春小麦空间诱变后代的变异研究

为了进一步探索和研究春小麦空间诱变后代的变异,对经返地卫星搭载纯系小麦龙麦26和克丰10号航天诱变种子种植后选育出的7份品系的农艺性状进行了调查,同时对其DNA多态性进行了分析。结果表明:变异品系较原品种在农艺性状上均有所变异,但差异不显著。变异品系与亲本之间存在着不同程度的微卫星多态性,在有效扩增的27对引物中出现3种突变类型:扩增片段增多、扩增片段减少和扩增片段长度有差异,出现的单一突变类型居多。     

小麦航天诱变株系SP5代麦谷蛋白亚基与各种蛋白组分含量分析

以卫星搭载小麦品种陕253突变株系SP5代(航天诱变株系第5代)为材料,进行农艺性状观察和麦谷蛋白亚基SDS-PAGE分析,以及总蛋白质含量测定.结果表明,经卫星搭载后农艺性状、麦谷蛋白亚基变异类型丰富;麦谷蛋白亚基变异频率高于农艺性状变异频率,高分子麦谷蛋白亚基变异主要发生在GluB1位点与GluD1位点,突变株高分子麦谷蛋白亚基区出现3种组合类型,部分株系低分子麦谷蛋白亚基同时发生变异.所有突变株系总蛋白质含量均低于对照,部分株系中与品质密切相关的谷蛋白大聚合体(GMP)含量升高.     

梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价

 【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1 293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0 Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1 293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。     

山核桃SSR标记的初步开发

基于山核桃Carya cathayensis脂肪代谢相关cDNA文库的部分测序结果,发现43条cDNA序列具有简单重复序列(SSR)碱基重复特点,用Primer Premier 5设计了34对表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)引物;建立了适用于山核桃的SSR分析体系,并用设计的SSR引物对对天然群体山核桃40个样品进行了初步的应用性试验.结果表明:34对引物中有4对无扩增产物,3对引物的扩增产物超过了设计范围,27对引物在供试的40个山核桃材料中有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中有18对引物的扩增产生了22个多态性位点,占总扩增位点数的47.8％.将SSR标记分析结果与山核桃已有的显性标记分析结果进行比较,发现SSR标记多态性位点的比例较高,且能够区分显性纯合位点及显性杂合位点.结论:设计开发山核桃的EST-SSR标记是可行有效的.     

橡胶树EST-SSR标记开发及特性研究(英文)

为进一步开发橡胶树EST-SSR标记,该研究下载并组装了来自NCBI和马来西亚橡胶树EST数据库EST序列。在3 733个组装的橡胶树单一基因中共鉴定到566个潜在的SSR位点,平均3.96 kb会出现一个SSR位点。二核苷酸重复为最丰富的SSR重复类型,接下来是三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。SSR位点重复单元数目最多的是5,接下来是12、6和7。在该研究中鉴定的51种类型SSR模体中,二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复分别有6、26、5、3和11种。GA/CT二核苷酸数目最多,接下来是TC/AG、AT/TA、CTT/GAA、TTC/AAG和TCT/AGA。在158个新开发的橡胶树EST-SSR标记中,99个可在橡胶树品种RRIM600中产生清晰扩增条带。该研究开发的EST-SSR标记丰富了橡胶树分子标记数量,必将在橡胶树DNA指纹图谱、遗传多样性、标记辅助选择、遗传图谱等方面得到广泛应用。     

橡胶树 EST-SSR标记开发及特性研究

为进一步开发橡胶树 EST-SSR标记,该研究下载并组装了来自 NCBI和马来西亚橡胶树 EST数据库 EST序列。在3733个组装的橡胶树单一基因中共鉴定到566个潜在的 SSR位点,平均3.96 kb会出现一个 SSR位点。二核苷酸重复为最丰富的 SSR重复类型,接下来是三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。SSR位点重复单元数目最多的是5,接下来是12、6和7。在该研究中鉴定的51种类型 SSR模体中,二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复分别有6、26、5、3和11种。 GA/CT二核苷酸数目最多,接下来是 TC/AG、AT/TA、CTT/GAA、TTC/AAG和 TCT/AGA。在158个新开发的橡胶树EST-SSR 标记中,99个可在橡胶树品种RRIM600中产生清晰扩增条带。该研究开发的 EST-SSR标记丰富了橡胶树分子标记数量,必将在橡胶树 DNA指纹图谱、遗传多样性、标记辅助选择、遗传图谱等方面得到广泛应用。     

基于转录组信息的坛紫菜EST-SSR标记的开发及新品系SW-81的种质鉴定

基于坛紫菜（Pyropia haitanensis）转录组序列信息进行EST-SSR标记的开发,并利用多态性SSR标记构建DNA指纹图谱用于坛紫菜新品系SW-81的种质鉴定。结果显示：转录组数据中共检测出9 033个微卫星位点,其中三核苷酸重复类型为绝对优势基元,占比高达95%;经Primer 5.0软件对微卫星位点进行引物设计,并从中随机合成187对微卫星引物进行有效性分析,最终获得92对有效引物,其中42对为多态性EST-SSR标记,多态扩增率约为22.46%;利用开发的多态性EST-SSR标记构建了适用于5个坛紫菜品系的DNA指纹图谱,为新品系SW-81的种质鉴定提供有效的分子检测手段。上述结果表明：坛紫菜基因组中有着丰富的微卫星位点,且同一位点的基因序列在不同品系间存在变异,表现为扩增产物的多态性。基于EST-SSR标记的多态性分析可为坛紫菜种质资源的管理与鉴定提供有效的分子检测手段。     

贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用

为了开发新的小麦分子标记,利用前期小麦品种贵紫麦1号的转录组测序结果,对所得序列进行EST-SSR(Expressed sequence tags-simple sequence repeat)标记开发,并对开发的标记进行了染色体定位、多态性筛选。结果表明,在119 572条总Unigenes序列中得到8 749条含SSR位点的EST序列,占7.3%,平均每8.04 kb就会出现1个SSR;EST序列中SSR类型的分布特点为三核苷酸重复类型最多,而五、六核苷酸重复类型出现频次很少,单核苷酸重复以A/T出现频次最多,二核苷酸重复以AG/CT出现频次最多,三核苷酸重复以CCG/CGG出现频次最多;对含SSR位点的EST序列进行引物设计,成功设计出引物的序列有5 503条,占总EST序列的62.9%,从中筛选到341对有效性EST-SSR引物;以中国春为对照,利用16份中国春缺体-四体系材料对341对EST-SSR引物进行染色体定位,共定位153对引物、201个位点,涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体,其中5B染色体定位引物对最多,达23对;筛选出53对多态性EST-SSR引物,对52份小麦材料进行遗传多样性分析发现,其中18对EST-SSR引物可将52份小麦材料一一区分。     

荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

 【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene（惟一序列）中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC（16.82%）;其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对（81.33%）引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR 标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100 对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。     

苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析

该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。     

基于簇毛麦No.1026转录组的SSR序列分析及其PCR标记开发

【目的】 探究从前苏联引进的簇毛麦No.1026（Dv#4）的EST-SSR序列特征及其在染色体的分布,分析它们在不同簇毛麦间及与小麦间的多态性,为其进一步的研究与利用提供依据。【方法】通过Illumina HiSeq测序获得No.1026植株的转录组序列,利用MISA软件分析转录组SSR序列及特征,采用Primer 3设计SSR引物,随机合成238对引物,对小麦中国春与簇毛麦Dv#4和引自英国剑桥的簇毛麦Dv#2的基因组DNA进行扩增,在琼脂糖凝胶上分离评价扩增产物的多态性,并利用一套小麦-簇毛麦异染色体系进行扩增分析。【结果】 检测了No.1026总长62.76 Mb的转录组序列,发现10 497个SSR位点,它们分布于8 735条Unigene上。在1—6个核苷酸的重复单元中,单、双、三碱基的重复占95.85%,其中三核苷酸串联重复数量最多,占SSR总数的50.33%,而CCG/CGG基序的重复占三核苷酸串联重复的41.66%;单核苷酸重复是第二大类型,出现频率为27.13%,其中A/T重复占单核苷酸重复的74.58%。二核苷酸重复类型的数量位列第三,占SSR总数的18.39%。在238对EST-SSR引物中,88对在中国春与簇毛麦（包括Dv#2和Dv#4）之间的扩增产物显示多态性;8对只在簇毛麦和单一异染色体系扩增;4对可在簇毛麦和多个异染色体系中特异扩增;但多数可在簇毛麦中清晰扩增的引物不能在任何异染色体系中扩增,推测可能与簇毛麦基因组及染色体导入小麦过程中的变异有关;47对（19.74%）在2份不同来源的簇毛麦Dv#2和Dv#4之间的扩增产物呈现多态性。利用1对EST-SSR引物和1个EST-PCR标记检测48个簇毛麦植株,证明多态性的SSR引物可有效用于检测簇毛麦的异质性。【结果】 簇毛麦No.1026（Dv#4）的转录组中存在丰富的SSR序列,其中CCG/CGG、A/T和AG/CT等三核苷酸、单核苷酸和二核苷酸是其最主要的串联重复基序。部分EST-SSR的侧翼保守序列与单一或若干外源染色体特异相关联,据此开发特异的分子标记,可用于跟踪检测小麦背景中特异的簇毛麦染色体或染色体片段。Dv#4与Dv#2间的部分EST-SSR具有多态性,提示2份不同来源簇毛麦的表达序列间存在一定程度的遗传差异,因此,簇毛麦Dv#4值得进一步的发掘研究。     

EST-SSRs在小麦研究中的应用

小麦EST-SSR s是从小麦ESTs序列中开发的一种新型SSR标记。这种分子标记来源于表达基因,其多态性直接反映了基因的多样性,基于表达序列设计的小麦EST-SSR s引物具有很好的扩增效果,在小麦遗传分析中应用广泛。本文阐述了EST-SSR s的特点,介绍了小麦EST-SSR s的研究进展。     

辣椒疫霉EST-SSRs标记的发掘

通过对GenBank上发布的55 848条辣椒疫霉EST的鉴定,在328条EST中发现331个SSR.在筛选的EST序列中SSR平均密度为每23.7 kb含有1个SSR.在鉴定的SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占鉴定总数的59.5%;其次为二核苷酸乖复基元的SSR类型,为39.3%;四核苷酸重复基元的SSR类型最少,为1.2%.设计40对SSR引物对5个辣椒疫霉菌株基因组DNA进行PCR扩增,有27对引物扩增出SSR特征条带,其中有18对引物在5个辣椒疫霉菌株间扩增出多态性条带25条.基于SSR标记进行聚类分析,可将5个检测大豆疫霉菌菌株划分为3类.该研究是辣椒疫霉的SSR标记开发的首次报道,为辣椒疫霉的遗传变异和分子作图等分析提供了一种有效的分子标记系统.     

番茄分子标记研究进展

本文综述了近年来RFLP，RAPD，SSR及AFLP等几种DNA分子标记技术在番茄育种上的应用，以及分子标记在辅助选择育种，构建连锁图谱，分离目的基因和QTL分析上的发展前景。     

小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图

【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。     

用EST-SSRs研究小麦遗传多样性

 小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明，这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物，共检测到129个等位变异，其中87.6%有多态性，大多数引物有2～4个等位变异；其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究，并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种；在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比，EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因，将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。     

EMS诱变小麦河农822的SSR及SDS-PAGE鉴定

为给小麦育种提供基础材料,利用SSR技术和高分子量麦谷蛋白SDS-PAGE对由EMS诱导河农822获得的矮秆、短芒、密穗、棒状穗、早熟等8个小麦性状变异株进行鉴定。结果表明:在DNA水平,除矮秆变异株外,其余均缺失了1条50~190 bp的片段,各个不同性状突变株均增加了3~4条44~574 bp的片段;在蛋白质水平,不同性状突变株高分子量麦谷蛋白亚基在Glu-1B和Glu-1D位点呈现出缺失和新增亚基2种情况。这表明突变材料与对照相比,不仅在生物学形态存在明显差异,而且在DNA和蛋白质水平上也产生了突变,为小麦突变产生提供了充分的分子生物学证据。