中国荷斯坦牛mtDNA D-Loop全序列分析

本文分析了3头中国荷斯坦牛线粒体DNA D－Loop区910bp核革酸序列的变异情况，结果发现，3头中国荷斯坦牛mtDNA D-Loop区的平均核苷酸变异率为0.59%，其核苷酸变异类型包括转换、颠换和插入3种形式，其中，以转换最为常见。     

早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析

[目的]为评价和挖掘早胜牛遗传资源及种质资源,开展了早胜牛母系遗传背景及分子遗传特性研究。[方法]以早胜牛mtDNA D-Loop区为标记位点,对基因组DNA进行了PCR扩增和测序;以8个中国地方黄牛品种和5个引进品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列为对照,分析了核苷酸多态位点、核苷酸多样性、单倍型数等遗传多态性指标,构建了系统发育树。[结果]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区富含A和T,检测到80个核苷酸变异位点,存在转换、颠换、转换和颠换共存3种突变类型,且以转换为主;界定了59个单倍型,其中8个共享单倍型,51个特有单倍型;我国地方黄牛分为两大支系,多数与非洲瘤牛、欧洲普通牛聚为一类,少数与印度瘤牛聚为一类;与其他地方黄牛品种相比,早胜牛及其杂交类群与秦川牛的亲缘关系最近。[结论]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,与秦川牛的亲缘关系最近。     

安宁果下马线粒体DNA D-loop序列的初步分析

为了解安宁果下马线粒体DNA(mtDNA)的序列特点,试验采用普通马mtDNA序列设计PCR引物,对4匹安宁果下马的mtDNA D-loop区进行扩增的方法,得到mtDNA D-loop区的全序列。结果表明:4匹马mtDNA D-loop区的平均核苷酸变异率为2.67%,核苷酸变异位点较多,变异类型包括颠换、转换、插入、缺失4种形式,其中转换最普遍;检测到重复序列(GTGCACCT)的数量为24个,不同于其他马种。4匹安宁果下马个体间mtDNA D-loop区差异较大,表明其mtDNA D-loop区丰富的多态性。     

南阳牛mtDNA D-loop序列多态性分析

本文以3头南阳牛线粒体DNA D-loop区910bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现，3头南阳牛D－loop区的核苷酸序列有3种单倍型。南阳牛1、2和3号D－loop区的平均核苷酸变异率分别为0.44%、4.84%和0.44%，其高变区的平均核苷酸变异率分别为0.81%、7.57%和0.00％。南阳牛1号的核苷酸变异类型只有转换一种式，南阳牛2号的核苷酸变异类型有转换、颠换、插入和缺失四种形式，南阳牛3号的核苷酸变异类型有转换和插入两种形式。在3头牛的核苷酸变异类型中，均以转换最常。说明南阳牛mtDNA D-loop区表现出丰富的核苷酸变异多态性。从线粒体D－loop区核苷酸序列的3种单倍型分析，提出南阳牛可能有两种不同的母系起源。     

秦川牛线粒体DNA高变区序列分析

本文对秦川牛线粒体DNA D－loop高变区的核苷酸序列进行了分析，结果发现，秦川牛D－loop高变区的核苷酸变异率约为1．08％，其核苷酸变异类型包括转换、颠换和插入3种形式，其中转换最常见。     

蒙古牛mtDNA D-loop高变区序列分析

本文对蒙古牛线粒体DNAD-loop高变区的核苷酸序列进行了分析。结果发现，蒙古牛D-loop高变区的核苷酸变异率约为0.40%，其核苷酸变异类型只有转换1种形式。     

和田黑鸡mtDNA控制区D-Loop序列分析

试验旨在测定和田黑鸡mtDNA D-Loop序列,并分析其与其他5个品种鸡间的同源性及亲缘关系。结果发现,和田黑鸡mtDNA D-Loop序列全长为1230 bp,用DNAMAN软件进行序列比对,发现和田黑鸡与GenBank登录的5个品种鸡的同源性都在98%以上,测定样品mtDNA D-Loop核苷酸序列中富含A+T。聚类分析结果显示,和田黑鸡与丝羽乌骨鸡、红原鸡亲缘关系较近。     

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为...     

关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析

本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 2种不同的母系起源     

应用STR基因座及mtDNA D-Loop区遗传标记联合进行中国德昌水牛单亲亲权鉴定

为了研究短串联重复序列(STR)基因座在亲权鉴定中的亲子关系相对概率及mtDNA D-Loop区遗传标记在单亲亲权鉴定中的应用,试验采用PCR技术扩增3头水牛BM2934、BM1862、ETH225、BM1818、INRA035、BM2113、CSRM60、TGLA227共8个STR基因座DNA,STR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测并计算单亲亲权指数(PI)和亲子关系相对概率(RCP),同时扩增3头水牛mtDNA D-Loop区基因片段并进行测序分析。结果表明:2头嫌疑后代中c1与母水牛m亲子关系概率为99.960 6%,两者mtDNA D-Loop区基因序列一致率为100%;微卫星基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记检测结果一致,嫌疑后代c1为母水牛m的后代。说明STR基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记均可用于单亲亲权鉴定,两种方法相结合提高了亲权鉴定的稳定性、准确性、灵敏度,鉴定范围更广,样品要求更低。