南五指山自然保护区海南粗榧为研究对象,从423个表面消毒的组织块中,分离获得416个内生真菌菌株。通过形态学观察和ITS-rDNA 序列分析对分离得到的真菌进行鉴定,分别归入12个属,10属为半知菌,2属为子囊菌。结果表明,在海南粗榧不同组织中,刺盘孢属（Colletotrichum）、拟茎点霉（Phomopsis）均为优势类群,其中,刺盘孢属在叶中最多,拟茎点霉属在树干皮、根皮中最多。此外,镰孢霉属（Fusarium）为树干皮的优势类群,球二孢属（Lasiodiplodia）为根皮的优势类群,双胞束梗霉属（Didymostilbe）为叶的优势类群;Shannon-Wiener多样性指数（H忆）为0.97~1.83,不同组织之间的相似性系数（CS）为0.63~1.00曰分离得到的菌株中,WZS7165、WZS7240及WZS7277与已报道基因序列的相似性分别只有97%、92豫、88豫,具有进一步研究的价值,以确定其是否为微生物新种资源。     

茅苍术叶片可培养内生细菌多样性及其促生潜力

对江苏省道地药材茅苍术叶片可培养内生细菌的多样性及其固氮、解磷、解钾、产生长素的能力进行研究.依据菌落形态的不同,共分离得到52株内生细菌.能正常传代培养的45株内生细菌经ARDRA分析后归入14个聚类簇,簇内菌株的BOX-PCR指纹图谱相似度不高,在属水平上显示出茅苍术内生细菌丰富的多样性.各聚类簇代表菌株16S rDNA的序列分析表明分离得到的内生细菌与泛菌属、微杆菌属、短杆菌属、农杆菌属、假单胞菌属、芽孢杆菌属细菌亲缘关系相近,优势内生细菌与假单胞菌属细菌亲缘关系相近.45株能正常传代培养的内生细菌中,有10株能够在无氮培养基上正常生长,具固氮潜力.使用nifH基因通用引物对其基因组进行扩增后,除ALEB 33外,其它9株内生细菌均可获得与nifH基因片段大小相近的条带.分别使用NBRIP培养基和蒙金娜有机磷培养基筛选后获得19株和15株能够溶解磷酸钙和卵磷脂的内生细菌,其中ALEB 43溶解无机磷的能力最强,达(251.43±6.55) mg/L;ALEB 4A溶解有机磷的能力最强,达(23.63±1.46) mg/L.部分内生细菌溶解无机磷的能力与其产酸能力呈正相关,而菌株溶解有机磷的能力却无此相关性.通过硅酸盐培养基的筛选,获得具有解钾潜力的菌株24株.43株内生细菌能够将色氨酸转化为生长素,其中ALEB 44产生长素的能力最强,达(268.44±10.12) μg/mL.本研究首次揭示了江苏省道地药材茅苍术体内丰富的内生细菌资源及其促生长潜力,对进一步阐述茅苍术与内生菌之间的相互关系具有重要意义.     

广西石漠化地区水土保持效应评价指标体系研究

石漠化造成水土资源的损失和破坏已经成为限制广西地区经济发展的严重问题,建立一套广西特有的评价指标体系可以科学、合理地评价广西地区的水土保持效应,对广西地区水土保持工作的开展具有重要意义。结合广西地区基岩裸露、成土缓慢、植被生长困难等石漠化特点,依据《水土保持综合治理效应计算方法》(GB/T 15774—2008),通过广西水利厅提供的水文站资料、县志、年鉴等历史资料集成、野外小流域采样调查、原位监测等方法,总结出涵盖包含社会、生态、经济3大方面在内的9类指标构成的初选指标体系。通过主成分分析方法,对指标进行降维,并结合相关分析、通径分析、敏感性分析的结果,分析各主成分中指标主要的作用途径,对指标的敏感性进行检验,筛除冗余指标,使得到的指标体系涵盖内容较为全面,指标信息重叠较少,代表性较强,最终形成包涵8个生态效应指标、7个经济效应指标、1个社会效应指标的水土保持效应指标体系。其中,生态效应指标对石漠化地区水土保持影响较大的前3位分别为林草措施面积(11.21%)、蓄水措施有效面积(11.10%)、有效土层厚度(6.28%),经济效应指标影响较大的前3位分别为林果产品产量(15.11%)、粮食生产量(14.95%)、第三产业总产值(14.74%),社会效应指标为负向指标,说明城镇化水平越高,人类活动对生态环境破坏越严重,越难以治理。本研究最终构建的指标体系为深入讨论生态效应补偿机制提供了必要的技术支持,为优化广西石漠化地区水土保持工作配置提供了一定的科学依据。      

山苍子（Litsea cubeba）可培养内生细菌的多样性

【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16S rDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16S rDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16S rDNA进行排序,构建NeighborJoining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】 共分离得到52株山苍子可培养内生细菌（根23株、茎8株、叶7株、果实14株）,分属于芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、Paenochrobactrum、普罗威登斯菌属（Providencia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和Lysinibacillus共7个属的16个种,其中芽孢杆菌属细菌40株,与Bacillus tequilensis、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）3个种最接近的内生细菌占分离细菌株数的69.2%;根及果实中的可培养内生细菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎、叶;叶与果实可培养内生细菌的Jaccard指数最高,达0.56,其余均较低。【结论】山苍子可培养内生细菌在植株内部的分布既有种属特异性,又有器官相似性。     

石蝉草内生细菌多样性及其特征

采用菌落表征性状统计和16SrRNA基因序列分析法,对石蝉草根、茎、叶内生细菌的数量分布、群落组成和遗传多样性进行初步研究。从各组织器官中分离出内生细菌383株,通过菌落表征性状,以类平均连锁聚类法进行聚类分析,在欧氏距离为0的水平上可聚为19个亚群。多样性分析结果表明,19个亚群隶属于8属13种;其数量表现为叶根茎,多样性表现为茎叶根,其中鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas和寡养单胞菌属Stenotrophomonas为石蝉草内生细菌的优势属。