MMP19基因在5个猪群体内的多态性分析

试验采用PCR-RFLP技术分析猪基质金属蛋白酶19基因(MMP19基因)多态性,并检测该基因在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪共501头猪群体内的基因型频率和等位基因频率。结果表明,MMP19基因在5个猪群体内呈现不同基因型。MMP19基因在杜洛克、长白和梅山猪群体内检测出TT、TC和CC共3种基因型。在大白猪和申农猪群体内检测出TC和CC基因型。在杜洛克群体内的基因型频率:TT为0.01、TC为0.41、CC为0.58;在长白猪群体内的基因型频率:TT为0.01、TC为0.44、CC为0.55;在梅山猪群体内的基因型频率:TT为0.03、TC为0.84、CC为0.13;在大白猪群体的基因型频率:TC为0.03、CC为0.97;在申农猪群体内的基因型频率:TC为0.40、CC为0.60。除在梅山猪外,在其余4个猪群体内CC型为优势基因型;在5个猪群体内C等位基因为优势等位基因。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB（bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB）基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746A > G和852G > A位点均未检测到多态性,804G > C位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960C > T位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804G > C和960C > T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。804G > C位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响（P > 0.05）。960C > T位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头（P < 0.01）;英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头（P < 0.05）,极显著高于CT基因型2.118头（P < 0.01）;加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头（P < 0.05）,死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头（P < 0.05）。960C > T位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

山羊Callipyge基因型的检测

本试验扩增了波尔山羊、南江黄羊和承德无角山羊3个品种113个个体的Callipyge基因长度为493 bp的片段。 经测序，发现一个SNP位点，第184 bp处C→T。对Callipyge限制性酶切位点（Fok I）的PCR-RFLP的多态性进行分析，在波尔山羊和南江黄羊两个品种中表现多态性，得到CC、CT和TT 3种基因型，波尔山羊群体中基因型频率分别为0.6571、0.3143、0.0286，南江黄羊群体中基因型频率分别为0.8947、0.1053、0.0000，而承德无角山羊全部为CC基因型。研究结果提示184C→T可能与山羊双肌性状有关。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB(bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB)基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746AG和852GA位点均未检测到多态性,804GC位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960CT位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804GC和960CT位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。804GC位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响(P0.05)。960CT位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头(P0.01);英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头(P0.05),极显著高于CT基因型2.118头(P0.01);加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头(P0.05),死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头(P0.05)。960CT位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

鹌鹑ESR1基因的外显子8多态性与早期生长性能的关联分析

为了探讨雌激素受体基因(ESR)多态性对鹌鹑早期生长性能的影响,试验采用PCR-RFLP法,对3个鹌鹑群体(中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑)进行ESR1基因外显子8的多态性检测,并与鹌鹑早期生长性能进行关联分析。结果表明:ESR1基因外显子8在3个鹌鹑群体中均检测到3种基因型,分别为TT、CC、CT基因型,ESR1基因外显子8在北京白羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑中都以TT基因型频率为最高(0.708和0.500),而在中国黄羽鹌鹑中以CT基因型频率为最高(0.521)。在中国黄羽鹌鹑群体中CC基因型的体重、胸宽、胸深、胸骨长、体长显著性高于TT基因型(P0.05);朝鲜鹌鹑的TT基因型胫长和体重显著高于CC基因型(P0.05);鹌鹑ESR1外显子8多态性对北京白羽鹌鹑的早期生长性能无显著影响(P0.05)。说明ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

东北寒区肉羊新品种群FecB基因鉴定与基因频率分析

本试验旨在对两个东北寒区肉羊新品种群体进行FecB基因鉴定和基因多态性分析。通过提取两个群体个体外周血基因组DNA样品,基因组PCR直接测序和HRM法检验,结果发现两个群体中均含有FecB基因,但无论从基因型频率还是等位基因频率均存在明显差异。首先肉毛兼用型群体只含有少量B+基因型个体,B等位基因频率只有3%左右,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。多胎型群体中FecB基因含量则显著提高,BB和B+基因型频率依次上升至7%和25%左右,且处于Hardy-Weinberg不平衡状态,说明FecB基因在该群体中受到较为强烈的选择压力。如需利用两个群体进行兼具产肉性能和高繁殖性能肉羊新品种(系)培育,较为理想的策略是在进一步提升两个群体优良特性的前提下,开展两个群体间杂交。     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体（glucagon-like peptide-2 receptor，GLP2R）基因多态性与绵羊肉质性状的相关性，试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象，采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点，根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度（Ho）、杂合度（He）和多态信息含量（PIC）。结果显示，绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变，存在3种基因型：CC、TC和TT，2种等位基因：C和T，其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中，TC基因型为优势基因型，在杜泊羊×小尾寒羊群体中，CC基因型为优势基因型；2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示，2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态（0.25 < PIC < 0.5），有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示，南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型，TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）；杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型，TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型（P<0.05）。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变，可能是影响肉质性状的潜在位点，是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

五华三黄鸡鱼腥味敏感基因FMO3检测及多态性分析

试验旨在研究鱼腥味敏感基因(FMO3)T329S突变位点在五华三黄鸡群体中的等位基因及基因型频率分布情况。采用PCR-RFLP方法对五华三黄鸡群体进行T329S位点检测。结果显示:五华三黄鸡群体中,AA(野生型)、AT(杂合型)和TT(突变型)基因型频率分别为88.79%、11.21%和0,A和T的基因频率分别为95.24%、5.60%。χ^2分析表明该多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。表明五华三黄鸡中鱼腥味综合征易感基因型频率不高,但也应通过分子辅助选育技术予以剔除。进一步分析发现在不同的鸡群中FMO3基因T329S突变位点的分布差异较大,可能与选育历史相关。     

文昌鸡肉质相关基因多态性分析

为了探究与肉质风味相关基因A -FA BP和ADSL基因在文昌鸡群体中的遗传变异情况,本研究运用连接酶检测反应的方法(PCR-LDR)对文昌鸡A-FA BP基因C51T变异位点和ADSL基因C3484T变异位点进行基因分型,并分析了这两个位点在文昌鸡群体中的基因型、基因频率和哈-温平衡情况.结果显示,A -FABP基因C51T和ADSL基因C3484T位点均检测到CC、TT和CT 3种基因型,A-FABP基因C51T基因型频率(CC、TT和CT)和等位基因频率(C、T)分别为0.11、0.37、0.52和0.37、0.63;ADSL基因C3484T基因型频率(CC、TT和CT)和等位基因频率(C、T)分别为0.40、0.45、0.15和0.63、0.37;文昌鸡在这两个变异位点均处于哈-温平衡状态(P＞0.05).     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P0.05);3′UTR区域g.T8496C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P0.05);g.C8578T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体(glucagon-like peptide-2 receptor,GLP2R)基因多态性与绵羊肉质性状的相关性,试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象,采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点,根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度(Ho)、杂合度(He)和多态信息含量(PIC)。结果显示,绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变,存在3种基因型:CC、TC和TT,2种等位基因:C和T,其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中,TC基因型为优势基因型,在杜泊羊×小尾寒羊群体中,CC基因型为优势基因型;2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示,2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态(0.25PIC0.5),有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示,南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05);杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05)。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变,可能是影响肉质性状的潜在位点,是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

安徽部分地方禽种FMO3基因频率分布研究

本试验主要研究鱼腥味基因(FMO3)T329S突变位点在安徽省4个地方鸡种和2个地方鸭种中的等位基因频率及基因型频率分布情况。采用PCR-RFLP方法对黄山黑鸡、淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡、五华鸡和巢湖鸭、枞阳媒鸭等地方群体进行了检测。结果表明4个安徽地方鸡种均存在鱼腥味综合征易感基因型(SS)个体,其中皖南三黄鸡SS基因型频率最高,为6.6%,淮南麻黄鸡次之,为4.4%,黄山黑鸡和五华鸡最低,为1.6%,该基因型频率不高,可以通过分子辅助选择技术予以剔除。对2个安徽地方鸭种的研究表明鸭FMO3基因序列与鸡非常相似,SS基因型频率较低,巢湖鸭和枞阳媒鸭分别为4.3%和7.1%,其余为TS型,未检测到TT型。该突变位点对鸭蛋风味的影响需要进一步深入研究。     

苏姜猪NR6A1和VRTN基因多态性及其与生产性状的关联分析

旨在探讨生殖细胞核因子(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)和椎体发育同源物(vertebrae development homolog, VRTN)基因的多态性对苏姜猪体重、体长、体高、胸围、胸宽、臀宽和背膘厚7个生产性状的影响。试验利用PCR扩增和酶切片段多态性技术检测苏姜猪及其亲本猪品种中NR6A1和VRTN基因的多态性，并将NR6A1和VRTN基因的多态性与苏姜猪的生产性状进行关联性分析。遗传多态性分析结果表明，NR6A1基因p.Pro192Leu (g.299084751 C>T)位点在姜曲海猪、枫泾猪和杜洛克猪群体中已经纯合，分别为CC、CC和TT基因型；在苏姜猪群体中有TT、TC和CC 3种基因型，基因型频率分别为0.397、0.482和0.121,基因型分布频率符合哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE,P>0.05),处于中度多态(0.25相似文献   

香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究

为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。     

藏猪肝X受体(LXRs)基因PCR-RFLP多态性分析

LXRα和LXRβ基因是猪肌肉发育和脂肪沉积的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术测定了112头藏猪的LXRα-BslI和LXRβ-AciI多态性。结果显示,藏猪群体中LXRα-BslI有CC、CG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.4286、0.4643和0.1071;LXRβ-AciI有TT、TC和CC3种基因型,基因型频率分别为0.1964、0.5179和0.2857;与瘦肉型猪基因型分布差别较大。推测可能与藏猪肌肉和脂肪发育遗传特点有关。     

藏猪肥胖基因多态性研究

藏猪为中国高原特色的瘦肉型猪种,本研究采用PCR-RFLP技术检测藏猪肥胖基因（ob）外显子2内Hinf I酶切多态性。结果显示,藏猪群体内出现TT、CT和CC 3种基因型,其中突变型CC频率最高,为50.00%;TT基因型频率最低,为6.25%;等位基因T和C频率分别为28.12%和71.88%。其频率分布处于瘦肉型外种猪和脂肪性地方猪之间,但更接近脂肪性猪,说明从该位点看藏猪并不属于瘦肉型猪种,其瘦肉率较高可能与营养和饲养环境等有关。     

牛SCD1基因C878T位点遗传多态性与中国西门塔尔牛部分脂肪相关性状的效应分析

为探索8个中国牛群SCD1基因多态性与屠宰和肉质性状的相关性,选取中国西门塔尔牛、雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛、闽南黄牛、鲁西黄牛、渤海黑牛和中国南方荷斯坦牛等8个群体共682头个体为研究对象,采用PCR-SSCP法分析SCD1基因遗传多态性。结果表明,在878bp处发现1个碱基C→T的突变(C878T),导致蛋白质肽链中丙氨酸(alanine)突变为缬氨酸(valine)。C878T位点在所研究群体中表现为CC、CT和TT3种基因型,其中,中国西门塔尔牛中TT基因型频率较高(0.114),鲁西黄牛和渤海黑牛中较低(0.050/0.063),4个热带群体中未发现TT基因型。采用GLM对SCD1基因C878T位点与132头中国西门塔尔屠宰牛的部分脂肪相关性状进行关联分析。结果,CC基因型个体肌间脂肪含量和肠系膜油质量显著高于TT型个体(P<0.05),背膘厚极显著低于TT型个体(P<0.01),其他性状间差异不显著(P>0.05)。结果表明,SCD1基因C878T位点突变对中国西门塔尔牛脂肪相关性状有较大的遗传效应,可用于其部分屠宰与肉质性状的分子标记辅助选择。     

不同牛群体间钙蛋白酶1基因第14内含子4685bp位点的多态性分析

本研究采用PCR-RFLP技术分析了钙蛋白酶1(CAPN1)基因第14内含子4685bp位点在东北地区特色养殖品种草原红牛、延边黄牛及不同二元杂交品种红安格斯牛×西门塔尔、利木赞×西门塔尔、德国黄牛×西门塔尔和夏洛莱×西门塔尔等群体间的多态性。结果表明,4685bp位点无论是基因型频率还是等位基因频率,在以上牛群体间均存在较大差异。延边黄牛中CT基因型作为优势基因型其频率达到0.53,CC及TT基因型频率差异不大,分别为0.27和0.20;德国黄牛×西门塔尔二元杂交牛中TT、CT基因型具有非常高的基因型频率,分别达到0.50和0.40,而CC基因型则只有0.10,T等位基因频率高达0.70,C等位基因频率仅为0.30。其他二元杂交品种无论是基因型频率还是等位基因频率上均与延边黄牛相类似。本研究中最值得关注的是草原红牛中4685bp位点仅存在1种基因型,即为TT型,未发现C等位基因的存在。3种牛群体间4685bp位点基因型频率的比较,为进一步分析该位点与肉质嫩度的相关性奠定了基础。     

鸡AIRC基因多态性及其对肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

以鸡AIRC基因为侯选基因,以丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡、隐性白羽鸡为试验材料,采用PCR-SS-CP方法对AIRC基因所有外显子及部分内含子区域进行SNPs检测,在外显子3和8中各发现1个单核苷酸多态位点.各种基因型与胸肌肌苷酸(IMP)含量的方差分析结果表明,外显子3中CC基因型个体的肌肉IMP含量显著高于TC和TT基因型个体,TC基因型个体也稍高于TT型,但差异不显著;外显子8中CG基因型个体的肌肉IMP含量显著高于GG和CC基因型个体,GG基因型个体的胸肌肌苷酸含量也显著高于CC型.外显子3和8的合并基因型对IMP含量也有显著的影响,合并基因型为CCCG的个体比TTCC合并基因型的个体高2.25mg·g-1,合并基因型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应.因此,可以利用该合并基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择.