犬冠状病毒核酸探针的制备及其基因序列的测定与比较

采用RT-PCR方法扩增犬冠状病毒(CCV)YS1、C11和NL-18株5′端部分S基因序列,以随机插入DNA法对CCV YS1株纯化的PCR产物标记32P同位素,制备核酸探针,并与3株CCV反转录产物杂交.用平端连接法将3株CCV PCR产物克隆于pUC19 Sma I位点或pGEM-T载体中,经PCR鉴定为正确重组质粒.以双脱氧末端终止法测定了重组质粒的cDNA核苷酸序列,并用DNASIS计算机软件进行多重比较分析,绘制系统树.结果表明,所制备的核酸探针可与3株CCV反转录产物杂交,其核苷酸序列与多株CCV相应序列的同源性高达91.9%～99.1%,为CCV的保守区.由此说明,制备的核酸探针可用于犬CCV感染的分子流行病学研究.     

核酸探针检测犬冠状病毒方法的建立和初步应用

以^32P标记犬冠状病毒特异性RT—PCR及产物制成核酸探针，与CCV NL-18株、犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒、狂犬病病毒反转录产物、正常CRFK细胞以及做10～10000倍稀释的CCV NL-18株反转录产物杂交，进行核酸探针的敏感性和特异性试验。结果表明，该探针仅与CCV HLl8株反转录产物呈阳性杂交，与对照病毒和正常细胞反转录产物均呈阴性反应。初步应用试验结果，该探针可与国内CCV分离病毒YSl、CI1株杂交，且可从8份腹泻犬粪便中检出5份CCV阳性病料。本研究为在我国开展犬冠状病毒感染的分子流行病学调查和临床诊断提供了一种敏感、特异的检测方法。     

鹅细小病毒VP1-VP3非重叠序列地高辛探针的制备和应用

根据GPV H1株核苷酸序列，设计了扩增VP1-VP3基因非重叠序列的1对引物，对其结构蛋白VP1与VP3非重叠核苷酸序列进行PCR扩增，将PCR产物纯化、回收后制备出GPV VP1-VP3基因DIG标记核酸探针，其标记效率达到0．1pg／μl。特异性检测结果表明，该探针能与GPV不同毒株核酸发生特异性杂交，而与对照的DPV、GPMV等病毒的核酸杂交反应均为阴性；敏感性检测结果表明该探针对GPV的最低检出量为0．032ng。上述试验结果表明该探针可以用于GPV感染临床病料的检测。     

大熊猫犬冠状病毒部分S基因的克隆与全S基因序列分析

从重庆某动物园死亡的大熊猫肝脏中分离到一株病毒，经鉴定为犬冠状病毒（命名为CCV DXMV）。本实验根据CCV K378和CCV Insavc-1株基因序列设计合成了普通PCR引物SF1-SR1和SF2-SR2，以及半套式引物SF3-SR3、SR13、SF13、SF4-SR4和SF14，分段扩增了CCVDXMV株部分S基因，得到了368bp、792bp、737bp、1178bp和985bp5个基因片段。将纯化的RCR产物分别克隆到pGEM—T载体中，通过筛选和鉴定，获得了5个阳性重组质粒。将重组质粒送生物公司测序，将测得的基因序列与先前测定的该株病毒部分S基因序列，拼接成全S基因序列，并与其它株CCV及TGEV HN2002和FIPV79—1146株的S基因序列进行分析比较，绘制进化树。结果表明，该株病毒与CCV K378株的同源性最高，达到99．4％；而与CCV 23／03株的同源性最低，为56．9％；与FIPV和TGEV分别有90．4％和82．1％的同源性。     

PCR和核酸探针检测猪源沙门氏菌四环素耐药基因tetC的研究

对沙门氏菌的四环素耐药性进行了检测，结果表明，沙门氏菌对四环素类抗生素产生了广泛的耐药性，耐药率达100％，对其四环素耐药基因tetC进行了扩增，结果获得以质粒为模板的特异性产物，与药敏试验结果阳性符合率75％，具有较高的检出率。用光生物素对PcR产物进行标记，制备核酸探针，采用菌落原位杂交的方法对沙门氏菌进行检测，结果表明13株阳性、3株阴性，杂交结果与PCR结果阳性符合率为93．75％，具有较高的特异性。通过条件的优化，建立的四环素耐药基因tetC的PCR和核酸探针检测技术，为四环素耐药性的分子流行病学监测提供了有效的途径。     

新城疫病毒B95株HN蛋白基因的克隆及序列分析

根据NDVHN蛋白已知基因序列设计一对引物，以提取的澳大利亚布里斯班NDV分离株B95基因组RNA为模板，利用RT—PCR技术扩增得到一条约1．9kb的条带。将扩增产物克隆到PGEM—T—easy载体中，并对重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，结果证明我们得到了HN基因的阳性重组子，随后采用Sanger’s双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定，获得该基因全长序列，并进行同源性分析。B95株与其他毒株核苷酸同源性为95．1％～87％，氨基酸同源性为96．1％～92．1％。     

化学修饰法制备B组轮状病毒生物素核酸探针及应用研究

用亚硫酸氢钠—乙二胺溶液对B组轮状病毒的ssRNA胞嘧啶修饰和转氨基作用，与生物素e—氨基己酸N—羟基琥珀酰亚胺酯反应，制备探针与样品在硝酸纤维膜上进行点杂交，经亲合素—碱性磷酸酶系统显色，可测出106.25－212.5pg的RNA靶序列，特异性试验表明：B组生物素探针只能与B组核酸杂交，而与无关核酸无杂交信号，用B组探针检测45份仔猪腹泻粪样，检出B组阳性5份，检出率11．1％，明显高于PAGE法，实验结果表明，生物素核酸探针制备简单并且有特异、灵敏、稳定的优点，可用于各组轮状病毒的检测。     

犬猫3种冠状病毒基因克隆的构建与芯片检测技术

蔗糖密度梯度离心纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)和猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)的细胞培养物,分别设计7、17、11对引物,对病毒RNA进行反转录和PCR扩增,回收PCR产物连接pGEM-T载体并转化大肠杆菌TGI,构建35个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段,每种病毒只选择其4对引物克隆的基因片段。将特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒样品PCR扩增产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于3种病毒的检测与区分。     

基因芯片检测5种动物冠状病毒的初步研究

采用蔗糖密度梯度离心,纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)、猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)的细胞培养物,分别设计7,17,11,10和4对引物,构建了49个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段。结果表明:克隆CCV1,CCV2,CCV5和CCV7可特异诊断CCV,克隆FCV6,FCV7,FCV8和FCV9可特异诊断FCV,克隆FIPV2,FIPV7,FIPV8和FIPV9可特异诊断FIPV,克隆PRCV1,PRCV2和PRCV3可特异诊断PRCV,克隆TGEV3,TGEV4,TGEV5和TGEV6可特异诊断TGEV。将这些特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒PCR产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于这5种动物冠状病毒的检测与区分。     

黑龙江省和河北省鸡新城疫病毒分离株的遗传变异分析

利用RT—PCR技术扩增出了4株NDV分离株(HeB—4—99，Hed—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02)F基因539bp的片段，将该片段克隆到pMD18-T载体上。经酶切分析、质粒PCR鉴定及核苷酸序列测定，成功获得了4株NDV分离株F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示，4株分离毒株的核苷酸序列具有95．9％～100％的同源性，与LaSota的核苷酸序列同源性为81．09／6～81．8％，与F48E9的核苷酸序列同源性达85．8％～89．3％。推导氨基酸序列分析表明，4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为^112RRQKRF^117，具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点，与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明，HeB—4—99、HeB—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02均归属于基因Ⅶ型。     

禽偏肺病毒地高辛核酸探针的制备与应用

根据GenBank中已经发表的B亚型禽偏肺病毒F基因的保守序列设计并合成1对引物,利用RT—PCR扩增出1条与目的片段大小一致的725bp基因片段,回收、纯化PCR产物,用地高辛标记,制备出地高辛标记的aMPV核酸探针。特异性检测结果表明,该探针能与aMPV核酸发生特异性杂交,而与H9N2亚型AIV、NDV、IBV、ORT和E．coil的核酸杂交反应均为阴性;敏感性检测结果表明,该探针对aMPV的最低检出量为5Pg。应用制备的探针对山东省不同地区的605份商品肉鸡和122份商品肉鸭进行了核酸探针检测,阳性检出率分别为36．59％和34．51％。本试验制备的aMPV地高辛探针特异性强、敏感性好,对样品的检测结果表明山东省部分地区的商品肉鸡、肉鸭中普遍存在aMPV感染。     

用地高辛标记的核酸探针检测猪伪狂犬病毒野毒感染的研究

利用PCR技术从带有伪狂犬病毒（PRV）gE基因的重组质粒pMD18-T-gE中扩增回收约304bp大小的片段,并制备出地高辛标记的gE基因核酸探针。特异性检测结果表明,该探针能与重组质粒DNA发生特异性杂交,而与对照的PRVBartha-k61株疫苗毒DNA、猪细小病毒（PPV）DNA、猪圆环病毒（PCV）DNA、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRsV）cDNA、猪瘟病毒（CSFV）cDNA的杂交反应均为阴性;敏感性检测结果表明,该探针对PRV野毒的最低检出量为4pg。应用该探针对11份繁殖障碍病料进行了杂交检测,共检出4份阳性病料,该结果与PCR检测结果一致,表明该核酸探针可用于猪伪狂犬病野毒感染的临床诊断。     

用地高辛标记核酸探针检测猪细小病毒的研究

根据猪细小病毒(PPV)基因组序列,设计引物克隆了PPV YK株保守序列NS1基因,将NS1基因纯化,利用地高辛标记制备了NS1基因PCR产物探针和克隆NS1探针,两种核酸探针的标记都达到了0.1 pg/μL。特异性试验结果表明,这两种探针都能与PPV DNA发生特异的阳性杂交,而与对照的PRV、PCV、PRRSV和HCV的核酸杂交呈阴性。敏感性试验结果表明,克隆NS1探针敏感度为0.5 pg/μL,NS1基因PCR产物探针敏感度为1 pg/μL。综上所述,这两种DIG标记探针特异性强,敏感性高,可用于PPV的检测。     

鸡CaBP-D28k基因克隆、序列测定及其真核表达质粒的构建

采集200日龄产蛋新扬州鸡小肠组织直接提取总RNA进行反转录聚合酶链式反应（RT—PCR）扩增,扩增产物进行克隆、测序,获得了新扬州鸡CaBP—D28k基因序列。序列测定表明,CaBP—D28k基因核苷酸长度为789bp,编码262个氨基酸。与GenBank上发表序列（NM_205513．1）比较,核苷酸同源性为99．9%,在760bp处存在G→T的错义突变。与从GenBank下载的马、人、小家鼠、蟾蜍序列进行比较分析,核苷酸同源性分别为79．3％、79．1％、77．4％、77．3％。将该基因片段克隆到真核表达载体pCEP4,构建重组质粒pCEP4-CaBP—D28k,所获重组质粒经过酶切、测序鉴定,证实含有目的片段,且连接、构建正确,为利用pCEP4-CaBP—D28k调控蛋禽钙代谢、改善蛋壳质量的研究应用奠定了基础。     

胸膜肺炎放线杆菌APXⅡA基因的克隆及序列测定

用PCR法从胸膜肺炎放线杆菌(APP)7型的DNA提取物中扩增出大小为2873bp的APXⅡA基因片段；将PCR产物重组到质粒载体pMD18-T中，并对重组质粒进行酶切分析及序列测定。结果表明，克隆片段为完整的目的基因，该片段的核苷酸序列与国外分离株M30602的同源性达99．7％。     

山羊关节炎-脑炎病毒甘肃株env基因的克隆和序列分析

本试验参考GenBank上发表的CAEV-63株的env基因核苷酸序列设计一对引物，以CAEV甘肃株前病毒DNA为模板，PCR扩增产物约2．9kb，与预期的目的片段大小一致。回收目的基因片段并将其克隆到pMD18-T载体上，经PCR及酶切鉴定阳性的重组质粒测序，结果表明所扩增2893个核苷酸片段含有CAEV囊膜基因的全序列，编码964个氨基酸。核苷酸和氨基酸序列分析显示，CAEV甘肃株env基因与CAEV-63美国株的env基固核苷酸和氨基酸的同源性分别为99．0％和98．1％。     

犬常见传染病诊断基因芯片的研究与应用

根据PCR技术扩增出犬腺病毒（CAV）ORF1（p-Ⅷ）基因、犬细小病毒（CPV）VP2基因、鸡血红蛋白的珠蛋白基因（GLOBc）各保守基因片段；采用RT—PCR扩增出犬冠状病毒（CCV）纤突蛋白（S）基因、犬瘟热病毒（cDV）融合蛋白（F）基因、犬副流感病毒（CPIV）核衣壳结构蛋白（NP）基因、狂犬病病毒（RV）核蛋白（N）基因的各一段保守序列，克隆荻取质粒。通过微量点样技术将这些质粒作为探针点在硝酸纤维素膜上，产生二维DNA探针阵列，制作成诊断基因芯片。对360份待检样品匀浆后提取核酸作为模板，扩增相应保守基因片段。通过生物素标记PCR（RT—PCR）技术，将所获得的扩增产物与诊断基因芯片进行特异性的逆向点杂交，然后用扫描仪对芯片进行扫描分析、判断。结果表明，此方法比病毒分离、HI、PCR或RT—PCR方法灵敏度高、特异性强，平均检出率要高20％以上，并可同时对犬多种疫病进行快速诊断。     

丝状支原体丝状亚种SC型中国不同地区分离株脂蛋白Q基因的分子特征

根据已发表的丝状支原体丝状亚种SC型（MmmSC）脂蛋白Q（LppQ）基因序列设计并合成一对引物，利用PCR扩增方法，从我国不同省区的MmmSC分离株HVRI—X、BenI、QingI、MuI和模式株PG1中获得了LppQ基因1303 bp的片段，将该片段克隆到PMD18-T载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒。采用Sanger’s双脱氧末端终止法对插入片段进行核苷酸序列测定，获得了HVRI-X、Ben Ⅰ、oing Ⅰ、Mu Ⅰ株和模式株PG1 LppQ基因核苷酸序列。核苷酸序列比较结果显示，国内4个MmmSC分离株与GenBank公布的LppQ基因核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99％以上；与模式株PG1的核苷酸序列同源性在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。，国内4个MmmSC分离株之间的核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。对HVPI X株LppQ基因氨基酸亲私陛和蛋白表面可能性进行了分析，证实LppQN末端富含亲水氨基酸，比C末端更有可能定位在蛋白表面。     

7种动物冠状病毒基因芯片同步检测的研究

根据发布的7种动物冠状病毒相关基因的序列,给每种病毒设计了4～17对引物,同时依据RNA聚合酶基因序列合成了l对兼并引物,利用TCV原毒和纯化浓缩的CCV、FCV、FIPV、TGEV、PRCV、BCV细胞毒,构建了89个基因片段的克隆.采用煮沸裂解法制备质粒DNA,进行特异引物PCR扩增,回收纯化产物,点制冠状病毒基因芯片.抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,同时对BCV、CCV利用Cy3-dCTP随机渗入反转录标记,与芯片进行杂交检测.结果显示,BCV和TCV基因克隆间未见交叉,CCV、FCV、FIPV、TGEV、PRCV则存在广泛交叉.选择无交叉的特异克隆片段点制最终基因芯片,并与病毒多重PCR扩增产物杂交,芯片信号未见交叉,结果判断明确.表明,基因芯片检测法比传统PCR法敏感1000倍.