应用ISSR分子标记研究茶树种质资源遗传多样性

采用ISSR分子标记技术对川渝茶树资源进行了遗传多态性分析。结果表明川渝茶树资源遗传多态性丰富,12条ISSR引物共产生100条扩增带,其中多态性条带90条(占90.0%)。ISSR标记遗传相似系数(GS)变异范围为0.41~0.87。通过类平均聚类(UPGMA)法,可将14份材料分为2个大类,第1大类主要为保持了较多原始性状的乔木大叶型,第2大类又可分成4个亚类群,主要为小乔木或灌木中小叶型,多为川渝各地栽培的地方群体品种。由此认为:ISSR标记可以有效地评价茶树种质的遗传多样性,并为其系统学研究提供分子依据。     

不同类型甘薯品种遗传多样性的ISSR分析

为了丰富甘薯育成品种的遗传背景,筛选优良亲本,对来自全国各地的37份不同类型（鲜食型,淀粉型和兼用型等）的甘薯品种进行遗传多样性分析,选取的品种在薯皮、薯肉颜色方面有较大差异,采用ISSR分子标记对其多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：100条引物中共筛选出19条ISSR多态性引物,共扩增出118条带,其中多态性条带115条,多态性位点频率为97.50%,供试甘薯品种的遗传距离介于0.04~0.36之间。台薯66和红东的遗传距离最近（0.04）,观赏型甘薯紫罗兰与花青素加工型徐紫薯8号聚为一类。花青素加工型与菜用型和水果型的遗传距离较远,分别为0.43和0.40,与观赏型遗传关系最近（0.08）;水果型与其他8种类型遗传距离较远,均大于0.30,而鲜食型与其他类型的遗传距离均较近。分析了不同类型甘薯品种的遗传关系,相对于形态学标记,ISSR能较好地区分37份甘薯种质资源,其聚类分析结果能更客观地反映不同甘薯类型之间的遗传关系,可为不同用途品种选育的亲本选配提供参考。     

19个香菇菌株基于ISSR、SRAP和TRAP分子标记的遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)、相关序列扩增多态性(sequencerelated amplified polymorphism,简称SRAP)和目标区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,简称TRAP)分子标记对19个香菇栽培菌株进行遗传多样性分析。结果显示,共筛选出34对(条)多态性丰富的引物,获得303条数据条带,其中多态性条带254条,多态性比例为83. 83%,在遗传相似系数为0. 75的水平上,将19个菌株分为6类。3种标记的多态性比例排序如下:TRAP(91. 14%) ISSR(83. 15%) SRAP(80. 00%)。由结果可知,综合不同分子标记进行香菇的遗传多样性分析,可更加准确地反映菌株间的亲缘关系。     

基于ISSR分子标记的中华鳖种群遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增,共获得123条清晰的扩增位点,平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖,淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(H_t)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(H_s)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(G_st)=0.271 9,基因流(N_m)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变...     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因-GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P＜0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

基于农艺性状和ISSR标记的秀珍菇遗传多样性分析

【目的】分析评价秀珍菇菌株的农艺性状与遗传多样性,为秀珍菇种质资源分类鉴定、遗传育种等提供理论参考。【方法】通过ISSR分子标记技术对10个秀珍菇菌株进行PCR产物扩增电泳检测,以ISSR聚类图谱分析不同菌株间的亲缘关系;对各菌株开展品比试验,观测各菌株的菌丝生长、子实体农艺性状和产量等农艺性状,并对其进行综合分析。【结果】聚类分析结果表明,10个秀珍菇菌株遗传相似水平为0.47~0.92,在0.69水平上可分为4个类群;依据农艺性状的遗传多样性分析表明,各性状的遗传多样性指数变化幅度为0.496~1.828,变异系数为7.76%~25.21%,存在着丰富的遗传多样性。Pearson相关分析发现,秀珍菇菌株的产量与菌丝生长速度呈极显著正相关（P<0.01,下同）,而菌盖宽度与菌盖厚度、菌柄直径呈显著正相关（P<0.05）,菌盖厚度与菌柄直径呈极显著正相关。主成分分析表明,4个主成分的特征值均大于1,累积贡献率为84.891%,主成分为菌柄直径、菌盖厚度、产量、菌盖颜色和黄菇病,能较好地解释所有变量包含的全部遗传信息。【结论】依据菌株农艺性状与分子标记分析结果,台秀1号、秀珍菇12和中农秀珍菇菌株可作为品种选育的亲本使用,其中秀珍菇12和中农秀珍菇菌株各项农艺性状均表现较好,可在浙江地区进行推广栽培。     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P<0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

基于ISSR标记的29种石斛遗传多样性分析

遗传多样性分析可为野生植物的开发与保护提供科学依据。采集贵州地区的29份石斛资源,通过简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeats,简称ISSR)标记对其进行遗传多样性和亲缘关系分析,从16条引物中筛选出13条多态性稳定的ISSR引物进行扩增。结果表明,13条引物共扩增出214个条带,其中多态性条带数为212个,多态性比例为99.07%,平均每个引物扩增的条带数为16.46条。随后利用非加权平均距离法(UPGMA)对其进行聚类分析,结果显示,29份石斛材料的遗传相似系数为0.678～0.804。在遗传相似系数为0.715处,可以把29种石斛植物划分为10个类群,从而证明所取石斛材料的遗传多样性十分丰富。     

30份四川茶树种质资源遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

为给四川省茶树种质资源评价与鉴定、核心种质资源筛选、遗传改良、资源保护与利用等提供参考,利用SRAP标记对30份四川茶树种质资源进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果显示:11对SRAP引物共扩增出2744条带,其中,2474条为多态性条带,占90.16%;多态性信息指数为0.22～0.36,平均0.30;基因多样性指数为0.342 1～0.5455,平均0.422 7;Shannon信息指数为0.204 3～0.371 0,平均0.271 1。表明,30份茶树资源的遗传多样性程度较高。聚类分析表明,供试材料遗传差异较大,遗传相似系数为0.583～0.919;在遗传相似系数为0.66时,可将30份茶树资源划分为A、B两大类。     

25个菊花品种遗传多样性的ISSR分析

为了摸清重庆地区的菊花品种的遗传关系,以便分类鉴定与生产运用,用ISSR-PCR技术对25个重庆地区主栽菊花品种的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。从100条ISSR引物中筛选出10条引物分别对供试材料基因组DNA进行扩增,共扩增出242条带,其中多态性条带241条,多态性比率高达99.6%,表明供试材料在DNA水平上存在广泛差异。用NTSYS软件统计分析出供试品种的DICE相似系数界于0.331~0.718之间,应用根据UPGMA得出聚类结果,将25个品种分成4个类群,聚类结果与传统的形态学分类有些不同,可以看出ISSR标记技术能较准确地揭示出菊花品种的遗传多样性,它与形态学分类方法结合对菊花品种的分类研究会有很大推动作用。     

铁观音及黄棪半同胞系种质遗传多样性的ISSR分析

铁观音和黄棪是乌龙茶茶树育种的骨干亲本,以这2份品种及其为亲本选育出的新种质及不同地域种质的铁观音茶树为研究材料,采用ISSR分子标记技术,利用筛选出的9个多态性较好、扩增条带较清晰的ISSR引物,分别对24份茶树品种(系)进行扩增,分析其遗传多样性和亲缘关系。结果表明:9个ISSR引物共扩增出73条稳定的谱带,其中47条具有多态性,多态性比率为64.4%,平均每个引物扩增出5.2条谱带;遗传相似性分析显示24份供试种质的遗传相似系数0.544~0.889,平均为0.727,表明供试种质的遗传基础较窄,亲缘关系较近。     

披碱草属12个物种遗传多样性的ISSR和SSR比较分析

 为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属（Elymus L.）植物研究中的可应用性，用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明，18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%，均表现出较高多态性，基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间，ISSR的标记指数MI值（10.2）为SSR（4.3）的2.4倍，表明ISSR具有更大的标记效率；但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间，SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示，在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关（r= 0.856，t= 6.446），但在4个近亲缘关系种间相关不显著（r= 0.679，t= 1.595）。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变，说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。     

应用ISSR对25个小菊品种进行遗传多样性分析及指纹图谱构建

【目的】揭示选育出的菊花新品种遗传多样性并建立ISSR指纹图谱,为品种知识产权保护提供依据。【方法】选用21个ISSR引物,对新选育的25个小菊品种的基因组DNA进行随机引物PCR扩增。【结果】共获得122条扩增带,其中多态性谱带114条,占扩增谱带数的93.4%;品种间相似系数变幅在0.282～0.757;平均有效等位基因数为1.6390,平均Nei’s基因多样性指数为0.3620,平均Shannon信息指数为0.5323;在21个引物中,引物ISSR35扩增的谱带可把25个品种完全区分开。【结论】ISSR标记技术能较好地从分子水平揭示出菊花品种的遗传多样性,并能有效应用于菊花品种指纹图谱的构建。     

利用DNA分子标志鉴别台湾茶树品种及评估种原之遗传歧异性

爲評估台灣茶樹種原之遺傳歧異性,本硏究由100條ISSR引子中篩選出12條可産生多型性條帶明顯的引子,這些引子共可産生67個的多型性條帶罁恳环N原之分子標誌數據進行UPGMA法分群分析結果,可將台灣133個茶樹種原區分成六大群,包括油茶群、赤芽山茶群、野生茶樹群、大葉變種與小葉變種混合群、大葉、小葉及大葉、小葉雜交種混合群及小葉變種群。而主成分向量分析的結果與利用群聚分析得到的親緣關係樹形圖結果相符合。台灣茶樹種原高比例的遺傳歧異度是由台灣的野生茶樹所貢獻,部分重要栽培種間的相似性仍極高。爲了探討制茶過程對分子級品種鑒定之影響及DNA分子標誌應用于成茶品種鑒定之可行性,本硏究分析不同發酵程度的茶類,在制茶過程中對DNA質量之影響,試驗結果顯示高溫殺菁過程嚴重造成成茶DNA的降解。利用各種類別成茶與新鮮茶葉(對照)所抽取之DNA樣品進行PCR擴增反應,結果發現分子量小於1,000bp的ISSRDNA條帶表現較穩定。     

樱亚属部分园艺品种遗传多样性的ISSR分析

为探究樱亚属部分园艺品种的亲缘关系和遗传多样性,运用ISSR分子标记从100条引物中筛选出15条多态性好的引物对208份樱花品种进行遗传分析。结果表明：15条引物共扩增出91条清晰条带,其中83条具有多态性,平均多态性条带比率为91.21%。樱花品种水平上多态位点百分率(PPB)达94.03%,Nei′s基因多样性指数(H)为0.309.5,Shannon′s信息指数(I)为0.466.7。各栽培区平均PPB为55.65%,H为0.199 9,I为0.298 0,各遗传参数均以浙江地区的最大,福建地区的最小。总的基因多样度(H_t)为0.310 7,地区间基因分化系数(G_st)为0.356 6。Nei′s遗传距离和遗传相似系数的UPGMA聚类分析结果一致,可将208份品种分为2类,一类为福建、山东和云南地区的品种,另一类为贵州、湖北、浙江和上海的品种。樱花品种具有丰富的遗传多样性,遗传变异主要存在于地区内,品种分布具有明显的地域特征。     

中国红、绿茶适制品种(系)遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

[目的]探讨中国红、绿茶适制品种(系)的遗传多样性和亲缘关系,了解遗传背景对于品种适制性差异的影响与作用,为茶树育种研究提供分子生物学方面的参考.[方法]利用自主开发的具有多态性的39对SSR引物对中国157份红、绿茶适制品种(系)进行遗传多样性评价和亲缘关系分析.[结果]引物在供试材料中平均可检测4.90个等位基因,...     

玉米种质材料遗传多样性的ISSR分析

[目的]明确山西主要玉米品系的主要遗传多样性特点.[方法]利用ISSR分子标记技术,对供试的玉米种质资源进行遗传多样性分析.[结果]用筛选出的9个多态性高、重复性好的引物对供试种质材料进行扩增,共扩增出清晰条带74条,多态性条带56条,多态性条带比率为75.7％.应用DPS软件对试验结果进行聚类分析,构建聚类分析树状图,在遗传相似系数为0.55处,将供试种质材料分为5个类群.[结论]为今后山西玉米育种与杂交亲本的选择提供理论依据.     

应用ISSR分析油茶无性系的遗传多样性

以23个油茶无性系叶片的DNA作为实验材料,从60个随机引物中筛选出10个最优引物,并扩增出102条谱带,其中多态性谱带70条,多态性比率为68.6%,谱带大小为200～2000bp。Shannon遗传信息指数为0.4793,平均观察等位基因数和有效等位基因数分别为2.000和1.519;遗传距离为0.1542～0.6931,油茶无性系之间具有较高多态性。运用平均聚类法分析23个油茶无性系的亲缘关系及多样性,在遗传距离为0.392时,23个油茶无性系聚为4类:湘林156、湘林210和湘林4号等18个油茶无性系为第1类;岑软2号和湘林97号为第2类;湘林34号和湘林11为第3类;湘林81号单独为1类。其中,湘林4号与湘林29的亲缘关系最近,湘林34与湘林78的亲缘关系最远。在此基础上,分析了油茶ISSR聚类结果与油茶农艺学性状的关系,从而为油茶优良无性系甄别、亲缘关系分析以及种质资源利用,在分子水平上积累了有效证据。     

海巴戟ISSR遗传多样性分析

利用ISSR分子标记对202份海巴戟种质材料进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：13条ISSR引物共扩增出65个位点,每个引物平均扩增出5个位点,其中多态性位点63个,占总数的9692%。在相似系数为063时,202份海巴戟种质分为5个类,表现出一定的地域分布规律。检测到有效等位基因数 Ne=16042,基因多样性 H=03488 ,Shannon′s信息指数 I=05206,说明202份海巴戟种质间存在着较高的遗传多样性。     

ISSR标记对34份樱桃种质资源的遗传分析

利用ISSR标记对34份樱桃种质资源进行遗传多样性检测。结果发现,ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。每个引物可获得6～12条DNA片段,平均为8.76条;17个ISSR引物共扩增出149条DNA片段,其中143条具有多态性,多态性比率（PPB）为95.97%;平均多态信息量（PIC）为0.90;每个位点有效等位基因数（Ne）为1.914;材料间遗传相似系数GS变幅为0.44～0.91,平均达0.73。通过聚类,从分子水平对樱桃种质资源的遗传关系进行分析,并对34份资源进行分类,ISSR标记能将34份樱桃种质完全区分开,为樱桃种质资源的研究利用提供参考。