中国榛属植物遗传关系的SSR分析

采用SSR分子标记技术,对中国榛属植物进行了遗传分析.7对欧榛SSR引物从43份供试材料中检测出67个等位基因变异,位点拥有的等位基因数为6～13个,平均每个位点可检测到9.57个等位基因;多态信息量(PIC)变幅为0.700～0.869,平均为0.800;利用算术加权平均数法(UPGMA)将43份材料分成2大类群;研究表明,SSR标记在中国榛属植物亲缘关系及遗传多样性研究方面具有重要作用,也证实SSR是研究榛属种质资源分类与地理分布的有效手段.     

黄山松群体酶基因遗传变异的研究

应用等位酶分析法,分析了１８个林分群体（小群体）２８０多株黄山松种子胚乳的ＥＳＴ和ＭＤＨ酶的酶基因。结果表明：ＥＳＴ酶受３个基因位点调控,其中２个位占 有等位基因５个、４个,平均为３．５８个;ＭＤＨ酶受４个基因位点调控,其中３个位点各有等位基因３个、５个、５个,平均为２．８１个。基因位点均是多态的。等位基因在群体中的分布不同。ＥＳＴ酶基因位点的平均期望杂合度为０．５６２,ＭＤＨ酶基因位点的平均期望     

中国台湾栽培稻种质资源的等位酶遗传多样性

 分析了中国台湾省1 591份亚洲栽培稻14个等位酶基因位点的等位基因酶谱(Pgi1、Pgi2、Amp1、Amp2、Amp3、Amp4、Sdh1、Adh1、Cat1、Icd1、Est1、Est2、Est5和Est9)。结果表明，被检测的台湾稻种含有47个等位酶等位基因，占亚洲栽培稻该类等位酶己鉴定出的60个等位基因的78.3%，其等位基因频率变幅为0.001~0.997，基因多样性指数(Ha)变幅为0.006~0.585。平均基因多样性指数(Ht)和平均多态性指数(DP)分别为0.239和18.3%。基因频率低于0.05的等位基因共24个，占51.1%；基因频率在0.05~0.95的18个，占38.3%；基因频率高于0.95的有5个(Amp1-1、Adh1-1、Icd1-1、Est1-1和Est5-1)。1 591个台湾品种共有182种等位酶基因型，且等位基因Est9-null仅存在于3个台湾品种中。遗传分化系数(Gst)和聚类分析表明，台湾品种在Amp2、Cat1、Pgi1、Est2和Pgi2的基因位点上出现了明显的籼粳差异。台湾栽培稻具有较丰富的等位酶遗传多样性，是中国栽培稻遗传多样性的重要组成部分。     

青海不同生态区青稞Wx基因遗传多样性研究

选择5个与Wx基因有关的引物,利用基于PCR扩增的SSR标记技术对来源于青海西宁和海北2个地区的42份青稞品种进行了遗传多样性分析。结果表明,5个SSR标记均扩增良好且具有多态性。各标记位点检测出的Wx等位基因数为2~4个,共检测出等位基因17个,平均3.4个;其中有14个等位基因显示出多态性,平均2.8个。各多态位点检测出带型为2~5种,共检测出带型18种,平均3.6种。聚类结果可以将这42个品种分为3组。最终得出结论:这42份青稞材料的Wx基因表现出较丰富的遗传多样性,但Wx基因等位位点变异与材料来源地的生态条件无明显相关性。     

稻分类地位的SSR证据

(禾鲁)稻是发现于我国江苏连云港地区(北纬34°33′～34°46′)具有杂草生长习性的一类稻种资源.本研究采用3 0对水稻SSR引物,比较(禾鲁)稻与2 2份近缘野生种、21份亚洲栽培稻种质间的遗传差异.结果表明,稽稻有14对SSR引物的带型与源于安徽省的4份塘稻材料相同,存在10个与粳稻和野生稻共同的SSR位点等位基因,并携带2个籼稻特征标记位点等位基因和1个普通野生稻特征位点(RM25)等位基因.在RM82位点上,发现1个稽稻、塘稻、深水稻和普通野生稻材料所共有的等位基因.聚类分析和主成分分析则显示稽稻与安徽塘稻遗传距离最近,与太湖栽培粳稻明显不同.认为稽稻是保留较多普通野生稻等位基因的较原始亚洲栽培稻种粳稻类型.     

利用SSR标记划分48份高直链淀粉玉米种质杂种优势类群

以国外引进的48份高直链淀粉玉米材料为供试材料,利用均匀分布于玉米染色体组上的42对引物,共检测出211个等位基因变异,每对引物检测等位基因2~9个,平均5.02个,每个SSR位点的多态性信息量(PIC)变化为0.21~0.86,平均为0.55。聚类结果表明,48份材料分为6大类群。     

重离子辐照处理玉米自交系的SSR标记分析

利用SSR标记研究了经重离子12C6+辐照处理的37个玉米材料的遗传多样性.结果表明:从20对SSR引物中筛选出18对扩增产物具有稳定多态性的引物,这18对引物在供试材料中共检测到56个等位位点的变异,每对引物检测等位基因位点为2-6个,平均3.11个;UPGMA聚类分析结果显示,37份玉米材料划分为4组,分类结果与系谱基本一致.重离子辐照对玉米自交系的遗传变异有影响,可以为玉米优良自交系的选育,优良组合的选配提供一定的理论依据.     

我国北方香型粳稻资源遗传多样性及其香味基因Badh2的等位基因分析

为了解我国北方香型粳稻资源遗传背景,利用SNP分子标记对54份香型粳稻和8份非香稻资源进行遗传多样性分析,并对香味基因Badh2进行等位基因分析.1K SNP分子标记基因分型结果共检测出2 244个等位位点,62份材料的相似系数为0.18～0.99,平均系数为0.81.聚类分析结果表明:62份材料共分为3个类群(相似系数为0.82),然而类群并未按不同地域完全分开,其中只有第一类群材料大多来自吉林省.利用已开发的香味关联分子标记,鉴定54份香稻资源的Badh2基因等位变异类型,发现2份资源具有新等位变异,大部分材料为第7外显子和第2外显子变异类型.以上结果表明,我国北方香型粳稻资源的遗传距离较近、遗传多样性较低,这可为北方香型粳稻资源研究及香稻育种亲本选配提供参考依据.     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

穞稻分类地位的SSR证据

 穞稻是发现于我国江苏连云港地区(北纬34°33′～34°46′)具有杂草生长习性的一类稻种资源。本研究采用30对水稻SSR引物;;比较穞稻与22份近缘野生种、21份亚洲栽培稻种质间的遗传差异。结果表明;;穞稻有14对SSR引物的带型与源于安徽省的4份塘稻材料相同;;存在10个与粳稻和野生稻共同的SSR位点等位基因;;并携带2个籼稻特征标记位点等位基因和1个普通野生稻特征位点(RM25)等位基因。在RM82位点上;;发现1个穞稻、塘稻、深水稻和普通野生稻材料所共有的等位基因。聚类分析和主成分分析则显示穞稻与安     

不同梨品种(系)抗氧化酶活性差异分析

[目的]测定不同梨品种(系)的抗氧化酶活性,为进一步研究梨的抗逆性奠定前期基础.[方法]试验以18个梨不同品种(品系)为材料,检测梨不同品种(品系)超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)和抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性.[结果]82-27-20的SOD活性最强,84-4-163的SOD最低;爱甘水POD活性最强,84-4-54的CAT活性最强82-27-20的CAT活性最低;75-4-1的APX活性最强,早生黄金的APX活性最低.[结论]初步检测了18个梨不同品种(品系)的抗氧化酶活性,不同梨品种(品系)的SOD活性在166.67 ～416.37 U/g·min; POD活性在0.69 ～ 13.89 U/g·min;CAT活性在1.53 ～28.26 U/g·min;APX活性在37 053.57～322 767.86 U/g·min,为梨树抗逆性的研究和抗逆品种的选择提供参考依据.     

青海省小麦主栽品种遗传多样性的SSR标记分析

采用SSR标记对青海省66份小麦主栽品种进行遗传多样性分析,筛选出20对扩增谱带稳定的引物,共检测出81个等位基因,平均每个位点检测出的等位基因为4.05个,变异范围2～8个,引物xgwm133-6B和xgwm3-3D的等位位点最多,均为8个;其次是xgwm2-3A和xgwm107-4B,均为6个。66份小麦材料的遗传相似系数为0.530 9～0.975 3。多态信息含量PIC为0.686 5,用popgene算出Shannon’sInformation index为0.367 2,Nei’s gene diversity为0.237 6。聚类分析结果显示,66份材料聚为4大类群,部分材料在聚类时从亲缘关系上没有被明显区分,说明这些材料的生长习性与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性,在一定程度上反映了供试材料间的亲缘关系。     

Detection of Allelic Variation in Chinese Wheat (Triticum aestivum L.) Germplasm with Drought Tolerance Using SSR Markers

Allelic variation in two domestic wheat landraces, Pingyaobaimai and Mazhamai, two cornerstone breeding materials and their derived cultivars with drought tolerance was detected by SSR (simple sequence repeat) markers. The clustering of 25 accessions showed that the similarity between Pingyaobaimai and Yanda1817, the latter was developed from the former, was 0.71, the highest one of all accessions, but the similarities were very low between these two accessions and other accessions including their derived cultivars. A similar situation was revealed between Mazhamai and its derived cultivars. Pingyaobaimai and its three derived cultivars shared three alleles at loci Xgwm526, Xgwm538 and Xgwm126 on chromosome arms 2BL, 4BL and 5AL, respectively. There were six shared alleles in Mazhamai and its derived cultivars, in order of Xgwm157,Xgwm126, Xgwm212, Xgwm626, Xgwm471 and Xgwm44 on chromosome arms 2DL, 5AL, 5DL, 6BL, 7AS and 7DC, respectively. Only one shared allele was detected between the pedigrees of Pingyaobaimai and Mazhamai. The difference of shared alleles in two cornerstone breeding materials and their derived cultivars revealed the diversity in Chinese wheat germplasm with drought tolerance and the complication in genetic basis of drought tolerance in wheat.     

汕油系列和粤油系列花生品种遗传多样性的SSR标记分析

利用19对SSR标记引物对汕油系列和粤油系列的15个主要品种进行了遗传多样性分析,结果表明:有6对标记引物扩增出多态性,在15个品种间共检测到18个多态性等位点,每对引物分别检测出2~4个等位点变异,平均为3.0个,6个标记的多态性信息含量(PIC)在0.124~0.622;品种间的遗传相似系数在0.167~0.833,大部分品种间的遗传相似系数大于0.5;以遗传相似系数0.535为界,15个品种聚为4类。     

普通小麦籽粒过氧化物酶活性全基因组关联分析

【目的】小麦籽粒过氧化物酶(peroxidase,POD)活性对面制品加工品质有重要影响,发掘控制籽粒POD活性重要位点,并筛选其候选基因,为小麦品质的改良奠定基础。【方法】以151份黄淮冬麦区和82份北部冬麦区品种(系)为材料,分别利用来自于小麦90 K SNP芯片的18 189和18 417个高质量SNP标记,对POD活性进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。【结果】供试材料中POD活性表现出广泛的表型变异和多样性,黄淮麦区材料的POD活性变异系数为15.4%—21.8%,遗传力为0.79,北部麦区材料的POD活性变异系数为15.0%—19.9%,遗传力为0.82。相关性分析表明,不同环境之间材料的POD活性表现出显著的相关性,黄淮麦区相关系数为0.46—0.89(P0.0001),北部麦区相关系数为0.50—0.87(P0.0001)。多态性信息含量PIC值为0.09—0.38,最小等位基因频率MAF值为0.05—0.5。群体结构分析表明,黄淮麦区与北部麦区2个自然群体结构简单,均可分为3个亚群。GWAS分析结果表明,在黄淮冬麦区材料中共检测到20个与POD活性显著关联的位点(P0.001),分布在1A、2A、2B、2D、3A、3B、3D、4A、4B、5A、5B、6A、6D和7A染色体上,单个位点可解释7.8%—13.3%的表型变异。在北部冬麦区材料中共检测到20个与POD活性显著关联(P0.001)的位点,分布在1A、1B、1D、2A、2B、2D、3A、3B、4B、6A、6B、7A、7B和7D染色体上,单个位点可解释14.4%—23.2%的表型变异。加性回归分析表明,随着优异等位基因数量的增多,小麦籽粒POD活性越高。在发现的所有POD活性相关位点中,2个位点在黄淮麦区和北部麦区材料中均能检测到且稳定遗传,可将其转换为STARP(semi-thermal asymmetric reverse PCR)或CAPS标记,以应用于分子标记辅助育种。获得3个与POD活性有关的候选基因,分别编码磷酸甘露糖变位酶(PMM-D1)、辣根过氧化物酶(PER40)和烷基氢过氧化物还原酶(F775_31640)。【结论】黄淮麦区与北部冬麦区2个自然群体遗传多样性丰富,群体结构简单,适用于全基因组关联分析。在2个自然群体中分别发现20个POD活性位点,并在显著相关的位点区域内筛选到3个候选基因。含有越多优异等位变异的材料其POD活性越高。     

油菜含油量性状QTL关联分析及有利等位基因在品种中的构成分析

【目的】验证不同遗传背景下7个含油量QTL的稳定性、通用性和实用性,检测QTL连锁标记辅助选择提高含油量的可行性,发掘可能实质性影响油菜含油量性状的候选基因。【方法】利用已发表的SG群体在11种环境下的QTL结果,在7个主效QTL峰值或置信区间内选择14个油脂形成相关候选基因标记对81份核心种质两年度的含油量数据进行关联分析,并鉴定各QTL位点高油等位基因在不同品种中的分布。【结果】4个QTL（OilA1、OilA5、OilA7和OilC8-1）位点的6个连锁标记在81个品种高、低2种等位基因间平均含油量差异达到显著或极显著;对其中4个标记Ra2E04、ZAAS919、ZAAS828和ZAAS441的跟踪选择和聚合,可相应提高含油量5个以上百分点;根据标记基因型推测,OilA1和OilC8-1位点,超过80%的欧洲春、冬油菜品种中已含Sollux高油等位基因,但中国品种中则80%和60%的品种含低油等位基因;OilA5和OilA7位点上,几乎所有被检欧洲材料均不含Gaoyou高油等位基因,而中国双低和双高品种中也只有约20%-30%含此有利等位基因。【结论】与4个QTL连锁的6个拟南芥油脂相关同源基因（At3g51830、At2g42450、At2g44620、At1g73600、At1g73480和At1g13560）有可能实质性参与油菜种子油分累积;当聚合了包括OilA7在内的3个或3个以上QTL位点高油等位基因时,含油量可相应提高5个百分点;所揭示的4个QTL高油等位基因在中国尚有较大利用空间而OilA5和OilA7的Gaoyou等位基因可能尤为欧洲油菜育种家们关注。     

木瓜属品种亲缘关系的SRAP分析

【目的】探讨木瓜属品种的种源、亲缘关系以及遗传多样性,旨在为木瓜属品种的分类提供科学依据。【方法】利用22个SRAP(sequence-related amplified polymorphism)引物组合对27份品种和5份野生种进行聚类分析、主坐标分析及遗传多样性的评价。【结果】共检测到152个多态性位点,平均每个引物组合6.91个多态性位点,多态性位点百分数为73.08%。聚类分析显示,32份材料可划分为毛叶木瓜种系、西藏木瓜、皱皮木瓜种系、日本木瓜种系4个类群。西藏木瓜与毛叶木瓜种系聚为一支,亲缘关系密切;日本木瓜种系和皱皮木瓜种系聚为另一支,日本木瓜种系与毛叶木瓜种系亲缘关系最远,皱皮木瓜种系位于日本木瓜种系与毛叶木瓜种系之间。遗传多样性分析显示,日本木瓜种系和皱皮木瓜种系的遗传多样性指数高于毛叶木瓜种系,可能与交配、繁殖方式有关。属的水平上,种系间的遗传分化系数GST=0.4969。【结论】SRAP分子标记是研究木瓜属栽培品种遗传关系的有效工具。结合形态特征和SRAP分析结果,花柱基部被毛的状态是鉴定木瓜属栽培品种种源的准确指标之一。C.×superba与皱皮木瓜亲缘关系较近,可作为皱皮木瓜种下的品种群。     

Development of Soybean EST-SSR Markers and Their Use to Assess Genetic Diversity in the Subgenus Soja

Developing expressed sequence tag-derived SSR （EST-SSR） markers is imperative in genetic research. In this paper, we reported 37 EST-SSR markers which were developed from 286 unigenes obtained from soybean cDNA library. Among the 286 markers designed for the 4 accessions of Glycine max and 6 of its wild progenitor （G. soja） within the subgenus Soja, 209 markers amplified DNA fragments, taking 73.1% and 37 markers appeared to be polymorphic, which was 12.9% of the total. The 37 loci detected a total of 142 alleles, while the PIC values varied from 0.194 to 0.794. Both the number of alleles per locus and PIC value were significantly related to the SSR motif. Six EST-SSR loci may be fixed for different alleles between G. max and G. soja since they were particularly polymorphic among the 6 G. soja accessions. A neighbor-joining tree placed the G. max accessions together as a group within the G. soja, though the average genetic distance among G. soja accessions was much higher. These new EST-SSRs markers will be useful for genetic diversity analysis, genetic mapping construction and gene discovery in Soja subgenus.     

四川小麦地方品种和主栽品种SSR多态性比较研究

利用 2 4个SSR标记对 8份四川小麦地方品种和 8份主栽品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明 ,在 2 4个SSR标记位点上共检测到 75个等位变异 ,每一位点检测到的等位变异数目为 1到 6个 ,平均 3 1个 ;其中 2 1个SSR位点 (87 5 % )能够揭示材料间的多态性。根据SSR标记数据计算四川小麦品种间的遗传相似系数 ,其变化范围为 0 5 44到 0 892 ,平均值为 0 6 99。从群体间的遗传相似系数来看 ,四川小麦地方品种群体内的遗传多样性较低 ,而主栽小麦品种群体内的遗传多样性相对较高。从UPGMA聚类关系来看 ,四川小麦地方品种间的亲缘关系较近 ,首先聚在一起 ;其中“中国春”与“成都光头”间的亲缘关系最近 ,进一步证实“中国春”是“成都光头”的一个选系     

梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价

 【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1 293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0 Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1 293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。