大庆黑鱼湖秋季趋磁细菌多样性分析

为研究大庆市黑鱼湖秋季沉积物中趋磁细菌的多样性,了解趋磁细菌分布。采用光学显微镜、透射电子显微镜(TEM)观察,扩增趋磁细菌16S rRNA基因的方法进行分析,结果发现,该区域趋磁细菌绝大多数为球菌。磁小体形状单一,皆为六面体棱柱,成分为Fe_3O_4,排列方式多样,分别为单链、散链和碎链。测序得到了30个趋磁细菌序列,分属7个OTU。系统发育分析结果表明,都属于α-变形菌纲。5个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性等于95%,代表了趋磁细菌的5个新种。说明该区域存在可观的趋磁细菌资源。     

济南冬季泉水水系中趋磁细菌的多样性

为探究济南冬季泉水水系中细菌的生态分布、未培养趋磁细菌及其磁小体形态的多样性,选择济南市泉水源头、护城河及泉水汇集的大明湖等8处不同位点,于2018年1月13日收集水底表层泥样,富集环境中趋磁细菌,提取样品总DNA,进行16S r DNA高通量测序及生物信息学分析,并利用透射电子显微镜观察和统计趋磁细菌及磁小体的形态,揭示济南泉水水系中趋磁细菌的分布特征。结果表明,济南冬季泉水水系中趋磁细菌分布明显不均,泉水源头处未检测到趋磁细菌;黑虎泉下游护城河中发现了少量单链趋磁球菌,基因序列表明为新种,暂定为η-变形菌纲(Candidatus Etaproteobacteria)的一个菌株;众泉汇集的大明湖中趋磁细菌种类最多,且细菌和磁小体形态多样性复杂。微生物多样性分析发现,冬季泉水水系中细菌种类主要是变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和绿弯菌门(Chloroflexi),三者总丰度均占细菌总量的65%以上,具有磁细菌生长所需的群落环境。本研究可为深入研究未培养趋磁细菌的全基因组及可培养条件等提供素材与线索。     

一株β-溶血菌的鉴定

旨在通过细菌16SrRNA鉴定分离得到的一株β-溶血细菌(B1)。提取菌株B1的基因组DNA,利用细菌16SrRNA的通用引物扩增B1菌株的16SrRNA,测序并对序列进行比对分析。结果成功扩增出B1菌株的16SrRNA,条带很亮且无杂带,阴性对照无条带,条带大小为1 499bp,符合16SrRNA 1 500bp的要求;利用NCBI数据库的Blast工具进行核酸比对,结果显示B1菌株与Aneurinibacillus migulanus菌的16S rRNA序列的一致性在99%以上,通过进化树分析可知,B1与Aneurinibacillus migulanus strain A72,Aneurinibacillus migulanus strain ATCC 9999这2种菌株的亲缘关系最近,可以确定B1菌株为短芽孢菌属的Aneurinibacillus migulanus。