甘薯中NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及序列分析

根据已知的NBS-LRR类抗病基因蛋白质的保守序列设计简并引物,用以扩增甘薯基因组中的抗病基因同源序列,获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到20个NBS-LRR类抗病基因同源片段RGAS。其推导的氨基酸序列均具有P-loop、Kinase-2a和Kinase-3a及GLPL区等几个保守区,并且可分为TIR-NBS-LRR和non-TIR-NBS-LRR两个亚类。其中10个TIR亚类RGAS与已克隆的N、L6、M等抗病基因相应区段的氨基酸序列的同源性为21%-44%,而10个non-TIR亚类RGAS与已克隆的Prf、RPM1、RPS2等抗病基因相应区段的氨基酸序列的同源性为15%-46%。这些抗病基因同源片段(RGA)可做为分子标记筛选甘薯的抗病候选基因。     

辣椒NBS-LRR类型抗病基因同源序列的克隆及分析

为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01～CaRGA17)。多重序列比对显示这些序列都含有NBS-LRR类基因的6个保守结构域(P-loop、RNBS-A-nonTIR或RNBS-A-TIR、Kinase-2、RNBS-B、RNBS-C和GLPL)。与已知6个抗病基因(Gpa2、L6、M、N、Prf和RPM1)构建系统进化树,发现这17个序列被分为TIR-NBS-LRR和nonTIR-NBS-LRR2组,进一步划分为4个亚组(CaRGAⅠ～CaRGAⅣ)。其中,CaRGA01和CaRGA13分别与来自番茄Solanum lycop-ersicum抗细菌性斑点病基因Bs4和番茄Solanum sp.VFNT抗线虫基因Mi-1.4相似性最高,分别为90%和91%,推测这2个序列可能是相关抗病基因的一部分或与相关抗病基因属于同一家族。这些结果将为研究辣椒抗病相关基因提供理论依据。     

基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列

【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR)类抗病基因保守区设计简并引物,从"大籽瓠"抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1~HNB23,Gen Bank登录号为KJ908192~KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242~261 nt之间,18条序列具有连续开放阅读框(Open reading frame,ORF),推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5%~98.8%,氨基酸序列相似性为21.5%~100.0%;利用NCBI Blast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40%~100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致.     

晚熟温州蜜柑NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析

为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种"晚熟温州蜜柑"为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17条抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),其在NCBI中的登录号为KJ019189~KJ019199,KR815564~KR815569。序列分析表明,这17个RGAs与甜橙、柚等柑橘属中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有显著高的同源性。其中一些RGAs与拟南芥抗霜霉病RPP13基因、柑橘抗衰退病毒基因Ctv或烟草抗TMV基因N具有51.7%~79.0%的氨基酸序列同源性。依据论文结果,笔者认为,晚熟温州蜜柑中存在较丰富的NBS-LRR类抗病基因,但具体哪些病基因与抗黄龙病相关尚需进一步研究。     

辣椒抗病基因同源序列的克隆与分析

 【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列（resistance gene analogs,RGAs）,聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2 基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗性基因。【结论】本研究在辣椒品系PR205中获得了抗病基因同源序列,为辣椒抗病基因的克隆奠定了基础。     

甘薯抗病基因同源序列的克隆与分析

对根据紫花苜蓿（Medicago truncatula）NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列（RGA）。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因历、N、RGCl等具有高度同源性（Evalue〈e×10^-20）。根据抗病基因同源序列的相似性,利用Cluxtalw软件将其分为22个不同的类群。这些甘薯的抗病基因同源序列已提交GenBank（编号：DQ903322至DQ903664）。在342个甘薯RGA中,除7个是TIR外,其余属于DOD—TIR类型。用Blastx和DNAman软件对342个甘薯RGA进行列队比较,发现有9个含有抗线虫病RGC1序列的RGA,它们与RGC1的同源件为50％～100％．     

香蕉NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析

根据已知植物抗病基因的保守区域设计引物.从香蕉基因组DNA扩增出一条与植物抗病基因同源的序列,命名为BRGAl,该同源片段含有典型的NBS.LRR类抗病基因所拥有的保守性结构P-loop、KJnage.2a、Kinase.3a和疏水结构域HD,它与部分已知NBS-LRR类抗病基因的氨基酸序列同源性为23.8%～42.7%.Northern杂交表明BRGAl在香蕉中受水杨酸调控,属诱导型表达.     

绿豆NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析

根据已知的拟南芥 S PR2基因、烟草抗花叶病毒 N 基因、亚麻 L6基因等 NBS-LRR抗病类基因（RGAs）保守序列设计引物,从野生绿豆基因组DNA 中分离得到了1条515 bp大小的目的片段,并命名为FGV-1（GenBank登录号为KF021265）。经BLAST分析表明,分离的绿豆RGAs与已报道的大豆、豇豆、芸豆等植物的RGAs有较高的同源性。通过对其编码的氨基酸序列分析表明, FGV-1基因翻译的氨基酸序列中含有植物抗病基因NBS-LRR区域的4个保守结构：GMGGVGKTT 、LILDDVD、GSRVIVTTRD及GLPLA ,推测FGV-1可能是绿豆NBS-LRR类抗性基因的核心区域。绿豆RGAs的分离将为进一步从绿豆中分离功能性抗病基因打下基础,也为研究绿豆种质资源的起源与进化提供借鉴。     

柚cDNA中NBS-LRR类R基因同源序列的分离

 提取柚花柱的总RNA，通过逆转录合成其cDNA，根据已知植物抗病基因（R基因）的NBS保守区设计简并引物，对cDNA进行扩增，获得大小约为500 bp的PCR产物，对连接产物进行酶切归类，筛选得到不同类别的克隆12个，并进行了测序。通过序列同源比较分析发现，其中有10个片段属于NBS-LRR类抗病基因的同源序列（RGA），与已知植物R基因相应区段的氨基酸序列的同源性为11.5%～47.1%。     

小麦NBS-LRR类抗病基因同源序列的分离与鉴定

【目的】拟利用同源序列法分离小麦抗病基因同源片段。【方法】根据已克隆植物抗病（R）基因NBS-LRR保守区段设计两对引物，采用RT-PCR方法对小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr35 的RNA进行扩增。【结果】 获得了3个通读的小麦抗病基因NBS-LRR类抗病基因同源片段PS13-1、PS13-2和S2A2，长度分别为239bp、289bp和539bp，编码78、84和177个氨基酸。核苷酸比较分析表明，PS13-1和PS13-2与已克隆小麦抗白粉病基因PM3b同源性为91%；S2A2与大麦一个来源于mRNA的同源片段同源性为91%；经BLASTp比较，3个片段均含有NB-ARC保守结构域，与已知抗病基因I2C-1，L6，RPS2等相应区域相一致，具有抗病基因NBS特征结构域（P环、激酶2a等）。Northern杂交分析表明，3个同源片段在小麦叶片中为低丰度组成型表达。【结论】本研究在TcLr35小麦中成功获得了抗病基因同源序列，为最终克隆小麦抗叶锈病基因奠定了基础。     

Cloning and Analysis of NBS-LRR Type Resistance Gene Analogues in Sweet Potato (Ipomoea batatas)

The degenerate primers were designed based on the conserved NBS-LRR motifs among the known disease-resistance genes. A fragment of about 500 bp was amplified from genomic DNA of sweet potato using the specifically designed degenerate primers. After cloning and sequencing,20 NBS-LRR type of disease-resistance gene analogue (RGAs) in sweet potato were observed. The deduced amino acid sequence of DNA fragment contains the conserved motifs of NBS-LRR type RGAs,such as P-loop,Kinase-2α,Kinase-3α and GLPL domain. The 20 RGAs could be sorted into two subclasses,namely TIR-NBS-LRR type and non-TIR-NBS-LRR type. Compared with the known resistance genes including N,L6 and M,the percentages of homologous amino acid sequence in 10 TIR-NBS-LRR range between 21%-44%. While other 10 non-TIR-NBS-LRR assume 15%-46% homology with the known resistance genes (Prf,RPM1,RPS2,etc.). Consequently the RGAs may further be used as molecular marker for screening the candidate disease-resistance genes in sweet potato.     

甘薯中NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及序列分析(英文)

The degenerate primers were designed based on the conserved NBS-LRR motifs among the known disease-resistance genes. A fragment of about 500 bp was amplified from genomic DNA of sweet potato using the specifically designed degenerate primers. After cloning and sequencing,20 NBS-LRR type of disease-resistance gene analogue (RGAs) in sweet potato were observed. The deduced amino acid sequence of DNA fragment contains the conserved motifs of NBS-LRR type RGAs,such as P-loop,Kinase-2α,Kinase-3α and GLPL domain. The 20 RGAs could be sorted into two subclasses,namely TIR-NBS-LRR type and non-TIR-NBS-LRR type. Compared with the known resistance genes including N,L6 and M,the percentages of homologous amino acid sequence in 10 TIR-NBS-LRR range between 21%-44%. While other 10 non-TIR-NBS-LRR assume 15%-46% homology with the known resistance genes (Prf,RPM1,RPS2,etc.). Consequently the RGAs may further be used as molecular marker for screening the candidate disease-resistance genes in sweet potato.     

Cloning and Analysis of NBS-LRR Type Resistance Gene Analogues in Sweet Potato ( Ipomoea batatas)

The degenerate primers were designed based on the conserved NBS-LRR motifs among the known disense-resistance genes. A fragment of about 500 bp was amplified from genomic DNA of sweet potato using the specifically designed degenerate primers. After cloning and sequencing, 20 NBS-LRR type of disoase-resistance gene analogue (RGAs) in sweet potato were observed. The deduced amino acid sequence of DNA fragment contains the conserved motifs of NBS-LRR type RGAs, such as P-loop, Kinase-2α, Kinase-3α and GLPL domain. The 20 RGAs could be sorted into two subclasses, namely TIR-NBS-LRR type and non-TIR-NBS-LRR type. Compared with the known resistance genes including N, L6 and M, the percentages of homologous amino acid sequence in 10 TIR-NBS-LRR range between 21% -44%. While other 10 non-TIR-NBS-LRR assume 15% -46% homology with the known resistance genes (Prf, RPM1, RPS2, etc.). Consequently the RGAs may further be used as molecular marker for screening the candidate disease-resistauce genes in sweet potato.     

甘薯内源激素和化学调控研究进展

本文综述了内源激素在甘薯功能叶片活性差异、同化物运输、尤其是块根的形成和发育中的作用,分析了外源化学调控在促进甘薯增产和抗逆方面的研究进展,并展望了内源激素和化学调控在甘薯上的发展方向。     

川西北地区引进甘薯品种筛选研究

[目的]筛选适宜川西北地区种植的优质高产甘薯(Ipomoea batatas Lam.)品种。[方法]对引进的8个甘薯品种(南薯007、泉薯9号、渝5-12-57、川12-17、浙薯23、E01-09、宁23-1、浙薯70)进行栽培试验,以南薯88为对照。采用随机区组排列,3次重复。[结果]宁23-1、浙薯70鲜薯产量比南薯88分别增产4.91%和1.72%,浙薯70、川12-17淀粉产量比南薯88分别增产24.46%、24.10%,达到极显著水平。[结论]宁23-1、浙薯70、川12-17综合性状均较优良,可以在今后的生产中进行大面积推广与种植。     

芝麻NBS - LRR类抗病基因同源序列的分离与分析

分离和分析芝麻抗、感茎点枯病材料的抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),可以为芝麻抗茎点枯病相关基因的克隆奠定基础.根据已知植物抗病基因的NBS - LRR类保守结构域,合成了1对简并引物和2对特异引物,对6个抗茎点枯病芝麻品种中的抗病基因进行扩增,结果得到11条抗病基因同源序列...     

Cloning and Analysis of 5' Flanking Region of Sporamin A Gene from Sweet Potato

[Objective] The aim of the study is to done the 5' flanking region of Sporamin A gene from sweet potato. [Method] The sweet potato "Xushu 18" was used to amplify the 5' flanking region of Sporamin A gene using specifically designed primers and then target fragment was analyzed by PLACE and PlantCare online. [Result] Besides the conserved elements including TATA-box and CAAT-box, the cis-acting elements including sucrose re- sponsive element CMSREI, SP8 acting site and some other regulatory sequence such as MTB binding site were also found in Spo A promoter sequence. The results suggest that the promoter has sucrose responsive function. [Conclusion] The study provided reference to reveal the regulation law of Spo A, and to develop high-level expression vectors promoted by Spo A promoter.