耐恩诺沙星沙门菌gyrA和gyrB基因的分子特征分析

为了探究临床分离的沙门菌对恩诺沙星的耐药机制,通过微量肉汤稀释法测定18株临床分离的沙门菌对恩诺沙星的敏感性,然后选取其中对恩诺沙星耐药的菌株,利用PCR扩增其gyrA和gyrB基因,并将扩增产物进行序列测定,最后用DNAMAN软件将测序结果与NCBI上公布的沙门菌标准野生型菌株(LT2)的gyrA和gyrB基因序列进行比对分析。结果显示,18株临床分离的沙门菌中有4株为耐药菌株,耐药率22.2%。对4株耐药菌株的gyrA和gyrB基因比对分析发现,gyrB基因未见突变,而gyrA基因有3个氨基酸位点突变,分别是Ser83→Phe或Leu(突变率100%)、Asp87→Asn(突变率75%)、Asn200→Asp(突变率25%);其中恩诺沙星最小抑菌浓度(MIC)≥16.000μg/mL的3株菌均是在83、87位出现双突变,而恩诺沙星MIC为4.000μg/mL的1株菌则是在83、200位出现双突变。结果表明,沙门菌对恩诺沙星产生耐药性与gyrA基因的突变密切相关,gyrA基因喹诺酮耐药区(QRDR)的双突变可使沙门菌对恩诺沙星的耐药性增强,提示Asp87的突变可能增强了Ser83位点突变所介导的耐药性,但非QRDR区的Asn200不能发挥增强耐药性的作用。     

细菌分类鉴定方法的研究概况

对细菌常规鉴定法、细菌的数值分类和自动化鉴定、化学分类法和分子遗传学分类鉴定法作了具体的介绍和全面的总结 ,从而为临床和科研中细菌鉴定方法的选择应用提供参考依据。     

16S rRNA基因序列分析技术在细菌分类中应用的研究进展

由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。     

PCR相关技术在植物病原细菌检测和鉴定中的应用

PCR及其相关技术用于体外扩增DNA、RNA具有灵敏、快速、简便等优点,已经广泛应用于植物病原细菌的检测.本文综述了real-time fluorescent PCR、REP-PCR、Immuno-RCR、RAPD-PCR、Nested-PCR等技术的原理及其在植物病原细菌检测和鉴定中的应用现状.     

细菌分类学方法研究概况

对细菌分类鉴定中采用的传统分类法、数值分类法、化学分类法、遗传学分类法等多项分类技术作了详细的介绍和全面的总结,从而为临床和科研中选择和应用恰当的细菌分类鉴定方法提供参考依据。     

大樱桃根癌病原细菌分类地位鉴定

从烟台地区采集13份大樱桃根癌病样本,分离纯化出26个菌株,致病性测定表明23个菌株在指示寄主番茄上具有致病性;进一步经生理生化反应、碳源利用、选择性培养基等试验鉴定出16个根癌病菌菌株为Agrobacterium tumefaciens生物型2,占69.57%,为优势种群,其余7个菌株为生物型1.对大樱桃根癌病菌分类地位的确定为今后病原菌的系统研究和病害防治提供了理论基础.     

植物病原细菌的分类进展

 综述了现代细菌分类研究中的多元分类和系统发育分类的特点和应用,阐述了植物病原细菌从高级分类单元(界、门、纲)至属、种及亚种(致病变种)水平上的分类进展,讨论了该领域的研究现状和前景.     

鸡源大肠杆菌中QRDR基因的检测

为分析鸡源大肠杆菌对喹诺酮类药物的耐药机制,使用PCR技术从对喹诺酮类药物具有耐药性的大肠杆菌中扩增出喹诺酮耐药决定区(QRDR)基因。通过对所测序列结果的分析,得到DNA促旋酶和拓扑异构酶Ⅳ基因(gyrA、gyrB、parC、parE)的突变位点及其氨基酸的表达情况。根据基因型研究QRDR的流行病学情况,可指导喹诺酮类药物的临床合理用药。     

外排泵基因在志贺菌分子分类中的应用

志贺菌属(Shigellae)是感染性腹泻的重要病原菌之一,志贺菌H24是临床多耐药株.在H24的分类过程中,发现血清分型和16S rRNA分类都有一定的局限性,16S rRNA不能直接把H24鉴定至种,通过分析H24外排泵基因emrE、cmr、ydhE、acrB基因序列信息,尝试利用外排泵的基因序列信息对志贺菌进行鉴定分类.结果表明,H24外排泵基因emrE、cmr、acrB和ydhE具有很强的进化保守性,未发现染色体上的外排泵基因在不同种属之间有明显的水平转移痕迹,对志贺菌仅用16S rRNA基因序列信息连属的分类都不能做到,但结合emrE和cmr的基因序列信息可直接将志贺菌鉴定到种,首次提出以外排泵基因为分子靶标对志贺菌和大肠杆菌进行快速分类的方法.     

植物病原细菌分类新进展

 按照现行细菌分类系统,植物病原细菌分属于原核生物界4个门中的3个,即:薄壁菌门、厚壁菌门、软壁菌门。目前为止,植物病原细菌共包括25属,120种,19亚种及219致病变种。分类地位变化较大的属有Corynebacterium,Erwinia,Pseudomonas及Xan-thomonas。     

Cloning and Sequence Analysis of gyrB Gene of Fluoroquinolones-resistant Salmonella Isolated from Chickens

Nine strains resistant to five fluoroquinolones (Ciprofloxacin, Ofloxacin, Enrofloxacin, Danofloxacin,Sarafloxacin) were isolated from clinical samples and extracted the chromosomal DNA of these strains. Designed primers to amplify the Quinolone-resistance-determining region (QRDR) of gyrB gene, then the PCR products were cloned and the sequence was analyzed. In comparison with the standarded strain NCTC5776, no mutation was found in the QRDR of gyrB gene of all resistant strains. The result indicated that the QRDR of gyrB has little relationship with fluoroquinolone resistance to salmonella.     

水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因表达载体的构建

[目的]构建水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因的表达载体。[方法]利用长片段PCR在抗白叶枯病水稻品种扎昌龙中扩增长10.6 kb的候选基因,将其通过Asc I单酶切克隆至植物表达载体pCAMBIA1300中,并对阳性克隆进行质粒PCR、酶切检测和测序分析。[结果]试验成功构建了水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因的表达载体。[结论]该研究为进一步研究Xa31(t)基因的功能奠定了基础。     

一种改进的基因表达数据分类方法

从分类算法和特征基因选择两个方面研究基因表达数据的分类,将传统的Support Vector Machines(SVM)算法和K-nearest neighbor(KNN)算法两者结合成为一种应用于基因表达数据分类的算法,并针对基因表达数据分类数据集“样本少,维数高”的特点,提出了一种改进的基于相关性的递归特征消除算法(简称为C-RFE),消除了数据冗余．实验结果表明,新方法可有效提高分类准确率和特征选取的效率．     

细菌阿特拉津氯水解酶基因的功能及其应用

简要介绍了能降解除草剂阿特拉津的细菌的种类和它们的生物降解途径、阿特拉津氯水解酶的功能和定向进化的研究进展,以及阿特拉津氯水解酶基因atzA在污染土壤生物修复和转基因植物研究中的应用。     

基于高频小波系数分类器的图像文本信息的非监督检测

图像文本信息的定位与识别在数字图像信息、视频数据库和Web地址的检索应用中十分重要.但文本信息通常镶印在图像的复杂场景中,其检测相当困难.提出了一种能够自动水平校准检测不同大小、字体、颜色和语种的图像文本信息的鲁棒方法.它首先对待测图像进行小波变换,将高频小波系数的分布状况作为文本区与非文本区的统计特征,然后应用K-均值算法分类出图像中的文本区,再经过投影分析以更精确地定位.最后,生成作为OCR引擎输入值的二值文本图像.所提出的检测方法的性能通过试验得到了验证.     

细菌纤维素及其在食品中的应用

利用微生物进行纤维素发酵的研究有很长的历史,但真正认识其实用价值的时间较短。目前,对细菌纤维素较为成功的应用是在造纸、医药、化妆品等行业。对于食品行业,细菌纤维素可作为一种重要的成型剂、增稠剂、分散剂等,改善食品的口感,作为膳食纤维的来源。笔者主要介绍了细菌纤维素的起源,产生细菌纤维素的菌种,细菌纤维素的理化性质、优点,以及细菌纤维素在食品中的应用。     

抗虫转Bt基因水稻外源转基因成分环介导等温扩增技术检测方法的建立及应用

以转基因Bt水稻品种科丰6号为主要研究对象,利用环介导等温扩增技术(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP),针对cry1Ac晶体蛋白毒素基因的6个区域设计4条特异性引物,利用一种链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)在65℃保温30min,通过荧光显色完成对转基因检测工作。结果显示,该LAMP方法能够特异性检测cry1Ac基因,其最低定性检测限是传统PCR方法的10倍。本研究建立的针对转基因水稻cry1Ac基因的LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合转基因抗虫水稻的快速检测。     

虾夷马粪海胆致病菌强壮弧菌的PCR检测方法

强壮弧菌Vibrio fortis是虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius的一种致病菌.为建立强壮弧菌的PCR检测方法,根据强壮弧菌gyrB基因的高度变异区序列设计引物,筛选出特异性强的3对引物VF-6、VF-7及VF-8,分别对强壮弧菌S0907及20株参比菌株进行PCR扩增,结果显示,3对引物均对强壮弧菌扩增出与预期大小一致的目的基因片段且参考菌株无扩增条带.以不同稀释度的菌悬液制备的DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低细菌浓度分别为4.1×104、4.1×103、4.1 ×102cfu/mL;对不同稀释度的细菌DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低DNA含量分别为1.4、0.14、0.014 pg/μL.试验结果表明:3对引物的特异性均较好,但灵敏度存在差异,其中以VF-8为引物的PCR检测方法最佳;使用以VF-8为引物的PCR检测方法对实验室养殖海胆及其生境样品进行初步检测,健康海胆、养殖海水及投喂的海带均为阴性,而自然海域海水中带有一定量的强壮弧菌.     

海水希瓦氏菌(Shewanella aquimarina)PCR检测方法

海水希瓦氏菌（Shewanella aquimarina）是虾夷马粪海胆的一种致病菌。为建立海水希瓦氏菌PCR快速检测方法,根据海水希瓦氏菌gyrB基因的高变区序列设计3对引物,随后进行了其特异性和灵敏度分析。结果显示引物SA-9可扩增出片段大小为815 bp的海水希瓦氏菌特异片段。引物可检测的最低细菌量为4.6×103 cfu/mL,最低DNA含量为3.15×10-4 ng/μL。表明以SA-9为引物的PCR检测方法特异性强,灵敏度高。 另外以该方法对海胆及其生境样品进行初步检测,发现健康海胆、养殖海水及投喂海带为阴性,而自然海域的海水具有一定量的海水希瓦氏菌。     

玉米PEPC基因和抗白叶枯病基因Xa25的水稻聚合育种

利用转玉米PEPC基因水稻HPTER(高感水稻白叶枯病)和抗白叶枯病水稻HX-3(具有抗白叶枯病基因Xa25)杂交,获得F1杂种,并对F1杂种进行花药培养,获得42株二倍体植株。通过对这些植株后代进行抗白叶枯病性鉴定,PEPC酶活性和光合速率测定及PCR检测,最后获得同时具有玉米PEPC基因和抗白叶枯病基因Xa25的水稻聚合株系7个,这些株系的农艺性状较HPTER有较大改善,可作为培育高产、抗白叶枯病水稻新品种的种质资源。