合作猪和迪庆猪的微卫星遗传多样性分析

采用5个微卫星位点对合作猪和迪庆猪的遗传多样性进行了分析。结果表明,2个猪种在5个微卫星位点的有效等位基因数分别为4.510 4,3.069 6;位点平均杂合度分别为0.771 3,0.602 2;位点平均多态信息含量分别为0.740 2,0.565 6;估计的群体平均近交系数分别为0.115 2,0.091 3。表明合作猪和迪庆猪遗传多样性高,近交程度低。     

我国及周边国家地方猪群体的淀粉酶多态性

应用水平板淀粉凝胶电泳技术对八眉猪 (2 2 )、安康猪 (30 )、林芝藏猪 (42 )、合作猪 (5 5 )、成华猪(40 )和迪庆藏猪 (5 2 )的血液淀粉酶多态性进行了分析。结果表明 ,在 6个地方猪群体中共发现了 6个等位基因 ,即Am A,Am B,Am C,Am X,Am Y和 Am C′,其中 Am A 和 Am C的频率表现出明显的地域差异 ,中国地方猪具有亚洲猪的典型特点。可以认为南亚地方猪群体在起源上大多属于条纹野猪 ,而东亚地方猪群体则大多起源于北方野猪。 Am座位是研究地方猪群体遗传结构最有价值的两个血液蛋白座位 (Am和 Tf)之一。     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

应用微卫星标记对两个SD大鼠封闭群的遗传学研究

利用7个微卫星标记结合高分辨率全自动核酸分析系统,对四川和上海两个不同地区生产的SD大鼠封闭群进行遗传检测,计算并分析其群体遗传学参数。结果在两个SD大鼠群体中共发现等位基因40个,每位点等位基因数4~8个,平均5.714 3个;平均期望杂合度为0.706 8;平均多态信息含量为0.663 4。两个群体分别检测到38和36个等位基因;平均期望杂合度分别为0.706 9和0.697 9;平均多态信息含量分别为0.655 1和0.646 1;两个群体分别有4个位点和5个位点符合Hardy-Weinberg平衡。两群体间Nei(1972)遗传同一性和遗传距离分别为0.268 2和0.764 8,Nei(1978)无偏遗传同一性和遗传距离分别为0.238 1和0.788 2,不同微卫星位点的平均Fst值为0.090 5,表明两个种群的遗传分化程度为中等分化。试验结果表明,两个种群都符合封闭群动物的群体遗传特征,是比较理想的封闭群。     

务川黑牛微卫星座位遗传多样性分析

以贵州地方牛优良品种务川黑牛为研究对象,选取分布于其7条染色体上的ETH10、ILSTS033、CSSM66、BM2113、ETH225、BM1818和CSRM60共7对微卫星引物进行遗传多样性分析。结果共检测到21个等位基因,每个微卫星座位等位基因数为2～5个,7个微卫星座位均未达到Hardy-Weinberg平衡。7个位点的平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.000 0±1.154 7、2.377 3±0.585 4、0.558 4±0.101 6、0.475 9±0.125 1,说明务川黑牛具有良好的遗传多样性。为务川黑牛种质资源保存和改良提供了试验基础。     

基于微卫星标记的养殖施氏鲟亲鱼群体遗传多样性

为了解施氏鲟养殖场后备亲本的遗传背景,抑制种质资源退化,防止近交衰退,采用30对鲟属微卫星分子标记,分析施氏鲟后备亲鱼的遗传多样性,筛选出多态性微卫星标记引物。将筛选的引物进行荧光标记,对32尾后备亲鱼进行基因组DNA扩增,采用毛细管电泳进行基因分型,统计分析等位基因数、多态信息含量(PIC)等遗传多样性指标。结果表明:筛选出多态性微卫星标记13对基因,13个位点共扩增等位基因166个,平均等位基因数为12.77,平均有效等位基因数为8.03,等位基因频率为0.006 7~0.4314,平均期望杂合度为0.860 7,平均多态信息含量为0.844 9。初步表明,该亲鱼群体具有较高的遗传多样性。     

凡纳滨对虾三个亲本及其子代群体的SSR分析

利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OIQ、SISQ、Kona Bay Q）及其子一代（OIZ、SISZ、Kona Bay Z）共计120个个体进行遗传分析。结果表明,8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.4794～0.7699,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。     

利用微卫星标记分析长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤的遗传多样性

利用20对微卫星标记埘长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤3个鲤鱼群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果表明:3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,各群体等位基因数2～16个不等,平均有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.606.3个群体平均期望杂合度分别为0.769、0.806、0.801,多态信息含量分别为0.703、0.761和0.757,遗传多样性指数分别为0.764、0.803和0.799,群体间遗传分化系数为0.071.结果说明3个群体遗传多样性较为丰富.     

微卫星技术分析东北虎遗传多样性及亲缘关系

利用16对家猫微卫星引物和4对苏门答腊虎微卫星引物,对东北虎基因组DNA进行扩增,其中15对引物可以稳定扩增.这15个位点的等位基因数为3～7个,共检测到83个等位基因,平均等位基因数为5.53个.期望杂合度为0.585 0～0.841 3,平均为0.750 4;多态信息含量为0.512 9～0.821 7,平均为0....     

利用SSR标记对高州野生稻遗传多样性的研究

利用24对SSR引物比较了来自我国广东高州、江西、福建、云南等地区及东南亚国家共计240份普通野生稻材料的遗传多样性。结果表明,24对引物中平均有17个位点表现出多态性,平均多态位点比率为69%;平均总等位基因数、平均每个位点的等位基因数、多态位点的平均等位基因数分别为51、2.04、2.43个,平均基因多样性为0.8447。指出高州野生稻5个居群间已经出现了较显著的分化,高州镇江镇朋山村普通野生稻的遗传多样性最高。     

藏獒血液蛋白遗传多样性的研究

采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对河曲藏獒、青海藏獒、青海藏狮犬和青海土种犬共4个群体103只犬的9个血液蛋白基因座(Tf、Po、Es-1、Es-2、Sα_2:、Hb、Alb、Pr、Amy)的多态性进行了检测,分析了两个藏獒群体的群体内和群体间的遗传变异,并以Nei氏标准遗传距离(D)为基础用UPGMA法探讨了不同犬群之间的遗传关系.结果表明,在4个被测犬群中,Tf、Po、Es-1、Es-2和Sα_2 5个基因座上存在多态性,其中Tf、Es-1和Po分别由3个等住基因所控制,Es-2和Sα_2,分别由2个等位基因所控制,而Hb、Alb、Pr和Amy基因座均呈现单态;河曲藏獒群体内遗传变异较青海藏獒丰富,而两个藏獒群体间的遗传分化程度很低(G_(ST)=0.0187);以Nei氏标准遗传距离(D)为基础的UPGMA法聚类结果表明.青海藏獒与青海藏狮犬和青海土种犬的遗传关系近于河曲藏獒.     

藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

野猪和17个家猪群体SLA-DRB基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外17个家猪品种SLA-DRB基因第2外显子的多态性进行分析,进一步分析SLA-DRB基因与疾病抗性的关系.结果表明:经限制性内切酶Rsa Ⅰ酶切后,共检测到4个等位基因和10种基因型.在野猪中仅存在BB摹因型和B等位基因,而在家猪群体中出现了野猪群体中所没有的9种基因型和3个等位基因.五指山猪、临高猪、荣昌猪和藏猪的多态性较为丰富,且具有全部4个等位基因.A等位基因在大多数家猪群体中为优势等位基因,B等位基因在梅山猪、五指山猪、藏猪、荣昌猪中为优势等位基因;BB基因型仅在五指山猪、临高猪、藏猪、荣昌猪和太湖猪群体中分布,地方猪品种中梅山猪BB基因型和B等位基因的频率最高.野猪及17个家猪群体间SLA-DRB基因第2外显子遗传多态性可能是由生态环境差异及自然和人工选择所致,这些遗传差异性可能与抗病力有关.     

Analysis of genetic distribution and population genetic structure of the MyoD gene in 10 pig breeds

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) data was applied to analyze the distribution of the MyoD gene in 10 pig breeds and pig breed crosses. The population genetic information about genetic distribution, variation, and heterozygosity of the MyoD gene in different breed populations were analyzed. Based on the allele frequency, genetic distance and evolution distance among each breed populations were calculated and Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) phylogenetic tree was gained based on the evolution distances between populations. The results indicated that the distribution of the MyoD genotype kept in Hardy-Weinberg equilibrium in most tested groups but not in Duroc (D) and Duroc6(Landrance × Yorkshire) (DLY) population. Generally, the genetic diversity of the MyoD gene was abundant and these tested breed populations had high genetic variations. The evolution of the MyoD gene was under natural selection pressure. On the phylogenetic tree, 10 pig breeds were divided into 4 clusters. The first cluster consisted of four breeds developed from Landrace. The second cluster was two indigenous Chinese pig breeds. The third cluster was three breeds developed from Duroc. The fourth cluster was a Tibetan pig breed. The constitution of the topology of the phylogenetic tree was consistent with the breeding history of each pig breed. From this experiment, we can conclude that some RFLP data obtained from functional gene can be used in the genetic deviation research between some closely related species or between different populations in certain species. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(1): 1–7 [译自: 畜牧兽医学报]     

八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究

本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。     

微卫星标记对高原小型蕨麻猪遗传变异的研究

用9个微卫星DNA标记对蕨麻猪的等位基因变异、多态信息含量(PIC)、群体杂合度(H)进行了分析.在5个群体中共检测出148个等位基因,蕨麻猪的等位基因数最少,为55个,平均观察杂合度(Ho)为0.836 6,平均期望杂合度(HE)为0.861 5,PIC平均值为0.824 8.结果显示:蕨麻猪群体的杂合度和多态信息含量与兰州、临洮、青海和武威4种猪相比低,但Ho>0.7,HE>0.8,PIC>0.7,仍然比较高,受野猪血缘影响的可能性很大.表明蕨麻猪的杂合程度比较高,遗传变异大,遗传多态性丰富,适应高寒恶劣环境的能力较强,比其它地方猪品种具有更丰富的基因资源.     

华东4个鹌鹑群体微卫星标记的遗传多样性检测

在DNA水平上检测了华东地区4个亲源关系不同的鹌鹑群体的3个微卫星座位遗传变异,每一位点均检测到4~5个等位基因,各位点的基因多态比例接近100%。为检测这一地区鹌鹑遗传多态性水平,估计了每个位点的基因杂合度和各群体的基因平均杂合度。结果表明:基因平均杂合度为(0.462 7±0.03)~(0.634 5±0.05),4个群体的平均值按由小到大排列分别为0.462 7、0.514 6、0.554 9和0.634 5,平均有效等位基因数为(1.868 8±0.12)~(2.798 1±0.43),平均多态信息含量为0.376 7~0.571 3,累积辨别力达到95.76%;聚类分析表明,华东地区鹌鹑群体间存在高水平的遗传变异,微卫星标记检测鹌鹑群体间的遗传多样性非常合适。     

IGF2基因多态性检测与生长性状相关性分析

采集395头核心群的种猪耳样,采用PCR-SNaPshot方法检测长白猪和大白猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的位点多态性,并分析各基因型与生长性状的相关性.结果表明,长白和大白猪中均存在3种基因型,大白猪3种基因型分布为:AA＞GA＞GG,长白猪3种基因型分布为:GA ＞AA＞GG.大白和长白猪的A等位基...